data_8CLB # _model_server_result.job_id m6WPg7V3SYSFDRZN7aViNg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-24 12:12:37' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8clb # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":501}' # _entry.id 8CLB # _exptl.entry_id 8CLB _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 523.18 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8CLB _cell.length_a 106.71 _cell.length_b 160.61 _cell.length_c 180.73 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8CLB _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 G N N ? 5 M N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.539 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.729 ? metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.543 ? metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc8 G O1G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.973 ? metalc ? metalc9 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? metalc ? metalc10 H MG MG . A MG 502 1_555 T O HOH . A HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.121 ? metalc ? metalc11 H MG MG . A MG 502 1_555 T O HOH . A HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? metalc ? metalc12 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.662 ? metalc ? metalc13 B OD2 ASP 177 B ASP 179 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.821 ? metalc ? metalc14 J O1A GDP . B GDP 501 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc15 K MG MG . B MG 502 1_555 U O HOH . B HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.463 ? metalc ? metalc16 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 O CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc17 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 O CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? metalc ? metalc18 C O THR 41 C THR 41 1_555 O CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.631 ? metalc ? metalc19 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 O CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.897 ? metalc ? metalc20 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 O CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc21 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 O CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.685 ? metalc ? metalc22 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 O CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc23 M O1G GTP . C GTP 501 1_555 N MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? metalc ? metalc24 M O1B GTP . C GTP 501 1_555 N MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? metalc ? metalc25 N MG MG . C MG 502 1_555 V O HOH . C HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.821 ? metalc ? metalc26 D OE1 GLN 11 D GLN 11 1_555 Q MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.771 ? metalc ? metalc27 P O1A GDP . D GDP 501 1_555 Q MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.744 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 523.18 _chem_comp.id GTP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G GTP doub 225 n n PG O2G GTP sing 226 n n PG O3G GTP sing 227 n n PG O3B GTP sing 228 n n O2G HOG2 GTP sing 229 n n O3G HOG3 GTP sing 230 n n O3B PB GTP sing 231 n n PB O1B GTP doub 232 n n PB O2B GTP sing 233 n n PB O3A GTP sing 234 n n O2B HOB2 GTP sing 235 n n O3A PA GTP sing 236 n n PA O1A GTP doub 237 n n PA O2A GTP sing 238 n n PA O5' GTP sing 239 n n O2A HOA2 GTP sing 240 n n O5' C5' GTP sing 241 n n C5' C4' GTP sing 242 n n C5' H5' GTP sing 243 n n C5' "H5''" GTP sing 244 n n C4' O4' GTP sing 245 n n C4' C3' GTP sing 246 n n C4' H4' GTP sing 247 n n O4' C1' GTP sing 248 n n C3' O3' GTP sing 249 n n C3' C2' GTP sing 250 n n C3' H3' GTP sing 251 n n O3' HO3' GTP sing 252 n n C2' O2' GTP sing 253 n n C2' C1' GTP sing 254 n n C2' H2' GTP sing 255 n n O2' HO2' GTP sing 256 n n C1' N9 GTP sing 257 n n C1' H1' GTP sing 258 n n N9 C8 GTP sing 259 n y N9 C4 GTP sing 260 n y C8 N7 GTP doub 261 n y C8 H8 GTP sing 262 n n N7 C5 GTP sing 263 n y C5 C6 GTP sing 264 n n C5 C4 GTP doub 265 n y C6 O6 GTP doub 266 n n C6 N1 GTP sing 267 n n N1 C2 GTP sing 268 n n N1 HN1 GTP sing 269 n n C2 N2 GTP sing 270 n n C2 N3 GTP doub 271 n n N2 HN21 GTP sing 272 n n N2 HN22 GTP sing 273 n n N3 C4 GTP sing 274 n n # _atom_sites.entry_id 8CLB _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009371 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006226 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.005533 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . H 6 MG A 1 502 502 MG MG . I 7 CA A 1 503 503 CA CA . J 8 GDP B 1 501 504 GDP GDP . K 6 MG B 1 502 505 MG MG . L 9 LOC B 1 503 506 LOC LOC . M 5 GTP C 1 501 507 GTP GTP . N 6 MG C 1 502 508 MG MG . O 7 CA C 1 503 513 CA CA . P 8 GDP D 1 501 509 GDP GDP . Q 6 MG D 1 502 510 MG MG . R 9 LOC D 1 503 511 LOC LOC . S 10 ACP F 1 401 512 ACP ACP . T 11 HOH A 1 601 40 HOH HOH . T 11 HOH A 2 602 34 HOH HOH . T 11 HOH A 3 603 19 HOH HOH . T 11 HOH A 4 604 22 HOH HOH . T 11 HOH A 5 605 27 HOH HOH . T 11 HOH A 6 606 41 HOH HOH . T 11 HOH A 7 607 10 HOH HOH . U 11 HOH B 1 601 35 HOH HOH . U 11 HOH B 2 602 2 HOH HOH . U 11 HOH B 3 603 4 HOH HOH . U 11 HOH B 4 604 18 HOH HOH . U 11 HOH B 5 605 42 HOH HOH . V 11 HOH C 1 601 14 HOH HOH . V 11 HOH C 2 602 3 HOH HOH . V 11 HOH C 3 603 16 HOH HOH . V 11 HOH C 4 604 8 HOH HOH . V 11 HOH C 5 605 21 HOH HOH . V 11 HOH C 6 606 6 HOH HOH . W 11 HOH D 1 601 9 HOH HOH . X 11 HOH E 1 201 1 HOH HOH . Y 11 HOH F 1 501 5 HOH HOH . Y 11 HOH F 2 502 37 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG GTP . . . G 5 27.39 75.044 45.925 1 58.03 ? PG GTP 501 A 1 HETATM 2 O O1G GTP . . . G 5 26.155 75.542 45.252 1 30.85 ? O1G GTP 501 A 1 HETATM 3 O O2G GTP . . . G 5 28.644 75.447 45.213 1 57.59 ? O2G GTP 501 A 1 HETATM 4 O O3G GTP . . . G 5 27.337 73.579 46.226 1 35.73 ? O3G GTP 501 A 1 HETATM 5 O O3B GTP . . . G 5 27.417 75.8 47.34 1 65.72 ? O3B GTP 501 A 1 HETATM 6 P PB GTP . . . G 5 26.719 77.158 47.808 1 47.54 ? PB GTP 501 A 1 HETATM 7 O O1B GTP . . . G 5 26.339 77.93 46.593 1 47.04 ? O1B GTP 501 A 1 HETATM 8 O O2B GTP . . . G 5 27.563 77.794 48.851 1 50.91 ? O2B GTP 501 A 1 HETATM 9 O O3A GTP . . . G 5 25.398 76.586 48.498 1 50.87 ? O3A GTP 501 A 1 HETATM 10 P PA GTP . . . G 5 24.119 77.293 49.141 1 49.31 ? PA GTP 501 A 1 HETATM 11 O O1A GTP . . . G 5 22.975 77.158 48.197 1 36.61 ? O1A GTP 501 A 1 HETATM 12 O O2A GTP . . . G 5 24.509 78.657 49.59 1 43.3 ? O2A GTP 501 A 1 HETATM 13 O O5' GTP . . . G 5 23.874 76.364 50.419 1 45.45 ? O5' GTP 501 A 1 HETATM 14 C C5' GTP . . . G 5 22.646 75.602 50.492 1 40.73 ? C5' GTP 501 A 1 HETATM 15 C C4' GTP . . . G 5 22.114 75.65 51.901 1 38.85 ? C4' GTP 501 A 1 HETATM 16 O O4' GTP . . . G 5 22.006 77.033 52.315 1 40.36 ? O4' GTP 501 A 1 HETATM 17 C C3' GTP . . . G 5 20.716 75.065 52.115 1 50.36 ? C3' GTP 501 A 1 HETATM 18 O O3' GTP . . . G 5 20.563 74.571 53.438 1 36.28 ? O3' GTP 501 A 1 HETATM 19 C C2' GTP . . . G 5 19.818 76.277 51.865 1 40.15 ? C2' GTP 501 A 1 HETATM 20 O O2' GTP . . . G 5 18.574 76.157 52.517 1 41.7 ? O2' GTP 501 A 1 HETATM 21 C C1' GTP . . . G 5 20.655 77.403 52.459 1 41.1 ? C1' GTP 501 A 1 HETATM 22 N N9 GTP . . . G 5 20.471 78.685 51.795 1 42.53 ? N9 GTP 501 A 1 HETATM 23 C C8 GTP . . . G 5 20.761 78.986 50.491 1 36.36 ? C8 GTP 501 A 1 HETATM 24 N N7 GTP . . . G 5 20.497 80.23 50.177 1 43.88 ? N7 GTP 501 A 1 HETATM 25 C C5 GTP . . . G 5 20.005 80.78 51.352 1 49.68 ? C5 GTP 501 A 1 HETATM 26 C C6 GTP . . . G 5 19.554 82.094 51.623 1 45.43 ? C6 GTP 501 A 1 HETATM 27 O O6 GTP . . . G 5 19.501 83.061 50.855 1 43.97 ? O6 GTP 501 A 1 HETATM 28 N N1 GTP . . . G 5 19.136 82.223 52.946 1 43.49 ? N1 GTP 501 A 1 HETATM 29 C C2 GTP . . . G 5 19.152 81.224 53.884 1 44.55 ? C2 GTP 501 A 1 HETATM 30 N N2 GTP . . . G 5 18.711 81.542 55.107 1 54 ? N2 GTP 501 A 1 HETATM 31 N N3 GTP . . . G 5 19.575 79.988 53.637 1 39.02 ? N3 GTP 501 A 1 HETATM 32 C C4 GTP . . . G 5 19.985 79.84 52.356 1 46.2 ? C4 GTP 501 A 1 HETATM 33 H H5' GTP . . . G 5 22.807 74.683 50.227 1 40.73 ? H5' GTP 501 A 1 HETATM 34 H "H5''" GTP . . . G 5 21.991 75.964 49.875 1 40.73 ? "H5''" GTP 501 A 1 HETATM 35 H H4' GTP . . . G 5 22.744 75.113 52.406 1 38.85 ? H4' GTP 501 A 1 HETATM 36 H H3' GTP . . . G 5 20.516 74.309 51.541 1 50.36 ? H3' GTP 501 A 1 HETATM 37 H HO3' GTP . . . G 5 20.222 75.167 53.922 1 36.28 ? HO3' GTP 501 A 1 HETATM 38 H H2' GTP . . . G 5 19.585 76.404 50.932 1 40.15 ? H2' GTP 501 A 1 HETATM 39 H HO2' GTP . . . G 5 18.068 76.782 52.273 1 41.7 ? HO2' GTP 501 A 1 HETATM 40 H H1' GTP . . . G 5 20.379 77.521 53.381 1 41.1 ? H1' GTP 501 A 1 HETATM 41 H H8 GTP . . . G 5 21.125 78.343 49.863 1 36.36 ? H8 GTP 501 A 1 HETATM 42 H HN1 GTP . . . G 5 18.844 82.993 53.194 1 43.49 ? HN1 GTP 501 A 1 HETATM 43 H HN21 GTP . . . G 5 18.436 82.34 55.271 1 54 ? HN21 GTP 501 A 1 HETATM 44 H HN22 GTP . . . G 5 18.702 80.948 55.729 1 54 ? HN22 GTP 501 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 44 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 47 _model_server_stats.query_time_ms 291 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 44 #