data_8BU2
#
_model_server_result.job_id            gPc6lQ7PQ_5ayeiMX8Ilbg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-26 12:35:44' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8bu2 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":1101}' 
#
_entry.id    8BU2 
#
_exptl.entry_id    8BU2 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              461.348 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-purin-6-amine 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            8BU2 
_cell.length_a            249.896 
_cell.length_b            249.896 
_cell.length_c            218.57 
_cell.Z_PDB               18 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8BU2 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        152 
_symmetry.space_group_name_Hall    'P 31 2"' 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 31 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? trimeric 3 author_defined_assembly 1 
? trimeric 3 author_defined_assembly 2 
? trimeric 3 author_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V 1 1 
D,E,F,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA 2 1 
G,H,I,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 Q N N 
? 5 W N N 
? 5 UA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 22 A CYS 18 1_555 A SG CYS 317 A CYS 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
covale ? covale1 B C TYR 184 B TYR 892 1_555 B N TPO 185 B TPO 893 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale2 B C TPO 185 B TPO 893 1_555 B N ASN 186 B ASN 894 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale3 E C TYR 184 E TYR 892 1_555 E N TPO 185 E TPO 893 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale4 E C TPO 185 E TPO 893 1_555 E N ASN 186 E ASN 894 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? 
covale ? covale5 H C TYR 184 H TYR 892 1_555 H N TPO 185 H TPO 893 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale6 H C TPO 185 H TPO 893 1_555 H N ASN 186 H ASN 894 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
#
_chem_comp.formula           'C20 H22 Cl2 N8 O' 
_chem_comp.formula_weight    461.348 
_chem_comp.id                RVQ 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              ~{N}-[[5,6-bis(chloranyl)-1~{H}-benzimidazol-2-yl]methyl]-2-morpholin-4-yl-9-propan-2-yl-purin-6-amine 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C15 C14 RVQ sing 275 n n 
C14 C16 RVQ sing 276 n n 
C14 N5 RVQ sing 277 n n 
C6 N5 RVQ sing 278 n y 
C6 N4 RVQ doub 279 n y 
N5 C4 RVQ sing 280 n y 
N4 C5 RVQ sing 281 n y 
C4 C5 RVQ doub 282 n y 
C4 N3 RVQ sing 283 n y 
C5 C2 RVQ sing 284 n y 
N3 C3 RVQ doub 285 n y 
C3 N2 RVQ sing 286 n y 
C3 N6 RVQ sing 287 n n 
C2 N2 RVQ doub 288 n y 
C2 N1 RVQ sing 289 n n 
C20 N6 RVQ sing 290 n n 
C20 C19 RVQ sing 291 n n 
N6 C17 RVQ sing 292 n n 
N1 C1 RVQ sing 293 n n 
C19 O1 RVQ sing 294 n n 
C1 C7 RVQ sing 295 n n 
C17 C18 RVQ sing 296 n n 
O1 C18 RVQ sing 297 n n 
C7 N8 RVQ doub 298 n y 
C7 N7 RVQ sing 299 n y 
N8 C9 RVQ sing 300 n y 
N7 C8 RVQ sing 301 n y 
C9 C8 RVQ doub 302 n y 
C9 C13 RVQ sing 303 n y 
C8 C10 RVQ sing 304 n y 
C13 C12 RVQ doub 305 n y 
C10 C11 RVQ doub 306 n y 
C12 C11 RVQ sing 307 n y 
C12 CL2 RVQ sing 308 n n 
C11 CL1 RVQ sing 309 n n 
C10 H6 RVQ sing 310 n n 
N1 H3 RVQ sing 311 n n 
C1 H1 RVQ sing 312 n n 
C1 H2 RVQ sing 313 n n 
C6 H4 RVQ sing 314 n n 
C13 H7 RVQ sing 315 n n 
C14 H8 RVQ sing 316 n n 
C15 H9 RVQ sing 317 n n 
C15 H11 RVQ sing 318 n n 
C15 H10 RVQ sing 319 n n 
C16 H14 RVQ sing 320 n n 
C16 H12 RVQ sing 321 n n 
C16 H13 RVQ sing 322 n n 
C17 H15 RVQ sing 323 n n 
C17 H16 RVQ sing 324 n n 
C18 H17 RVQ sing 325 n n 
C18 H18 RVQ sing 326 n n 
C19 H20 RVQ sing 327 n n 
C19 H19 RVQ sing 328 n n 
C20 H22 RVQ sing 329 n n 
C20 H21 RVQ sing 330 n n 
N7 H5 RVQ sing 331 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8BU2 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.004002 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.00231 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.004621 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004575 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
J 4 SO4 A 1 1201 3 SO4 SO4 . 
K 4 SO4 A 1 1202 5 SO4 SO4 . 
L 4 SO4 A 1 1203 10 SO4 SO4 . 
M 4 SO4 A 1 1204 11 SO4 SO4 . 
N 4 SO4 A 1 1205 35 SO4 SO4 . 
O 4 SO4 A 1 1206 41 SO4 SO4 . 
P 4 SO4 A 1 1207 45 SO4 SO4 . 
Q 5 RVQ B 1 1101 1101 RVQ D18 . 
R 4 SO4 B 1 1102 44 SO4 SO4 . 
S 4 SO4 C 1 301 4 SO4 SO4 . 
T 4 SO4 C 1 302 16 SO4 SO4 . 
U 4 SO4 C 1 303 22 SO4 SO4 . 
V 4 SO4 C 1 304 30 SO4 SO4 . 
W 5 RVQ D 1 1201 1101 RVQ D18 . 
X 4 SO4 D 1 1202 2 SO4 SO4 . 
Y 4 SO4 D 1 1203 7 SO4 SO4 . 
Z 4 SO4 D 1 1204 9 SO4 SO4 . 
AA 4 SO4 D 1 1205 20 SO4 SO4 . 
BA 4 SO4 D 1 1206 25 SO4 SO4 . 
CA 4 SO4 D 1 1207 29 SO4 SO4 . 
DA 4 SO4 D 1 1208 34 SO4 SO4 . 
EA 4 SO4 D 1 1209 36 SO4 SO4 . 
FA 4 SO4 D 1 1210 46 SO4 SO4 . 
GA 4 SO4 E 1 1101 40 SO4 SO4 . 
HA 4 SO4 E 1 1102 43 SO4 SO4 . 
IA 4 SO4 F 1 301 17 SO4 SO4 . 
JA 4 SO4 F 1 302 21 SO4 SO4 . 
KA 4 SO4 F 1 303 26 SO4 SO4 . 
LA 4 SO4 F 1 304 31 SO4 SO4 . 
MA 4 SO4 F 1 305 37 SO4 SO4 . 
NA 4 SO4 G 1 1201 1 SO4 SO4 . 
OA 4 SO4 G 1 1202 8 SO4 SO4 . 
PA 4 SO4 G 1 1203 13 SO4 SO4 . 
QA 4 SO4 G 1 1204 14 SO4 SO4 . 
RA 4 SO4 G 1 1205 15 SO4 SO4 . 
SA 4 SO4 G 1 1206 28 SO4 SO4 . 
TA 4 SO4 G 1 1207 42 SO4 SO4 . 
UA 5 RVQ H 1 1101 1101 RVQ D18 . 
VA 4 SO4 H 1 1102 33 SO4 SO4 . 
WA 4 SO4 H 1 1103 38 SO4 SO4 . 
XA 4 SO4 H 1 1104 39 SO4 SO4 . 
YA 4 SO4 I 1 301 12 SO4 SO4 . 
ZA 4 SO4 I 1 302 18 SO4 SO4 . 
AB 4 SO4 I 1 303 32 SO4 SO4 . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C10 RVQ . . . Q 5 -64.076 25.007 0.237 1 93.67 ? C10 RVQ 1101 B 1 
HETATM 2 C C9 RVQ . . . Q 5 -65.993 24.174 -0.995 1 92.63 ? C9 RVQ 1101 B 1 
HETATM 3 C C8 RVQ . . . Q 5 -64.602 24.239 -0.749 1 93.84 ? C8 RVQ 1101 B 1 
HETATM 4 N N2 RVQ . . . Q 5 -62.689 23.479 -4.983 1 94.33 ? N2 RVQ 1101 B 1 
HETATM 5 C C7 RVQ . . . Q 5 -64.999 22.887 -2.419 1 94.4 ? C7 RVQ 1101 B 1 
HETATM 6 N N1 RVQ . . . Q 5 -64.908 22.722 -4.877 1 94 ? N1 RVQ 1101 B 1 
HETATM 7 C C1 RVQ . . . Q 5 -64.671 21.929 -3.583 1 94.77 ? C1 RVQ 1101 B 1 
HETATM 8 C C2 RVQ . . . Q 5 -63.803 23.251 -5.634 1 94.3 ? C2 RVQ 1101 B 1 
HETATM 9 C C3 RVQ . . . Q 5 -61.62 23.941 -5.626 1 94.93 ? C3 RVQ 1101 B 1 
HETATM 10 C C4 RVQ . . . Q 5 -62.678 24.019 -7.56 1 94.23 ? C4 RVQ 1101 B 1 
HETATM 11 C C5 RVQ . . . Q 5 -63.852 23.519 -6.98 1 94.02 ? C5 RVQ 1101 B 1 
HETATM 12 C C6 RVQ . . . Q 5 -64.19 23.861 -9.104 1 92.6 ? C6 RVQ 1101 B 1 
HETATM 13 O O1 RVQ . . . Q 5 -58.71 25.121 -2.925 1 120.38 ? O1 RVQ 1101 B 1 
HETATM 14 C C11 RVQ . . . Q 5 -64.946 25.747 1.021 1 93.22 ? C11 RVQ 1101 B 1 
HETATM 15 C C12 RVQ . . . Q 5 -66.318 25.718 0.825 1 93.44 ? C12 RVQ 1101 B 1 
HETATM 16 C C13 RVQ . . . Q 5 -66.863 24.929 -0.189 1 91.92 ? C13 RVQ 1101 B 1 
HETATM 17 C C14 RVQ . . . Q 5 -62.118 24.651 -9.808 1 93.75 ? C14 RVQ 1101 B 1 
HETATM 18 C C15 RVQ . . . Q 5 -60.771 23.958 -9.977 1 95.4 ? C15 RVQ 1101 B 1 
HETATM 19 C C16 RVQ . . . Q 5 -61.839 26.143 -9.532 1 93.87 ? C16 RVQ 1101 B 1 
HETATM 20 C C17 RVQ . . . Q 5 -60.596 23.787 -3.476 1 97.01 ? C17 RVQ 1101 B 1 
HETATM 21 C C18 RVQ . . . Q 5 -59.234 23.827 -2.808 1 100.7 ? C18 RVQ 1101 B 1 
HETATM 22 C C19 RVQ . . . Q 5 -58.61 25.633 -4.232 1 101.47 ? C19 RVQ 1101 B 1 
HETATM 23 C C20 RVQ . . . Q 5 -59.926 25.499 -4.975 1 96.3 ? C20 RVQ 1101 B 1 
HETATM 24 N N3 RVQ . . . Q 5 -61.559 24.21 -6.931 1 94.61 ? N3 RVQ 1101 B 1 
HETATM 25 N N4 RVQ . . . Q 5 -64.785 23.44 -7.994 1 94.29 ? N4 RVQ 1101 B 1 
HETATM 26 N N5 RVQ . . . Q 5 -62.996 24.15 -8.773 1 93.41 ? N5 RVQ 1101 B 1 
HETATM 27 N N6 RVQ . . . Q 5 -60.446 24.148 -4.865 1 94.99 ? N6 RVQ 1101 B 1 
HETATM 28 N N7 RVQ . . . Q 5 -64.211 23.46 -1.645 1 93.9 ? N7 RVQ 1101 B 1 
HETATM 29 N N8 RVQ . . . Q 5 -66.186 23.286 -2.078 1 93.15 ? N8 RVQ 1101 B 1 
HETATM 30 CL CL1 RVQ . . . Q 5 -64.364 26.798 2.356 1 94.9 ? CL1 RVQ 1101 B 1 
HETATM 31 CL CL2 RVQ . . . Q 5 -67.317 26.719 1.912 1 93 ? CL2 RVQ 1101 B 1 
HETATM 32 H H6 RVQ . . . Q 5 -63.007 25.041 0.406 0 112.41 ? H6 RVQ 1101 B 1 
HETATM 33 H H3 RVQ . . . Q 5 -65.844 22.874 -5.198 0 112.8 ? H3 RVQ 1101 B 1 
HETATM 34 H H1 RVQ . . . Q 5 -63.637 21.607 -3.525 0 113.72 ? H1 RVQ 1101 B 1 
HETATM 35 H H2 RVQ . . . Q 5 -65.323 21.062 -3.55 0 113.72 ? H2 RVQ 1101 B 1 
HETATM 36 H H4 RVQ . . . Q 5 -64.632 23.941 -10.089 0 111.12 ? H4 RVQ 1101 B 1 
HETATM 37 H H7 RVQ . . . Q 5 -67.934 24.9 -0.352 0 110.3 ? H7 RVQ 1101 B 1 
HETATM 38 H H8 RVQ . . . Q 5 -62.655 24.455 -10.728 0 112.5 ? H8 RVQ 1101 B 1 
HETATM 39 H H9 RVQ . . . Q 5 -60.157 24.141 -9.1 0 114.48 ? H9 RVQ 1101 B 1 
HETATM 40 H H11 RVQ . . . Q 5 -60.27 24.351 -10.857 0 114.48 ? H11 RVQ 1101 B 1 
HETATM 41 H H10 RVQ . . . Q 5 -60.925 22.89 -10.095 0 114.48 ? H10 RVQ 1101 B 1 
HETATM 42 H H14 RVQ . . . Q 5 -60.986 26.234 -8.866 0 112.65 ? H14 RVQ 1101 B 1 
HETATM 43 H H12 RVQ . . . Q 5 -62.711 26.594 -9.068 0 112.65 ? H12 RVQ 1101 B 1 
HETATM 44 H H13 RVQ . . . Q 5 -61.624 26.65 -10.468 0 112.65 ? H13 RVQ 1101 B 1 
HETATM 45 H H15 RVQ . . . Q 5 -61.013 22.788 -3.399 0 116.42 ? H15 RVQ 1101 B 1 
HETATM 46 H H16 RVQ . . . Q 5 -61.265 24.486 -2.986 0 116.42 ? H16 RVQ 1101 B 1 
HETATM 47 H H17 RVQ . . . Q 5 -58.57 23.12 -3.294 0 120.84 ? H17 RVQ 1101 B 1 
HETATM 48 H H18 RVQ . . . Q 5 -59.336 23.569 -1.759 0 120.84 ? H18 RVQ 1101 B 1 
HETATM 49 H H20 RVQ . . . Q 5 -58.337 26.681 -4.182 0 121.76 ? H20 RVQ 1101 B 1 
HETATM 50 H H19 RVQ . . . Q 5 -57.844 25.083 -4.769 0 121.76 ? H19 RVQ 1101 B 1 
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