data_8ADY # _model_server_result.job_id myWnykUDAtvQZJcWfV_uwg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-14 09:32:44' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8ady # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":601}' # _entry.id 8ADY # _exptl.entry_id 8ADY _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 221.208 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 10 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 17 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 U N N ? 7 V N N ? 7 W N N ? 7 X N N ? 7 Y N N ? 7 Z N N ? 7 AA N N ? 7 BA N N ? 7 CA N N ? 7 DA N N # _pdbx_entity_branch.entity_id 6 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.details ? _pdbx_entity_branch_link.entity_id 6 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 NAG _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 . _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O4 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO4 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 . _pdbx_entity_branch_link.value_order sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 6 n R NAG 1 I 1 NAG I 1 NAG 6 n R NAG 2 I 2 NAG I 2 NAG 6 n S NAG 1 M 1 NAG J 201 NAG 6 n S NAG 2 M 2 NAG J 202 NAG 6 n T NAG 1 P 1 NAG M 1 NAG 6 n T NAG 2 P 2 NAG M 2 NAG # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 35 A CYS 257 1_555 A SG CYS 98 A CYS 320 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 115 A CYS 337 1_555 B SG CYS 115 B CYS 337 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf3 B SG CYS 35 B CYS 257 1_555 B SG CYS 98 B CYS 320 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf4 C SG CYS 174 C CYS 367 1_555 C SG CYS 233 C CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf5 C SG CYS 221 C CYS 414 1_555 M SG CYS 221 O CYS 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf6 C SG CYS 281 C CYS 474 1_555 C SG CYS 343 C CYS 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf7 D SG CYS 174 D CYS 367 1_555 D SG CYS 233 D CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf8 D SG CYS 221 D CYS 414 1_555 E SG CYS 221 E CYS 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf9 D SG CYS 281 D CYS 474 1_555 D SG CYS 343 D CYS 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf10 E SG CYS 174 E CYS 367 1_555 E SG CYS 233 E CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf11 E SG CYS 281 E CYS 474 1_555 E SG CYS 343 E CYS 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf12 F SG CYS 174 F CYS 367 1_555 F SG CYS 233 F CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf13 F SG CYS 221 F CYS 414 1_555 G SG CYS 221 G CYS 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf14 F SG CYS 281 F CYS 474 1_555 F SG CYS 343 F CYS 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf15 G SG CYS 174 G CYS 367 1_555 G SG CYS 233 G CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf16 G SG CYS 281 G CYS 474 1_555 G SG CYS 343 G CYS 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf17 H SG CYS 22 H CYS 22 1_555 H SG CYS 97 H CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf18 H SG CYS 134 H CYS 134 1_555 K SG CYS 215 L CYS 215 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf19 H SG CYS 147 H CYS 147 1_555 H SG CYS 207 H CYS 207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf20 I SG CYS 12 J CYS 12 1_555 I SG CYS 100 J CYS 100 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf21 I SG CYS 14 J CYS 14 1_555 Q SG CYS 382 T CYS 575 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf22 I SG CYS 68 J CYS 68 1_555 L SG CYS 382 N CYS 575 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf23 I SG CYS 108 J CYS 108 1_555 I SG CYS 133 J CYS 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf24 J SG CYS 174 K CYS 367 1_555 J SG CYS 233 K CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf25 J SG CYS 221 K CYS 414 1_555 O SG CYS 221 R CYS 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf26 J SG CYS 281 K CYS 474 1_555 J SG CYS 343 K CYS 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf27 J SG CYS 382 K CYS 575 1_555 O SG CYS 382 R CYS 575 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf28 K SG CYS 23 L CYS 23 1_555 K SG CYS 89 L CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf29 K SG CYS 135 L CYS 135 1_555 K SG CYS 195 L CYS 195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf30 L SG CYS 174 N CYS 367 1_555 L SG CYS 233 N CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf31 L SG CYS 281 N CYS 474 1_555 L SG CYS 343 N CYS 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf32 M SG CYS 174 O CYS 367 1_555 M SG CYS 233 O CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf33 M SG CYS 281 O CYS 474 1_555 M SG CYS 343 O CYS 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf34 N SG CYS 22 Q CYS 22 1_555 N SG CYS 97 Q CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf35 N SG CYS 134 Q CYS 134 1_555 P SG CYS 215 S CYS 215 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf36 N SG CYS 147 Q CYS 147 1_555 N SG CYS 207 Q CYS 207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf37 O SG CYS 174 R CYS 367 1_555 O SG CYS 233 R CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf38 O SG CYS 281 R CYS 474 1_555 O SG CYS 343 R CYS 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf39 P SG CYS 23 S CYS 23 1_555 P SG CYS 89 S CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf40 P SG CYS 135 S CYS 135 1_555 P SG CYS 195 S CYS 195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf41 Q SG CYS 174 T CYS 367 1_555 Q SG CYS 233 T CYS 426 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf42 Q SG CYS 281 T CYS 474 1_555 Q SG CYS 343 T CYS 536 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? covale ? covale1 C ND2 ASN 370 C ASN 563 1_555 U C1 NAG . C NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale2 D ND2 ASN 370 D ASN 563 1_555 V C1 NAG . D NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale3 E ND2 ASN 370 E ASN 563 1_555 W C1 NAG . E NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale4 F ND2 ASN 370 F ASN 563 1_555 X C1 NAG . F NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale5 G ND2 ASN 370 G ASN 563 1_555 Y C1 NAG . G NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale6 H ND2 ASN 165 H ASN 165 1_555 R C1 NAG . I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale7 I ND2 ASN 48 J ASN 48 1_555 S C1 NAG . M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale8 J ND2 ASN 370 K ASN 563 1_555 Z C1 NAG . K NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale9 L ND2 ASN 370 N ASN 563 1_555 AA C1 NAG . N NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale10 M ND2 ASN 370 O ASN 563 1_555 BA C1 NAG . O NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale11 N ND2 ASN 165 Q ASN 165 1_555 T C1 NAG . P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale12 O ND2 ASN 370 R ASN 563 1_555 CA C1 NAG . R NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? covale ? covale13 Q ND2 ASN 370 T ASN 563 1_555 DA C1 NAG . T NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? covale ? covale14 R O4 NAG . I NAG 1 1_555 R C1 NAG . I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale15 S O4 NAG . M NAG 1 1_555 S C1 NAG . M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale16 T O4 NAG . P NAG 1 1_555 T C1 NAG . P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? # _chem_comp.formula 'C8 H15 N O6' _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.id NAG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 8ADY _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code U 7 NAG C 1 601 601 NAG NAG . V 7 NAG D 1 601 601 NAG NAG . W 7 NAG E 1 601 601 NAG NAG . X 7 NAG F 1 601 601 NAG NAG . Y 7 NAG G 1 601 601 NAG NAG . Z 7 NAG K 1 601 601 NAG NAG . AA 7 NAG N 1 601 601 NAG NAG . BA 7 NAG O 1 601 601 NAG NAG . CA 7 NAG R 1 601 601 NAG NAG . DA 7 NAG T 1 601 601 NAG NAG . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 NAG . . . V 7 333.819 325.464 325.039 1 3.33 ? C1 NAG 601 D 1 HETATM 2 C C2 NAG . . . V 7 334.979 325.614 326.023 1 3.33 ? C2 NAG 601 D 1 HETATM 3 C C3 NAG . . . V 7 336.303 325.698 325.269 1 3.33 ? C3 NAG 601 D 1 HETATM 4 C C4 NAG . . . V 7 336.455 324.513 324.324 1 3.33 ? C4 NAG 601 D 1 HETATM 5 C C5 NAG . . . V 7 335.235 324.405 323.413 1 3.33 ? C5 NAG 601 D 1 HETATM 6 C C6 NAG . . . V 7 335.263 323.178 322.531 1 3.33 ? C6 NAG 601 D 1 HETATM 7 C C7 NAG . . . V 7 334.312 326.713 328.114 1 3.33 ? C7 NAG 601 D 1 HETATM 8 C C8 NAG . . . V 7 334.192 328.017 328.844 1 3.33 ? C8 NAG 601 D 1 HETATM 9 N N2 NAG . . . V 7 334.798 326.781 326.87 1 3.33 ? N2 NAG 601 D 1 HETATM 10 O O3 NAG . . . V 7 337.379 325.718 326.201 1 3.33 ? O3 NAG 601 D 1 HETATM 11 O O4 NAG . . . V 7 337.623 324.672 323.527 1 3.33 ? O4 NAG 601 D 1 HETATM 12 O O5 NAG . . . V 7 334.04 324.32 324.204 1 3.33 ? O5 NAG 601 D 1 HETATM 13 O O6 NAG . . . V 7 336.59 322.843 322.149 1 3.33 ? O6 NAG 601 D 1 HETATM 14 O O7 NAG . . . V 7 333.985 325.648 328.626 1 3.33 ? O7 NAG 601 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 18 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 249 _model_server_stats.query_time_ms 416 _model_server_stats.encode_time_ms 10 _model_server_stats.element_count 14 #