data_8B7U
#
_model_server_result.job_id            YhsbV10lAp-8tKFjKeLGvA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-02-26 12:09:34' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8b7u 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"XC","auth_seq_id":1002}' 
#
_entry.id    8B7U 
#
_exptl.entry_id    8B7U 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              304.252 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            (2R,3R)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    35 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8B7U 
_cell.length_a            187.582 
_cell.length_b            203.736 
_cell.length_c            560.388 
_cell.Z_PDB               144 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8B7U 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        24 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'I 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,K,L,M,N,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC,OC,PC,QC,RC,SC,MD,ND,WD,XD,YD,ZD 1 1 
C,D,E,F,G,H,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,OD,PD,QD,RD,SD,TD 2 1 
I,J,O,P,Q,R,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,TC,UC,VC,WC,XC,YC,ZC,AD,BD,CD,DD,ED,FD,GD,HD,ID,JD,KD,LD,UD,VD,AE,BE,CE,DE 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 S N N 
? 2 T N N 
? 2 V N N 
? 2 W N N 
? 2 BA N N 
? 2 CA N N 
? 2 JA N N 
? 2 KA N N 
? 2 PA N N 
? 2 QA N N 
? 2 TA N N 
? 2 UA N N 
? 2 AB N N 
? 2 BB N N 
? 2 HB N N 
? 2 IB N N 
? 2 NB N N 
? 2 OB N N 
? 2 SB N N 
? 2 UB N N 
? 2 VB N N 
? 2 CC N N 
? 2 DC N N 
? 2 HC N N 
? 2 IC N N 
? 2 MC N N 
? 2 NC N N 
? 2 TC N N 
? 2 UC N N 
? 2 WC N N 
? 2 XC N N 
? 2 AD N N 
? 2 BD N N 
? 2 ED N N 
? 2 FD N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 B O LYS 237 B LYS 236 1_555 AA K K . B K 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.146 ? 
metalc ? metalc2 B O LEU 239 B LEU 238 1_555 AA K K . B K 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.213 ? 
metalc ? metalc3 C O LYS 237 C LYS 236 1_555 IA K K . C K 1008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.147 ? 
metalc ? metalc4 D O LYS 237 D LYS 236 1_555 OA K K . D K 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.154 ? 
metalc ? metalc5 D O LEU 239 D LEU 238 1_555 OA K K . D K 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.219 ? 
metalc ? metalc6 F O LYS 237 F LYS 236 1_555 ZA K K . F K 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.283 ? 
metalc ? metalc7 G O LYS 237 G LYS 236 1_555 GB K K . G K 1007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.338 ? 
metalc ? metalc8 H O LYS 237 H LYS 236 1_555 MB K K . H K 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.125 ? 
metalc ? metalc9 H O LEU 239 H LEU 238 1_555 MB K K . H K 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.026 ? 
#
_chem_comp.formula           'C15 H12 O7' 
_chem_comp.formula_weight    304.252 
_chem_comp.id                DQH 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              (2R,3R)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     (2R,3R)-TRANS-DIHYDROQUERCETIN 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 DQH doub 83 n y 
C1 C6 DQH sing 84 n y 
C1 H1 DQH sing 85 n n 
C2 C3 DQH sing 86 n y 
C2 O30 DQH sing 87 n n 
C3 C4 DQH doub 88 n y 
C3 C9 DQH sing 89 n n 
C4 C5 DQH sing 90 n y 
C4 O12 DQH sing 91 n n 
C5 C6 DQH doub 92 n y 
C5 H5 DQH sing 93 n n 
C6 O29 DQH sing 94 n n 
C9 C10 DQH sing 95 n n 
C9 O13 DQH doub 96 n n 
C10 C11 DQH sing 97 n n 
C10 O27 DQH sing 98 n n 
C10 H10 DQH sing 99 n n 
C11 C14 DQH sing 100 n n 
C11 O12 DQH sing 101 n n 
C11 H11 DQH sing 102 n n 
C14 C15 DQH doub 103 n y 
C14 C19 DQH sing 104 n y 
C15 C16 DQH sing 105 n y 
C15 H15 DQH sing 106 n n 
C16 C17 DQH doub 107 n y 
C16 H16 DQH sing 108 n n 
C17 C18 DQH sing 109 n y 
C17 O24 DQH sing 110 n n 
C18 C19 DQH doub 111 n y 
C18 O23 DQH sing 112 n n 
C19 H19 DQH sing 113 n n 
O23 H23 DQH sing 114 n n 
O24 H24 DQH sing 115 n n 
O27 H27 DQH sing 116 n n 
O29 H29 DQH sing 117 n n 
O30 H30 DQH sing 118 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8B7U 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.005331 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.004908 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.001784 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
S 2 DQH A 1 1001 1001 DQH DQH . 
T 2 DQH A 1 1002 1002 DQH DQH . 
U 3 CL A 1 1003 17 CL CL . 
V 2 DQH B 1 1001 1001 DQH DQH . 
W 2 DQH B 1 1002 1002 DQH DQH . 
X 4 GOL B 1 1003 1003 GOL GOL . 
Y 5 SO4 B 1 1004 8 SO4 SO4 . 
Z 3 CL B 1 1005 13 CL CL . 
AA 6 K B 1 1006 2 K K . 
BA 2 DQH C 1 1001 1001 DQH DQH . 
CA 2 DQH C 1 1002 1002 DQH DQH . 
DA 4 GOL C 1 1003 1003 GOL GOL . 
EA 5 SO4 C 1 1004 3 SO4 SO4 . 
FA 3 CL C 1 1005 14 CL CL . 
GA 3 CL C 1 1006 27 CL CL . 
HA 3 CL C 1 1007 37 CL CL . 
IA 6 K C 1 1008 3 K K . 
JA 2 DQH D 1 1001 1001 DQH DQH . 
KA 2 DQH D 1 1002 1002 DQH DQH . 
LA 5 SO4 D 1 1003 9 SO4 SO4 . 
MA 3 CL D 1 1004 4 CL CL . 
NA 3 CL D 1 1005 18 CL CL . 
OA 6 K D 1 1006 1 K K . 
PA 2 DQH E 1 1001 1001 DQH DQH . 
QA 2 DQH E 1 1002 1002 DQH DQH . 
RA 3 CL E 1 1003 5 CL CL . 
SA 3 CL E 1 1004 39 CL CL . 
TA 2 DQH F 1 1001 1001 DQH DQH . 
UA 2 DQH F 1 1002 1002 DQH DQH . 
VA 5 SO4 F 1 1003 10 SO4 SO4 . 
WA 3 CL F 1 1004 19 CL CL . 
XA 3 CL F 1 1005 22 CL CL . 
YA 3 CL F 1 1006 40 CL CL . 
ZA 6 K F 1 1007 6 K K . 
AB 2 DQH G 1 1001 1001 DQH DQH . 
BB 2 DQH G 1 1002 1002 DQH DQH . 
CB 3 CL G 1 1003 1 CL CL . 
DB 3 CL G 1 1004 12 CL CL . 
EB 3 CL G 1 1005 15 CL CL . 
FB 3 CL G 1 1006 41 CL CL . 
GB 6 K G 1 1007 4 K K . 
HB 2 DQH H 1 1001 1001 DQH DQH . 
IB 2 DQH H 1 1002 1002 DQH DQH . 
JB 5 SO4 H 1 1003 4 SO4 SO4 . 
KB 3 CL H 1 1004 28 CL CL . 
LB 3 CL H 1 1005 38 CL CL . 
MB 6 K H 1 1006 5 K K . 
NB 2 DQH I 1 1001 1001 DQH DQH . 
OB 2 DQH I 1 1002 1002 DQH DQH . 
PB 5 SO4 I 1 1003 7 SO4 SO4 . 
QB 3 CL I 1 1004 23 CL CL . 
RB 3 CL I 1 1005 29 CL CL . 
SB 2 DQH J 1 1001 1001 DQH DQH . 
TB 3 CL J 1 1002 42 CL CL . 
UB 2 DQH K 1 1001 1001 DQH DQH . 
VB 2 DQH K 1 1002 1002 DQH DQH . 
WB 5 SO4 K 1 1003 12 SO4 SO4 . 
XB 3 CL K 1 1004 2 CL CL . 
YB 3 CL K 1 1005 6 CL CL . 
ZB 3 CL K 1 1006 26 CL CL . 
AC 3 CL K 1 1007 30 CL CL . 
BC 3 CL K 1 1008 43 CL CL . 
CC 2 DQH L 1 1001 1001 DQH DQH . 
DC 2 DQH L 1 1002 1002 DQH DQH . 
EC 3 CL L 1 1003 7 CL CL . 
FC 3 CL L 1 1004 16 CL CL . 
GC 3 CL L 1 1005 36 CL CL . 
HC 2 DQH M 1 1001 1001 DQH DQH . 
IC 2 DQH M 1 1002 1002 DQH DQH . 
JC 3 CL M 1 1003 25 CL CL . 
KC 3 CL M 1 1004 31 CL CL . 
LC 3 CL M 1 1005 44 CL CL . 
MC 2 DQH N 1 1001 1001 DQH DQH . 
NC 2 DQH N 1 1002 1002 DQH DQH . 
OC 3 CL N 1 1003 8 CL CL . 
PC 3 CL N 1 1004 9 CL CL . 
QC 3 CL N 1 1005 20 CL CL . 
RC 3 CL N 1 1006 32 CL CL . 
SC 3 CL N 1 1007 35 CL CL . 
TC 2 DQH O 1 1001 1001 DQH DQH . 
UC 2 DQH O 1 1002 1002 DQH DQH . 
VC 3 CL O 1 1003 3 CL CL . 
WC 2 DQH P 1 1001 1001 DQH DQH . 
XC 2 DQH P 1 1002 1002 DQH DQH . 
YC 3 CL P 1 1003 24 CL CL . 
ZC 3 CL P 1 1004 45 CL CL . 
AD 2 DQH Q 1 1001 1001 DQH DQH . 
BD 2 DQH Q 1 1002 1002 DQH DQH . 
CD 3 CL Q 1 1003 33 CL CL . 
DD 3 CL Q 1 1004 46 CL CL . 
ED 2 DQH R 1 1001 1001 DQH DQH . 
FD 2 DQH R 1 1002 1002 DQH DQH . 
GD 5 SO4 R 1 1003 13 SO4 SO4 . 
HD 3 CL R 1 1004 10 CL CL . 
ID 3 CL R 1 1005 11 CL CL . 
JD 3 CL R 1 1006 21 CL CL . 
KD 3 CL R 1 1007 34 CL CL . 
LD 3 CL R 1 1008 47 CL CL . 
MD 7 HOH A 1 1101 131 HOH HOH . 
MD 7 HOH A 2 1102 117 HOH HOH . 
MD 7 HOH A 3 1103 149 HOH HOH . 
MD 7 HOH A 4 1104 108 HOH HOH . 
MD 7 HOH A 5 1105 20 HOH HOH . 
MD 7 HOH A 6 1106 73 HOH HOH . 
MD 7 HOH A 7 1107 76 HOH HOH . 
ND 7 HOH B 1 1101 132 HOH HOH . 
ND 7 HOH B 2 1102 52 HOH HOH . 
ND 7 HOH B 3 1103 150 HOH HOH . 
ND 7 HOH B 4 1104 58 HOH HOH . 
ND 7 HOH B 5 1105 170 HOH HOH . 
ND 7 HOH B 6 1106 104 HOH HOH . 
ND 7 HOH B 7 1107 40 HOH HOH . 
ND 7 HOH B 8 1108 34 HOH HOH . 
ND 7 HOH B 9 1109 171 HOH HOH . 
ND 7 HOH B 10 1110 21 HOH HOH . 
OD 7 HOH C 1 1101 133 HOH HOH . 
OD 7 HOH C 2 1102 151 HOH HOH . 
OD 7 HOH C 3 1103 109 HOH HOH . 
OD 7 HOH C 4 1104 59 HOH HOH . 
OD 7 HOH C 5 1105 100 HOH HOH . 
OD 7 HOH C 6 1106 41 HOH HOH . 
OD 7 HOH C 7 1107 49 HOH HOH . 
OD 7 HOH C 8 1108 15 HOH HOH . 
OD 7 HOH C 9 1109 60 HOH HOH . 
OD 7 HOH C 10 1110 91 HOH HOH . 
OD 7 HOH C 11 1111 174 HOH HOH . 
OD 7 HOH C 12 1112 168 HOH HOH . 
PD 7 HOH D 1 1101 134 HOH HOH . 
PD 7 HOH D 2 1102 152 HOH HOH . 
PD 7 HOH D 3 1103 118 HOH HOH . 
PD 7 HOH D 4 1104 78 HOH HOH . 
PD 7 HOH D 5 1105 89 HOH HOH . 
PD 7 HOH D 6 1106 12 HOH HOH . 
PD 7 HOH D 7 1107 94 HOH HOH . 
PD 7 HOH D 8 1108 81 HOH HOH . 
PD 7 HOH D 9 1109 77 HOH HOH . 
PD 7 HOH D 10 1110 35 HOH HOH . 
PD 7 HOH D 11 1111 102 HOH HOH . 
PD 7 HOH D 12 1112 103 HOH HOH . 
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