data_8AGD # _model_server_result.job_id PmHU9vkmhQFkwO0b-7YnAQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-15 19:28:24' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8agd # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"DA","auth_seq_id":301}' # _entry.id 8AGD # _exptl.entry_id 8AGD _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 63.546 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'COPPER (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 12 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 6 J N N ? 6 K N N ? 6 L N N ? 6 R N N ? 6 S N N ? 6 T N N ? 6 X N N ? 6 Y N N ? 6 Z N N ? 6 BA N N ? 6 CA N N ? 6 DA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 N C50 JPX . B JPX 1301 1_555 Q O15 JQ6 . B JQ6 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.268 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASP 274 A ASP 274 1_555 L CU CU . A CU 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 276 A ASP 276 1_555 L CU CU . A CU 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? metalc ? metalc3 A O ARG 305 A ARG 305 1_555 L CU CU . A CU 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? metalc ? metalc4 A O PHE 308 A PHE 308 1_555 L CU CU . A CU 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.597 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 310 A ASP 310 1_555 L CU CU . A CU 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.114 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 381 A GLU 381 1_555 R CU CU . B CU 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.941 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 438 A ASP 438 1_555 M FE FE . A FE 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASN 442 A ASN 442 1_555 M FE FE . A FE 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? metalc ? metalc9 A ND2 ASN 442 A ASN 442 1_555 M FE FE . A FE 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? metalc ? metalc10 A O LYS 444 A LYS 444 1_555 M FE FE . A FE 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 446 A ASP 446 1_555 M FE FE . A FE 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.794 ? metalc ? metalc12 A OD1 ASP 513 A ASP 513 1_555 K CU CU . A CU 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.792 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASN 515 A ASN 515 1_555 K CU CU . A CU 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? metalc ? metalc14 A O ARG 549 A ARG 549 1_555 J CU CU . A CU 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? metalc ? metalc15 A O GLY 551 A GLY 551 1_555 J CU CU . A CU 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc16 A O GLY 559 A GLY 559 1_555 J CU CU . A CU 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.78 ? metalc ? metalc17 A O GLY 716 A GLY 716 1_555 K CU CU . A CU 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? metalc ? metalc18 J CU CU . A CU 1204 1_555 C OE2 GLU 381 C GLU 381 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.879 ? metalc ? metalc19 B OD1 ASP 274 B ASP 274 1_555 T CU CU . B CU 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? metalc ? metalc20 B OD2 ASP 276 B ASP 276 1_555 T CU CU . B CU 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? metalc ? metalc21 B O ARG 305 B ARG 305 1_555 T CU CU . B CU 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? metalc ? metalc22 B O PHE 308 B PHE 308 1_555 T CU CU . B CU 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? metalc ? metalc23 B OD1 ASP 310 B ASP 310 1_555 T CU CU . B CU 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? metalc ? metalc24 B OE2 GLU 381 B GLU 381 1_555 X CU CU . C CU 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.928 ? metalc ? metalc25 B OD1 ASP 438 B ASP 438 1_555 U FE FE . B FE 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? metalc ? metalc26 B OD1 ASN 442 B ASN 442 1_555 U FE FE . B FE 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.85 ? metalc ? metalc27 B ND2 ASN 442 B ASN 442 1_555 U FE FE . B FE 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc28 B O LYS 444 B LYS 444 1_555 U FE FE . B FE 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.452 ? metalc ? metalc29 B OD2 ASP 446 B ASP 446 1_555 U FE FE . B FE 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.735 ? metalc ? metalc30 B OD1 ASN 515 B ASN 515 1_555 S CU CU . B CU 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? metalc ? metalc31 B O ARG 549 B ARG 549 1_555 R CU CU . B CU 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? metalc ? metalc32 B O GLY 551 B GLY 551 1_555 R CU CU . B CU 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? metalc ? metalc33 B O GLY 559 B GLY 559 1_555 R CU CU . B CU 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.891 ? metalc ? metalc34 B O GLY 716 B GLY 716 1_555 S CU CU . B CU 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? metalc ? metalc35 C OD1 ASP 274 C ASP 274 1_555 Z CU CU . C CU 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.919 ? metalc ? metalc36 C OD2 ASP 276 C ASP 276 1_555 Z CU CU . C CU 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? metalc ? metalc37 C O ARG 305 C ARG 305 1_555 Z CU CU . C CU 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc38 C O PHE 308 C PHE 308 1_555 Z CU CU . C CU 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? metalc ? metalc39 C OD1 ASP 310 C ASP 310 1_555 Z CU CU . C CU 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? metalc ? metalc40 C OD1 ASP 438 C ASP 438 1_555 AA FE FE . C FE 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? metalc ? metalc41 C OD1 ASN 442 C ASN 442 1_555 AA FE FE . C FE 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.786 ? metalc ? metalc42 C ND2 ASN 442 C ASN 442 1_555 AA FE FE . C FE 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc43 C O LYS 444 C LYS 444 1_555 AA FE FE . C FE 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc44 C OD1 ASN 515 C ASN 515 1_555 Y CU CU . C CU 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? metalc ? metalc45 C O ARG 549 C ARG 549 1_555 X CU CU . C CU 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? metalc ? metalc46 C O GLY 551 C GLY 551 1_555 X CU CU . C CU 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? metalc ? metalc47 C OD2 ASP 553 C ASP 553 1_555 X CU CU . C CU 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? metalc ? metalc48 C O GLY 559 C GLY 559 1_555 X CU CU . C CU 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.862 ? metalc ? metalc49 C O GLY 716 C GLY 716 1_555 Y CU CU . C CU 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc50 D NE2 HIS 76 H HIS 76 1_555 BA CU CU . H CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? metalc ? metalc51 E NE2 HIS 74 I HIS 74 1_555 CA CU CU . I CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? metalc ? metalc52 E NE2 HIS 76 I HIS 76 1_555 CA CU CU . I CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? metalc ? metalc53 F ND1 HIS 74 L HIS 74 1_555 DA CU CU . L CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.645 ? metalc ? metalc54 F NE2 HIS 76 L HIS 76 1_555 DA CU CU . L CU 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? # _chem_comp.formula 'Cu 2' _chem_comp.formula_weight 63.546 _chem_comp.id CU _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'COPPER (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8AGD _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 3 JPI A 1 1201 1201 JPI DEI . H 4 JQ6 A 1 1202 1401 JQ6 GKO . I 5 JPX A 1 1203 1301 JPX GKL . J 6 CU A 1 1204 10 CU CU . K 6 CU A 1 1205 11 CU CU . L 6 CU A 1 1206 14 CU CU . M 7 FE A 1 1207 1 FE FE . N 5 JPX B 1 1301 1301 JPX GKL . O 3 JPI B 1 1302 1201 JPI DEI . P 5 JPX B 1 1303 1301 JPX GKL . Q 4 JQ6 B 1 1304 1401 JQ6 GKO . R 6 CU B 1 1305 7 CU CU . S 6 CU B 1 1306 12 CU CU . T 6 CU B 1 1307 15 CU CU . U 7 FE B 1 1308 2 FE FE . V 3 JPI C 1 1201 1201 JPI DEI . W 4 JQ6 C 1 1202 1401 JQ6 GKO . X 6 CU C 1 1203 9 CU CU . Y 6 CU C 1 1204 13 CU CU . Z 6 CU C 1 1205 16 CU CU . AA 7 FE C 1 1206 3 FE FE . BA 6 CU H 1 301 4 CU CU . CA 6 CU I 1 301 5 CU CU . DA 6 CU L 1 301 6 CU CU . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CU _atom_site.label_atom_id CU _atom_site.label_comp_id CU _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id DA _atom_site.label_entity_id 6 _atom_site.Cartn_x 238.908 _atom_site.Cartn_y 269.256 _atom_site.Cartn_z 229.39 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 30 _atom_site.pdbx_formal_charge 0 _atom_site.auth_atom_id CU _atom_site.auth_comp_id CU _atom_site.auth_seq_id 301 _atom_site.auth_asym_id L _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 14 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 80 _model_server_stats.query_time_ms 277 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 1 #