data_8CA3 # _model_server_result.job_id qEu1KRn2R_29QBc0dZ72UA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-14 14:45:25' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8ca3 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"RA","auth_seq_id":201}' # _entry.id 8CA3 # _exptl.entry_id 8CA3 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 43 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8CA3 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8CA3 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 43-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 43 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 43 RA N N ? 43 UA N N ? 43 WA N N ? 43 XA N N ? 43 CB N N ? 43 DB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 W SG CYS 78 X CYS 77 1_555 W SG CYS 110 X CYS 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf2 W SG CYS 88 X CYS 87 1_555 W SG CYS 100 X CYS 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf3 X SG CYS 97 Y CYS 96 1_555 X SG CYS 117 Y CYS 116 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf4 DA SG CYS 33 e CYS 32 1_555 DA SG CYS 66 e CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf5 DA SG CYS 43 e CYS 42 1_555 DA SG CYS 56 e CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf6 NA SG CYS 59 o CYS 58 1_555 NA SG CYS 90 o CYS 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf7 OA SG CYS 77 p CYS 76 1_555 OA SG CYS 84 p CYS 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf8 OA SG CYS 113 p CYS 112 1_555 OA SG CYS 125 p CYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? covale ? covale1 A C FME 1 A FME 1 1_555 A N ASN 2 A ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale2 D C HIS 117 D HIS 84 1_555 D N 2MR 118 D 2MR 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale3 D C 2MR 118 D 2MR 85 1_555 D N GLY 119 D GLY 86 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale4 H C FME 1 H FME 1 1_555 H N PHE 2 H PHE 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale5 I SG CYS 116 I CYS 82 1_555 CB S3 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.934 ? covale ? covale6 J C FME 1 J FME 1 1_555 J N ASN 2 J ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale7 K C FME 1 K FME 1 1_555 K N PRO 2 K PRO 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? covale ? covale8 L C FME 1 L FME 1 1_555 L N ASN 2 L ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale9 M C FME 1 M FME 1 1_555 M N LEU 2 M LEU 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale10 N C FME 1 N FME 1 1_555 N N ASN 2 N ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale11 S OG SER 112 T SER 44 1_555 QB P1 EHZ . T EHZ 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.61 ? covale ? covale12 T OG SER 112 U SER 44 1_555 RB P1 EHZ . U EHZ 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.603 ? covale ? covale13 HA C SAC 1 i SAC 1 1_555 HA N GLY 2 i GLY 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? metalc ? metalc1 B SG CYS 99 B CYS 64 1_555 RA FE3 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc2 B SG CYS 100 B CYS 65 1_555 RA FE2 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc3 B SG CYS 164 B CYS 129 1_555 RA FE1 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc4 B SG CYS 194 B CYS 159 1_555 RA FE4 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc5 E SG CYS 134 E CYS 103 1_555 TA FE1 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc6 E SG CYS 139 E CYS 108 1_555 TA FE1 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc7 E SG CYS 175 E CYS 144 1_555 TA FE2 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc8 E SG CYS 179 E CYS 148 1_555 TA FE2 FES . E FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc9 F SG CYS 379 F CYS 359 1_555 UA FE4 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? metalc ? metalc10 F SG CYS 382 F CYS 362 1_555 UA FE1 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc11 F SG CYS 385 F CYS 365 1_555 UA FE2 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? metalc ? metalc12 F SG CYS 425 F CYS 405 1_555 UA FE3 SF4 . F SF4 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc13 G SG CYS 64 G CYS 41 1_555 YA FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc14 G SG CYS 75 G CYS 52 1_555 YA FE1 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? metalc ? metalc15 G SG CYS 78 G CYS 55 1_555 YA FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc16 G SG CYS 92 G CYS 69 1_555 YA FE2 FES . G FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc17 G NE2 HIS 124 G HIS 101 1_555 WA FE3 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.929 ? metalc ? metalc18 G SG CYS 128 G CYS 105 1_555 WA FE2 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc19 G SG CYS 131 G CYS 108 1_555 WA FE4 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.244 ? metalc ? metalc20 G SG CYS 137 G CYS 114 1_555 WA FE1 SF4 . G SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? metalc ? metalc21 G SG CYS 176 G CYS 153 1_555 XA FE2 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc22 G SG CYS 179 G CYS 156 1_555 XA FE1 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? metalc ? metalc23 G SG CYS 182 G CYS 159 1_555 XA FE3 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc24 G SG CYS 226 G CYS 203 1_555 XA FE4 SF4 . G SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc25 I SG CYS 113 I CYS 79 1_555 CB FE3 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc26 I SG CYS 116 I CYS 82 1_555 CB FE4 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? metalc ? metalc27 I SG CYS 116 I CYS 82 1_555 CB FE2 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc28 I SG CYS 119 I CYS 85 1_555 CB FE2 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc29 I SG CYS 123 I CYS 89 1_555 DB FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc30 I SG CYS 152 I CYS 118 1_555 DB FE2 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc31 I SG CYS 155 I CYS 121 1_555 DB FE1 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc32 I SG CYS 158 I CYS 124 1_555 DB FE3 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? metalc ? metalc33 I SG CYS 162 I CYS 128 1_555 CB FE1 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc34 Q SG CYS 79 R CYS 59 1_555 PB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? metalc ? metalc35 Q NE2 HIS 88 R HIS 68 1_555 PB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? metalc ? metalc36 Q SG CYS 104 R CYS 84 1_555 PB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? metalc ? metalc37 Q SG CYS 107 R CYS 87 1_555 PB ZN ZN . R ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag FE1 S2 SF4 sing 1244 n n FE1 S3 SF4 sing 1245 n n FE1 S4 SF4 sing 1246 n n FE2 S1 SF4 sing 1247 n n FE2 S3 SF4 sing 1248 n n FE2 S4 SF4 sing 1249 n n FE3 S1 SF4 sing 1250 n n FE3 S2 SF4 sing 1251 n n FE3 S4 SF4 sing 1252 n n FE4 S1 SF4 sing 1253 n n FE4 S2 SF4 sing 1254 n n FE4 S3 SF4 sing 1255 n n # _atom_sites.entry_id 8CA3 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code RA 43 SF4 B 1 201 201 SF4 SF4 . SA 44 PC1 B 1 202 203 PC1 PC1 . TA 45 FES E 1 301 301 FES FES . UA 43 SF4 F 1 501 502 SF4 SF4 . VA 46 FMN F 1 502 503 FMN FMN . WA 43 SF4 G 1 801 801 SF4 SF4 . XA 43 SF4 G 1 802 802 SF4 SF4 . YA 45 FES G 1 803 803 FES FES . ZA 47 UQ9 H 1 401 440 UQ9 UQ9 . AB 44 PC1 H 1 402 402 PC1 PC1 . BB 48 3PE H 1 403 201 3PE 3PE . CB 43 SF4 I 1 201 204 SF4 SF4 . DB 43 SF4 I 1 202 205 SF4 SF4 . EB 48 3PE J 1 201 201 3PE 3PE . FB 48 3PE L 1 701 701 3PE 3PE . GB 49 CDL L 1 702 702 CDL CDL . HB 48 3PE L 1 703 501 3PE 3PE . IB 50 LMT L 1 704 502 LMT LMT . JB 50 LMT L 1 705 503 LMT LMT . KB 49 CDL M 1 501 401 CDL CDL . LB 49 CDL N 1 401 402 CDL CDL . MB 49 CDL N 1 402 202 CDL CDL . NB 51 GTP O 1 401 401 GTP GTP . OB 52 NDP P 1 501 501 NDP NDP . PB 53 ZN R 1 201 201 ZN ZN . QB 54 EHZ T 1 201 201 EHZ EHZ . RB 54 EHZ U 1 201 201 EHZ EHZ . SB 48 3PE Y 1 401 401 3PE 3PE . TB 48 3PE Z 1 401 401 3PE 3PE . UB 49 CDL d 1 201 201 CDL CDL . VB 49 CDL h 1 201 201 CDL CDL . WB 48 3PE i 1 201 703 3PE 3PE . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . RA 43 307.398 316.105 232.102 1 40.58 ? FE1 SF4 201 B 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . RA 43 306.994 313.521 231.247 1 48.45 ? FE2 SF4 201 B 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . RA 43 304.847 315.13 231.878 1 41.09 ? FE3 SF4 201 B 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . RA 43 306.338 315.644 229.63 1 50 ? FE4 SF4 201 B 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . RA 43 305.06 313.787 230.027 1 42.67 ? S1 SF4 201 B 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . RA 43 305.601 317.169 231.17 1 25.01 ? S2 SF4 201 B 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . RA 43 308.438 315.061 230.347 1 51.17 ? S3 SF4 201 B 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . RA 43 306.479 314.392 233.317 1 31.72 ? S4 SF4 201 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 31 _model_server_stats.parse_time_ms 19 _model_server_stats.create_model_time_ms 515 _model_server_stats.query_time_ms 286 _model_server_stats.encode_time_ms 14 _model_server_stats.element_count 8 #