data_8C0W
#
_model_server_result.job_id            2twuHzlUdOFT59WI01UdVA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-07-01 21:42:31' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8c0w 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":1102}' 
#
_entry.id    8C0W 
#
_exptl.entry_id    8C0W 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              507.181 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    10 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8C0W 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8C0W 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    heptameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      7 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 H N N 
? 4 I N N 
? 4 L N N 
? 4 M N N 
? 4 P N N 
? 4 Q N N 
? 4 T N N 
? 4 W N N 
? 4 X N N 
? 4 AA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OG1 THR 779 A THR 779 1_555 K MG MG . A MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.912 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 831 A ASP 831 1_555 K MG MG . A MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.147 ? 
metalc ? metalc3 A OD2 ASP 831 A ASP 831 1_555 K MG MG . A MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.145 ? 
metalc ? metalc4 H O1G ATP . A ATP 1101 1_555 J MG MG . A MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc5 H O2G ATP . A ATP 1101 1_555 J MG MG . A MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.972 ? 
metalc ? metalc6 H O1B ATP . A ATP 1101 1_555 J MG MG . A MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.755 ? 
metalc ? metalc7 H O3B ATP . A ATP 1101 1_555 J MG MG . A MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.166 ? 
metalc ? metalc8 I O1G ATP . A ATP 1102 1_555 K MG MG . A MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.954 ? 
metalc ? metalc9 I O2G ATP . A ATP 1102 1_555 K MG MG . A MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? 
metalc ? metalc10 B OG1 THR 268 B THR 468 1_555 N MG MG . B MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.608 ? 
metalc ? metalc11 B O CYS 542 B CYS 742 1_555 O MG MG . B MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc12 B OG1 THR 545 B THR 745 1_555 O MG MG . B MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.805 ? 
metalc ? metalc13 L O3G ATP . B ATP 1101 1_555 N MG MG . B MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.8 ? 
metalc ? metalc14 L O1B ATP . B ATP 1101 1_555 N MG MG . B MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.748 ? 
metalc ? metalc15 L O2B ATP . B ATP 1101 1_555 N MG MG . B MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.683 ? 
metalc ? metalc16 L O3B ATP . B ATP 1101 1_555 N MG MG . B MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.472 ? 
metalc ? metalc17 M O3G ATP . B ATP 1102 1_555 O MG MG . B MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.938 ? 
metalc ? metalc18 M O3B ATP . B ATP 1102 1_555 O MG MG . B MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.776 ? 
metalc ? metalc19 M O1A ATP . B ATP 1102 1_555 O MG MG . B MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.844 ? 
metalc ? metalc20 M O3A ATP . B ATP 1102 1_555 O MG MG . B MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? 
metalc ? metalc21 C OG1 THR 779 C THR 779 1_555 S MG MG . C MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? 
metalc ? metalc22 P O1G ATP . C ATP 1101 1_555 R MG MG . C MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
metalc ? metalc23 P O1B ATP . C ATP 1101 1_555 R MG MG . C MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.125 ? 
metalc ? metalc24 P O3B ATP . C ATP 1101 1_555 R MG MG . C MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? 
metalc ? metalc25 P O1A ATP . C ATP 1101 1_555 R MG MG . C MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? 
metalc ? metalc26 P O3A ATP . C ATP 1101 1_555 R MG MG . C MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.94 ? 
metalc ? metalc27 Q O1G ATP . C ATP 1102 1_555 S MG MG . C MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.583 ? 
metalc ? metalc28 Q O2G ATP . C ATP 1102 1_555 S MG MG . C MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.935 ? 
metalc ? metalc29 Q O2B ATP . C ATP 1102 1_555 S MG MG . C MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.863 ? 
metalc ? metalc30 Q O3B ATP . C ATP 1102 1_555 S MG MG . C MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? 
metalc ? metalc31 Q O1A ATP . C ATP 1102 1_555 S MG MG . C MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? 
metalc ? metalc32 Q O3A ATP . C ATP 1102 1_555 S MG MG . C MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? 
metalc ? metalc33 D OG1 THR 268 D THR 468 1_555 V MG MG . D MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.138 ? 
metalc ? metalc34 T O1G ATP . D ATP 1101 1_555 V MG MG . D MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.91 ? 
metalc ? metalc35 T O2B ATP . D ATP 1101 1_555 V MG MG . D MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.815 ? 
metalc ? metalc36 T O3B ATP . D ATP 1101 1_555 V MG MG . D MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.846 ? 
metalc ? metalc37 E OG1 THR 779 E THR 779 1_555 Z MG MG . E MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.965 ? 
metalc ? metalc38 W O1G ATP . E ATP 1101 1_555 Y MG MG . E MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.834 ? 
metalc ? metalc39 W O2G ATP . E ATP 1101 1_555 Y MG MG . E MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.852 ? 
metalc ? metalc40 W O2B ATP . E ATP 1101 1_555 Y MG MG . E MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc41 W O3B ATP . E ATP 1101 1_555 Y MG MG . E MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
metalc ? metalc42 W O1A ATP . E ATP 1101 1_555 Y MG MG . E MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.999 ? 
metalc ? metalc43 W O3A ATP . E ATP 1101 1_555 Y MG MG . E MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.884 ? 
metalc ? metalc44 X O2G ATP . E ATP 1102 1_555 Z MG MG . E MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? 
metalc ? metalc45 X O3G ATP . E ATP 1102 1_555 Z MG MG . E MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.189 ? 
metalc ? metalc46 X O1B ATP . E ATP 1102 1_555 Z MG MG . E MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.829 ? 
metalc ? metalc47 X O3B ATP . E ATP 1102 1_555 Z MG MG . E MG 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.958 ? 
metalc ? metalc48 F OG1 THR 268 F THR 468 1_555 CA MG MG . F MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.995 ? 
metalc ? metalc49 AA O2G ATP . F ATP 1101 1_555 CA MG MG . F MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.387 ? 
metalc ? metalc50 AA O3G ATP . F ATP 1101 1_555 CA MG MG . F MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc51 AA O3B ATP . F ATP 1101 1_555 CA MG MG . F MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.819 ? 
metalc ? metalc52 AA O1A ATP . F ATP 1101 1_555 CA MG MG . F MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.888 ? 
metalc ? metalc53 AA O2A ATP . F ATP 1101 1_555 CA MG MG . F MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? 
metalc ? metalc54 AA O3A ATP . F ATP 1101 1_555 CA MG MG . F MG 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.788 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O13 P3' 
_chem_comp.formula_weight    507.181 
_chem_comp.id                ATP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G ATP doub 114 n n 
PG O2G ATP sing 115 n n 
PG O3G ATP sing 116 n n 
PG O3B ATP sing 117 n n 
O2G HOG2 ATP sing 118 n n 
O3G HOG3 ATP sing 119 n n 
PB O1B ATP doub 120 n n 
PB O2B ATP sing 121 n n 
PB O3B ATP sing 122 n n 
PB O3A ATP sing 123 n n 
O2B HOB2 ATP sing 124 n n 
PA O1A ATP doub 125 n n 
PA O2A ATP sing 126 n n 
PA O3A ATP sing 127 n n 
PA O5' ATP sing 128 n n 
O2A HOA2 ATP sing 129 n n 
O5' C5' ATP sing 130 n n 
C5' C4' ATP sing 131 n n 
C5' "H5'1" ATP sing 132 n n 
C5' "H5'2" ATP sing 133 n n 
C4' O4' ATP sing 134 n n 
C4' C3' ATP sing 135 n n 
C4' H4' ATP sing 136 n n 
O4' C1' ATP sing 137 n n 
C3' O3' ATP sing 138 n n 
C3' C2' ATP sing 139 n n 
C3' H3' ATP sing 140 n n 
O3' HO3' ATP sing 141 n n 
C2' O2' ATP sing 142 n n 
C2' C1' ATP sing 143 n n 
C2' H2' ATP sing 144 n n 
O2' HO2' ATP sing 145 n n 
C1' N9 ATP sing 146 n n 
C1' H1' ATP sing 147 n n 
N9 C8 ATP sing 148 n y 
N9 C4 ATP sing 149 n y 
C8 N7 ATP doub 150 n y 
C8 H8 ATP sing 151 n n 
N7 C5 ATP sing 152 n y 
C5 C6 ATP sing 153 n y 
C5 C4 ATP doub 154 n y 
C6 N6 ATP sing 155 n n 
C6 N1 ATP doub 156 n y 
N6 HN61 ATP sing 157 n n 
N6 HN62 ATP sing 158 n n 
N1 C2 ATP sing 159 n y 
C2 N3 ATP doub 160 n y 
C2 H2 ATP sing 161 n n 
N3 C4 ATP sing 162 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     8C0W 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
H 4 ATP A 1 1101 901 ATP ATP . 
I 4 ATP A 1 1102 901 ATP ATP . 
J 5 MG A 1 1103 6 MG MG . 
K 5 MG A 1 1104 9 MG MG . 
L 4 ATP B 1 1101 901 ATP ATP . 
M 4 ATP B 1 1102 901 ATP ATP . 
N 5 MG B 1 1103 1 MG MG . 
O 5 MG B 1 1104 7 MG MG . 
P 4 ATP C 1 1101 901 ATP ATP . 
Q 4 ATP C 1 1102 901 ATP ATP . 
R 5 MG C 1 1103 2 MG MG . 
S 5 MG C 1 1104 8 MG MG . 
T 4 ATP D 1 1101 901 ATP ATP . 
U 6 ADP D 1 1102 1001 ADP ADP . 
V 5 MG D 1 1103 3 MG MG . 
W 4 ATP E 1 1101 901 ATP ATP . 
X 4 ATP E 1 1102 902 ATP ATP . 
Y 5 MG E 1 1103 4 MG MG . 
Z 5 MG E 1 1104 10 MG MG . 
AA 4 ATP F 1 1101 901 ATP ATP . 
BA 6 ADP F 1 1102 1002 ADP ADP . 
CA 5 MG F 1 1103 5 MG MG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
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