data_8CTC
#
_model_server_result.job_id            cE-Dm9QSzJXjzqPzlW5NzA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-08-31 16:52:38' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8ctc 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":600}' 
#
_entry.id    8CTC 
#
_exptl.entry_id    8CTC 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              147.129 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'GLUTAMIC ACID' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    trimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      3 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 D N N 
? 2 I N N 
? 2 N N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A O TYR 100 A TYR 98 1_555 G NA NA . A NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.79 ? 
metalc ? metalc2 A OG1 THR 103 A THR 101 1_555 G NA NA . A NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.803 ? 
metalc ? metalc3 A OG1 THR 104 A THR 102 1_555 G NA NA . A NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.918 ? 
metalc ? metalc4 A O GLY 364 A GLY 362 1_555 E NA NA . A NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.867 ? 
metalc ? metalc5 A O THR 366 A THR 364 1_555 F NA NA . A NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? 
metalc ? metalc6 A O ASN 368 A ASN 366 1_555 E NA NA . A NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? 
metalc ? metalc7 A OD1 ASN 368 A ASN 366 1_555 G NA NA . A NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? 
metalc ? metalc8 A OD1 ASP 370 A ASP 368 1_555 G NA NA . A NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? 
metalc ? metalc9 A O SER 407 A SER 405 1_555 F NA NA . A NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? 
metalc ? metalc10 A O ILE 408 A ILE 406 1_555 F NA NA . A NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.743 ? 
metalc ? metalc11 A O ALA 410 A ALA 408 1_555 F NA NA . A NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? 
metalc ? metalc12 A SG CYS 443 A CYS 441 1_555 H HG HG . A HG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.93 ? 
metalc ? metalc13 A OD2 ASP 457 A ASP 455 1_555 E NA NA . A NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.633 ? 
metalc ? metalc14 B O TYR 100 B TYR 98 1_555 L NA NA . B NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.79 ? 
metalc ? metalc15 B OG1 THR 103 B THR 101 1_555 L NA NA . B NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.803 ? 
metalc ? metalc16 B OG1 THR 104 B THR 102 1_555 L NA NA . B NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.917 ? 
metalc ? metalc17 B O GLY 364 B GLY 362 1_555 J NA NA . B NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.866 ? 
metalc ? metalc18 B O THR 366 B THR 364 1_555 K NA NA . B NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? 
metalc ? metalc19 B O ASN 368 B ASN 366 1_555 J NA NA . B NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? 
metalc ? metalc20 B OD1 ASN 368 B ASN 366 1_555 L NA NA . B NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? 
metalc ? metalc21 B OD1 ASP 370 B ASP 368 1_555 L NA NA . B NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? 
metalc ? metalc22 B O SER 407 B SER 405 1_555 K NA NA . B NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? 
metalc ? metalc23 B O ILE 408 B ILE 406 1_555 K NA NA . B NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.743 ? 
metalc ? metalc24 B O ALA 410 B ALA 408 1_555 K NA NA . B NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? 
metalc ? metalc25 B SG CYS 443 B CYS 441 1_555 M HG HG . B HG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.93 ? 
metalc ? metalc26 B OD2 ASP 457 B ASP 455 1_555 J NA NA . B NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.633 ? 
metalc ? metalc27 C O TYR 100 C TYR 98 1_555 Q NA NA . C NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.79 ? 
metalc ? metalc28 C OG1 THR 103 C THR 101 1_555 Q NA NA . C NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.802 ? 
metalc ? metalc29 C OG1 THR 104 C THR 102 1_555 Q NA NA . C NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.918 ? 
metalc ? metalc30 C O GLY 364 C GLY 362 1_555 O NA NA . C NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.867 ? 
metalc ? metalc31 C O THR 366 C THR 364 1_555 P NA NA . C NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? 
metalc ? metalc32 C O ASN 368 C ASN 366 1_555 O NA NA . C NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? 
metalc ? metalc33 C OD1 ASN 368 C ASN 366 1_555 Q NA NA . C NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.399 ? 
metalc ? metalc34 C OD1 ASP 370 C ASP 368 1_555 Q NA NA . C NA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc35 C O SER 407 C SER 405 1_555 P NA NA . C NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? 
metalc ? metalc36 C O ILE 408 C ILE 406 1_555 P NA NA . C NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.743 ? 
metalc ? metalc37 C O ALA 410 C ALA 408 1_555 P NA NA . C NA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? 
metalc ? metalc38 C SG CYS 443 C CYS 441 1_555 R HG HG . C HG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.93 ? 
metalc ? metalc39 C OD2 ASP 457 C ASP 455 1_555 O NA NA . C NA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.634 ? 
#
_chem_comp.formula           'C5 H9 N O4' 
_chem_comp.formula_weight    147.129 
_chem_comp.id                GLU 
_chem_comp.mon_nstd_flag     y 
_chem_comp.name              'GLUTAMIC ACID' 
_chem_comp.type              'l-peptide linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N CA GLU sing 102 n n 
N H GLU sing 103 n n 
N H2 GLU sing 104 n n 
CA C GLU sing 105 n n 
CA CB GLU sing 106 n n 
CA HA GLU sing 107 n n 
C O GLU doub 108 n n 
C OXT GLU sing 109 n n 
CB CG GLU sing 110 n n 
CB HB2 GLU sing 111 n n 
CB HB3 GLU sing 112 n n 
CG CD GLU sing 113 n n 
CG HG2 GLU sing 114 n n 
CG HG3 GLU sing 115 n n 
CD OE1 GLU doub 116 n n 
CD OE2 GLU sing 117 n n 
OE2 HE2 GLU sing 118 n n 
OXT HXT GLU sing 119 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8CTC 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 2 GLU A 1 600 600 GLU GLU . 
E 3 NA A 1 601 601 NA NA . 
F 3 NA A 1 602 602 NA NA . 
G 3 NA A 1 603 603 NA NA . 
H 4 HG A 1 604 604 HG HG . 
I 2 GLU B 1 600 600 GLU GLU . 
J 3 NA B 1 601 601 NA NA . 
K 3 NA B 1 602 602 NA NA . 
L 3 NA B 1 603 603 NA NA . 
M 4 HG B 1 604 604 HG HG . 
N 2 GLU C 1 600 600 GLU GLU . 
O 3 NA C 1 601 601 NA NA . 
P 3 NA C 1 602 602 NA NA . 
Q 3 NA C 1 603 603 NA NA . 
R 4 HG C 1 604 604 HG HG . 
S 5 HOH A 1 701 607 HOH HOH . 
S 5 HOH A 2 702 608 HOH HOH . 
S 5 HOH A 3 703 606 HOH HOH . 
S 5 HOH A 4 704 605 HOH HOH . 
T 5 HOH B 1 701 607 HOH HOH . 
T 5 HOH B 2 702 608 HOH HOH . 
T 5 HOH B 3 703 606 HOH HOH . 
T 5 HOH B 4 704 605 HOH HOH . 
U 5 HOH C 1 701 607 HOH HOH . 
U 5 HOH C 2 702 608 HOH HOH . 
U 5 HOH C 3 703 606 HOH HOH . 
U 5 HOH C 4 704 605 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N GLU . . . D 2 159.635 154.628 137.311 1 59.27 ? N GLU 600 A 1 
HETATM 2 C CA GLU . . . D 2 158.406 155.233 137.885 1 57.38 ? CA GLU 600 A 1 
HETATM 3 C C GLU . . . D 2 158.389 154.995 139.394 1 57.8 ? C GLU 600 A 1 
HETATM 4 O O GLU . . . D 2 158.549 153.858 139.808 1 58.57 ? O GLU 600 A 1 
HETATM 5 C CB GLU . . . D 2 157.166 154.632 137.226 1 56.99 ? CB GLU 600 A 1 
HETATM 6 C CG GLU . . . D 2 156.557 155.514 136.157 1 58.71 ? CG GLU 600 A 1 
HETATM 7 C CD GLU . . . D 2 157.462 155.832 134.983 1 60.8 ? CD GLU 600 A 1 
HETATM 8 O OE1 GLU . . . D 2 157.155 156.79 134.253 1 62 ? OE1 GLU 600 A 1 
HETATM 9 O OE2 GLU . . . D 2 158.459 155.11 134.786 1 60.92 ? OE2 GLU 600 A 1 
HETATM 10 O OXT GLU . . . D 2 158.211 155.976 140.123 1 59.07 ? OXT GLU 600 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              14 
_model_server_stats.parse_time_ms           5 
_model_server_stats.create_model_time_ms    10 
_model_server_stats.query_time_ms           397 
_model_server_stats.encode_time_ms          1 
_model_server_stats.element_count           10 
#