data_8DBA # _model_server_result.job_id hxZVDs3LH-7qCUwWgf0yaw _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 14:24:48' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8dba # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"RA","auth_seq_id":603}' # _entry.id 8DBA # _exptl.entry_id 8DBA _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 427.201 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 24 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 93.13 _cell.angle_beta 94.43 _cell.angle_gamma 108.09 _cell.entry_id 8DBA _cell.length_a 105.11 _cell.length_b 136.09 _cell.length_c 146.2 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8DBA _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall 'P 1' _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 M N N ? 2 P N N ? 2 Q N N ? 2 T N N ? 2 V N N ? 2 Y N N ? 2 Z N N ? 2 CA N N ? 2 DA N N ? 2 GA N N ? 2 HA N N ? 2 JA N N ? 2 KA N N ? 2 NA N N ? 2 PA N N ? 2 RA N N ? 2 TA N N ? 2 WA N N ? 2 XA N N ? 2 AB N N ? 2 BB N N ? 2 EB N N ? 2 FB N N ? 2 GB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 I NZ LYS 280 I LYS 278 1_555 WA O3B ADP . I ADP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.297 ? metalc ? metalc1 A OG1 THR 40 A THR 38 1_555 O MG MG . A MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 304 A GLU 302 1_555 N MG MG . A MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.794 ? metalc ? metalc3 N MG MG . A MG 602 1_555 P O2B ADP . A ADP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.944 ? metalc ? metalc4 N MG MG . A MG 602 1_555 HB O HOH . A HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.147 ? metalc ? metalc5 N MG MG . A MG 602 1_555 C OG SER 416 C SER 414 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.863 ? metalc ? metalc6 O MG MG . A MG 603 1_555 HB O HOH . A HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? metalc ? metalc7 O MG MG . A MG 603 1_555 HB O HOH . A HOH 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc8 B OG1 THR 40 B THR 38 1_555 S MG MG . B MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.664 ? metalc ? metalc9 B OG SER 281 B SER 279 1_555 R MG MG . B MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.833 ? metalc ? metalc10 Q O2B ADP . B ADP 601 1_555 S MG MG . B MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.883 ? metalc ? metalc11 R MG MG . B MG 602 1_555 T O3B ADP . B ADP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.767 ? metalc ? metalc12 R MG MG . B MG 602 1_555 IB O HOH . B HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.658 ? metalc ? metalc13 R MG MG . B MG 602 1_555 IB O HOH . B HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.145 ? metalc ? metalc14 S MG MG . B MG 603 1_555 IB O HOH . B HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.743 ? metalc ? metalc15 U MG MG . B MG 605 1_555 F OG1 THR 40 F THR 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.827 ? metalc ? metalc16 U MG MG . B MG 605 1_555 MB O HOH . F HOH 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc17 V O1A ADP . C ADP 601 1_555 X MG MG . C MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? metalc ? metalc18 W MG MG . C MG 602 1_555 Y O2B ADP . C ADP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? metalc ? metalc19 W MG MG . C MG 602 1_555 JB O HOH . C HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.975 ? metalc ? metalc20 X MG MG . C MG 603 1_555 JB O HOH . C HOH 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? metalc ? metalc21 X MG MG . C MG 603 1_555 JB O HOH . C HOH 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.963 ? metalc ? metalc22 D OG1 THR 40 D THR 38 1_555 BA MG MG . D MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc23 D O ALA 276 D ALA 274 1_555 AA MG MG . D MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? metalc ? metalc24 AA MG MG . D MG 602 1_555 CA O2B ADP . D ADP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.898 ? metalc ? metalc25 AA MG MG . D MG 602 1_555 CA O3B ADP . D ADP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? metalc ? metalc26 BA MG MG . D MG 603 1_555 KB O HOH . D HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? metalc ? metalc27 E OG1 THR 40 E THR 38 1_555 FA MG MG . E MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.911 ? metalc ? metalc28 E OG SER 281 E SER 279 1_555 EA MG MG . E MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? metalc ? metalc29 EA MG MG . E MG 602 1_555 GA O1B ADP . E ADP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? metalc ? metalc30 EA MG MG . E MG 602 1_555 GA O2B ADP . E ADP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.861 ? metalc ? metalc31 EA MG MG . E MG 602 1_555 LB O HOH . E HOH 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? metalc ? metalc32 FA MG MG . E MG 603 1_555 LB O HOH . E HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc33 FA MG MG . E MG 603 1_555 LB O HOH . E HOH 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? metalc ? metalc34 IA MG MG . F MG 602 1_555 JA O2B ADP . F ADP 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.604 ? metalc ? metalc35 IA MG MG . F MG 602 1_555 MB O HOH . F HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc36 G OG1 THR 40 G THR 38 1_555 MA MG MG . G MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? metalc ? metalc37 G OG SER 281 G SER 279 1_555 LA MG MG . G MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.592 ? metalc ? metalc38 KA O2B ADP . G ADP 601 1_555 MA MG MG . G MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.758 ? metalc ? metalc39 LA MG MG . G MG 602 1_555 NA O1B ADP . G ADP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.871 ? metalc ? metalc40 LA MG MG . G MG 602 1_555 NB O HOH . G HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc41 MA MG MG . G MG 603 1_555 NB O HOH . G HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.942 ? metalc ? metalc42 MA MG MG . G MG 603 1_555 NB O HOH . G HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? metalc ? metalc43 OA MG MG . G MG 605 1_555 H OG SER 281 H SER 279 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.831 ? metalc ? metalc44 OA MG MG . G MG 605 1_555 RA O2B ADP . H ADP 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.835 ? metalc ? metalc45 OA MG MG . G MG 605 1_555 OB O HOH . H HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? metalc ? metalc46 H OG1 THR 40 H THR 38 1_555 QA MG MG . H MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.901 ? metalc ? metalc47 H OE2 GLU 65 H GLU 63 1_555 QA MG MG . H MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? metalc ? metalc48 PA O2B ADP . H ADP 601 1_555 QA MG MG . H MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.812 ? metalc ? metalc49 QA MG MG . H MG 602 1_555 OB O HOH . H HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.894 ? metalc ? metalc50 QA MG MG . H MG 602 1_555 OB O HOH . H HOH 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? metalc ? metalc51 SA MG MG . H MG 604 1_555 GB O2B ADP . L ADP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.13 ? metalc ? metalc52 SA MG MG . H MG 604 1_555 GB O3B ADP . L ADP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? metalc ? metalc53 SA MG MG . H MG 604 1_555 GB O1A ADP . L ADP 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? metalc ? metalc54 SA MG MG . H MG 604 1_555 SB O HOH . L HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? metalc ? metalc55 SA MG MG . H MG 604 1_555 SB O HOH . L HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.971 ? metalc ? metalc56 I OG SER 281 I SER 279 1_555 UA MG MG . I MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.6 ? metalc ? metalc57 I OE2 GLU 304 I GLU 302 1_555 UA MG MG . I MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.766 ? metalc ? metalc58 UA MG MG . I MG 602 1_555 WA O1B ADP . I ADP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.642 ? metalc ? metalc59 UA MG MG . I MG 602 1_555 WA O2B ADP . I ADP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.972 ? metalc ? metalc60 UA MG MG . I MG 602 1_555 PB O HOH . I HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc61 VA MG MG . I MG 603 1_555 PB O HOH . I HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc62 VA MG MG . I MG 603 1_555 PB O HOH . I HOH 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? metalc ? metalc63 VA MG MG . I MG 603 1_555 PB O HOH . I HOH 707 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc64 J OG SER 281 J SER 279 1_555 YA MG MG . J MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.464 ? metalc ? metalc65 J OE2 GLU 304 J GLU 302 1_555 YA MG MG . J MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.772 ? metalc ? metalc66 YA MG MG . J MG 602 1_555 AB O1B ADP . J ADP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? metalc ? metalc67 YA MG MG . J MG 602 1_555 QB O HOH . J HOH 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.989 ? metalc ? metalc68 YA MG MG . J MG 602 1_555 QB O HOH . J HOH 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.653 ? metalc ? metalc69 ZA MG MG . J MG 603 1_555 QB O HOH . J HOH 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.645 ? metalc ? metalc70 ZA MG MG . J MG 603 1_555 QB O HOH . J HOH 704 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? metalc ? metalc71 K OG1 THR 40 K THR 38 1_555 DB MG MG . K MG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.54 ? metalc ? metalc72 K OG SER 281 K SER 279 1_555 CB MG MG . K MG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.796 ? metalc ? metalc73 CB MG MG . K MG 602 1_555 EB O1B ADP . K ADP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.868 ? metalc ? metalc74 CB MG MG . K MG 602 1_555 RB O HOH . K HOH 705 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc75 CB MG MG . K MG 602 1_555 RB O HOH . K HOH 706 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.698 ? metalc ? metalc76 DB MG MG . K MG 603 1_555 RB O HOH . K HOH 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? # _chem_comp.formula 'C10 H15 N5 O10 P2' _chem_comp.formula_weight 427.201 _chem_comp.id ADP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PB O1B ADP doub 1 n n PB O2B ADP sing 2 n n PB O3B ADP sing 3 n n PB O3A ADP sing 4 n n O2B HOB2 ADP sing 5 n n O3B HOB3 ADP sing 6 n n PA O1A ADP doub 7 n n PA O2A ADP sing 8 n n PA O3A ADP sing 9 n n PA O5' ADP sing 10 n n O2A HOA2 ADP sing 11 n n O5' C5' ADP sing 12 n n C5' C4' ADP sing 13 n n C5' "H5'1" ADP sing 14 n n C5' "H5'2" ADP sing 15 n n C4' O4' ADP sing 16 n n C4' C3' ADP sing 17 n n C4' H4' ADP sing 18 n n O4' C1' ADP sing 19 n n C3' O3' ADP sing 20 n n C3' C2' ADP sing 21 n n C3' H3' ADP sing 22 n n O3' HO3' ADP sing 23 n n C2' O2' ADP sing 24 n n C2' C1' ADP sing 25 n n C2' H2' ADP sing 26 n n O2' HO2' ADP sing 27 n n C1' N9 ADP sing 28 n n C1' H1' ADP sing 29 n n N9 C8 ADP sing 30 n y N9 C4 ADP sing 31 n y C8 N7 ADP doub 32 n y C8 H8 ADP sing 33 n n N7 C5 ADP sing 34 n y C5 C6 ADP sing 35 n y C5 C4 ADP doub 36 n y C6 N6 ADP sing 37 n n C6 N1 ADP doub 38 n y N6 HN61 ADP sing 39 n n N6 HN62 ADP sing 40 n n N1 C2 ADP sing 41 n y C2 N3 ADP doub 42 n y C2 H2 ADP sing 43 n n N3 C4 ADP sing 44 n y # _atom_sites.entry_id 8DBA _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009514 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.003108 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000998 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00773 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000643 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006884 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 2 ADP A 1 601 602 ADP ADP . N 3 MG A 1 602 701 MG MG . O 3 MG A 1 603 801 MG MG . P 2 ADP A 1 604 806 ADP ADP . Q 2 ADP B 1 601 602 ADP ADP . R 3 MG B 1 602 701 MG MG . S 3 MG B 1 603 801 MG MG . T 2 ADP B 1 604 806 ADP ADP . U 3 MG B 1 605 801 MG MG . V 2 ADP C 1 601 602 ADP ADP . W 3 MG C 1 602 701 MG MG . X 3 MG C 1 603 801 MG MG . Y 2 ADP C 1 604 806 ADP ADP . Z 2 ADP D 1 601 602 ADP ADP . AA 3 MG D 1 602 701 MG MG . BA 3 MG D 1 603 801 MG MG . CA 2 ADP D 1 604 806 ADP ADP . DA 2 ADP E 1 601 602 ADP ADP . EA 3 MG E 1 602 701 MG MG . FA 3 MG E 1 603 801 MG MG . GA 2 ADP E 1 604 806 ADP ADP . HA 2 ADP F 1 601 602 ADP ADP . IA 3 MG F 1 602 701 MG MG . JA 2 ADP F 1 603 806 ADP ADP . KA 2 ADP G 1 601 602 ADP ADP . LA 3 MG G 1 602 701 MG MG . MA 3 MG G 1 603 801 MG MG . NA 2 ADP G 1 604 806 ADP ADP . OA 3 MG G 1 605 701 MG MG . PA 2 ADP H 1 601 602 ADP ADP . QA 3 MG H 1 602 801 MG MG . RA 2 ADP H 1 603 806 ADP ADP . SA 3 MG H 1 604 701 MG MG . TA 2 ADP I 1 601 602 ADP ADP . UA 3 MG I 1 602 701 MG MG . VA 3 MG I 1 603 801 MG MG . WA 2 ADP I 1 604 806 ADP ADP . XA 2 ADP J 1 601 602 ADP ADP . YA 3 MG J 1 602 701 MG MG . ZA 3 MG J 1 603 801 MG MG . AB 2 ADP J 1 604 806 ADP ADP . BB 2 ADP K 1 601 602 ADP ADP . CB 3 MG K 1 602 701 MG MG . DB 3 MG K 1 603 801 MG MG . EB 2 ADP K 1 604 806 ADP ADP . FB 2 ADP L 1 601 602 ADP ADP . GB 2 ADP L 1 602 806 ADP ADP . HB 4 HOH A 1 701 702 HOH HOH . HB 4 HOH A 2 702 804 HOH HOH . HB 4 HOH A 3 703 802 HOH HOH . HB 4 HOH A 4 704 803 HOH HOH . HB 4 HOH A 5 705 805 HOH HOH . IB 4 HOH B 1 701 703 HOH HOH . IB 4 HOH B 2 702 805 HOH HOH . IB 4 HOH B 3 703 702 HOH HOH . IB 4 HOH B 4 704 804 HOH HOH . JB 4 HOH C 1 701 703 HOH HOH . JB 4 HOH C 2 702 702 HOH HOH . JB 4 HOH C 3 703 703 HOH HOH . JB 4 HOH C 4 704 805 HOH HOH . JB 4 HOH C 5 705 803 HOH HOH . JB 4 HOH C 6 706 802 HOH HOH . JB 4 HOH C 7 707 804 HOH HOH . KB 4 HOH D 1 701 703 HOH HOH . KB 4 HOH D 2 702 702 HOH HOH . KB 4 HOH D 3 703 805 HOH HOH . KB 4 HOH D 4 704 803 HOH HOH . KB 4 HOH D 5 705 802 HOH HOH . KB 4 HOH D 6 706 804 HOH HOH . LB 4 HOH E 1 701 805 HOH HOH . LB 4 HOH E 2 702 703 HOH HOH . LB 4 HOH E 3 703 802 HOH HOH . LB 4 HOH E 4 704 803 HOH HOH . LB 4 HOH E 5 705 702 HOH HOH . LB 4 HOH E 6 706 804 HOH HOH . MB 4 HOH F 1 701 703 HOH HOH . MB 4 HOH F 2 702 702 HOH HOH . MB 4 HOH F 3 703 803 HOH HOH . MB 4 HOH F 4 704 805 HOH HOH . MB 4 HOH F 5 705 804 HOH HOH . MB 4 HOH F 6 706 802 HOH HOH . NB 4 HOH G 1 701 702 HOH HOH . NB 4 HOH G 2 702 805 HOH HOH . NB 4 HOH G 3 703 804 HOH HOH . NB 4 HOH G 4 704 802 HOH HOH . NB 4 HOH G 5 705 703 HOH HOH . OB 4 HOH H 1 701 702 HOH HOH . OB 4 HOH H 2 702 805 HOH HOH . OB 4 HOH H 3 703 703 HOH HOH . OB 4 HOH H 4 704 804 HOH HOH . OB 4 HOH H 5 705 803 HOH HOH . PB 4 HOH I 1 701 805 HOH HOH . PB 4 HOH I 2 702 802 HOH HOH . PB 4 HOH I 3 703 702 HOH HOH . PB 4 HOH I 4 704 803 HOH HOH . PB 4 HOH I 5 705 803 HOH HOH . PB 4 HOH I 6 706 703 HOH HOH . PB 4 HOH I 7 707 804 HOH HOH . QB 4 HOH J 1 701 804 HOH HOH . QB 4 HOH J 2 702 703 HOH HOH . QB 4 HOH J 3 703 805 HOH HOH . QB 4 HOH J 4 704 803 HOH HOH . QB 4 HOH J 5 705 702 HOH HOH . RB 4 HOH K 1 701 805 HOH HOH . RB 4 HOH K 2 702 802 HOH HOH . RB 4 HOH K 3 703 803 HOH HOH . RB 4 HOH K 4 704 804 HOH HOH . RB 4 HOH K 5 705 703 HOH HOH . RB 4 HOH K 6 706 702 HOH HOH . SB 4 HOH L 1 701 702 HOH HOH . SB 4 HOH L 2 702 703 HOH HOH . SB 4 HOH L 3 703 805 HOH HOH . SB 4 HOH L 4 704 804 HOH HOH . SB 4 HOH L 5 705 803 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PB ADP . . . RA 2 15.642 138.993 61.6 1 79.91 ? PB ADP 603 H 1 HETATM 2 O O1B ADP . . . RA 2 14.6 138.984 60.506 1 84.03 ? O1B ADP 603 H 1 HETATM 3 O O2B ADP . . . RA 2 15.92 140.356 62.188 1 86.56 ? O2B ADP 603 H 1 HETATM 4 O O3B ADP . . . RA 2 16.876 138.18 61.292 1 67.05 ? O3B ADP 603 H 1 HETATM 5 P PA ADP . . . RA 2 13.657 138.792 63.56 1 109.76 ? PA ADP 603 H 1 HETATM 6 O O1A ADP . . . RA 2 12.777 139.441 62.517 1 104.95 ? O1A ADP 603 H 1 HETATM 7 O O2A ADP . . . RA 2 14.119 139.553 64.776 1 65.59 ? O2A ADP 603 H 1 HETATM 8 O O3A ADP . . . RA 2 14.945 138.192 62.808 1 72.28 ? O3A ADP 603 H 1 HETATM 9 O O5' ADP . . . RA 2 12.946 137.44 64.048 1 72.93 ? O5' ADP 603 H 1 HETATM 10 C C5' ADP . . . RA 2 11.714 137.001 63.481 1 83.92 ? C5' ADP 603 H 1 HETATM 11 C C4' ADP . . . RA 2 11.507 135.563 63.914 1 82.5 ? C4' ADP 603 H 1 HETATM 12 O O4' ADP . . . RA 2 10.992 135.504 65.251 1 89.03 ? O4' ADP 603 H 1 HETATM 13 C C3' ADP . . . RA 2 10.526 134.797 63.029 1 71.71 ? C3' ADP 603 H 1 HETATM 14 O O3' ADP . . . RA 2 11.232 133.971 62.108 1 82.31 ? O3' ADP 603 H 1 HETATM 15 C C2' ADP . . . RA 2 9.691 133.973 64.001 1 77.22 ? C2' ADP 603 H 1 HETATM 16 O O2' ADP . . . RA 2 9.795 132.574 63.759 1 97.1 ? O2' ADP 603 H 1 HETATM 17 C C1' ADP . . . RA 2 10.236 134.301 65.392 1 83.68 ? C1' ADP 603 H 1 HETATM 18 N N9 ADP . . . RA 2 9.121 134.421 66.352 1 90.59 ? N9 ADP 603 H 1 HETATM 19 C C8 ADP . . . RA 2 8.456 135.543 66.685 1 94.1 ? C8 ADP 603 H 1 HETATM 20 N N7 ADP . . . RA 2 7.489 135.269 67.6 1 93.39 ? N7 ADP 603 H 1 HETATM 21 C C5 ADP . . . RA 2 7.532 133.95 67.861 1 99.11 ? C5 ADP 603 H 1 HETATM 22 C C6 ADP . . . RA 2 6.795 132.999 68.726 1 107.39 ? C6 ADP 603 H 1 HETATM 23 N N6 ADP . . . RA 2 5.783 133.414 69.526 1 113.68 ? N6 ADP 603 H 1 HETATM 24 N N1 ADP . . . RA 2 7.167 131.7 68.693 1 97.05 ? N1 ADP 603 H 1 HETATM 25 C C2 ADP . . . RA 2 8.168 131.26 67.908 1 90.7 ? C2 ADP 603 H 1 HETATM 26 N N3 ADP . . . RA 2 8.876 132.07 67.1 1 90 ? N3 ADP 603 H 1 HETATM 27 C C4 ADP . . . RA 2 8.611 133.396 67.034 1 94.23 ? C4 ADP 603 H 1 HETATM 28 H "H5'1" ADP . . . RA 2 11.75 137.069 62.391 1 101.6 ? "H5'1" ADP 603 H 1 HETATM 29 H "H5'2" ADP . . . RA 2 10.889 137.626 63.829 1 101.6 ? "H5'2" ADP 603 H 1 HETATM 30 H H4' ADP . . . RA 2 12.499 135.096 63.843 1 99.89 ? H4' ADP 603 H 1 HETATM 31 H H3' ADP . . . RA 2 9.898 135.456 62.415 1 86.94 ? H3' ADP 603 H 1 HETATM 32 H HO3' ADP . . . RA 2 10.618 133.633 61.442 1 99.67 ? HO3' ADP 603 H 1 HETATM 33 H H2' ADP . . . RA 2 8.625 134.216 63.89 1 93.55 ? H2' ADP 603 H 1 HETATM 34 H HO2' ADP . . . RA 2 9.004 132.268 63.296 1 117.41 ? HO2' ADP 603 H 1 HETATM 35 H H1' ADP . . . RA 2 10.884 133.502 65.779 1 101.31 ? H1' ADP 603 H 1 HETATM 36 H H8 ADP . . . RA 2 8.662 136.526 66.28 1 113.81 ? H8 ADP 603 H 1 HETATM 37 H HN61 ADP . . . RA 2 5.514 134.387 69.543 1 137.31 ? HN61 ADP 603 H 1 HETATM 38 H HN62 ADP . . . RA 2 5.298 132.744 70.104 1 137.31 ? HN62 ADP 603 H 1 HETATM 39 H H2 ADP . . . RA 2 8.415 130.206 67.927 1 109.73 ? H2 ADP 603 H 1 # _model_server_stats.io_time_ms 171 _model_server_stats.parse_time_ms 33 _model_server_stats.create_model_time_ms 126 _model_server_stats.query_time_ms 301 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 39 #