data_8AP6 # _model_server_result.job_id dPxSbhV3_TduexOYEKGDrQ _model_server_result.datetime_utc '2024-12-18 16:54:06' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8ap6 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"GD","auth_seq_id":601}' # _entry.id 8AP6 # _exptl.entry_id 8AP6 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 507.181 _entity.id 26 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8AP6 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8AP6 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 80-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 80 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,MD,ND,OD,PD,QD,RD,SD,TD,UD,VD,WD,XD,YD,ZD,AE,BE,CE,DE,EE,FE,GE,HE,IE,JE,KE,LE,ME,NE,OE,PE _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 26 CC N N ? 26 EC N N ? 26 GC N N ? 26 IC N N ? 26 LC N N ? 26 NC N N ? 26 ED N N ? 26 GD N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 L C AME 1 E AME 1 1_555 L N GLN 2 E GLN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale2 OB C AME 1 e AME 1 1_555 OB N GLN 2 e GLN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? metalc ? metalc1 B OG1 THR 213 A1 THR 213 1_555 DC MG MG . A1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? metalc ? metalc2 CC O2G ATP . A1 ATP 601 1_555 DC MG MG . A1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.008 ? metalc ? metalc3 CC O2B ATP . A1 ATP 601 1_555 DC MG MG . A1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? metalc ? metalc4 C OG1 THR 213 A2 THR 213 1_555 FC MG MG . A2 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? metalc ? metalc5 EC O2G ATP . A2 ATP 601 1_555 FC MG MG . A2 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.007 ? metalc ? metalc6 EC O2B ATP . A2 ATP 601 1_555 FC MG MG . A2 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc7 D OG1 THR 213 B1 THR 213 1_555 HC MG MG . B1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.969 ? metalc ? metalc8 GC O2G ATP . B1 ATP 601 1_555 HC MG MG . B1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.967 ? metalc ? metalc9 GC O2B ATP . B1 ATP 601 1_555 HC MG MG . B1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.995 ? metalc ? metalc10 E OG1 THR 213 B2 THR 213 1_555 JC MG MG . B2 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.969 ? metalc ? metalc11 IC O2G ATP . B2 ATP 601 1_555 JC MG MG . B2 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.969 ? metalc ? metalc12 IC O2B ATP . B2 ATP 601 1_555 JC MG MG . B2 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.996 ? metalc ? metalc13 G OG1 THR 213 C1 THR 213 1_555 MC MG MG . C1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.952 ? metalc ? metalc14 LC O2G ATP . C1 ATP 601 1_555 MC MG MG . C1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.962 ? metalc ? metalc15 LC O2B ATP . C1 ATP 601 1_555 MC MG MG . C1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.975 ? metalc ? metalc16 H OG1 THR 213 C2 THR 213 1_555 OC MG MG . C2 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.952 ? metalc ? metalc17 NC O2G ATP . C2 ATP 601 1_555 OC MG MG . C2 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.962 ? metalc ? metalc18 NC O2B ATP . C2 ATP 601 1_555 OC MG MG . C2 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? metalc ? metalc19 J OG1 THR 190 D1 THR 190 1_555 QC MG MG . D1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? metalc ? metalc20 PC O3B ADP . D1 ADP 601 1_555 QC MG MG . D1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.981 ? metalc ? metalc21 K OG1 THR 190 D2 THR 190 1_555 SC MG MG . D2 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? metalc ? metalc22 RC O3B ADP . D2 ADP 601 1_555 SC MG MG . D2 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.979 ? metalc ? metalc23 P OG1 THR 190 F1 THR 190 1_555 FD MG MG . F1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.952 ? metalc ? metalc24 ED O2G ATP . F1 ATP 601 1_555 FD MG MG . F1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.955 ? metalc ? metalc25 ED O2B ATP . F1 ATP 601 1_555 FD MG MG . F1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? metalc ? metalc26 Q OG1 THR 190 F2 THR 190 1_555 HD MG MG . F2 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.952 ? metalc ? metalc27 GD O2G ATP . F2 ATP 601 1_555 HD MG MG . F2 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.956 ? metalc ? metalc28 GD O2B ATP . F2 ATP 601 1_555 HD MG MG . F2 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.008 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O13 P3' _chem_comp.formula_weight 507.181 _chem_comp.id ATP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8AP6 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code CC 26 ATP A1 1 601 1 ATP ATP . DC 27 MG A1 1 602 2 MG MG . EC 26 ATP A2 1 601 1 ATP ATP . FC 27 MG A2 1 602 2 MG MG . GC 26 ATP B1 1 601 3 ATP ATP . HC 27 MG B1 1 602 4 MG MG . IC 26 ATP B2 1 601 3 ATP ATP . JC 27 MG B2 1 602 4 MG MG . KC 28 CDL C 1 201 3 CDL CDL . LC 26 ATP C1 1 601 5 ATP ATP . MC 27 MG C1 1 602 6 MG MG . NC 26 ATP C2 1 601 5 ATP ATP . OC 27 MG C2 1 602 6 MG MG . PC 29 ADP D1 1 601 1 ADP ADP . QC 27 MG D1 1 602 2 MG MG . RC 29 ADP D2 1 601 1 ADP ADP . SC 27 MG D2 1 602 2 MG MG . TC 30 LMT E 1 401 1 LMT LMT . UC 31 Q7G E 1 402 2 Q7G GD0 . VC 28 CDL E 1 403 2 CDL CDL . WC 28 CDL E 1 404 5 CDL CDL . XC 28 CDL E 1 405 7 CDL CDL . YC 28 CDL E 1 406 10 CDL CDL . ZC 28 CDL E 1 407 11 CDL CDL . AD 28 CDL F 1 201 9 CDL CDL . BD 32 PEE F 1 202 1 PEE PEE . CD 33 PC1 F 1 203 1 PC1 PC1 . DD 33 PC1 F 1 204 2 PC1 PC1 . ED 26 ATP F1 1 601 7 ATP ATP . FD 27 MG F1 1 602 8 MG MG . GD 26 ATP F2 1 601 7 ATP ATP . HD 27 MG F2 1 602 8 MG MG . ID 34 UTP H1 1 201 1 UTP UTP . JD 34 UTP H2 1 201 1 UTP UTP . KD 33 PC1 I 1 201 4 PC1 PC1 . LD 30 LMT J 1 201 2 LMT LMT . MD 28 CDL J 1 202 4 CDL CDL . ND 28 CDL J 1 203 6 CDL CDL . OD 33 PC1 J 1 204 3 PC1 PC1 . PD 28 CDL L 1 101 12 CDL CDL . QD 28 CDL M 1 201 1 CDL CDL . RD 31 Q7G N 1 201 1 Q7G GD0 . SD 28 CDL Q 1 101 8 CDL CDL . TD 32 PEE R 1 101 2 PEE PEE . UD 28 CDL c 1 201 3 CDL CDL . VD 28 CDL e 1 401 2 CDL CDL . WD 28 CDL e 1 402 5 CDL CDL . XD 28 CDL e 1 403 7 CDL CDL . YD 28 CDL e 1 404 10 CDL CDL . ZD 28 CDL e 1 405 11 CDL CDL . AE 30 LMT e 1 406 1 LMT LMT . BE 31 Q7G e 1 407 2 Q7G GD0 . CE 28 CDL f 1 201 9 CDL CDL . DE 32 PEE f 1 202 1 PEE PEE . EE 33 PC1 f 1 203 1 PC1 PC1 . FE 33 PC1 f 1 204 2 PC1 PC1 . GE 33 PC1 i 1 201 4 PC1 PC1 . HE 28 CDL j 1 201 4 CDL CDL . IE 28 CDL j 1 202 6 CDL CDL . JE 33 PC1 j 1 203 3 PC1 PC1 . KE 30 LMT j 1 204 2 LMT LMT . LE 28 CDL l 1 101 12 CDL CDL . ME 28 CDL m 1 201 1 CDL CDL . NE 31 Q7G n 1 201 1 Q7G GD0 . OE 28 CDL q 1 101 8 CDL CDL . PE 32 PEE r 1 101 2 PEE PEE . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG ATP . . . GD 26 98.762 247.91 270.012 1 118.77 ? PG ATP 601 F2 1 HETATM 2 O O1G ATP . . . GD 26 99.361 248.771 271.072 1 118.77 ? O1G ATP 601 F2 1 HETATM 3 O O2G ATP . . . GD 26 97.9 246.771 270.565 1 118.77 ? O2G ATP 601 F2 1 HETATM 4 O O3G ATP . . . GD 26 97.948 248.693 268.976 1 118.77 ? O3G ATP 601 F2 1 HETATM 5 P PB ATP . . . GD 26 100.12 245.661 268.73 1 118.77 ? PB ATP 601 F2 1 HETATM 6 O O1B ATP . . . GD 26 101.539 245.264 268.833 1 118.77 ? O1B ATP 601 F2 1 HETATM 7 O O2B ATP . . . GD 26 99.128 244.815 269.527 1 118.77 ? O2B ATP 601 F2 1 HETATM 8 O O3B ATP . . . GD 26 99.896 247.177 269.161 1 118.77 ? O3B ATP 601 F2 1 HETATM 9 P PA ATP . . . GD 26 99.066 244.54 266.25 1 118.77 ? PA ATP 601 F2 1 HETATM 10 O O1A ATP . . . GD 26 97.591 244.474 266.283 1 118.77 ? O1A ATP 601 F2 1 HETATM 11 O O2A ATP . . . GD 26 99.78 243.245 266.633 1 118.77 ? O2A ATP 601 F2 1 HETATM 12 O O3A ATP . . . GD 26 99.618 245.676 267.219 1 118.77 ? O3A ATP 601 F2 1 HETATM 13 O O5' ATP . . . GD 26 99.605 244.956 264.787 1 118.77 ? O5' ATP 601 F2 1 HETATM 14 C C5' ATP . . . GD 26 99.33 246.255 264.223 1 118.77 ? C5' ATP 601 F2 1 HETATM 15 C C4' ATP . . . GD 26 99.386 246.164 262.719 1 118.77 ? C4' ATP 601 F2 1 HETATM 16 O O4' ATP . . . GD 26 100.723 245.813 262.302 1 118.77 ? O4' ATP 601 F2 1 HETATM 17 C C3' ATP . . . GD 26 98.493 245.103 262.092 1 118.77 ? C3' ATP 601 F2 1 HETATM 18 O O3' ATP . . . GD 26 97.167 245.586 261.903 1 118.77 ? O3' ATP 601 F2 1 HETATM 19 C C2' ATP . . . GD 26 99.199 244.838 260.762 1 118.77 ? C2' ATP 601 F2 1 HETATM 20 O O2' ATP . . . GD 26 98.861 245.813 259.782 1 118.77 ? O2' ATP 601 F2 1 HETATM 21 C C1' ATP . . . GD 26 100.673 244.969 261.163 1 118.77 ? C1' ATP 601 F2 1 HETATM 22 N N9 ATP . . . GD 26 101.307 243.701 261.505 1 118.77 ? N9 ATP 601 F2 1 HETATM 23 C C8 ATP . . . GD 26 101.65 243.256 262.755 1 118.77 ? C8 ATP 601 F2 1 HETATM 24 N N7 ATP . . . GD 26 102.199 242.066 262.767 1 118.77 ? N7 ATP 601 F2 1 HETATM 25 C C5 ATP . . . GD 26 102.224 241.702 261.429 1 118.77 ? C5 ATP 601 F2 1 HETATM 26 C C6 ATP . . . GD 26 102.685 240.548 260.767 1 118.77 ? C6 ATP 601 F2 1 HETATM 27 N N6 ATP . . . GD 26 103.235 239.5 261.391 1 118.77 ? N6 ATP 601 F2 1 HETATM 28 N N1 ATP . . . GD 26 102.561 240.504 259.423 1 118.77 ? N1 ATP 601 F2 1 HETATM 29 C C2 ATP . . . GD 26 102.012 241.546 258.793 1 118.77 ? C2 ATP 601 F2 1 HETATM 30 N N3 ATP . . . GD 26 101.543 242.684 259.31 1 118.77 ? N3 ATP 601 F2 1 HETATM 31 C C4 ATP . . . GD 26 101.678 242.7 260.64 1 118.77 ? C4 ATP 601 F2 1 HETATM 32 H "H5'1" ATP . . . GD 26 100.042 247 264.575 1 118.77 ? "H5'1" ATP 601 F2 1 HETATM 33 H "H5'2" ATP . . . GD 26 98.342 246.549 264.574 1 118.77 ? "H5'2" ATP 601 F2 1 HETATM 34 H H4' ATP . . . GD 26 99.214 247.142 262.271 1 118.77 ? H4' ATP 601 F2 1 HETATM 35 H H3' ATP . . . GD 26 98.353 244.219 262.712 1 118.77 ? H3' ATP 601 F2 1 HETATM 36 H HO3' ATP . . . GD 26 96.518 244.849 262.051 1 118.77 ? HO3' ATP 601 F2 1 HETATM 37 H H2' ATP . . . GD 26 98.954 243.84 260.4 1 118.77 ? H2' ATP 601 F2 1 HETATM 38 H HO2' ATP . . . GD 26 97.879 245.941 259.855 1 118.77 ? HO2' ATP 601 F2 1 HETATM 39 H H1' ATP . . . GD 26 101.276 245.424 260.379 1 118.77 ? H1' ATP 601 F2 1 HETATM 40 H H8 ATP . . . GD 26 101.475 243.847 263.652 1 118.77 ? H8 ATP 601 F2 1 HETATM 41 H HN61 ATP . . . GD 26 103.346 239.49 262.399 1 118.77 ? HN61 ATP 601 F2 1 HETATM 42 H HN62 ATP . . . GD 26 103.551 238.695 260.86 1 118.77 ? HN62 ATP 601 F2 1 HETATM 43 H H2 ATP . . . GD 26 101.947 241.435 257.712 1 118.77 ? H2 ATP 601 F2 1 # _model_server_stats.io_time_ms 74 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 628 _model_server_stats.query_time_ms 316 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 43 #