data_8B8Q # _model_server_result.job_id rLLj_W6OF8u_ntL5MgKGbQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-21 14:09:44' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8b8q # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":1002}' # _entry.id 8B8Q # _exptl.entry_id 8B8Q _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8B8Q _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8B8Q _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 331 A CYS 331 1_555 A SG CYS 372 A CYS 372 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 349 A CYS 349 1_555 A SG CYS 807 A CYS 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 596 A CYS 596 1_555 A SG CYS 601 A CYS 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 331 B CYS 331 1_555 B SG CYS 372 B CYS 372 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf5 B SG CYS 349 B CYS 349 1_555 B SG CYS 807 B CYS 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 596 B CYS 596 1_555 B SG CYS 601 B CYS 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? metalc ? metalc1 A OD1 ASN 621 A ASN 621 1_555 C CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? metalc ? metalc2 A OE1 GLU 624 A GLU 624 1_555 C CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc3 A OE2 GLU 624 A GLU 624 1_555 D CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.676 ? metalc ? metalc4 A OE1 GLU 667 A GLU 667 1_555 D CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.189 ? metalc ? metalc5 A OE2 GLU 670 A GLU 670 1_555 C CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 670 A GLU 670 1_555 D CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.919 ? metalc ? metalc7 A OE1 GLU 699 A GLU 699 1_555 C CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.463 ? metalc ? metalc8 A OE2 GLU 699 A GLU 699 1_555 C CA CA . A CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc9 A OE2 GLU 699 A GLU 699 1_555 D CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 703 A ASP 703 1_555 D CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 703 A ASP 703 1_555 D CA CA . A CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.562 ? metalc ? metalc12 A O SER 854 A SER 854 1_555 E CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? metalc ? metalc13 A O ILE 857 A ILE 857 1_555 E CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASP 859 A ASP 859 1_555 E CA CA . A CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc15 B OD1 ASN 621 B ASN 621 1_555 F CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc16 B OE1 GLU 624 B GLU 624 1_555 F CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.909 ? metalc ? metalc17 B OE2 GLU 624 B GLU 624 1_555 G CA CA . B CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc18 B OE1 GLU 667 B GLU 667 1_555 G CA CA . B CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? metalc ? metalc19 B OE2 GLU 670 B GLU 670 1_555 F CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? metalc ? metalc20 B OE1 GLU 670 B GLU 670 1_555 G CA CA . B CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.743 ? metalc ? metalc21 B OE1 GLU 699 B GLU 699 1_555 F CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? metalc ? metalc22 B OE2 GLU 699 B GLU 699 1_555 F CA CA . B CA 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc23 B OE2 GLU 699 B GLU 699 1_555 G CA CA . B CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc24 B OD1 ASP 703 B ASP 703 1_555 G CA CA . B CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? metalc ? metalc25 B OD2 ASP 703 B ASP 703 1_555 G CA CA . B CA 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? metalc ? metalc26 B O SER 854 B SER 854 1_555 H CA CA . B CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc27 B O ILE 857 B ILE 857 1_555 H CA CA . B CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc28 B OD1 ASP 859 B ASP 859 1_555 H CA CA . B CA 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8B8Q _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 CA A 1 1001 901 CA CA . D 2 CA A 1 1002 902 CA CA . E 2 CA A 1 1003 903 CA CA . F 2 CA B 1 1001 901 CA CA . G 2 CA B 1 1002 902 CA CA . H 2 CA B 1 1003 903 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 164.494 _atom_site.Cartn_y 176.231 _atom_site.Cartn_z 199.354 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 95.9 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 1002 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 10 _model_server_stats.query_time_ms 281 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #