data_8CLD
#
_model_server_result.job_id            R0wC_WmEyhAUP6czN19jEA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 17:22:39' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8cld 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    8CLD 
#
_exptl.entry_id    8CLD 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  nat 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8CLD 
_cell.length_a            106.06 
_cell.length_b            159.61 
_cell.length_c            180.61 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8CLD 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    hexameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      6 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 G N N 
? 5 L N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? 
metalc ? metalc2 A OD2 ASP 39 A ASP 39 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.426 ? 
metalc ? metalc3 A O THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.17 ? 
metalc ? metalc4 A OG1 THR 41 A THR 41 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? 
metalc ? metalc5 A O GLY 44 A GLY 44 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.599 ? 
metalc ? metalc6 A OE2 GLU 55 A GLU 55 1_555 I CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.557 ? 
metalc ? metalc7 G O1G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.712 ? 
metalc ? metalc8 G O2G GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.855 ? 
metalc ? metalc9 G O1B GTP . A GTP 501 1_555 H MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.818 ? 
metalc ? metalc10 J O1A GDP . B GDP 501 1_555 K MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? 
metalc ? metalc11 C OD1 ASP 39 C ASP 39 1_555 N CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? 
metalc ? metalc12 C OD2 ASP 39 C ASP 39 1_555 N CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc13 C O THR 41 C THR 41 1_555 N CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.588 ? 
metalc ? metalc14 C OG1 THR 41 C THR 41 1_555 N CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? 
metalc ? metalc15 C O GLY 44 C GLY 44 1_555 N CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.99 ? 
metalc ? metalc16 C OE1 GLU 55 C GLU 55 1_555 N CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.704 ? 
metalc ? metalc17 C OE2 GLU 55 C GLU 55 1_555 N CA CA . C CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc18 C OE1 GLU 71 C GLU 71 1_555 M MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.868 ? 
metalc ? metalc19 L O1G GTP . C GTP 501 1_555 M MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.538 ? 
metalc ? metalc20 L O1B GTP . C GTP 501 1_555 M MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.943 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 315 n n 
PG O2G GTP sing 316 n n 
PG O3G GTP sing 317 n n 
PG O3B GTP sing 318 n n 
O2G HOG2 GTP sing 319 n n 
O3G HOG3 GTP sing 320 n n 
O3B PB GTP sing 321 n n 
PB O1B GTP doub 322 n n 
PB O2B GTP sing 323 n n 
PB O3A GTP sing 324 n n 
O2B HOB2 GTP sing 325 n n 
O3A PA GTP sing 326 n n 
PA O1A GTP doub 327 n n 
PA O2A GTP sing 328 n n 
PA O5' GTP sing 329 n n 
O2A HOA2 GTP sing 330 n n 
O5' C5' GTP sing 331 n n 
C5' C4' GTP sing 332 n n 
C5' H5' GTP sing 333 n n 
C5' "H5''" GTP sing 334 n n 
C4' O4' GTP sing 335 n n 
C4' C3' GTP sing 336 n n 
C4' H4' GTP sing 337 n n 
O4' C1' GTP sing 338 n n 
C3' O3' GTP sing 339 n n 
C3' C2' GTP sing 340 n n 
C3' H3' GTP sing 341 n n 
O3' HO3' GTP sing 342 n n 
C2' O2' GTP sing 343 n n 
C2' C1' GTP sing 344 n n 
C2' H2' GTP sing 345 n n 
O2' HO2' GTP sing 346 n n 
C1' N9 GTP sing 347 n n 
C1' H1' GTP sing 348 n n 
N9 C8 GTP sing 349 n y 
N9 C4 GTP sing 350 n y 
C8 N7 GTP doub 351 n y 
C8 H8 GTP sing 352 n n 
N7 C5 GTP sing 353 n y 
C5 C6 GTP sing 354 n n 
C5 C4 GTP doub 355 n y 
C6 O6 GTP doub 356 n n 
C6 N1 GTP sing 357 n n 
N1 C2 GTP sing 358 n n 
N1 HN1 GTP sing 359 n n 
C2 N2 GTP sing 360 n n 
C2 N3 GTP doub 361 n n 
N2 HN21 GTP sing 362 n n 
N2 HN22 GTP sing 363 n n 
N3 C4 GTP sing 364 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8CLD 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009429 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006265 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.005537 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
G 5 GTP A 1 501 501 GTP GTP . 
H 6 MG A 1 502 502 MG MG . 
I 7 CA A 1 503 503 CA CA . 
J 8 GDP B 1 501 504 GDP GDP . 
K 6 MG B 1 502 505 MG MG . 
L 5 GTP C 1 501 506 GTP GTP . 
M 6 MG C 1 502 507 MG MG . 
N 7 CA C 1 503 508 CA CA . 
O 8 GDP D 1 501 509 GDP GTP . 
P 9 BKF D 1 502 510 BKF ANS . 
Q 10 ACP F 1 401 511 ACP ACP . 
R 11 HOH A 1 601 5 HOH HOH . 
S 11 HOH C 1 601 3 HOH HOH . 
T 11 HOH E 1 201 6 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . L 5 20.183 19.281 -16.645 1 43.25 ? PG GTP 501 C 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . L 5 19.974 20.077 -17.884 1 39.17 ? O1G GTP 501 C 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . L 5 21.606 18.916 -16.453 1 45.54 ? O2G GTP 501 C 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . L 5 19.277 18.093 -16.558 1 32.84 ? O3G GTP 501 C 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . L 5 19.783 20.241 -15.421 1 37.5 ? O3B GTP 501 C 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . L 5 18.714 21.42 -15.293 1 42.32 ? PB GTP 501 C 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . L 5 18.945 22.365 -16.412 1 51.5 ? O1B GTP 501 C 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . L 5 18.65 21.936 -13.904 1 38.56 ? O2B GTP 501 C 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . L 5 17.372 20.599 -15.553 1 44.56 ? O3A GTP 501 C 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . L 5 15.995 20.536 -14.749 1 31.96 ? PA GTP 501 C 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . L 5 14.981 19.907 -15.639 1 40.64 ? O1A GTP 501 C 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . L 5 15.726 21.882 -14.179 1 46.24 ? O2A GTP 501 C 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . L 5 16.358 19.529 -13.565 1 36.21 ? O5' GTP 501 C 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . L 5 15.418 18.482 -13.229 1 43.74 ? C5' GTP 501 C 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . L 5 14.649 18.887 -11.998 1 37.74 ? C4' GTP 501 C 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . L 5 14.118 20.22 -12.202 1 37.68 ? O4' GTP 501 C 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . L 5 13.432 18.022 -11.647 1 39.01 ? C3' GTP 501 C 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . L 5 13.179 18.006 -10.251 1 39.44 ? O3' GTP 501 C 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . L 5 12.304 18.771 -12.347 1 36.1 ? C2' GTP 501 C 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . L 5 11.027 18.476 -11.829 1 31.04 ? O2' GTP 501 C 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . L 5 12.725 20.194 -12.015 1 34.09 ? C1' GTP 501 C 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . L 5 12.105 21.191 -12.869 1 30.72 ? N9 GTP 501 C 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . L 5 12.349 21.419 -14.197 1 37.75 ? C8 GTP 501 C 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . L 5 11.617 22.38 -14.699 1 38.85 ? N7 GTP 501 C 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . L 5 10.841 22.803 -13.63 1 37.52 ? C5 GTP 501 C 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . L 5 9.86 23.814 -13.561 1 39.36 ? C6 GTP 501 C 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . L 5 9.464 24.552 -14.461 1 35.21 ? O6 GTP 501 C 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . L 5 9.311 23.917 -12.289 1 44.34 ? N1 GTP 501 C 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . L 5 9.659 23.149 -11.215 1 39.93 ? C2 GTP 501 C 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . L 5 9.016 23.411 -10.072 1 37.54 ? N2 GTP 501 C 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . L 5 10.588 22.199 -11.267 1 33.65 ? N3 GTP 501 C 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . L 5 11.128 22.078 -12.501 1 32.96 ? C4 GTP 501 C 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              42 
_model_server_stats.parse_time_ms           35 
_model_server_stats.create_model_time_ms    42 
_model_server_stats.query_time_ms           288 
_model_server_stats.encode_time_ms          10 
_model_server_stats.element_count           32 
#