data_8D96 # _model_server_result.job_id V_rfmMxdWERGVCuibyXWPQ _model_server_result.datetime_utc '2024-10-26 14:20:59' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8d96 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":601}' # _entry.id 8D96 # _exptl.entry_id 8D96 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 351.64 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'IRON/SULFUR CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8D96 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8D96 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 5 _struct_asym.id E _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 C O3' GTP 1 E GTP 1 1_555 C P G 2 E G 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.604 ? metalc ? metalc1 A SG CYS 287 B CYS 287 1_555 E FE4 SF4 . B SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.267 ? metalc ? metalc2 A OH TYR 345 B TYR 345 1_555 F MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.916 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 367 B CYS 367 1_555 E FE1 SF4 . B SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 384 B CYS 384 1_555 E FE2 SF4 . B SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc5 A SG CYS 424 B CYS 424 1_555 E FE3 SF4 . B SF4 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc6 F MG MG . B MG 602 1_555 C O1G GTP 1 E GTP 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.767 ? metalc ? metalc7 F MG MG . B MG 602 1_555 C O1A GTP 1 E GTP 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.838 ? hydrog 'GTP-DC MISPAIR' hydrog1 C O6 GTP 1 E GTP 1 1_555 D N4 DC 17 F DC 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 C N1 G 2 E G 2 1_555 D N3 DC 16 F DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 C N2 G 2 E G 2 1_555 D O2 DC 16 F DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 C O6 G 2 E G 2 1_555 D N4 DC 16 F DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-DG PAIR' hydrog5 C N4 C 3 E C 3 1_555 D O6 DG 15 F DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-DC PAIR' hydrog6 C N1 G 4 E G 4 1_555 D O2 DC 14 F DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 C N1 G 5 E G 5 1_555 D N3 DC 13 F DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 C N2 G 5 E G 5 1_555 D O2 DC 13 F DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 C O6 G 5 E G 5 1_555 D N4 DC 13 F DC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 C N3 C 6 E C 6 1_555 D N1 DG 12 F DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 C N4 C 6 E C 6 1_555 D O6 DG 12 F DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 C O2 C 6 E C 6 1_555 D N2 DG 12 F DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-DT PAIR' hydrog13 C N1 A 7 E A 7 1_555 D N3 DT 11 F DT 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 C N3 C 8 E C 8 1_555 D N1 DG 10 F DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 C N4 C 8 E C 8 1_555 D O6 DG 10 F DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 C O2 C 8 E C 8 1_555 D N2 DG 10 F DG 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-DC PAIR' hydrog17 C N2 G 9 E G 9 1_555 D O2 DC 9 F DC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 C N1 DA 10 E DA 10 1_555 D N3 DT 8 F DT 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 C N6 DA 10 E DA 10 1_555 D O4 DT 8 F DT 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 C N3 DC 11 E DC 11 1_555 D N1 DG 7 F DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 C N4 DC 11 E DC 11 1_555 D O6 DG 7 F DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 C O2 DC 11 E DC 11 1_555 D N2 DG 7 F DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 C N3 DC 12 E DC 12 1_555 D N1 DG 6 F DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 C N4 DC 12 E DC 12 1_555 D O6 DG 6 F DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 C O2 DC 12 E DC 12 1_555 D N2 DG 6 F DG 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Fe4 S4' _chem_comp.formula_weight 351.64 _chem_comp.id SF4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'IRON/SULFUR CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag FE1 S2 SF4 sing 650 n n FE1 S3 SF4 sing 651 n n FE1 S4 SF4 sing 652 n n FE2 S1 SF4 sing 653 n n FE2 S3 SF4 sing 654 n n FE2 S4 SF4 sing 655 n n FE3 S1 SF4 sing 656 n n FE3 S2 SF4 sing 657 n n FE3 S4 SF4 sing 658 n n FE4 S1 SF4 sing 659 n n FE4 S2 SF4 sing 660 n n FE4 S3 SF4 sing 661 n n # _atom_sites.entry_id 8D96 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 5 SF4 B 1 601 501 SF4 SF4 . F 6 MG B 1 602 101 MG MG . G 7 DTP C 1 1501 1 DTP DTP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . E 5 170.877 188.925 151.592 1 223 ? FE1 SF4 601 B 1 HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . E 5 168.256 189.139 152.343 1 229.5 ? FE2 SF4 601 B 1 HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . E 5 170.214 188.935 154.245 1 228.23 ? FE3 SF4 601 B 1 HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . E 5 169.587 186.775 152.688 1 226.83 ? FE4 SF4 601 B 1 HETATM 5 S S1 SF4 . . . E 5 168.23 187.813 154.198 1 227.12 ? S1 SF4 601 B 1 HETATM 6 S S2 SF4 . . . E 5 171.676 187.527 153.207 1 223.11 ? S2 SF4 601 B 1 HETATM 7 S S3 SF4 . . . E 5 169.105 187.796 150.707 1 223.61 ? S3 SF4 601 B 1 HETATM 8 S S4 SF4 . . . E 5 169.924 190.637 152.757 1 229.74 ? S4 SF4 601 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 59 _model_server_stats.parse_time_ms 23 _model_server_stats.create_model_time_ms 35 _model_server_stats.query_time_ms 216 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 8 #