data_8BF6 # _model_server_result.job_id sBbUwRP2bfQDH_mBt_NIYA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-23 20:54:19' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8bf6 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":308}' # _entry.id 8BF6 # _exptl.entry_id 8BF6 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 58.693 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'NICKEL (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8BF6 _cell.length_a 36.295 _cell.length_b 116.711 _cell.length_c 141.471 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8BF6 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 20 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 2 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 D N N ? 4 E N N ? 4 F N N ? 4 G N N ? 4 I N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD2 ASP 88 A ASP 88 1_555 D NI NI . A NI 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.965 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 88 A ASP 88 1_555 D NI NI . A NI 303 3_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.983 ? metalc ? metalc3 A OE2 GLU 90 A GLU 90 1_555 F NI NI . A NI 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.94 ? metalc ? metalc4 A OE2 GLU 94 A GLU 94 1_555 F NI NI . A NI 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.87 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 94 A GLU 94 1_555 F NI NI . A NI 305 3_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 98 A ASP 98 1_555 I NI NI . A NI 308 5_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? metalc ? metalc7 A OE1 GLU 151 A GLU 151 1_555 E NI NI . A NI 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.953 ? metalc ? metalc8 A OE1 GLU 151 A GLU 151 1_555 E NI NI . A NI 304 4_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? metalc ? metalc9 A OE1 GLU 155 A GLU 155 1_555 E NI NI . A NI 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.904 ? metalc ? metalc10 A OE2 GLU 155 A GLU 155 1_555 E NI NI . A NI 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.91 ? metalc ? metalc11 A OE1 GLU 155 A GLU 155 1_555 E NI NI . A NI 304 4_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.733 ? metalc ? metalc12 A OE2 GLU 155 A GLU 155 1_555 E NI NI . A NI 304 4_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? metalc ? metalc13 A OE1 GLU 211 A GLU 211 1_555 G NI NI . A NI 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.918 ? metalc ? metalc14 A NE2 HIS 215 A HIS 215 1_555 B FE FE . A FE 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc15 A OH TYR 276 A TYR 276 1_555 B FE FE . A FE 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? metalc ? metalc16 A NZ LYS 294 A LYS 294 1_555 G NI NI . A NI 306 1_655 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.784 ? metalc ? metalc17 A OE1 GLU 297 A GLU 297 1_555 G NI NI . A NI 306 1_655 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.827 ? metalc ? metalc18 A OE2 GLU 297 A GLU 297 1_555 G NI NI . A NI 306 1_655 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.936 ? metalc ? metalc19 B FE FE . A FE 301 1_555 C OAG 95B . A 95B 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.003 ? metalc ? metalc20 B FE FE . A FE 301 1_555 C OAE 95B . A 95B 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.977 ? metalc ? metalc21 B FE FE . A FE 301 1_555 C OAH 95B . A 95B 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? metalc ? metalc22 B FE FE . A FE 301 1_555 C OAF 95B . A 95B 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.957 ? metalc ? metalc23 D NI NI . A NI 303 1_555 H S SO4 . A SO4 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? metalc ? metalc24 D NI NI . A NI 303 1_555 H O1 SO4 . A SO4 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? metalc ? metalc25 D NI NI . A NI 303 1_555 H O4 SO4 . A SO4 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? metalc ? metalc26 D NI NI . A NI 303 1_555 H O4 SO4 . A SO4 307 3_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.984 ? metalc ? metalc27 D NI NI . A NI 303 1_555 H S SO4 . A SO4 307 3_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? metalc ? metalc28 D NI NI . A NI 303 1_555 H O1 SO4 . A SO4 307 3_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? metalc ? metalc29 D NI NI . A NI 303 1_555 J O HOH . A HOH 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.861 ? metalc ? metalc30 D NI NI . A NI 303 1_555 J O HOH . A HOH 401 3_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.91 ? metalc ? metalc31 F NI NI . A NI 305 1_555 H S SO4 . A SO4 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? metalc ? metalc32 F NI NI . A NI 305 1_555 H O2 SO4 . A SO4 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.963 ? metalc ? metalc33 F NI NI . A NI 305 1_555 H O3 SO4 . A SO4 307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.978 ? metalc ? metalc34 F NI NI . A NI 305 1_555 H O3 SO4 . A SO4 307 3_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.788 ? metalc ? metalc35 F NI NI . A NI 305 1_555 H O2 SO4 . A SO4 307 3_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.692 ? metalc ? metalc36 I NI NI . A NI 308 1_555 J O HOH . A HOH 428 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? # _chem_comp.formula 'Ni 2' _chem_comp.formula_weight 58.693 _chem_comp.id NI _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'NICKEL (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8BF6 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.027552 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008568 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007069 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 FE A 1 301 301 FE FE . C 3 95B A 1 302 302 95B 95B . D 4 NI A 1 303 309 NI NI . E 4 NI A 1 304 310 NI NI . F 4 NI A 1 305 311 NI NI . G 4 NI A 1 306 312 NI NI . H 5 SO4 A 1 307 314 SO4 SO4 . I 4 NI A 1 308 1 NI NI . J 6 HOH A 1 401 2 HOH HOH . J 6 HOH A 2 402 22 HOH HOH . J 6 HOH A 3 403 18 HOH HOH . J 6 HOH A 4 404 6 HOH HOH . J 6 HOH A 5 405 15 HOH HOH . J 6 HOH A 6 406 28 HOH HOH . J 6 HOH A 7 407 7 HOH HOH . J 6 HOH A 8 408 9 HOH HOH . J 6 HOH A 9 409 1 HOH HOH . J 6 HOH A 10 410 23 HOH HOH . J 6 HOH A 11 411 24 HOH HOH . J 6 HOH A 12 412 11 HOH HOH . J 6 HOH A 13 413 20 HOH HOH . J 6 HOH A 14 414 12 HOH HOH . J 6 HOH A 15 415 27 HOH HOH . J 6 HOH A 16 416 21 HOH HOH . J 6 HOH A 17 417 10 HOH HOH . J 6 HOH A 18 418 26 HOH HOH . J 6 HOH A 19 419 19 HOH HOH . J 6 HOH A 20 420 5 HOH HOH . J 6 HOH A 21 421 16 HOH HOH . J 6 HOH A 22 422 8 HOH HOH . J 6 HOH A 23 423 4 HOH HOH . J 6 HOH A 24 424 29 HOH HOH . J 6 HOH A 25 425 14 HOH HOH . J 6 HOH A 26 426 25 HOH HOH . J 6 HOH A 27 427 17 HOH HOH . J 6 HOH A 28 428 30 HOH HOH . J 6 HOH A 29 429 13 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NI _atom_site.label_atom_id NI _atom_site.label_comp_id NI _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id I _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 23.515 _atom_site.Cartn_y -37.568 _atom_site.Cartn_z 20.246 _atom_site.occupancy 0.5 _atom_site.B_iso_or_equiv 63.35 _atom_site.pdbx_formal_charge 0 _atom_site.auth_atom_id NI _atom_site.auth_comp_id NI _atom_site.auth_seq_id 308 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 18 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 6 _model_server_stats.query_time_ms 305 _model_server_stats.encode_time_ms 9 _model_server_stats.element_count 1 #