data_8B9Z # _model_server_result.job_id zn4sBjLCyE1sECBrmyuW4Q _model_server_result.datetime_utc '2024-11-22 04:44:45' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8b9z # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"DB","auth_seq_id":804}' # _entry.id 8B9Z # _exptl.entry_id 8B9Z _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 49 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8B9Z _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8B9Z _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 43-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 43 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 49 _struct_asym.id DB _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 W SG CYS 79 X CYS 80 1_555 W SG CYS 112 X CYS 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? disulf ? disulf2 W SG CYS 89 X CYS 90 1_555 W SG CYS 102 X CYS 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? covale ? covale1 D C HIS 84 D HIS 122 1_555 D N 2MR 85 D 2MR 123 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale2 D C 2MR 85 D 2MR 123 1_555 D N GLY 86 D GLY 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale3 S OG SER 41 T SER 108 1_555 UB P1 EHZ . T EHZ 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.651 ? covale ? covale4 T OG SER 41 U SER 108 1_555 VB P1 EHZ . U EHZ 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.64 ? metalc ? metalc1 B SG CYS 57 B CYS 96 1_555 UA FE3 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? metalc ? metalc2 B SG CYS 58 B CYS 97 1_555 UA FE4 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? metalc ? metalc3 B SG CYS 122 B CYS 161 1_555 UA FE1 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? metalc ? metalc4 B SG CYS 152 B CYS 191 1_555 UA FE2 SF4 . B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? metalc ? metalc5 E SG CYS 100 E CYS 128 1_555 XA FE1 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.221 ? metalc ? metalc6 E SG CYS 105 E CYS 133 1_555 XA FE1 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? metalc ? metalc7 E SG CYS 141 E CYS 169 1_555 XA FE2 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc8 E SG CYS 145 E CYS 173 1_555 XA FE2 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc9 F SG CYS 361 F CYS 394 1_555 ZA FE4 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc10 F SG CYS 364 F CYS 397 1_555 ZA FE1 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc11 F SG CYS 367 F CYS 400 1_555 ZA FE2 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.158 ? metalc ? metalc12 F SG CYS 407 F CYS 440 1_555 ZA FE3 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.215 ? metalc ? metalc13 G SG CYS 74 G CYS 74 1_555 CB FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc14 G SG CYS 85 G CYS 85 1_555 CB FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? metalc ? metalc15 G SG CYS 88 G CYS 88 1_555 CB FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? metalc ? metalc16 G SG CYS 102 G CYS 102 1_555 CB FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? metalc ? metalc17 G SG CYS 138 G CYS 138 1_555 AB FE2 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc18 G SG CYS 141 G CYS 141 1_555 AB FE4 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.207 ? metalc ? metalc19 G SG CYS 147 G CYS 147 1_555 AB FE1 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? metalc ? metalc20 G SG CYS 190 G CYS 190 1_555 BB FE2 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.228 ? metalc ? metalc21 G SG CYS 193 G CYS 193 1_555 BB FE1 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.209 ? metalc ? metalc22 G SG CYS 196 G CYS 196 1_555 BB FE3 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc23 G O ILE 237 G ILE 237 1_555 DB NA NA . G NA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.92 ? metalc ? metalc24 G SG CYS 240 G CYS 240 1_555 BB FE4 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? metalc ? metalc25 G O CYS 240 G CYS 240 1_555 DB NA NA . G NA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? metalc ? metalc26 G O VAL 242 G VAL 242 1_555 DB NA NA . G NA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.972 ? metalc ? metalc27 G O LEU 245 G LEU 245 1_555 DB NA NA . G NA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.938 ? metalc ? metalc28 I SG CYS 87 I CYS 118 1_555 HB FE2 SF4 . I SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? metalc ? metalc29 I SG CYS 90 I CYS 121 1_555 HB FE4 SF4 . I SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc30 I SG CYS 93 I CYS 124 1_555 HB FE3 SF4 . I SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? metalc ? metalc31 I SG CYS 97 I CYS 128 1_555 GB FE4 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc32 I SG CYS 126 I CYS 157 1_555 GB FE2 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc33 I SG CYS 129 I CYS 160 1_555 GB FE1 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc34 I SG CYS 132 I CYS 163 1_555 GB FE3 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? metalc ? metalc35 I SG CYS 136 I CYS 167 1_555 HB FE1 SF4 . I SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? metalc ? metalc36 R SG CYS 55 R CYS 87 1_555 TB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc37 R NE2 HIS 64 R HIS 96 1_555 TB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.99 ? metalc ? metalc38 R SG CYS 79 R CYS 111 1_555 TB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc39 R SG CYS 82 R CYS 114 1_555 TB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8B9Z _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code RA 43 PC1 A 1 201 705 PC1 PC1 . SA 44 3PE A 1 202 708 3PE 3PE . TA 44 3PE A 1 203 717 3PE 3PE . UA 45 SF4 B 1 301 301 SF4 SF4 . VA 44 3PE B 1 302 700 3PE 3PE . WA 46 CDL B 1 303 701 CDL CDL . XA 47 FES E 1 301 301 FES FES . YA 48 FMN F 1 501 501 FMN FMN . ZA 45 SF4 F 1 502 502 SF4 SF4 . AB 45 SF4 G 1 801 801 SF4 SF4 . BB 45 SF4 G 1 802 802 SF4 SF4 . CB 47 FES G 1 803 803 FES FES . DB 49 NA G 1 804 804 NA NA . EB 50 UQ9 H 1 501 501 UQ9 UQ9 . FB 44 3PE H 1 502 715 3PE 3PE . GB 45 SF4 I 1 301 302 SF4 SF4 . HB 45 SF4 I 1 302 303 SF4 SF4 . IB 43 PC1 J 1 201 201 PC1 PC1 . JB 44 3PE J 1 202 706 3PE 3PE . KB 44 3PE J 1 203 709 3PE 3PE . LB 44 3PE L 1 601 601 3PE 3PE . MB 44 3PE L 1 602 719 3PE 3PE . NB 44 3PE L 1 603 723 3PE 3PE . OB 44 3PE M 1 501 602 3PE 3PE . PB 44 3PE N 1 401 718 3PE 3PE . QB 51 DGT O 1 501 501 DGT DGT . RB 52 NDP P 1 501 501 NDP NDP . SB 46 CDL P 1 502 801 CDL CDL . TB 53 ZN R 1 201 201 ZN ZN . UB 54 EHZ T 1 201 201 EHZ EHZ . VB 54 EHZ U 1 201 201 EHZ EHZ . WB 44 3PE X 1 201 707 3PE 3PE . XB 44 3PE Y 1 301 301 3PE 3PE . YB 44 3PE Y 1 302 702 3PE 3PE . ZB 44 3PE Y 1 303 704 3PE 3PE . AC 44 3PE d 1 201 712 3PE 3PE . BC 46 CDL h 1 201 703 CDL CDL . CC 46 CDL h 1 202 720 CDL CDL . DC 43 PC1 i 1 201 721 PC1 PC1 . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id DB _atom_site.label_entity_id 49 _atom_site.Cartn_x 232.823 _atom_site.Cartn_y 199.118 _atom_site.Cartn_z 159.467 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 69.96 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 804 _atom_site.auth_asym_id G _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 39 _model_server_stats.parse_time_ms 28 _model_server_stats.create_model_time_ms 152 _model_server_stats.query_time_ms 508 _model_server_stats.encode_time_ms 8 _model_server_stats.element_count 1 #