data_8DBI # _model_server_result.job_id MCDUkJlVH4cb8g2NQ_2Diw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-26 12:07:04' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8dbi # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Y","auth_seq_id":404}' # _entry.id 8DBI # _exptl.entry_id 8DBI _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 12 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8DBI _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8DBI _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 J N N ? 5 K N N ? 5 O N N ? 5 P N N ? 5 T N N ? 5 U N N ? 5 Y N N ? 5 Z N N ? 5 DA N N ? 5 EA N N ? 5 IA N N ? 5 JA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD2 ASP 171 A ASP 171 1_555 K MG MG . A MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? metalc ? metalc2 G O1G ATP . A ATP 401 1_555 J MG MG . A MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? metalc ? metalc3 G O1B ATP . A ATP 401 1_555 J MG MG . A MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc4 G O1A ATP . A ATP 401 1_555 J MG MG . A MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? metalc ? metalc5 H O2 HSX . A HSX 402 1_555 K MG MG . A MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.763 ? metalc ? metalc6 H O3 HSX . A HSX 402 1_555 K MG MG . A MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc7 H O1 HSX . A HSX 402 1_555 K MG MG . A MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.756 ? metalc ? metalc8 J MG MG . A MG 404 1_555 KA O HOH . A HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.963 ? metalc ? metalc9 J MG MG . A MG 404 1_555 KA O HOH . A HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc ? metalc10 B OD2 ASP 171 B ASP 171 1_555 P MG MG . B MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? metalc ? metalc11 L O1G ATP . B ATP 401 1_555 O MG MG . B MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? metalc ? metalc12 L O1B ATP . B ATP 401 1_555 O MG MG . B MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc13 L O1A ATP . B ATP 401 1_555 O MG MG . B MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? metalc ? metalc14 M O2 HSX . B HSX 402 1_555 P MG MG . B MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? metalc ? metalc15 M O3 HSX . B HSX 402 1_555 P MG MG . B MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc16 M O1 HSX . B HSX 402 1_555 P MG MG . B MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.756 ? metalc ? metalc17 O MG MG . B MG 404 1_555 LA O HOH . B HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.963 ? metalc ? metalc18 O MG MG . B MG 404 1_555 LA O HOH . B HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc ? metalc19 C OD2 ASP 171 C ASP 171 1_555 U MG MG . C MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? metalc ? metalc20 Q O1G ATP . C ATP 401 1_555 T MG MG . C MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? metalc ? metalc21 Q O1B ATP . C ATP 401 1_555 T MG MG . C MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc22 Q O1A ATP . C ATP 401 1_555 T MG MG . C MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? metalc ? metalc23 R O2 HSX . C HSX 402 1_555 U MG MG . C MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? metalc ? metalc24 R O3 HSX . C HSX 402 1_555 U MG MG . C MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc25 R O1 HSX . C HSX 402 1_555 U MG MG . C MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.756 ? metalc ? metalc26 T MG MG . C MG 404 1_555 MA O HOH . C HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.963 ? metalc ? metalc27 T MG MG . C MG 404 1_555 MA O HOH . C HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc ? metalc28 D OD2 ASP 171 D ASP 171 1_555 Z MG MG . D MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? metalc ? metalc29 V O1G ATP . D ATP 401 1_555 Y MG MG . D MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? metalc ? metalc30 V O1B ATP . D ATP 401 1_555 Y MG MG . D MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc31 V O1A ATP . D ATP 401 1_555 Y MG MG . D MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? metalc ? metalc32 W O2 HSX . D HSX 402 1_555 Z MG MG . D MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? metalc ? metalc33 W O3 HSX . D HSX 402 1_555 Z MG MG . D MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc34 W O1 HSX . D HSX 402 1_555 Z MG MG . D MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.756 ? metalc ? metalc35 Y MG MG . D MG 404 1_555 NA O HOH . D HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.963 ? metalc ? metalc36 Y MG MG . D MG 404 1_555 NA O HOH . D HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc ? metalc37 E OD2 ASP 171 E ASP 171 1_555 EA MG MG . E MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? metalc ? metalc38 AA O1G ATP . E ATP 401 1_555 DA MG MG . E MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? metalc ? metalc39 AA O1B ATP . E ATP 401 1_555 DA MG MG . E MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc40 AA O1A ATP . E ATP 401 1_555 DA MG MG . E MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? metalc ? metalc41 BA O2 HSX . E HSX 402 1_555 EA MG MG . E MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.763 ? metalc ? metalc42 BA O3 HSX . E HSX 402 1_555 EA MG MG . E MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc43 BA O1 HSX . E HSX 402 1_555 EA MG MG . E MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.755 ? metalc ? metalc44 DA MG MG . E MG 404 1_555 OA O HOH . E HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.963 ? metalc ? metalc45 DA MG MG . E MG 404 1_555 OA O HOH . E HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc ? metalc46 F OD2 ASP 171 F ASP 171 1_555 JA MG MG . F MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? metalc ? metalc47 FA O1G ATP . F ATP 401 1_555 IA MG MG . F MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? metalc ? metalc48 FA O1B ATP . F ATP 401 1_555 IA MG MG . F MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc49 FA O1A ATP . F ATP 401 1_555 IA MG MG . F MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? metalc ? metalc50 GA O2 HSX . F HSX 402 1_555 JA MG MG . F MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? metalc ? metalc51 GA O3 HSX . F HSX 402 1_555 JA MG MG . F MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc52 GA O1 HSX . F HSX 402 1_555 JA MG MG . F MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.756 ? metalc ? metalc53 IA MG MG . F MG 404 1_555 PA O HOH . F HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.963 ? metalc ? metalc54 IA MG MG . F MG 404 1_555 PA O HOH . F HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8DBI _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 2 ATP A 1 401 401 ATP ATP . H 3 HSX A 1 402 402 HSX HSX . I 4 PO4 A 1 403 422 PO4 PO4 . J 5 MG A 1 404 431 MG MG . K 5 MG A 1 405 432 MG MG . L 2 ATP B 1 401 401 ATP ATP . M 3 HSX B 1 402 402 HSX HSX . N 4 PO4 B 1 403 422 PO4 PO4 . O 5 MG B 1 404 431 MG MG . P 5 MG B 1 405 432 MG MG . Q 2 ATP C 1 401 401 ATP ATP . R 3 HSX C 1 402 402 HSX HSX . S 4 PO4 C 1 403 422 PO4 PO4 . T 5 MG C 1 404 431 MG MG . U 5 MG C 1 405 432 MG MG . V 2 ATP D 1 401 401 ATP ATP . W 3 HSX D 1 402 402 HSX HSX . X 4 PO4 D 1 403 422 PO4 PO4 . Y 5 MG D 1 404 431 MG MG . Z 5 MG D 1 405 432 MG MG . AA 2 ATP E 1 401 401 ATP ATP . BA 3 HSX E 1 402 402 HSX HSX . CA 4 PO4 E 1 403 422 PO4 PO4 . DA 5 MG E 1 404 431 MG MG . EA 5 MG E 1 405 432 MG MG . FA 2 ATP F 1 401 401 ATP ATP . GA 3 HSX F 1 402 402 HSX HSX . HA 4 PO4 F 1 403 422 PO4 PO4 . IA 5 MG F 1 404 431 MG MG . JA 5 MG F 1 405 432 MG MG . KA 6 HOH A 1 501 433 HOH HOH . KA 6 HOH A 2 502 434 HOH HOH . LA 6 HOH B 1 501 433 HOH HOH . LA 6 HOH B 2 502 434 HOH HOH . MA 6 HOH C 1 501 433 HOH HOH . MA 6 HOH C 2 502 434 HOH HOH . NA 6 HOH D 1 501 433 HOH HOH . NA 6 HOH D 2 502 434 HOH HOH . OA 6 HOH E 1 501 433 HOH HOH . OA 6 HOH E 2 502 434 HOH HOH . PA 6 HOH F 1 501 433 HOH HOH . PA 6 HOH F 2 502 434 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id Y _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 161.222 _atom_site.Cartn_y 125.743 _atom_site.Cartn_z 131.035 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 19.39 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 404 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 6 _model_server_stats.create_model_time_ms 14 _model_server_stats.query_time_ms 248 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #