data_8DBK # _model_server_result.job_id 5-5VEC1xnnYcoCimzBEKGQ _model_server_result.datetime_utc '2024-12-21 12:13:51' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8dbk # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":401}' # _entry.id 8DBK # _exptl.entry_id 8DBK _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 390.07 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8DBK _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8DBK _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 6 _struct_asym.id L _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD2 ASP 171 A ASP 171 1_555 K MG MG . A MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.219 ? metalc ? metalc2 G O1G ATP . A ATP 401 1_555 J MG MG . A MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.584 ? metalc ? metalc3 G O1B ATP . A ATP 401 1_555 J MG MG . A MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? metalc ? metalc4 G O1A ATP . A ATP 401 1_555 J MG MG . A MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.002 ? metalc ? metalc5 H O3 HSX . A HSX 402 1_555 K MG MG . A MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.676 ? metalc ? metalc6 J MG MG . A MG 404 1_555 KA O HOH . A HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.942 ? metalc ? metalc7 J MG MG . A MG 404 1_555 KA O HOH . A HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc8 B OD1 ASP 171 B ASP 171 1_555 P MG MG . B MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? metalc ? metalc9 B OD2 ASP 171 B ASP 171 1_555 P MG MG . B MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? metalc ? metalc10 L O1A PRP . B PRP 401 1_555 O MG MG . B MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc11 L O3B PRP . B PRP 401 1_555 O MG MG . B MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.189 ? metalc ? metalc12 L O2 PRP . B PRP 401 1_555 P MG MG . B MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.782 ? metalc ? metalc13 L O1B PRP . B PRP 401 1_555 P MG MG . B MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.76 ? metalc ? metalc14 M O1P AMP . B AMP 402 1_555 O MG MG . B MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? metalc ? metalc15 O MG MG . B MG 404 1_555 LA O HOH . B HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.997 ? metalc ? metalc16 O MG MG . B MG 404 1_555 LA O HOH . B HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.866 ? metalc ? metalc17 C OD2 ASP 171 C ASP 171 1_555 U MG MG . C MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? metalc ? metalc18 Q O1G ATP . C ATP 401 1_555 T MG MG . C MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? metalc ? metalc19 Q O1B ATP . C ATP 401 1_555 T MG MG . C MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc20 Q O1A ATP . C ATP 401 1_555 T MG MG . C MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? metalc ? metalc21 R O2 HSX . C HSX 402 1_555 U MG MG . C MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? metalc ? metalc22 R O3 HSX . C HSX 402 1_555 U MG MG . C MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc23 R O1 HSX . C HSX 402 1_555 U MG MG . C MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.757 ? metalc ? metalc24 T MG MG . C MG 404 1_555 MA O HOH . C HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.964 ? metalc ? metalc25 T MG MG . C MG 404 1_555 MA O HOH . C HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc ? metalc26 D OD2 ASP 171 D ASP 171 1_555 Z MG MG . D MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? metalc ? metalc27 V O1G ATP . D ATP 401 1_555 Y MG MG . D MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? metalc ? metalc28 V O1B ATP . D ATP 401 1_555 Y MG MG . D MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc29 V O1A ATP . D ATP 401 1_555 Y MG MG . D MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? metalc ? metalc30 W O2 HSX . D HSX 402 1_555 Z MG MG . D MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.763 ? metalc ? metalc31 W O3 HSX . D HSX 402 1_555 Z MG MG . D MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? metalc ? metalc32 W O1 HSX . D HSX 402 1_555 Z MG MG . D MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.755 ? metalc ? metalc33 Y MG MG . D MG 404 1_555 NA O HOH . D HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.963 ? metalc ? metalc34 Y MG MG . D MG 404 1_555 NA O HOH . D HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc ? metalc35 E OD2 ASP 171 E ASP 171 1_555 EA MG MG . E MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? metalc ? metalc36 AA O1G ATP . E ATP 401 1_555 DA MG MG . E MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? metalc ? metalc37 AA O1B ATP . E ATP 401 1_555 DA MG MG . E MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc38 AA O1A ATP . E ATP 401 1_555 DA MG MG . E MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? metalc ? metalc39 BA O2 HSX . E HSX 402 1_555 EA MG MG . E MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? metalc ? metalc40 BA O3 HSX . E HSX 402 1_555 EA MG MG . E MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc41 BA O1 HSX . E HSX 402 1_555 EA MG MG . E MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.756 ? metalc ? metalc42 DA MG MG . E MG 404 1_555 OA O HOH . E HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.964 ? metalc ? metalc43 DA MG MG . E MG 404 1_555 OA O HOH . E HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc ? metalc44 F OD2 ASP 171 F ASP 171 1_555 JA MG MG . F MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? metalc ? metalc45 FA O1G ATP . F ATP 401 1_555 IA MG MG . F MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? metalc ? metalc46 FA O1B ATP . F ATP 401 1_555 IA MG MG . F MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? metalc ? metalc47 FA O1A ATP . F ATP 401 1_555 IA MG MG . F MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? metalc ? metalc48 GA O2 HSX . F HSX 402 1_555 JA MG MG . F MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.763 ? metalc ? metalc49 GA O3 HSX . F HSX 402 1_555 JA MG MG . F MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc50 GA O1 HSX . F HSX 402 1_555 JA MG MG . F MG 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.756 ? metalc ? metalc51 IA MG MG . F MG 404 1_555 PA O HOH . F HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.963 ? metalc ? metalc52 IA MG MG . F MG 404 1_555 PA O HOH . F HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? # _chem_comp.formula 'C5 H13 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 390.07 _chem_comp.id PRP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose _chem_comp.type d-saccharide _chem_comp.pdbx_synonyms 'ALPHA-PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHORIC ACID;1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribose;1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-D-ribose;1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-ribose' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 PRP sing 394 n n C1 O1 PRP sing 395 n n C1 O4 PRP sing 396 n n C1 H1 PRP sing 397 n n C2 C3 PRP sing 398 n n C2 O2 PRP sing 399 n n C2 H2 PRP sing 400 n n C3 C4 PRP sing 401 n n C3 O3 PRP sing 402 n n C3 H3 PRP sing 403 n n C4 C5 PRP sing 404 n n C4 O4 PRP sing 405 n n C4 H4 PRP sing 406 n n C5 O5 PRP sing 407 n n C5 H51 PRP sing 408 n n C5 H52 PRP sing 409 n n O1 PA PRP sing 410 n n O2 HO2 PRP sing 411 n n O3 HO3 PRP sing 412 n n O5 P PRP sing 413 n n P O1P PRP doub 414 n n P O2P PRP sing 415 n n P O3P PRP sing 416 n n O2P HOP2 PRP sing 417 n n O3P HOP3 PRP sing 418 n n PA O1A PRP doub 419 n n PA O2A PRP sing 420 n n PA O3A PRP sing 421 n n O2A HOA2 PRP sing 422 n n O3A PB PRP sing 423 n n PB O1B PRP doub 424 n n PB O2B PRP sing 425 n n PB O3B PRP sing 426 n n O2B HOB2 PRP sing 427 n n O3B HOB3 PRP sing 428 n n # _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id PRP _pdbx_chem_comp_identifier.identifier a-D-Ribf1PO35PO3 _pdbx_chem_comp_identifier.type 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' _pdbx_chem_comp_identifier.program PDB-CARE _pdbx_chem_comp_identifier.program_version 1 # _atom_sites.entry_id 8DBK _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 2 ATP A 1 401 401 ATP ATP . H 3 HSX A 1 402 402 HSX HSX . I 4 PO4 A 1 403 422 PO4 PO4 . J 5 MG A 1 404 431 MG MG . K 5 MG A 1 405 432 MG MG . L 6 PRP B 1 401 401 PRP PRP . M 7 AMP B 1 402 402 AMP AMP . N 4 PO4 B 1 403 422 PO4 PO4 . O 5 MG B 1 404 431 MG MG . P 5 MG B 1 405 432 MG MG . Q 2 ATP C 1 401 401 ATP ATP . R 3 HSX C 1 402 402 HSX HSX . S 4 PO4 C 1 403 422 PO4 PO4 . T 5 MG C 1 404 431 MG MG . U 5 MG C 1 405 432 MG MG . V 2 ATP D 1 401 401 ATP ATP . W 3 HSX D 1 402 402 HSX HSX . X 4 PO4 D 1 403 422 PO4 PO4 . Y 5 MG D 1 404 431 MG MG . Z 5 MG D 1 405 432 MG MG . AA 2 ATP E 1 401 401 ATP ATP . BA 3 HSX E 1 402 402 HSX HSX . CA 4 PO4 E 1 403 422 PO4 PO4 . DA 5 MG E 1 404 431 MG MG . EA 5 MG E 1 405 432 MG MG . FA 2 ATP F 1 401 401 ATP ATP . GA 3 HSX F 1 402 402 HSX HSX . HA 4 PO4 F 1 403 422 PO4 PO4 . IA 5 MG F 1 404 431 MG MG . JA 5 MG F 1 405 432 MG MG . KA 8 HOH A 1 501 433 HOH HOH . KA 8 HOH A 2 502 434 HOH HOH . LA 8 HOH B 1 501 434 HOH HOH . LA 8 HOH B 2 502 433 HOH HOH . MA 8 HOH C 1 501 433 HOH HOH . MA 8 HOH C 2 502 434 HOH HOH . NA 8 HOH D 1 501 433 HOH HOH . NA 8 HOH D 2 502 434 HOH HOH . OA 8 HOH E 1 501 433 HOH HOH . OA 8 HOH E 2 502 434 HOH HOH . PA 8 HOH F 1 501 433 HOH HOH . PA 8 HOH F 2 502 434 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 PRP . . . L 6 107.268 154.324 131.79 1 50.32 ? C1 PRP 401 B 1 HETATM 2 C C2 PRP . . . L 6 107.081 154.714 130.337 1 49.14 ? C2 PRP 401 B 1 HETATM 3 C C3 PRP . . . L 6 105.644 155.166 130.254 1 51.34 ? C3 PRP 401 B 1 HETATM 4 C C4 PRP . . . L 6 105.009 154.662 131.529 1 47.86 ? C4 PRP 401 B 1 HETATM 5 C C5 PRP . . . L 6 103.728 153.883 131.297 1 49.34 ? C5 PRP 401 B 1 HETATM 6 O O1 PRP . . . L 6 107.62 155.499 132.512 1 53.62 ? O1 PRP 401 B 1 HETATM 7 O O2 PRP . . . L 6 107.95 155.788 129.973 1 52.1 ? O2 PRP 401 B 1 HETATM 8 O O3 PRP . . . L 6 105.59 156.588 130.298 1 52.82 ? O3 PRP 401 B 1 HETATM 9 O O4 PRP . . . L 6 105.988 153.879 132.217 1 54.8 ? O4 PRP 401 B 1 HETATM 10 O O5 PRP . . . L 6 102.777 154.494 132.16 1 56.49 ? O5 PRP 401 B 1 HETATM 11 P P PRP . . . L 6 101.25 154.015 132.17 1 51.31 ? P PRP 401 B 1 HETATM 12 O O1P PRP . . . L 6 100.86 154.061 130.714 1 49.63 ? O1P PRP 401 B 1 HETATM 13 O O2P PRP . . . L 6 101.322 152.638 132.78 1 49.17 ? O2P PRP 401 B 1 HETATM 14 O O3P PRP . . . L 6 100.56 155.029 133.045 1 54.72 ? O3P PRP 401 B 1 HETATM 15 P PA PRP . . . L 6 108.514 155.458 133.849 1 50.29 ? PA PRP 401 B 1 HETATM 16 O O1A PRP . . . L 6 109.37 154.219 133.843 1 49.95 ? O1A PRP 401 B 1 HETATM 17 O O2A PRP . . . L 6 107.601 155.683 135.022 1 51.42 ? O2A PRP 401 B 1 HETATM 18 O O3A PRP . . . L 6 109.417 156.791 133.743 1 49.46 ? O3A PRP 401 B 1 HETATM 19 P PB PRP . . . L 6 110.671 157.036 132.758 1 60.14 ? PB PRP 401 B 1 HETATM 20 O O1B PRP . . . L 6 110.166 156.828 131.353 1 53.29 ? O1B PRP 401 B 1 HETATM 21 O O2B PRP . . . L 6 111.026 158.466 133.082 1 50.93 ? O2B PRP 401 B 1 HETATM 22 O O3B PRP . . . L 6 111.725 156.038 133.16 1 56 ? O3B PRP 401 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 35 _model_server_stats.query_time_ms 297 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 22 #