data_8BUR
#
_model_server_result.job_id            jeS2sAX4SMW6kbtBeJ_UBg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-07 00:44:27' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8bur 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"N","auth_seq_id":1101}' 
#
_entry.id    8BUR 
#
_exptl.entry_id    8BUR 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              550.654 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            ~{N}-[2-(2-methoxyphenyl)ethyl]-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]ethanamide 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            8BUR 
_cell.length_a            250.266 
_cell.length_b            250.266 
_cell.length_c            217.643 
_cell.Z_PDB               18 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8BUR 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        152 
_symmetry.space_group_name_Hall    'P 31 2"' 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 31 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? trimeric 3 author_defined_assembly 1 
? trimeric 3 author_defined_assembly 2 
? trimeric 3 author_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,J,K,L,M,N,O,P,Q 1 1 
D,E,F,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA 2 1 
G,H,I,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 N N N 
? 5 Y N N 
? 5 FA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 22 D CYS 18 1_555 A SG CYS 317 D CYS 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf2 G SG CYS 22 G CYS 18 1_555 G SG CYS 317 G CYS 313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.99 ? 
covale ? covale1 B C TYR 184 E TYR 892 1_555 B N TPO 185 E TPO 893 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale2 B C TPO 185 E TPO 893 1_555 B N ASN 186 E ASN 894 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale3 E C TYR 184 B TYR 892 1_555 E N TPO 185 B TPO 893 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale4 E C TPO 185 B TPO 893 1_555 E N ASN 186 B ASN 894 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale5 H C TYR 184 H TYR 892 1_555 H N TPO 185 H TPO 893 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale6 H C TPO 185 H TPO 893 1_555 H N ASN 186 H ASN 894 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
#
_chem_comp.formula           'C31 H34 N8 O2' 
_chem_comp.formula_weight    550.654 
_chem_comp.id                RQU 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              ~{N}-[2-(2-methoxyphenyl)ethyl]-2-[[9-propan-2-yl-6-[(4-pyridin-2-ylphenyl)methylamino]purin-2-yl]amino]ethanamide 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C29 C28 RQU doub 275 n y 
C29 C30 RQU sing 276 n y 
C28 C27 RQU sing 277 n y 
C30 C25 RQU doub 278 n y 
C27 C26 RQU doub 279 n y 
C26 C25 RQU sing 280 n y 
C26 O2 RQU sing 281 n n 
C25 C24 RQU sing 282 n n 
O2 C31 RQU sing 283 n n 
N6 C10 RQU sing 284 n n 
N6 C1 RQU sing 285 n n 
C24 C23 RQU sing 286 n n 
O1 C11 RQU doub 287 n n 
C10 C11 RQU sing 288 n n 
C11 N8 RQU sing 289 n n 
C1 N1 RQU doub 290 n y 
C1 N2 RQU sing 291 n y 
C8 C6 RQU sing 292 n n 
N1 C4 RQU sing 293 n y 
N8 C23 RQU sing 294 n n 
N2 C2 RQU doub 295 n y 
C13 C14 RQU doub 296 n y 
C13 C12 RQU sing 297 n y 
C9 N5 RQU sing 298 n n 
C9 C12 RQU sing 299 n n 
C4 N5 RQU sing 300 n n 
C4 C3 RQU doub 301 n y 
C2 C3 RQU sing 302 n y 
C2 N3 RQU sing 303 n y 
C14 C15 RQU sing 304 n y 
C12 C17 RQU doub 305 n y 
C3 N4 RQU sing 306 n y 
C6 N3 RQU sing 307 n n 
C6 C7 RQU sing 308 n n 
N3 C5 RQU sing 309 n y 
N7 C22 RQU doub 310 n y 
N7 C18 RQU sing 311 n y 
N4 C5 RQU doub 312 n y 
C15 C18 RQU sing 313 n n 
C15 C16 RQU doub 314 n y 
C22 C21 RQU sing 315 n y 
C17 C16 RQU sing 316 n y 
C18 C19 RQU doub 317 n y 
C21 C20 RQU doub 318 n y 
C19 C20 RQU sing 319 n y 
C5 H1 RQU sing 320 n n 
C6 H2 RQU sing 321 n n 
C7 H5 RQU sing 322 n n 
C7 H3 RQU sing 323 n n 
C7 H4 RQU sing 324 n n 
C8 H7 RQU sing 325 n n 
C8 H8 RQU sing 326 n n 
C8 H6 RQU sing 327 n n 
C9 H10 RQU sing 328 n n 
C9 H11 RQU sing 329 n n 
C10 H13 RQU sing 330 n n 
C10 H14 RQU sing 331 n n 
C13 H15 RQU sing 332 n n 
C14 H16 RQU sing 333 n n 
C16 H17 RQU sing 334 n n 
C17 H18 RQU sing 335 n n 
C19 H19 RQU sing 336 n n 
C20 H20 RQU sing 337 n n 
C21 H21 RQU sing 338 n n 
C22 H22 RQU sing 339 n n 
C23 H24 RQU sing 340 n n 
C23 H25 RQU sing 341 n n 
C24 H27 RQU sing 342 n n 
C24 H26 RQU sing 343 n n 
C27 H28 RQU sing 344 n n 
C28 H29 RQU sing 345 n n 
C29 H30 RQU sing 346 n n 
C30 H31 RQU sing 347 n n 
C31 H32 RQU sing 348 n n 
C31 H33 RQU sing 349 n n 
C31 H34 RQU sing 350 n n 
N5 H9 RQU sing 351 n n 
N6 H12 RQU sing 352 n n 
N8 H23 RQU sing 353 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8BUR 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.003996 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.002307 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.004614 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004595 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
J 4 SO4 D 1 1201 1 SO4 SO4 . 
K 4 SO4 D 1 1202 5 SO4 SO4 . 
L 4 SO4 D 1 1203 9 SO4 SO4 . 
M 4 SO4 D 1 1204 17 SO4 SO4 . 
N 5 RQU E 1 1101 1101 RQU D50 . 
O 4 SO4 F 1 301 12 SO4 SO4 . 
P 4 SO4 F 1 302 18 SO4 SO4 . 
Q 4 SO4 F 1 303 24 SO4 SO4 . 
R 4 SO4 A 1 1201 6 SO4 SO4 . 
S 4 SO4 A 1 1202 7 SO4 SO4 . 
T 4 SO4 A 1 1203 10 SO4 SO4 . 
U 4 SO4 A 1 1204 11 SO4 SO4 . 
V 4 SO4 A 1 1205 14 SO4 SO4 . 
W 4 SO4 A 1 1206 15 SO4 SO4 . 
X 4 SO4 A 1 1207 16 SO4 SO4 . 
Y 5 RQU B 1 1101 1101 RQU D50 . 
Z 4 SO4 C 1 301 2 SO4 SO4 . 
AA 4 SO4 C 1 302 20 SO4 SO4 . 
BA 4 SO4 C 1 303 22 SO4 SO4 . 
CA 4 SO4 G 1 1201 4 SO4 SO4 . 
DA 4 SO4 G 1 1202 8 SO4 SO4 . 
EA 4 SO4 G 1 1203 23 SO4 SO4 . 
FA 5 RQU H 1 1101 1101 RQU D50 . 
GA 4 SO4 I 1 301 3 SO4 SO4 . 
HA 4 SO4 I 1 302 13 SO4 SO4 . 
IA 4 SO4 I 1 303 19 SO4 SO4 . 
JA 4 SO4 I 1 304 21 SO4 SO4 . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 RQU . A . N 5 -60.359 24.244 -5.824 0.5 128.14 ? C1 RQU 1101 E 1 
HETATM 2 C C1 RQU . B . N 5 -60.008 24.577 -5.781 0.5 127.02 ? C1 RQU 1101 E 1 
HETATM 3 N N1 RQU . A . N 5 -61.421 23.648 -5.239 0.5 126.53 ? N1 RQU 1101 E 1 
HETATM 4 N N1 RQU . B . N 5 -61.004 23.998 -5.074 0.5 124.98 ? N1 RQU 1101 E 1 
HETATM 5 O O1 RQU . A . N 5 -58.463 27.029 -3.979 0 109.37 ? O1 RQU 1101 E 1 
HETATM 6 O O1 RQU . B . N 5 -59.023 23.866 -2.556 0 111.58 ? O1 RQU 1101 E 1 
HETATM 7 C C2 RQU . A . N 5 -61.442 24.453 -7.772 0.5 130.99 ? C2 RQU 1101 E 1 
HETATM 8 C C2 RQU . B . N 5 -61.219 24.538 -7.664 0.5 131.03 ? C2 RQU 1101 E 1 
HETATM 9 N N2 RQU . A . N 5 -60.313 24.691 -7.093 0.5 135.09 ? N2 RQU 1101 E 1 
HETATM 10 N N2 RQU . B . N 5 -60.061 24.889 -7.09 0.5 135.43 ? N2 RQU 1101 E 1 
HETATM 11 O O2 RQU . A . N 5 -54.626 27.322 0.843 0 96.87 ? O2 RQU 1101 E 1 
HETATM 12 O O2 RQU . B . N 5 -61.814 26.242 1.761 0 115.49 ? O2 RQU 1101 E 1 
HETATM 13 C C3 RQU . A . N 5 -62.583 23.837 -7.296 0.5 124.08 ? C3 RQU 1101 E 1 
HETATM 14 C C3 RQU . B . N 5 -62.3 23.931 -7.055 0.5 125.06 ? C3 RQU 1101 E 1 
HETATM 15 C C4 RQU . A . N 5 -62.545 23.43 -5.949 0.5 124.97 ? C4 RQU 1101 E 1 
HETATM 16 C C4 RQU . B . N 5 -62.16 23.663 -5.682 0.5 125.97 ? C4 RQU 1101 E 1 
HETATM 17 C C5 RQU . A . N 5 -62.983 24.33 -9.325 0.5 119.76 ? C5 RQU 1101 E 1 
HETATM 18 C C5 RQU . B . N 5 -62.845 24.203 -9.091 0.5 119.72 ? C5 RQU 1101 E 1 
HETATM 19 C C6 RQU . A . N 5 -60.855 25.418 -10.075 0.5 144.19 ? C6 RQU 1101 E 1 
HETATM 20 C C6 RQU . B . N 5 -60.814 25.291 -10.081 0.5 106.91 ? C6 RQU 1101 E 1 
HETATM 21 C C7 RQU . A . N 5 -60.955 26.927 -9.96 0.5 126.46 ? C7 RQU 1101 E 1 
HETATM 22 C C7 RQU . B . N 5 -60.917 26.805 -10.059 0.5 128.68 ? C7 RQU 1101 E 1 
HETATM 23 C C8 RQU . A . N 5 -59.421 24.935 -10.004 0.5 127.39 ? C8 RQU 1101 E 1 
HETATM 24 C C8 RQU . B . N 5 -59.377 24.814 -10.089 0.5 120.59 ? C8 RQU 1101 E 1 
HETATM 25 C C9 RQU . A . N 5 -63.457 22.056 -4.124 0.5 124.34 ? C9 RQU 1101 E 1 
HETATM 26 C C9 RQU . B . N 5 -62.9 22.491 -3.655 0.5 126.56 ? C9 RQU 1101 E 1 
HETATM 27 C C10 RQU . A . N 5 -59.361 24.829 -3.664 0 112.03 ? C10 RQU 1101 E 1 
HETATM 28 C C10 RQU . B . N 5 -58.868 25.787 -3.975 0 109.64 ? C10 RQU 1101 E 1 
HETATM 29 C C11 RQU . A . N 5 -58.478 26.013 -3.285 0 108.4 ? C11 RQU 1101 E 1 
HETATM 30 C C11 RQU . B . N 5 -58.946 25.092 -2.622 0 108.42 ? C11 RQU 1101 E 1 
HETATM 31 C C12 RQU . A . N 5 -63.557 22.916 -2.886 0.5 127.84 ? C12 RQU 1101 E 1 
HETATM 32 C C12 RQU . B . N 5 -63.657 23.191 -2.552 0.5 128.91 ? C12 RQU 1101 E 1 
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HETATM 34 C C13 RQU . B . N 5 -63.132 24.326 -1.96 0.5 129.42 ? C13 RQU 1101 E 1 
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