data_8D3M # _model_server_result.job_id DwMfn_bBGUcsWlpqTHO8Ug _model_server_result.datetime_utc '2024-10-25 20:33:50' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8d3m # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":401}' # _entry.id 8D3M # _exptl.entry_id 8D3M _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8D3M _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8D3M _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details nonameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 9 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 6 _struct_asym.id J _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 I SG CYS 192 I CYS 193 1_555 K S3 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.944 ? covale ? covale2 I SG CYS 198 I CYS 199 1_555 K S1 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? metalc ? metalc1 H OP1 DG 29 H DG 29 1_555 J MN MN . H MN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.726 ? metalc ? metalc2 J MN MN . H MN 401 1_555 I OD2 ASP 81 I ASP 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc ? metalc3 J MN MN . H MN 401 1_555 I O TYR 108 I TYR 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.663 ? metalc ? metalc4 I SG CYS 20 I CYS 21 1_555 K FE1 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc5 I SG CYS 20 I CYS 21 1_555 K FE4 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? metalc ? metalc6 I SG CYS 189 I CYS 190 1_555 K FE1 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.115 ? metalc ? metalc7 I SG CYS 189 I CYS 190 1_555 K FE2 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? metalc ? metalc8 I SG CYS 192 I CYS 193 1_555 K FE2 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc9 I SG CYS 192 I CYS 193 1_555 K FE4 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc10 I SG CYS 198 I CYS 199 1_555 K FE2 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc11 I SG CYS 198 I CYS 199 1_555 K FE3 SF4 . I SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 G N1 DG 1 G DG 1 1_555 H N3 DC 22 H DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 G N2 DG 1 G DG 1 1_555 H O2 DC 22 H DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 G O6 DG 1 G DG 1 1_555 H N4 DC 22 H DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 G N3 DT 2 G DT 2 1_555 H N1 DA 21 H DA 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 G O4 DT 2 G DT 2 1_555 H N6 DA 21 H DA 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 G N3 DT 3 G DT 3 1_555 H N1 DA 20 H DA 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 G O4 DT 3 G DT 3 1_555 H N6 DA 20 H DA 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 G N3 DC 4 G DC 4 1_555 H N1 DG 19 H DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 G N4 DC 4 G DC 4 1_555 H O6 DG 19 H DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 G O2 DC 4 G DC 4 1_555 H N2 DG 19 H DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 G N3 DT 5 G DT 5 1_555 H N1 DA 18 H DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 G O4 DT 5 G DT 5 1_555 H N6 DA 18 H DA 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 G N1 DG 6 G DG 6 1_555 H N3 DC 17 H DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 G N2 DG 6 G DG 6 1_555 H O2 DC 17 H DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 G O6 DG 6 G DG 6 1_555 H N4 DC 17 H DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 G N1 DG 7 G DG 7 1_555 H N3 DC 16 H DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 G N2 DG 7 G DG 7 1_555 H O2 DC 16 H DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 G O6 DG 7 G DG 7 1_555 H N4 DC 16 H DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 G N3 DT 8 G DT 8 1_555 H N1 DA 15 H DA 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 G O4 DT 8 G DT 8 1_555 H N6 DA 15 H DA 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 G N1 DG 9 G DG 9 1_555 H N3 DC 14 H DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 G N2 DG 9 G DG 9 1_555 H O2 DC 14 H DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 G O6 DG 9 G DG 9 1_555 H N4 DC 14 H DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 G N1 DG 10 G DG 10 1_555 H N3 DC 13 H DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 G N2 DG 10 G DG 10 1_555 H O2 DC 13 H DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 G O6 DG 10 G DG 10 1_555 H N4 DC 13 H DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 G N3 DT 11 G DT 11 1_555 H N1 DA 12 H DA 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 G O4 DT 11 G DT 11 1_555 H N6 DA 12 H DA 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog29 G N4 DC 12 G DC 12 1_555 H O6 DG 11 H DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 G N3 DC 13 G DC 13 1_555 H N1 DG 10 H DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 G N4 DC 13 G DC 13 1_555 H O6 DG 10 H DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 G O2 DC 13 G DC 13 1_555 H N2 DG 10 H DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 G N3 DT 14 G DT 14 1_555 H N1 DA 9 H DA 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 G O4 DT 14 G DT 14 1_555 H N6 DA 9 H DA 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 G N3 DC 15 G DC 15 1_555 H N1 DG 8 H DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 G N4 DC 15 G DC 15 1_555 H O6 DG 8 H DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 G O2 DC 15 G DC 15 1_555 H N2 DG 8 H DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 G N1 DA 16 G DA 16 1_555 H N3 DT 7 H DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 G N6 DA 16 G DA 16 1_555 H O4 DT 7 H DT 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 G N1 DG 17 G DG 17 1_555 H N3 DC 6 H DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 G N2 DG 17 G DG 17 1_555 H O2 DC 6 H DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 G O6 DG 17 G DG 17 1_555 H N4 DC 6 H DC 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 G N3 DC 18 G DC 18 1_555 H N1 DG 5 H DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 G N4 DC 18 G DC 18 1_555 H O6 DG 5 H DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 G O2 DC 18 G DC 18 1_555 H N2 DG 5 H DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 G N3 DT 19 G DT 19 1_555 H N1 DA 4 H DA 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 G O4 DT 19 G DT 19 1_555 H N6 DA 4 H DA 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 G N1 DA 20 G DA 20 1_555 H N3 DT 3 H DT 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 G N6 DA 20 G DA 20 1_555 H O4 DT 3 H DT 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 G N3 DC 21 G DC 21 1_555 H N1 DG 2 H DG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 G N4 DC 21 G DC 21 1_555 H O6 DG 2 H DG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 G O2 DC 21 G DC 21 1_555 H N2 DG 2 H DG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog53 G N2 DG 22 G DG 22 1_555 H O2 DC 1 H DC 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8D3M _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code J 6 MN H 1 401 401 MN MN . K 7 SF4 I 1 301 301 SF4 SF4 . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id J _atom_site.label_entity_id 6 _atom_site.Cartn_x 147.749 _atom_site.Cartn_y 173.816 _atom_site.Cartn_z 177.494 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 66.94 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 401 _atom_site.auth_asym_id H _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 62 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 19 _model_server_stats.query_time_ms 303 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 1 #