data_8B7Z
#
_model_server_result.job_id            F8C00oSaOZYrzRaDzMjbjg 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-02-26 11:37:54' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8b7z 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"LC","auth_seq_id":1002}' 
#
_entry.id    8B7Z 
#
_exptl.entry_id    8B7Z 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              304.252 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            (2R,3R)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    45 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8B7Z 
_cell.length_a            186.359 
_cell.length_b            204.683 
_cell.length_c            561.904 
_cell.Z_PDB               144 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8B7Z 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        24 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'I 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,K,L,M,N,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB 1 1 
C,D,E,F,G,H,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,NC,OC 2 1 
I,J,O,P,Q,R,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,PC 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 S N N 
? 2 T N N 
? 2 U N N 
? 2 V N N 
? 2 BA N N 
? 2 CA N N 
? 2 FA N N 
? 2 GA N N 
? 2 JA N N 
? 2 KA N N 
? 2 NA N N 
? 2 OA N N 
? 2 RA N N 
? 2 SA N N 
? 2 UA N N 
? 2 VA N N 
? 2 WA N N 
? 2 XA N N 
? 2 YA N N 
? 2 BB N N 
? 2 CB N N 
? 2 DB N N 
? 2 GB N N 
? 2 HB N N 
? 2 KB N N 
? 2 LB N N 
? 2 MB N N 
? 2 OB N N 
? 2 PB N N 
? 2 QB N N 
? 2 RB N N 
? 2 SB N N 
? 2 VB N N 
? 2 WB N N 
? 2 XB N N 
? 2 YB N N 
? 2 ZB N N 
? 2 BC N N 
? 2 CC N N 
? 2 DC N N 
? 2 EC N N 
? 2 GC N N 
? 2 HC N N 
? 2 KC N N 
? 2 LC N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 B O LYS 237 B LYS 236 1_555 Z K K . B K 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.153 ? 
metalc ? metalc2 B O LEU 239 B LEU 238 1_555 Z K K . B K 1006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.295 ? 
metalc ? metalc3 C O LYS 237 C LYS 236 1_555 DA K K . C K 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.247 ? 
metalc ? metalc4 D O LYS 237 D LYS 236 1_555 HA K K . D K 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.07 ? 
metalc ? metalc5 D O LEU 239 D LEU 238 1_555 HA K K . D K 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.299 ? 
#
_chem_comp.formula           'C15 H12 O7' 
_chem_comp.formula_weight    304.252 
_chem_comp.id                DQH 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              (2R,3R)-2-(3,4-DIHYDROXYPHENYL)-3,5,7-TRIHYDROXY-2,3-DIHYDRO-4H-CHROMEN-4-ONE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     (2R,3R)-TRANS-DIHYDROQUERCETIN 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 DQH doub 83 n y 
C1 C6 DQH sing 84 n y 
C1 H1 DQH sing 85 n n 
C2 C3 DQH sing 86 n y 
C2 O30 DQH sing 87 n n 
C3 C4 DQH doub 88 n y 
C3 C9 DQH sing 89 n n 
C4 C5 DQH sing 90 n y 
C4 O12 DQH sing 91 n n 
C5 C6 DQH doub 92 n y 
C5 H5 DQH sing 93 n n 
C6 O29 DQH sing 94 n n 
C9 C10 DQH sing 95 n n 
C9 O13 DQH doub 96 n n 
C10 C11 DQH sing 97 n n 
C10 O27 DQH sing 98 n n 
C10 H10 DQH sing 99 n n 
C11 C14 DQH sing 100 n n 
C11 O12 DQH sing 101 n n 
C11 H11 DQH sing 102 n n 
C14 C15 DQH doub 103 n y 
C14 C19 DQH sing 104 n y 
C15 C16 DQH sing 105 n y 
C15 H15 DQH sing 106 n n 
C16 C17 DQH doub 107 n y 
C16 H16 DQH sing 108 n n 
C17 C18 DQH sing 109 n y 
C17 O24 DQH sing 110 n n 
C18 C19 DQH doub 111 n y 
C18 O23 DQH sing 112 n n 
C19 H19 DQH sing 113 n n 
O23 H23 DQH sing 114 n n 
O24 H24 DQH sing 115 n n 
O27 H27 DQH sing 116 n n 
O29 H29 DQH sing 117 n n 
O30 H30 DQH sing 118 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8B7Z 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.005366 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.004886 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00178 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
S 2 DQH A 1 1001 1001 DQH DQH . 
T 2 DQH A 1 1002 1002 DQH DQH . 
U 2 DQH B 1 1001 1001 DQH DQH . 
V 2 DQH B 1 1002 1002 DQH DQH . 
W 3 GOL B 1 1003 1003 GOL GOL . 
X 4 SO4 B 1 1004 3 SO4 SO4 . 
Y 4 SO4 B 1 1005 10 SO4 SO4 . 
Z 5 K B 1 1006 2 K K . 
AA 6 CL B 1 1007 1 CL CL . 
BA 2 DQH C 1 1001 1001 DQH DQH . 
CA 2 DQH C 1 1002 1002 DQH DQH . 
DA 5 K C 1 1003 3 K K . 
EA 6 CL C 1 1004 8 CL CL . 
FA 2 DQH D 1 1001 1001 DQH DQH . 
GA 2 DQH D 1 1002 1002 DQH DQH . 
HA 5 K D 1 1003 1 K K . 
IA 6 CL D 1 1004 12 CL CL . 
JA 2 DQH E 1 1001 1001 DQH DQH . 
KA 2 DQH E 1 1002 1002 DQH DQH . 
LA 4 SO4 E 1 1003 8 SO4 SO4 . 
MA 6 CL E 1 1004 13 CL CL . 
NA 2 DQH F 1 1001 1001 DQH DQH . 
OA 2 DQH F 1 1002 1002 DQH DQH . 
PA 4 SO4 F 1 1003 9 SO4 SO4 . 
QA 4 SO4 F 1 1004 11 SO4 SO4 . 
RA 2 DQH G 1 1001 1001 DQH DQH . 
SA 2 DQH G 1 1002 1002 DQH DQH . 
TA 6 CL G 1 1003 2 CL CL . 
UA 2 DQH H 1 1001 1001 DQH DQH . 
VA 2 DQH H 1 1002 1002 DQH DQH . 
WA 2 DQH I 1 1001 1001 DQH DQH . 
XA 2 DQH I 1 1002 1002 DQH DQH . 
YA 2 DQH I 1 1003 10 DQH DQH . 
ZA 6 CL I 1 1004 5 CL CL . 
AB 6 CL I 1 1005 9 CL CL . 
BB 2 DQH J 1 1001 1001 DQH DQH . 
CB 2 DQH K 1 1001 1001 DQH DQH . 
DB 2 DQH K 1 1002 1002 DQH DQH . 
EB 6 CL K 1 1003 7 CL CL . 
FB 6 CL K 1 1004 10 CL CL . 
GB 2 DQH L 1 1001 1001 DQH DQH . 
HB 2 DQH L 1 1002 1002 DQH DQH . 
IB 6 CL L 1 1003 3 CL CL . 
JB 6 CL L 1 1004 6 CL CL . 
KB 2 DQH M 1 1001 1001 DQH DQH . 
LB 2 DQH M 1 1002 1002 DQH DQH . 
MB 2 DQH M 1 1003 5 DQH DQH . 
NB 4 SO4 M 1 1004 2 SO4 SO4 . 
OB 2 DQH N 1 1001 1001 DQH DQH . 
PB 2 DQH N 1 1002 1002 DQH DQH . 
QB 2 DQH N 1 1003 3 DQH DQH . 
RB 2 DQH N 1 1004 4 DQH DQH . 
SB 2 DQH N 1 1005 7 DQH DQH . 
TB 7 EPE N 1 1006 2 EPE EPE . 
UB 6 CL N 1 1007 14 CL CL . 
VB 2 DQH O 1 1001 1001 DQH DQH . 
WB 2 DQH O 1 1002 1002 DQH DQH . 
XB 2 DQH O 1 1003 1 DQH DQH . 
YB 2 DQH O 1 1004 2 DQH DQH . 
ZB 2 DQH O 1 1005 9 DQH DQH . 
AC 7 EPE O 1 1006 1 EPE EPE . 
BC 2 DQH P 1 1001 1001 DQH DQH . 
CC 2 DQH P 1 1002 1002 DQH DQH . 
DC 2 DQH P 1 1003 6 DQH DQH . 
EC 2 DQH P 1 1004 8 DQH DQH . 
FC 4 SO4 P 1 1005 1 SO4 SO4 . 
GC 2 DQH Q 1 1001 1001 DQH DQH . 
HC 2 DQH Q 1 1002 1002 DQH DQH . 
IC 4 SO4 Q 1 1003 7 SO4 SO4 . 
JC 6 CL Q 1 1004 11 CL CL . 
KC 2 DQH R 1 1001 1001 DQH DQH . 
LC 2 DQH R 1 1002 1002 DQH DQH . 
MC 6 CL R 1 1003 4 CL CL . 
NC 8 HOH C 1 1101 7 HOH HOH . 
OC 8 HOH G 1 1101 6 HOH HOH . 
OC 8 HOH G 2 1102 1 HOH HOH . 
PC 8 HOH R 1 1101 5 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 DQH . . . LC 2 5.488 132.872 9.682 1 70.52 0 C1 DQH 1002 R 1 
HETATM 2 C C2 DQH . . . LC 2 4.751 131.954 8.96 1 82.19 0 C2 DQH 1002 R 1 
HETATM 3 C C3 DQH . . . LC 2 4.687 131.98 7.537 1 80.96 0 C3 DQH 1002 R 1 
HETATM 4 C C4 DQH . . . LC 2 5.411 132.998 6.897 1 79.04 0 C4 DQH 1002 R 1 
HETATM 5 C C5 DQH . . . LC 2 6.15 133.932 7.628 1 75.74 0 C5 DQH 1002 R 1 
HETATM 6 C C6 DQH . . . LC 2 6.195 133.869 9.025 1 73.71 0 C6 DQH 1002 R 1 
HETATM 7 C C9 DQH . . . LC 2 3.874 131.01 6.747 1 80.54 0 C9 DQH 1002 R 1 
HETATM 8 C C10 DQH . . . LC 2 3.461 131.549 5.402 1 76.48 0 C10 DQH 1002 R 1 
HETATM 9 C C11 DQH . . . LC 2 4.746 132.065 4.733 1 76.7 0 C11 DQH 1002 R 1 
HETATM 10 C C14 DQH . . . LC 2 4.451 132.622 3.37 1 84.25 0 C14 DQH 1002 R 1 
HETATM 11 C C15 DQH . . . LC 2 5.159 132.211 2.248 1 90.8 0 C15 DQH 1002 R 1 
HETATM 12 C C16 DQH . . . LC 2 4.888 132.744 0.987 1 88.7 0 C16 DQH 1002 R 1 
HETATM 13 C C17 DQH . . . LC 2 3.914 133.713 0.864 1 94.36 0 C17 DQH 1002 R 1 
HETATM 14 C C18 DQH . . . LC 2 3.187 134.128 1.976 1 93.5 0 C18 DQH 1002 R 1 
HETATM 15 C C19 DQH . . . LC 2 3.456 133.589 3.221 1 96.35 0 C19 DQH 1002 R 1 
HETATM 16 O O12 DQH . . . LC 2 5.416 133.109 5.513 1 75.04 0 O12 DQH 1002 R 1 
HETATM 17 O O13 DQH . . . LC 2 3.556 129.864 7.137 1 75.58 0 O13 DQH 1002 R 1 
HETATM 18 O O23 DQH . . . LC 2 2.19 135.068 1.863 1 72.16 0 O23 DQH 1002 R 1 
HETATM 19 O O24 DQH . . . LC 2 3.637 134.262 -0.341 1 109.88 0 O24 DQH 1002 R 1 
HETATM 20 O O27 DQH . . . LC 2 2.755 130.586 4.623 1 66.61 0 O27 DQH 1002 R 1 
HETATM 21 O O29 DQH . . . LC 2 6.917 134.754 9.853 1 66.16 0 O29 DQH 1002 R 1 
HETATM 22 O O30 DQH . . . LC 2 4.038 130.964 9.607 1 89.42 0 O30 DQH 1002 R 1 
#
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