data_8APA
#
_model_server_result.job_id            EMfIBVU9oVNDrpWwqY9X2g 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-18 20:29:25' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8apa 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"AB","auth_seq_id":201}' 
#
_entry.id    8APA 
#
_exptl.entry_id    8APA 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              484.141 
_entity.id                          29 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8APA 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8APA 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    42-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      42 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      29 
_struct_asym.id                             AB 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 CA C AME 1 e AME 1 1_555 CA N GLN 2 e GLN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
metalc ? metalc1 A OG1 THR 213 A1 THR 213 1_555 RA MG MG . A1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
metalc ? metalc2 QA O2G ATP . A1 ATP 601 1_555 RA MG MG . A1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.93 ? 
metalc ? metalc3 QA O2B ATP . A1 ATP 601 1_555 RA MG MG . A1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? 
metalc ? metalc4 B OG1 THR 213 B1 THR 213 1_555 TA MG MG . B1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.97 ? 
metalc ? metalc5 SA O2G ATP . B1 ATP 601 1_555 TA MG MG . B1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.925 ? 
metalc ? metalc6 SA O2B ATP . B1 ATP 601 1_555 TA MG MG . B1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? 
metalc ? metalc7 C OG1 THR 213 C1 THR 213 1_555 VA MG MG . C1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? 
metalc ? metalc8 UA O2G ATP . C1 ATP 601 1_555 VA MG MG . C1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.913 ? 
metalc ? metalc9 UA O2B ATP . C1 ATP 601 1_555 VA MG MG . C1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.937 ? 
metalc ? metalc10 D OG1 THR 190 D1 THR 190 1_555 XA MG MG . D1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.964 ? 
metalc ? metalc11 WA O3B ADP . D1 ADP 601 1_555 XA MG MG . D1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.904 ? 
metalc ? metalc12 F OG1 THR 190 F1 THR 190 1_555 ZA MG MG . F1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.955 ? 
metalc ? metalc13 YA O2G ATP . F1 ATP 601 1_555 ZA MG MG . F1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.895 ? 
metalc ? metalc14 YA O2B ATP . F1 ATP 601 1_555 ZA MG MG . F1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? 
#
_chem_comp.formula           'C9 H15 N2 O15 P3' 
_chem_comp.formula_weight    484.141 
_chem_comp.id                UTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     8APA 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
QA 26 ATP A1 1 601 1 ATP ATP . 
RA 27 MG A1 1 602 2 MG MG . 
SA 26 ATP B1 1 601 3 ATP ATP . 
TA 27 MG B1 1 602 4 MG MG . 
UA 26 ATP C1 1 601 5 ATP ATP . 
VA 27 MG C1 1 602 6 MG MG . 
WA 28 ADP D1 1 601 1 ADP ADP . 
XA 27 MG D1 1 602 2 MG MG . 
YA 26 ATP F1 1 601 7 ATP ATP . 
ZA 27 MG F1 1 602 8 MG MG . 
AB 29 UTP H1 1 201 1 UTP UTP . 
BB 30 CDL L 1 101 12 CDL CDL . 
CB 31 PEE M 1 201 2 PEE PEE . 
DB 30 CDL c 1 201 3 CDL CDL . 
EB 30 CDL e 1 401 2 CDL CDL . 
FB 30 CDL e 1 402 5 CDL CDL . 
GB 30 CDL e 1 403 7 CDL CDL . 
HB 30 CDL e 1 404 10 CDL CDL . 
IB 30 CDL e 1 405 11 CDL CDL . 
JB 32 LMT e 1 406 1 LMT LMT . 
KB 33 Q7G e 1 407 2 Q7G GD0 . 
LB 30 CDL f 1 201 9 CDL CDL . 
MB 31 PEE f 1 202 1 PEE PEE . 
NB 34 PC1 f 1 203 1 PC1 PC1 . 
OB 34 PC1 f 1 204 2 PC1 PC1 . 
PB 34 PC1 i 1 201 4 PC1 PC1 . 
QB 30 CDL j 1 201 4 CDL CDL . 
RB 34 PC1 j 1 202 3 PC1 PC1 . 
SB 32 LMT j 1 203 2 LMT LMT . 
TB 30 CDL l 1 101 12 CDL CDL . 
UB 30 CDL m 1 201 1 CDL CDL . 
VB 31 PEE m 1 202 2 PEE PEE . 
WB 33 Q7G n 1 201 1 Q7G GD0 . 
XB 30 CDL p 1 201 1 CDL CDL . 
YB 30 CDL q 1 101 6 CDL CDL . 
ZB 30 CDL q 1 102 8 CDL CDL . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PA UTP . . . AB 29 307.273 212.963 198.258 1 54.97 ? PA UTP 201 H1 1 
HETATM 2 O O1A UTP . . . AB 29 306.791 213.754 197.108 1 54.97 ? O1A UTP 201 H1 1 
HETATM 3 O O2A UTP . . . AB 29 308.755 213.129 198.581 1 54.97 ? O2A UTP 201 H1 1 
HETATM 4 O O3A UTP . . . AB 29 307.018 211.408 198.035 1 54.97 ? O3A UTP 201 H1 1 
HETATM 5 O O5' UTP . . . AB 29 306.467 213.334 199.592 1 54.97 ? O5' UTP 201 H1 1 
HETATM 6 P PB UTP . . . AB 29 305.69 210.535 197.944 1 54.97 ? PB UTP 201 H1 1 
HETATM 7 O O1B UTP . . . AB 29 304.585 211.281 197.309 1 54.97 ? O1B UTP 201 H1 1 
HETATM 8 O O2B UTP . . . AB 29 306.068 209.208 197.295 1 54.97 ? O2B UTP 201 H1 1 
HETATM 9 O O3B UTP . . . AB 29 305.394 210.234 199.478 1 54.97 ? O3B UTP 201 H1 1 
HETATM 10 P PG UTP . . . AB 29 304.693 208.997 200.201 1 54.97 ? PG UTP 201 H1 1 
HETATM 11 O O1G UTP . . . AB 29 305.129 209.111 201.664 1 54.97 ? O1G UTP 201 H1 1 
HETATM 12 O O2G UTP . . . AB 29 305.353 207.764 199.577 1 54.97 ? O2G UTP 201 H1 1 
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HETATM 27 C C4 UTP . . . AB 29 299.979 217.833 200.681 1 54.97 ? C4 UTP 201 H1 1 
HETATM 28 O O4 UTP . . . AB 29 299.02 218.561 200.386 1 54.97 ? O4 UTP 201 H1 1 
HETATM 29 C C5 UTP . . . AB 29 301.112 217.568 199.844 1 54.97 ? C5 UTP 201 H1 1 
HETATM 30 H "H5'1" UTP . . . AB 29 306.431 215.423 199.669 1 54.97 ? "H5'1" UTP 201 H1 1 
HETATM 31 H "H5'2" UTP . . . AB 29 304.996 214.627 199.041 1 54.97 ? "H5'2" UTP 201 H1 1 
HETATM 32 H H4' UTP . . . AB 29 306.035 214.771 201.92 1 54.97 ? H4' UTP 201 H1 1 
HETATM 33 H H1' UTP . . . AB 29 303.243 215.391 203.058 1 54.97 ? H1' UTP 201 H1 1 
HETATM 34 H H2' UTP . . . AB 29 302.52 213.66 200.572 1 54.97 ? H2' UTP 201 H1 1 
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HETATM 36 H H3' UTP . . . AB 29 304.573 212.518 200.921 1 54.97 ? H3' UTP 201 H1 1 
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