data_8DBE # _model_server_result.job_id 708KtloXtt1X2awTJbp6zQ _model_server_result.datetime_utc '2024-12-22 06:31:22' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8dbe # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":401}' # _entry.id 8DBE # _exptl.entry_id 8DBE _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 230.11 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8DBE _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8DBE _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 G N N ? 2 M N N ? 2 Q N N ? 2 V N N ? 2 AA N N ? 2 GA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD2 ASP 171 A ASP 171 1_555 K MG MG . A MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? metalc ? metalc2 G O2 HSX . A HSX 401 1_555 K MG MG . A MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? metalc ? metalc3 G O1 HSX . A HSX 401 1_555 K MG MG . A MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc4 I O1A ADP . A ADP 403 1_555 J MG MG . A MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? metalc ? metalc5 I O3A ADP . A ADP 403 1_555 J MG MG . A MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.643 ? metalc ? metalc6 J MG MG . A MG 404 1_555 KA O HOH . A HOH 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? metalc ? metalc7 J MG MG . A MG 404 1_555 KA O HOH . A HOH 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc8 J MG MG . A MG 404 1_555 KA O HOH . A HOH 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.867 ? metalc ? metalc9 L O2A ADP . A ADP 406 1_555 O MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? metalc ? metalc10 L O3A ADP . A ADP 406 1_555 O MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.643 ? metalc ? metalc11 KA O HOH . A HOH 506 1_555 O MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? metalc ? metalc12 KA O HOH . A HOH 508 1_555 O MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc13 B OD2 ASP 171 B ASP 171 1_555 P MG MG . B MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.202 ? metalc ? metalc14 M O2 HSX . B HSX 401 1_555 P MG MG . B MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? metalc ? metalc15 M O1 HSX . B HSX 401 1_555 P MG MG . B MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc16 O MG MG . B MG 403 1_555 LA O HOH . B HOH 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.867 ? metalc ? metalc17 C OD2 ASP 171 C ASP 171 1_555 U MG MG . C MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.202 ? metalc ? metalc18 Q O2 HSX . C HSX 401 1_555 U MG MG . C MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? metalc ? metalc19 Q O1 HSX . C HSX 401 1_555 U MG MG . C MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc20 S O1A ADP . C ADP 403 1_555 T MG MG . C MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? metalc ? metalc21 S O3A ADP . C ADP 403 1_555 T MG MG . C MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.643 ? metalc ? metalc22 T MG MG . C MG 404 1_555 MA O HOH . C HOH 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? metalc ? metalc23 T MG MG . C MG 404 1_555 MA O HOH . C HOH 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc24 T MG MG . C MG 404 1_555 MA O HOH . C HOH 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.867 ? metalc ? metalc25 D OD2 ASP 171 D ASP 171 1_555 Z MG MG . D MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? metalc ? metalc26 V O2 HSX . D HSX 401 1_555 Z MG MG . D MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? metalc ? metalc27 V O1 HSX . D HSX 401 1_555 Z MG MG . D MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc28 X O2A ADP . D ADP 403 1_555 Y MG MG . D MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? metalc ? metalc29 X O3A ADP . D ADP 403 1_555 Y MG MG . D MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.643 ? metalc ? metalc30 Y MG MG . D MG 404 1_555 NA O HOH . D HOH 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? metalc ? metalc31 Y MG MG . D MG 404 1_555 NA O HOH . D HOH 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc32 Y MG MG . D MG 404 1_555 NA O HOH . D HOH 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.867 ? metalc ? metalc33 E OD2 ASP 171 E ASP 171 1_555 EA MG MG . E MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.202 ? metalc ? metalc34 AA O2 HSX . E HSX 401 1_555 EA MG MG . E MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? metalc ? metalc35 AA O1 HSX . E HSX 401 1_555 EA MG MG . E MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc36 CA O1A ADP . E ADP 403 1_555 DA MG MG . E MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? metalc ? metalc37 CA O3A ADP . E ADP 403 1_555 DA MG MG . E MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.643 ? metalc ? metalc38 DA MG MG . E MG 404 1_555 OA O HOH . E HOH 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? metalc ? metalc39 DA MG MG . E MG 404 1_555 OA O HOH . E HOH 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc40 DA MG MG . E MG 404 1_555 OA O HOH . E HOH 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.867 ? metalc ? metalc41 FA O2A ADP . E ADP 406 1_555 IA MG MG . F MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? metalc ? metalc42 FA O3A ADP . E ADP 406 1_555 IA MG MG . F MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.643 ? metalc ? metalc43 OA O HOH . E HOH 505 1_555 IA MG MG . F MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.92 ? metalc ? metalc44 OA O HOH . E HOH 508 1_555 IA MG MG . F MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc45 F OD2 ASP 171 F ASP 171 1_555 JA MG MG . F MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.201 ? metalc ? metalc46 GA O2 HSX . F HSX 401 1_555 JA MG MG . F MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? metalc ? metalc47 GA O1 HSX . F HSX 401 1_555 JA MG MG . F MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc48 IA MG MG . F MG 403 1_555 PA O HOH . F HOH 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.867 ? # _chem_comp.formula 'C5 H11 O8 P' _chem_comp.formula_weight 230.11 _chem_comp.id HSX _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name 5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose _chem_comp.type 'd-saccharide, alpha linking' _chem_comp.pdbx_synonyms 5-O-phosphono-alpha-D-ribose;5-O-phosphono-D-ribose;5-O-phosphono-ribose # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag O4 C1 HSX sing 196 n n C1 O1 HSX sing 197 n n C1 C2 HSX sing 198 n n C1 H1 HSX sing 199 n n O4 C4 HSX sing 200 n n C3 C2 HSX sing 201 n n C2 O2 HSX sing 202 n n C2 H2 HSX sing 203 n n O2 HO2 HSX sing 204 n n C4 C3 HSX sing 205 n n C3 O3 HSX sing 206 n n C3 H3 HSX sing 207 n n O3 HO3 HSX sing 208 n n C5 C4 HSX sing 209 n n C4 H4 HSX sing 210 n n O5 C5 HSX sing 211 n n C5 H51 HSX sing 212 n n C5 H52 HSX sing 213 n n P' O5 HSX sing 214 n n O1X P' HSX doub 215 n n O3X P' HSX sing 216 n n P' O2X HSX sing 217 n n O2X HO2X HSX sing 218 n n O3X HO3X HSX sing 219 n n O1 HO1 HSX sing 220 n n # _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id HSX _pdbx_chem_comp_identifier.identifier a-D-Ribf5PO3 _pdbx_chem_comp_identifier.type 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' _pdbx_chem_comp_identifier.program PDB-CARE _pdbx_chem_comp_identifier.program_version 1 # _atom_sites.entry_id 8DBE _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 2 HSX A 1 401 401 HSX HSX . H 3 ADP A 1 402 402 ADP ADP . I 3 ADP A 1 403 403 ADP ADP . J 4 MG A 1 404 421 MG MG . K 4 MG A 1 405 422 MG MG . L 3 ADP A 1 406 403 ADP ADP . M 2 HSX B 1 401 401 HSX HSX . N 3 ADP B 1 402 402 ADP ADP . O 4 MG B 1 403 421 MG MG . P 4 MG B 1 404 422 MG MG . Q 2 HSX C 1 401 401 HSX HSX . R 3 ADP C 1 402 402 ADP ADP . S 3 ADP C 1 403 403 ADP ADP . T 4 MG C 1 404 421 MG MG . U 4 MG C 1 405 422 MG MG . V 2 HSX D 1 401 401 HSX HSX . W 3 ADP D 1 402 402 ADP ADP . X 3 ADP D 1 403 403 ADP ADP . Y 4 MG D 1 404 421 MG MG . Z 4 MG D 1 405 422 MG MG . AA 2 HSX E 1 401 401 HSX HSX . BA 3 ADP E 1 402 402 ADP ADP . CA 3 ADP E 1 403 403 ADP ADP . DA 4 MG E 1 404 421 MG MG . EA 4 MG E 1 405 422 MG MG . FA 3 ADP E 1 406 403 ADP ADP . GA 2 HSX F 1 401 401 HSX HSX . HA 3 ADP F 1 402 402 ADP ADP . IA 4 MG F 1 403 421 MG MG . JA 4 MG F 1 404 422 MG MG . KA 5 HOH A 1 501 435 HOH HOH . KA 5 HOH A 2 502 434 HOH HOH . KA 5 HOH A 3 503 436 HOH HOH . KA 5 HOH A 4 504 437 HOH HOH . KA 5 HOH A 5 505 433 HOH HOH . KA 5 HOH A 6 506 433 HOH HOH . KA 5 HOH A 7 507 431 HOH HOH . KA 5 HOH A 8 508 431 HOH HOH . KA 5 HOH A 9 509 432 HOH HOH . LA 5 HOH B 1 501 435 HOH HOH . LA 5 HOH B 2 502 434 HOH HOH . LA 5 HOH B 3 503 436 HOH HOH . LA 5 HOH B 4 504 437 HOH HOH . LA 5 HOH B 5 505 432 HOH HOH . MA 5 HOH C 1 501 435 HOH HOH . MA 5 HOH C 2 502 434 HOH HOH . MA 5 HOH C 3 503 436 HOH HOH . MA 5 HOH C 4 504 437 HOH HOH . MA 5 HOH C 5 505 433 HOH HOH . MA 5 HOH C 6 506 431 HOH HOH . MA 5 HOH C 7 507 432 HOH HOH . NA 5 HOH D 1 501 435 HOH HOH . NA 5 HOH D 2 502 434 HOH HOH . NA 5 HOH D 3 503 436 HOH HOH . NA 5 HOH D 4 504 437 HOH HOH . NA 5 HOH D 5 505 433 HOH HOH . NA 5 HOH D 6 506 431 HOH HOH . NA 5 HOH D 7 507 432 HOH HOH . OA 5 HOH E 1 501 435 HOH HOH . OA 5 HOH E 2 502 434 HOH HOH . OA 5 HOH E 3 503 436 HOH HOH . OA 5 HOH E 4 504 437 HOH HOH . OA 5 HOH E 5 505 433 HOH HOH . OA 5 HOH E 6 506 433 HOH HOH . OA 5 HOH E 7 507 431 HOH HOH . OA 5 HOH E 8 508 431 HOH HOH . OA 5 HOH E 9 509 432 HOH HOH . PA 5 HOH F 1 501 435 HOH HOH . PA 5 HOH F 2 502 434 HOH HOH . PA 5 HOH F 3 503 436 HOH HOH . PA 5 HOH F 4 504 437 HOH HOH . PA 5 HOH F 5 505 432 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 HSX . . . V 2 160.405 157.014 133.232 1 25.08 ? C1 HSX 401 D 1 HETATM 2 O O4 HSX . . . V 2 161.737 156.617 132.916 1 31.49 ? O4 HSX 401 D 1 HETATM 3 C C2 HSX . . . V 2 160.397 157.161 134.746 1 27.31 ? C2 HSX 401 D 1 HETATM 4 O O2 HSX . . . V 2 159.357 158.034 135.172 1 31.05 ? O2 HSX 401 D 1 HETATM 5 C C3 HSX . . . V 2 161.78 157.758 135.009 1 26.74 ? C3 HSX 401 D 1 HETATM 6 O O3 HSX . . . V 2 161.781 159.174 134.88 1 28.64 ? O3 HSX 401 D 1 HETATM 7 C C4 HSX . . . V 2 162.646 157.1 133.932 1 25.23 ? C4 HSX 401 D 1 HETATM 8 C C5 HSX . . . V 2 163.514 155.963 134.409 1 29.24 ? C5 HSX 401 D 1 HETATM 9 O O5 HSX . . . V 2 164.88 156.421 134.491 1 34.24 ? O5 HSX 401 D 1 HETATM 10 P P' HSX . . . V 2 165.807 156.386 133.19 1 28.9 ? P' HSX 401 D 1 HETATM 11 O O1X HSX . . . V 2 164.874 156.331 131.98 1 43.08 ? O1X HSX 401 D 1 HETATM 12 O O2X HSX . . . V 2 166.65 157.606 133.227 1 34.73 ? O2X HSX 401 D 1 HETATM 13 O O3X HSX . . . V 2 166.608 155.09 133.245 1 27.22 ? O3X HSX 401 D 1 HETATM 14 O O1 HSX . . . V 2 160.092 158.237 132.651 1 33.13 ? O1 HSX 401 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 23 _model_server_stats.query_time_ms 402 _model_server_stats.encode_time_ms 9 _model_server_stats.element_count 14 #