data_8APF
#
_model_server_result.job_id            gVA-vHI5qfPCTIVOvQGW-Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-15 07:34:59' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8apf 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"LB","auth_seq_id":201}' 
#
_entry.id    8APF 
#
_exptl.entry_id    8APF 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              1165.315 
_entity.id                          29 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8APF 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8APF 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    42-meric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      42 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 29 AB N N 
? 29 LB N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 V C AME 1 e AME 1 1_555 V N GLN 2 e GLN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
metalc ? metalc1 KA OG1 THR 213 A1 THR 213 1_555 RB MG MG . A1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? 
metalc ? metalc2 QB O2G ATP . A1 ATP 601 1_555 RB MG MG . A1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.975 ? 
metalc ? metalc3 QB O2B ATP . A1 ATP 601 1_555 RB MG MG . A1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.954 ? 
metalc ? metalc4 LA OG1 THR 213 B1 THR 213 1_555 TB MG MG . B1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.958 ? 
metalc ? metalc5 SB O2G ATP . B1 ATP 601 1_555 TB MG MG . B1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.871 ? 
metalc ? metalc6 SB O2B ATP . B1 ATP 601 1_555 TB MG MG . B1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.96 ? 
metalc ? metalc7 MA OG1 THR 213 C1 THR 213 1_555 VB MG MG . C1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? 
metalc ? metalc8 UB O2G ATP . C1 ATP 601 1_555 VB MG MG . C1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? 
metalc ? metalc9 UB O2B ATP . C1 ATP 601 1_555 VB MG MG . C1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.915 ? 
metalc ? metalc10 NA OG1 THR 190 D1 THR 190 1_555 XB MG MG . D1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? 
metalc ? metalc11 NA OE2 GLU 215 D1 GLU 215 1_555 XB MG MG . D1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.848 ? 
metalc ? metalc12 WB O2G ATP . D1 ATP 601 1_555 XB MG MG . D1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.977 ? 
metalc ? metalc13 WB O2B ATP . D1 ATP 601 1_555 XB MG MG . D1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.189 ? 
metalc ? metalc14 OA OG1 THR 190 E1 THR 190 1_555 ZB MG MG . E1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.983 ? 
metalc ? metalc15 YB O3B ADP . E1 ADP 601 1_555 ZB MG MG . E1 MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? 
#
_chem_comp.formula           'C56 H92 O25' 
_chem_comp.formula_weight    1165.315 
_chem_comp.id                Q7G 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              '2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     8APF 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
QA 26 CDL L 1 101 12 CDL CDL . 
RA 26 CDL M 1 201 1 CDL CDL . 
SA 27 PEE M 1 202 2 PEE PEE . 
TA 26 CDL c 1 201 3 CDL CDL . 
UA 26 CDL e 1 401 2 CDL CDL . 
VA 26 CDL e 1 402 5 CDL CDL . 
WA 26 CDL e 1 403 7 CDL CDL . 
XA 26 CDL e 1 404 10 CDL CDL . 
YA 26 CDL e 1 405 11 CDL CDL . 
ZA 28 LMT e 1 406 1 LMT LMT . 
AB 29 Q7G e 1 407 2 Q7G GD0 . 
BB 26 CDL f 1 201 9 CDL CDL . 
CB 27 PEE f 1 202 1 PEE PEE . 
DB 30 PC1 f 1 203 2 PC1 PC1 . 
EB 30 PC1 i 1 201 4 PC1 PC1 . 
FB 26 CDL j 1 201 4 CDL CDL . 
GB 30 PC1 j 1 202 3 PC1 PC1 . 
HB 28 LMT j 1 203 2 LMT LMT . 
IB 26 CDL l 1 101 12 CDL CDL . 
JB 27 PEE m 1 201 2 PEE PEE . 
KB 26 CDL m 1 202 1 CDL CDL . 
LB 29 Q7G n 1 201 1 Q7G GD0 . 
MB 30 PC1 p 1 201 1 PC1 PC1 . 
NB 26 CDL q 1 101 6 CDL CDL . 
OB 26 CDL q 1 102 8 CDL CDL . 
PB 31 UTP G1 1 401 1 UTP UTP . 
QB 32 ATP A1 1 601 5 ATP ATP . 
RB 33 MG A1 1 602 6 MG MG . 
SB 32 ATP B1 1 601 1 ATP ATP . 
TB 33 MG B1 1 602 2 MG MG . 
UB 32 ATP C1 1 601 3 ATP ATP . 
VB 33 MG C1 1 602 4 MG MG . 
WB 32 ATP D1 1 601 7 ATP ATP . 
XB 33 MG D1 1 602 8 MG MG . 
YB 34 ADP E1 1 601 1 ADP ADP . 
ZB 33 MG E1 1 602 2 MG MG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C13 Q7G . . . LB 29 265.727 270.547 179.435 1 26.34 ? C13 Q7G 201 n 1 
HETATM 2 C C15 Q7G . . . LB 29 268.141 270.734 180.083 1 26.34 ? C15 Q7G 201 n 1 
HETATM 3 C C16 Q7G . . . LB 29 264.669 270.061 178.471 1 26.34 ? C16 Q7G 201 n 1 
HETATM 4 C C17 Q7G . . . LB 29 263.702 271.172 178.121 1 26.34 ? C17 Q7G 201 n 1 
HETATM 5 C C01 Q7G . . . LB 29 268.146 271.518 184.528 1 26.34 ? C01 Q7G 201 n 1 
HETATM 6 C C03 Q7G . . . LB 29 269.729 273.402 183.808 1 26.34 ? C03 Q7G 201 n 1 
HETATM 7 C C04 Q7G . . . LB 29 270.843 272.498 183.248 1 26.34 ? C04 Q7G 201 n 1 
HETATM 8 C C06 Q7G . . . LB 29 268.788 272.042 182.121 1 26.34 ? C06 Q7G 201 n 1 
HETATM 9 C C07 Q7G . . . LB 29 267.689 271.197 181.466 1 26.34 ? C07 Q7G 201 n 1 
HETATM 10 C C08 Q7G . . . LB 29 266.412 272.041 181.344 1 26.34 ? C08 Q7G 201 n 1 
HETATM 11 C C10 Q7G . . . LB 29 267.174 273.495 183.3 1 26.34 ? C10 Q7G 201 n 1 
HETATM 12 C C18 Q7G . . . LB 29 263.063 271.733 179.367 1 26.34 ? C18 Q7G 201 n 1 
HETATM 13 C C19 Q7G . . . LB 29 264.147 272.295 180.285 1 26.34 ? C19 Q7G 201 n 1 
HETATM 14 C CG1 Q7G . . . LB 29 262.378 271.589 176.159 1 26.34 ? CG1 Q7G 201 n 1 
HETATM 15 C C02 Q7G . . . LB 29 268.42 272.626 183.499 1 26.34 ? C02 Q7G 201 n 1 
HETATM 16 C C05 Q7G . . . LB 29 270.187 271.454 182.345 1 26.34 ? C05 Q7G 201 n 1 
HETATM 17 C C09 Q7G . . . LB 29 266.026 272.708 182.671 1 26.34 ? C09 Q7G 201 n 1 
HETATM 18 C C11 Q7G . . . LB 29 265.23 271.274 180.681 1 26.34 ? C11 Q7G 201 n 1 
HETATM 19 C C12 Q7G . . . LB 29 264.62 270.229 181.636 1 26.34 ? C12 Q7G 201 n 1 
HETATM 20 C C14 Q7G . . . LB 29 267.008 270.323 179.195 1 26.34 ? C14 Q7G 201 n 1 
HETATM 21 C C1B Q7G . . . LB 29 257.643 270.449 173.108 1 26.34 ? C1B Q7G 201 n 1 
HETATM 22 C C1C Q7G . . . LB 29 261.625 273.647 171.405 1 26.34 ? C1C Q7G 201 n 1 
HETATM 23 C C22 Q7G . . . LB 29 261.02 271.244 175.596 1 26.34 ? C22 Q7G 201 n 1 
HETATM 24 C C23 Q7G . . . LB 29 260.515 272.23 174.541 1 26.34 ? C23 Q7G 201 n 1 
HETATM 25 C C24 Q7G . . . LB 29 259.064 271.975 174.213 1 26.34 ? C24 Q7G 201 n 1 
HETATM 26 C C2B Q7G . . . LB 29 257.852 270.144 171.631 1 26.34 ? C2B Q7G 201 n 1 
HETATM 27 C C2C Q7G . . . LB 29 260.999 273.702 170.017 1 26.34 ? C2C Q7G 201 n 1 
HETATM 28 C C3B Q7G . . . LB 29 256.687 269.32 171.098 1 26.34 ? C3B Q7G 201 n 1 
HETATM 29 C C3C Q7G . . . LB 29 261.869 274.537 169.087 1 26.34 ? C3C Q7G 201 n 1 
HETATM 30 C C48 Q7G . . . LB 29 261.386 272.236 173.305 1 26.34 ? C48 Q7G 201 n 1 
HETATM 31 C C4B Q7G . . . LB 29 255.422 269.609 171.893 1 26.34 ? C4B Q7G 201 n 1 
HETATM 32 C C4C Q7G . . . LB 29 262.124 275.899 169.711 1 26.34 ? C4C Q7G 201 n 1 
HETATM 33 C C5B Q7G . . . LB 29 255.599 269.252 173.365 1 26.34 ? C5B Q7G 201 n 1 
HETATM 34 C C5C Q7G . . . LB 29 262.711 275.745 171.107 1 26.34 ? C5C Q7G 201 n 1 
HETATM 35 C C6B Q7G . . . LB 29 255.187 267.837 173.693 1 26.34 ? C6B Q7G 201 n 1 
HETATM 36 C C6C Q7G . . . LB 29 262.9 277.059 171.828 1 26.34 ? C6C Q7G 201 n 1 
HETATM 37 C C73 Q7G . . . LB 29 271.506 272.949 185.384 1 26.34 ? C73 Q7G 201 n 1 
HETATM 38 C C74 Q7G . . . LB 29 270.155 273.669 185.267 1 26.34 ? C74 Q7G 201 n 1 
HETATM 39 C C75 Q7G . . . LB 29 270.179 275.145 185.653 1 26.34 ? C75 Q7G 201 n 1 
HETATM 40 C C76 Q7G . . . LB 29 271.793 272.319 186.73 1 26.34 ? C76 Q7G 201 n 1 
HETATM 41 C C77 Q7G . . . LB 29 273.214 271.763 186.807 1 26.34 ? C77 Q7G 201 n 1 
HETATM 42 C C78 Q7G . . . LB 29 274.241 272.79 186.365 1 26.34 ? C78 Q7G 201 n 1 
HETATM 43 C C79 Q7G . . . LB 29 273.836 273.335 185.022 1 26.34 ? C79 Q7G 201 n 1 
HETATM 44 C C81 Q7G . . . LB 29 275.648 272.205 186.316 1 26.34 ? C81 Q7G 201 n 1 
HETATM 45 O O1 Q7G . . . LB 29 255.133 271.009 171.771 1 26.34 ? O1 Q7G 201 n 1 
HETATM 46 O O11 Q7G . . . LB 29 263.055 276.605 168.876 1 26.34 ? O11 Q7G 201 n 1 
HETATM 47 O O1B Q7G . . . LB 29 258.894 270.656 173.688 1 26.34 ? O1B Q7G 201 n 1 
HETATM 48 O O1C Q7G . . . LB 29 260.748 272.953 172.243 1 26.34 ? O1C Q7G 201 n 1 
HETATM 49 O O20 Q7G . . . LB 29 262.685 270.699 177.233 1 26.34 ? O20 Q7G 201 n 1 
HETATM 50 O O2B Q7G . . . LB 29 257.968 271.359 170.896 1 26.34 ? O2B Q7G 201 n 1 
HETATM 51 O O2C Q7G . . . LB 29 260.862 272.384 169.496 1 26.34 ? O2C Q7G 201 n 1 
HETATM 52 O O3B Q7G . . . LB 29 257.005 267.933 171.153 1 26.34 ? O3B Q7G 201 n 1 
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HETATM 54 O O5B Q7G . . . LB 29 256.98 269.373 173.741 1 26.34 ? O5B Q7G 201 n 1 
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