data_8CLB
#
_model_server_result.job_id            pGveT75nCJ56SvidNcBbOQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-24 12:04:59' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8clb 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    8CLB 
#
_exptl.entry_id    8CLB 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8CLB 
_cell.length_a            106.71 
_cell.length_b            160.61 
_cell.length_c            180.73 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8CLB 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 G N N 
? 5 M N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.539 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.729 ? 
metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.543 ? 
metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.22 ? 
metalc ? metalc6 A OE1 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.776 ? 
metalc ? metalc7 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? 
metalc ? metalc8 G O1G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.973 ? 
metalc ? metalc9 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? 
metalc ? metalc10 H MG MG . A MG 502 1_555 T O HOH . A HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.121 ? 
metalc ? metalc11 H MG MG . A MG 502 1_555 T O HOH . A HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? 
metalc ? metalc12 B OE1 GLN 11 B GLN 11 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.662 ? 
metalc ? metalc13 B OD2 ASP 177 B ASP 179 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.821 ? 
metalc ? metalc14 J O1A GDP . B GDP 501 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? 
metalc ? metalc15 K MG MG . B MG 502 1_555 U O HOH . B HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.463 ? 
metalc ? metalc16 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 O CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? 
metalc ? metalc17 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 O CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? 
metalc ? metalc18 C O THR 41 C THR 41 1_555 O CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.631 ? 
metalc ? metalc19 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 O CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.897 ? 
metalc ? metalc20 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 O CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc21 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 O CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.685 ? 
metalc ? metalc22 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 O CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc23 M O1G GTP . C GTP 501 1_555 N MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? 
metalc ? metalc24 M O1B GTP . C GTP 501 1_555 N MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? 
metalc ? metalc25 N MG MG . C MG 502 1_555 V O HOH . C HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.821 ? 
metalc ? metalc26 D OE1 GLN 11 D GLN 11 1_555 Q MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.771 ? 
metalc ? metalc27 P O1A GDP . D GDP 501 1_555 Q MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.744 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 225 n n 
PG O2G GTP sing 226 n n 
PG O3G GTP sing 227 n n 
PG O3B GTP sing 228 n n 
O2G HOG2 GTP sing 229 n n 
O3G HOG3 GTP sing 230 n n 
O3B PB GTP sing 231 n n 
PB O1B GTP doub 232 n n 
PB O2B GTP sing 233 n n 
PB O3A GTP sing 234 n n 
O2B HOB2 GTP sing 235 n n 
O3A PA GTP sing 236 n n 
PA O1A GTP doub 237 n n 
PA O2A GTP sing 238 n n 
PA O5' GTP sing 239 n n 
O2A HOA2 GTP sing 240 n n 
O5' C5' GTP sing 241 n n 
C5' C4' GTP sing 242 n n 
C5' H5' GTP sing 243 n n 
C5' "H5''" GTP sing 244 n n 
C4' O4' GTP sing 245 n n 
C4' C3' GTP sing 246 n n 
C4' H4' GTP sing 247 n n 
O4' C1' GTP sing 248 n n 
C3' O3' GTP sing 249 n n 
C3' C2' GTP sing 250 n n 
C3' H3' GTP sing 251 n n 
O3' HO3' GTP sing 252 n n 
C2' O2' GTP sing 253 n n 
C2' C1' GTP sing 254 n n 
C2' H2' GTP sing 255 n n 
O2' HO2' GTP sing 256 n n 
C1' N9 GTP sing 257 n n 
C1' H1' GTP sing 258 n n 
N9 C8 GTP sing 259 n y 
N9 C4 GTP sing 260 n y 
C8 N7 GTP doub 261 n y 
C8 H8 GTP sing 262 n n 
N7 C5 GTP sing 263 n y 
C5 C6 GTP sing 264 n n 
C5 C4 GTP doub 265 n y 
C6 O6 GTP doub 266 n n 
C6 N1 GTP sing 267 n n 
N1 C2 GTP sing 268 n n 
N1 HN1 GTP sing 269 n n 
C2 N2 GTP sing 270 n n 
C2 N3 GTP doub 271 n n 
N2 HN21 GTP sing 272 n n 
N2 HN22 GTP sing 273 n n 
N3 C4 GTP sing 274 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8CLB 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009371 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006226 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005533 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . 
H 6 MG A 1 502 502 MG MG . 
I 7 CA A 1 503 503 CA CA . 
J 8 GDP B 1 501 504 GDP GDP . 
K 6 MG B 1 502 505 MG MG . 
L 9 LOC B 1 503 506 LOC LOC . 
M 5 GTP C 1 501 507 GTP GTP . 
N 6 MG C 1 502 508 MG MG . 
O 7 CA C 1 503 513 CA CA . 
P 8 GDP D 1 501 509 GDP GDP . 
Q 6 MG D 1 502 510 MG MG . 
R 9 LOC D 1 503 511 LOC LOC . 
S 10 ACP F 1 401 512 ACP ACP . 
T 11 HOH A 1 601 40 HOH HOH . 
T 11 HOH A 2 602 34 HOH HOH . 
T 11 HOH A 3 603 19 HOH HOH . 
T 11 HOH A 4 604 22 HOH HOH . 
T 11 HOH A 5 605 27 HOH HOH . 
T 11 HOH A 6 606 41 HOH HOH . 
T 11 HOH A 7 607 10 HOH HOH . 
U 11 HOH B 1 601 35 HOH HOH . 
U 11 HOH B 2 602 2 HOH HOH . 
U 11 HOH B 3 603 4 HOH HOH . 
U 11 HOH B 4 604 18 HOH HOH . 
U 11 HOH B 5 605 42 HOH HOH . 
V 11 HOH C 1 601 14 HOH HOH . 
V 11 HOH C 2 602 3 HOH HOH . 
V 11 HOH C 3 603 16 HOH HOH . 
V 11 HOH C 4 604 8 HOH HOH . 
V 11 HOH C 5 605 21 HOH HOH . 
V 11 HOH C 6 606 6 HOH HOH . 
W 11 HOH D 1 601 9 HOH HOH . 
X 11 HOH E 1 201 1 HOH HOH . 
Y 11 HOH F 1 501 5 HOH HOH . 
Y 11 HOH F 2 502 37 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . M 5 20.533 19.69 -17.102 1 45.76 ? PG GTP 501 C 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . M 5 19.622 20.04 -18.234 1 33.7 ? O1G GTP 501 C 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . M 5 21.927 20.191 -17.314 1 55.66 ? O2G GTP 501 C 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . M 5 20.488 18.237 -16.747 1 31.6 ? O3G GTP 501 C 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . M 5 19.974 20.484 -15.824 1 50.01 ? O3B GTP 501 C 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . M 5 18.838 21.594 -15.651 1 37.43 ? PB GTP 501 C 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . M 5 18.499 22.14 -16.991 1 51.78 ? O1B GTP 501 C 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . M 5 19.228 22.518 -14.559 1 38.8 ? O2B GTP 501 C 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . M 5 17.628 20.688 -15.137 1 56.27 ? O3A GTP 501 C 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . M 5 16.129 21.023 -14.699 1 48.88 ? PA GTP 501 C 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . M 5 15.194 20.435 -15.696 1 45.86 ? O1A GTP 501 C 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . M 5 16.037 22.481 -14.412 1 46.22 ? O2A GTP 501 C 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . M 5 16.029 20.204 -13.329 1 49.96 ? O5' GTP 501 C 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . M 5 15.142 19.064 -13.277 1 50.42 ? C5' GTP 501 C 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . M 5 14.257 19.18 -12.062 1 44.4 ? C4' GTP 501 C 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . M 5 13.705 20.518 -12.01 1 39.43 ? O4' GTP 501 C 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . M 5 13.048 18.239 -12.018 1 44.44 ? C3' GTP 501 C 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . M 5 12.749 17.862 -10.682 1 37.74 ? O3' GTP 501 C 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . M 5 11.938 19.096 -12.627 1 38.44 ? C2' GTP 501 C 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . M 5 10.658 18.707 -12.185 1 50.42 ? O2' GTP 501 C 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . M 5 12.302 20.481 -12.107 1 39.77 ? C1' GTP 501 C 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . M 5 11.89 21.566 -12.984 1 35.31 ? N9 GTP 501 C 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . M 5 12.342 21.812 -14.254 1 41.41 ? C8 GTP 501 C 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . M 5 11.797 22.868 -14.803 1 41.96 ? N7 GTP 501 C 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . M 5 10.935 23.351 -13.829 1 40.46 ? C5 GTP 501 C 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . M 5 10.078 24.476 -13.851 1 40.96 ? C6 GTP 501 C 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . M 5 9.905 25.292 -14.764 1 35.26 ? O6 GTP 501 C 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . M 5 9.379 24.602 -12.653 1 47.11 ? N1 GTP 501 C 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . M 5 9.49 23.76 -11.576 1 45.15 ? C2 GTP 501 C 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . M 5 8.733 24.047 -10.51 1 47.98 ? N2 GTP 501 C 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . M 5 10.295 22.701 -11.549 1 34.9 ? N3 GTP 501 C 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . M 5 10.985 22.56 -12.704 1 39.04 ? C4 GTP 501 C 1 
HETATM 33 H H5' GTP . . . M 5 15.656 18.242 -13.239 1 50.42 ? H5' GTP 501 C 1 
HETATM 34 H "H5''" GTP . . . M 5 14.602 19.024 -14.082 1 50.42 ? "H5''" GTP 501 C 1 
HETATM 35 H H4' GTP . . . M 5 14.839 18.947 -11.322 1 44.4 ? H4' GTP 501 C 1 
HETATM 36 H H3' GTP . . . M 5 13.184 17.403 -12.491 1 44.44 ? H3' GTP 501 C 1 
HETATM 37 H HO3' GTP . . . M 5 12.723 18.547 -10.196 1 37.74 ? HO3' GTP 501 C 1 
HETATM 38 H H2' GTP . . . M 5 11.886 19.03 -13.593 1 38.44 ? H2' GTP 501 C 1 
HETATM 39 H HO2' GTP . . . M 5 10.499 17.923 -12.441 1 50.42 ? HO2' GTP 501 C 1 
HETATM 40 H H1' GTP . . . M 5 11.844 20.613 -11.262 1 39.77 ? H1' GTP 501 C 1 
HETATM 41 H H8 GTP . . . M 5 13.001 21.258 -14.702 1 41.41 ? H8 GTP 501 C 1 
HETATM 42 H HN1 GTP . . . M 5 8.833 25.262 -12.583 1 47.11 ? HN1 GTP 501 C 1 
HETATM 43 H HN21 GTP . . . M 5 8.211 24.731 -10.525 1 47.98 ? HN21 GTP 501 C 1 
HETATM 44 H HN22 GTP . . . M 5 8.768 23.548 -9.811 1 47.98 ? HN22 GTP 501 C 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              40 
_model_server_stats.parse_time_ms           14 
_model_server_stats.create_model_time_ms    40 
_model_server_stats.query_time_ms           224 
_model_server_stats.encode_time_ms          6 
_model_server_stats.element_count           44 
#