data_8D0H # _model_server_result.job_id Va8lWYEgx5Zf21qU3ouMeQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-21 23:40:29' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8d0h # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":801}' # _entry.id 8D0H # _exptl.entry_id 8D0H _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 819.551 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description '[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-[(1~{S})-1-[methyl-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethylcarbamoyl]amino]ethyl]pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8D0H _cell.length_a 33.048 _cell.length_b 77.707 _cell.length_c 116.227 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8D0H _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall 'P 2ac 2ab' _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N # _chem_comp.formula 'C26 H36 F3 N8 O15 P2 1' _chem_comp.formula_weight 819.551 _chem_comp.id Q1O _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name '[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-3~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-[(1~{S})-1-[methyl-[2,2,2-tris(fluoranyl)ethylcarbamoyl]amino]ethyl]pyridin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C54 C43 Q1O sing 277 n n O35 C36 Q1O sing 278 n n O35 C05 Q1O sing 279 n n C36 N37 Q1O sing 280 n n C36 C02 Q1O sing 281 n n C38 N37 Q1O doub 282 n y C38 C39 Q1O sing 283 n y C53 N44 Q1O sing 284 n n N37 C40 Q1O sing 285 n y C39 C42 Q1O doub 286 n y O12 P11 Q1O doub 287 n n C40 C41 Q1O doub 288 n y C42 C41 Q1O sing 289 n y C42 C43 Q1O sing 290 n n C43 N44 Q1O sing 291 n n O01 C02 Q1O sing 292 n n O28 C27 Q1O doub 293 n n N20 C19 Q1O doub 294 n y N20 C21 Q1O sing 295 n y O09 P08 Q1O doub 296 n n N44 C45 Q1O sing 297 n n C02 C03 Q1O sing 298 n n O04 C03 Q1O sing 299 n n C05 C03 Q1O sing 300 n n C05 C06 Q1O sing 301 n n O07 P08 Q1O sing 302 n n O07 C06 Q1O sing 303 n n C19 N18 Q1O sing 304 n y P11 O13 Q1O sing 305 n n P11 O33 Q1O sing 306 n n P11 O10 Q1O sing 307 n n C27 C21 Q1O sing 308 n n C27 N26 Q1O sing 309 n n C21 C22 Q1O doub 310 n y O13 C14 Q1O sing 311 n n C14 C15 Q1O sing 312 n n P08 O10 Q1O sing 313 n n P08 O34 Q1O sing 314 n n C45 N46 Q1O sing 315 n n C45 O52 Q1O doub 316 n n N46 C47 Q1O sing 317 n n N18 C22 Q1O sing 318 n y N18 C17 Q1O sing 319 n n N26 C24 Q1O doub 320 n n C22 N23 Q1O sing 321 n n C31 C15 Q1O sing 322 n n C31 O32 Q1O sing 323 n n C31 C29 Q1O sing 324 n n C15 O16 Q1O sing 325 n n F51 C48 Q1O sing 326 n n O16 C17 Q1O sing 327 n n F49 C48 Q1O sing 328 n n C17 C29 Q1O sing 329 n n C29 O30 Q1O sing 330 n n C47 C48 Q1O sing 331 n n C24 N23 Q1O sing 332 n n C24 N25 Q1O sing 333 n n C48 F50 Q1O sing 334 n n C02 H1 Q1O sing 335 n n C03 H2 Q1O sing 336 n n C05 H3 Q1O sing 337 n n C06 H4 Q1O sing 338 n n C06 H5 Q1O sing 339 n n C14 H6 Q1O sing 340 n n C14 H7 Q1O sing 341 n n C15 H8 Q1O sing 342 n n C17 H9 Q1O sing 343 n n C19 H10 Q1O sing 344 n n C29 H11 Q1O sing 345 n n C31 H12 Q1O sing 346 n n C36 H13 Q1O sing 347 n n C38 H14 Q1O sing 348 n n C39 H15 Q1O sing 349 n n C40 H16 Q1O sing 350 n n C41 H17 Q1O sing 351 n n C43 H18 Q1O sing 352 n n C47 H19 Q1O sing 353 n n C47 H20 Q1O sing 354 n n C53 H21 Q1O sing 355 n n C53 H22 Q1O sing 356 n n C53 H23 Q1O sing 357 n n C54 H24 Q1O sing 358 n n C54 H25 Q1O sing 359 n n C54 H26 Q1O sing 360 n n N23 H27 Q1O sing 361 n n N25 H28 Q1O sing 362 n n N25 H29 Q1O sing 363 n n N46 H30 Q1O sing 364 n n O01 H31 Q1O sing 365 n n O04 H32 Q1O sing 366 n n O30 H33 Q1O sing 367 n n O32 H34 Q1O sing 368 n n O33 H35 Q1O sing 369 n n O34 H36 Q1O sing 370 n n # _atom_sites.entry_id 8D0H _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.030259 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012869 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008604 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 Q1O A 1 801 801 Q1O G21 . D 2 Q1O B 1 801 801 Q1O G21 . E 3 HOH A 1 901 31 HOH HOH . E 3 HOH A 2 902 84 HOH HOH . E 3 HOH A 3 903 82 HOH HOH . E 3 HOH A 4 904 49 HOH HOH . E 3 HOH A 5 905 19 HOH HOH . E 3 HOH A 6 906 61 HOH HOH . E 3 HOH A 7 907 14 HOH HOH . E 3 HOH A 8 908 63 HOH HOH . E 3 HOH A 9 909 30 HOH HOH . E 3 HOH A 10 910 33 HOH HOH . E 3 HOH A 11 911 51 HOH HOH . E 3 HOH A 12 912 42 HOH HOH . E 3 HOH A 13 913 59 HOH HOH . E 3 HOH A 14 914 67 HOH HOH . E 3 HOH A 15 915 15 HOH HOH . E 3 HOH A 16 916 12 HOH HOH . E 3 HOH A 17 917 8 HOH HOH . E 3 HOH A 18 918 53 HOH HOH . E 3 HOH A 19 919 17 HOH HOH . E 3 HOH A 20 920 44 HOH HOH . E 3 HOH A 21 921 78 HOH HOH . E 3 HOH A 22 922 68 HOH HOH . E 3 HOH A 23 923 74 HOH HOH . E 3 HOH A 24 924 16 HOH HOH . E 3 HOH A 25 925 32 HOH HOH . E 3 HOH A 26 926 20 HOH HOH . E 3 HOH A 27 927 21 HOH HOH . E 3 HOH A 28 928 37 HOH HOH . E 3 HOH A 29 929 23 HOH HOH . E 3 HOH A 30 930 24 HOH HOH . E 3 HOH A 31 931 40 HOH HOH . E 3 HOH A 32 932 81 HOH HOH . E 3 HOH A 33 933 46 HOH HOH . E 3 HOH A 34 934 72 HOH HOH . E 3 HOH A 35 935 70 HOH HOH . E 3 HOH A 36 936 75 HOH HOH . E 3 HOH A 37 937 65 HOH HOH . E 3 HOH A 38 938 79 HOH HOH . F 3 HOH B 1 901 45 HOH HOH . F 3 HOH B 2 902 73 HOH HOH . F 3 HOH B 3 903 43 HOH HOH . F 3 HOH B 4 904 27 HOH HOH . F 3 HOH B 5 905 26 HOH HOH . F 3 HOH B 6 906 10 HOH HOH . F 3 HOH B 7 907 3 HOH HOH . F 3 HOH B 8 908 64 HOH HOH . F 3 HOH B 9 909 57 HOH HOH . F 3 HOH B 10 910 5 HOH HOH . F 3 HOH B 11 911 7 HOH HOH . F 3 HOH B 12 912 4 HOH HOH . F 3 HOH B 13 913 36 HOH HOH . F 3 HOH B 14 914 60 HOH HOH . F 3 HOH B 15 915 6 HOH HOH . F 3 HOH B 16 916 29 HOH HOH . F 3 HOH B 17 917 9 HOH HOH . F 3 HOH B 18 918 1 HOH HOH . F 3 HOH B 19 919 54 HOH HOH . F 3 HOH B 20 920 69 HOH HOH . F 3 HOH B 21 921 39 HOH HOH . F 3 HOH B 22 922 13 HOH HOH . F 3 HOH B 23 923 77 HOH HOH . F 3 HOH B 24 924 76 HOH HOH . F 3 HOH B 25 925 18 HOH HOH . F 3 HOH B 26 926 66 HOH HOH . F 3 HOH B 27 927 50 HOH HOH . F 3 HOH B 28 928 11 HOH HOH . F 3 HOH B 29 929 41 HOH HOH . F 3 HOH B 30 930 62 HOH HOH . F 3 HOH B 31 931 25 HOH HOH . F 3 HOH B 32 932 22 HOH HOH . F 3 HOH B 33 933 55 HOH HOH . F 3 HOH B 34 934 34 HOH HOH . F 3 HOH B 35 935 35 HOH HOH . F 3 HOH B 36 936 38 HOH HOH . F 3 HOH B 37 937 80 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 O O10 Q1O . . . C 2 17.495 10.504 5.224 1 49.78 ? O10 Q1O 801 A 1 HETATM 2 C C02 Q1O . . . C 2 16.377 4.579 3.729 1 32.99 ? C02 Q1O 801 A 1 HETATM 3 C C03 Q1O . . . C 2 14.924 5.377 4.096 1 30.27 ? C03 Q1O 801 A 1 HETATM 4 C C05 Q1O . . . C 2 15.015 6.501 3.573 1 30.99 ? C05 Q1O 801 A 1 HETATM 5 C C06 Q1O . . . C 2 15.734 7.482 4.529 1 26.1 ? C06 Q1O 801 A 1 HETATM 6 C C14 Q1O . . . C 2 21.308 9.886 4.378 1 63.82 ? C14 Q1O 801 A 1 HETATM 7 C C15 Q1O . . . C 2 21.713 10.41 5.6 1 56.04 ? C15 Q1O 801 A 1 HETATM 8 C C17 Q1O . . . C 2 23.662 9.743 6.569 1 52.67 ? C17 Q1O 801 A 1 HETATM 9 C C19 Q1O . . . C 2 24.69 9.655 4.309 1 50.3 ? C19 Q1O 801 A 1 HETATM 10 C C21 Q1O . . . C 2 25.879 7.791 4.482 1 51.16 ? C21 Q1O 801 A 1 HETATM 11 C C22 Q1O . . . C 2 25.233 7.999 5.664 1 54.55 ? C22 Q1O 801 A 1 HETATM 12 C C24 Q1O . . . C 2 26.274 5.849 6.636 1 37.44 ? C24 Q1O 801 A 1 HETATM 13 C C27 Q1O . . . C 2 26.793 6.554 4.308 1 38.69 ? C27 Q1O 801 A 1 HETATM 14 C C29 Q1O . . . C 2 23.581 11.404 6.374 1 64.28 ? C29 Q1O 801 A 1 HETATM 15 C C31 Q1O . . . C 2 22.786 11.542 5.379 1 76.32 ? C31 Q1O 801 A 1 HETATM 16 C C36 Q1O . . . C 2 16.822 5.073 2.559 1 31.45 ? C36 Q1O 801 A 1 HETATM 17 C C38 Q1O . . . C 2 18.518 6.812 2.551 1 37.85 ? C38 Q1O 801 A 1 HETATM 18 C C39 Q1O . . . C 2 19.825 7.292 2.677 1 38.3 ? C39 Q1O 801 A 1 HETATM 19 C C40 Q1O . . . C 2 19.183 4.645 2.985 1 38.94 ? C40 Q1O 801 A 1 HETATM 20 C C41 Q1O . . . C 2 20.517 5.041 3.128 1 39.71 ? C41 Q1O 801 A 1 HETATM 21 C C42 Q1O . . . C 2 20.84 6.383 2.971 1 35.57 ? C42 Q1O 801 A 1 HETATM 22 C C43 Q1O . . . C 2 22.301 6.861 3.12 1 39.28 ? C43 Q1O 801 A 1 HETATM 23 C C45 Q1O . . . C 2 23.063 5.247 4.879 1 41.61 ? C45 Q1O 801 A 1 HETATM 24 C C47 Q1O . . . C 2 23.85 3.592 6.664 1 34.99 ? C47 Q1O 801 A 1 HETATM 25 C C48 Q1O . . . C 2 22.818 2.433 6.758 1 31.61 ? C48 Q1O 801 A 1 HETATM 26 C C53 Q1O . . . C 2 24.02 5.159 2.556 1 36.13 ? C53 Q1O 801 A 1 HETATM 27 C C54 Q1O . . . C 2 22.791 7.412 1.796 1 38.27 ? C54 Q1O 801 A 1 HETATM 28 F F49 Q1O . . . C 2 21.581 2.892 6.413 1 41.48 ? F49 Q1O 801 A 1 HETATM 29 F F50 Q1O . . . C 2 22.784 1.955 8.04 1 32.67 ? F50 Q1O 801 A 1 HETATM 30 F F51 Q1O . . . C 2 23.185 1.423 5.904 1 38.98 ? F51 Q1O 801 A 1 HETATM 31 N N18 Q1O . . . C 2 24.494 9.161 5.548 1 53.06 ? N18 Q1O 801 A 1 HETATM 32 N N20 Q1O . . . C 2 25.55 8.808 3.64 1 52.18 ? N20 Q1O 801 A 1 HETATM 33 N N23 Q1O . . . C 2 25.404 7.028 6.8 1 41.44 ? N23 Q1O 801 A 1 HETATM 34 N N25 Q1O . . . C 2 26.445 4.878 7.774 1 35.32 ? N25 Q1O 801 A 1 HETATM 35 N N26 Q1O . . . C 2 26.956 5.626 5.395 1 42.53 ? N26 Q1O 801 A 1 HETATM 36 N N37 Q1O . . . C 2 18.236 5.531 2.704 1 34.25 ? N37 Q1O 801 A 1 HETATM 37 N N44 Q1O . . . C 2 23.126 5.76 3.511 1 38.27 ? N44 Q1O 801 A 1 HETATM 38 N N46 Q1O . . . C 2 23.914 4.113 5.279 1 36.6 ? N46 Q1O 801 A 1 HETATM 39 O O01 Q1O . . . C 2 16.153 3.214 3.611 1 30.98 ? O01 Q1O 801 A 1 HETATM 40 O O04 Q1O . . . C 2 13.782 4.644 3.524 1 25.38 ? O04 Q1O 801 A 1 HETATM 41 O O07 Q1O . . . C 2 16.073 8.656 3.795 1 36.16 ? O07 Q1O 801 A 1 HETATM 42 O O09 Q1O . . . C 2 15.586 11.205 3.559 1 28.48 ? O09 Q1O 801 A 1 HETATM 43 O O12 Q1O . . . C 2 18.445 10.967 2.855 1 46.15 ? O12 Q1O 801 A 1 HETATM 44 O O13 Q1O . . . C 2 19.92 9.588 4.457 1 54.67 ? O13 Q1O 801 A 1 HETATM 45 O O16 Q1O . . . C 2 22.452 9.324 6.446 1 45.03 ? O16 Q1O 801 A 1 HETATM 46 O O28 Q1O . . . C 2 27.36 6.37 3.274 1 49.07 ? O28 Q1O 801 A 1 HETATM 47 O O30 Q1O . . . C 2 23.073 11.987 7.59 1 62.32 ? O30 Q1O 801 A 1 HETATM 48 O O32 Q1O . . . C 2 22.141 12.891 5.3 1 79.95 ? O32 Q1O 801 A 1 HETATM 49 O O33 Q1O . . . C 2 19.48 12.101 4.776 1 49.98 ? O33 Q1O 801 A 1 HETATM 50 O O34 Q1O . . . C 2 14.96 10.059 5.668 1 44.12 ? O34 Q1O 801 A 1 HETATM 51 O O35 Q1O . . . C 2 15.931 6.248 2.214 1 28.93 ? O35 Q1O 801 A 1 HETATM 52 O O52 Q1O . . . C 2 22.338 5.736 5.653 1 43.95 ? O52 Q1O 801 A 1 HETATM 53 P P08 Q1O . . . C 2 15.988 10.126 4.565 1 31.13 ? P08 Q1O 801 A 1 HETATM 54 P P11 Q1O . . . C 2 18.844 10.824 4.304 1 44.27 ? P11 Q1O 801 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 72 _model_server_stats.parse_time_ms 20 _model_server_stats.create_model_time_ms 2 _model_server_stats.query_time_ms 290 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 54 #