data_8DBL # _model_server_result.job_id awMzwL_Mvpu7jBEg4dUFpg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-26 17:04:04' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8dbl # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"AA","auth_seq_id":401}' # _entry.id 8DBL # _exptl.entry_id 8DBL _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 390.07 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8DBL _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8DBL _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 G N N ? 2 K N N ? 2 O N N ? 2 S N N ? 2 W N N ? 2 AA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD2 ASP 171 A ASP 171 1_555 J MG MG . A MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc2 G O1A PRP . A PRP 401 1_555 I MG MG . A MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc3 G O3B PRP . A PRP 401 1_555 I MG MG . A MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.886 ? metalc ? metalc4 G O1 PRP . A PRP 401 1_555 J MG MG . A MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? metalc ? metalc5 G O2 PRP . A PRP 401 1_555 J MG MG . A MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc6 G O1B PRP . A PRP 401 1_555 J MG MG . A MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? metalc ? metalc7 I MG MG . A MG 403 1_555 EA O HOH . A HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.922 ? metalc ? metalc8 I MG MG . A MG 403 1_555 EA O HOH . A HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc9 B OD2 ASP 171 B ASP 171 1_555 N MG MG . B MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc10 K O2A PRP . B PRP 401 1_555 M MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc11 K O1B PRP . B PRP 401 1_555 M MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.886 ? metalc ? metalc12 K O1 PRP . B PRP 401 1_555 N MG MG . B MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? metalc ? metalc13 K O2 PRP . B PRP 401 1_555 N MG MG . B MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc14 K O2B PRP . B PRP 401 1_555 N MG MG . B MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? metalc ? metalc15 M MG MG . B MG 403 1_555 FA O HOH . B HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.922 ? metalc ? metalc16 M MG MG . B MG 403 1_555 FA O HOH . B HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.868 ? metalc ? metalc17 C OD2 ASP 171 C ASP 171 1_555 R MG MG . C MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc18 O O1A PRP . C PRP 401 1_555 Q MG MG . C MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc19 O O3B PRP . C PRP 401 1_555 Q MG MG . C MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.886 ? metalc ? metalc20 O O1 PRP . C PRP 401 1_555 R MG MG . C MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? metalc ? metalc21 O O2 PRP . C PRP 401 1_555 R MG MG . C MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc22 O O1B PRP . C PRP 401 1_555 R MG MG . C MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc23 Q MG MG . C MG 403 1_555 GA O HOH . C HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.923 ? metalc ? metalc24 Q MG MG . C MG 403 1_555 GA O HOH . C HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.868 ? metalc ? metalc25 D OD2 ASP 171 D ASP 171 1_555 V MG MG . D MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc26 S O2A PRP . D PRP 401 1_555 U MG MG . D MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc27 S O1B PRP . D PRP 401 1_555 U MG MG . D MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.886 ? metalc ? metalc28 S O1 PRP . D PRP 401 1_555 V MG MG . D MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.68 ? metalc ? metalc29 S O2 PRP . D PRP 401 1_555 V MG MG . D MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc30 S O2B PRP . D PRP 401 1_555 V MG MG . D MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc31 U MG MG . D MG 403 1_555 HA O HOH . D HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.923 ? metalc ? metalc32 U MG MG . D MG 403 1_555 HA O HOH . D HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc33 E OD2 ASP 171 E ASP 171 1_555 Z MG MG . E MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc34 W O1A PRP . E PRP 401 1_555 Y MG MG . E MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc35 W O3B PRP . E PRP 401 1_555 Y MG MG . E MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.885 ? metalc ? metalc36 W O1 PRP . E PRP 401 1_555 Z MG MG . E MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? metalc ? metalc37 W O2 PRP . E PRP 401 1_555 Z MG MG . E MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? metalc ? metalc38 W O1B PRP . E PRP 401 1_555 Z MG MG . E MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc39 Y MG MG . E MG 403 1_555 IA O HOH . E HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.923 ? metalc ? metalc40 Y MG MG . E MG 403 1_555 IA O HOH . E HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc41 F OD2 ASP 171 F ASP 171 1_555 DA MG MG . F MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc42 AA O2A PRP . F PRP 401 1_555 CA MG MG . F MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc43 AA O1B PRP . F PRP 401 1_555 CA MG MG . F MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.886 ? metalc ? metalc44 AA O1 PRP . F PRP 401 1_555 DA MG MG . F MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? metalc ? metalc45 AA O2 PRP . F PRP 401 1_555 DA MG MG . F MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? metalc ? metalc46 AA O2B PRP . F PRP 401 1_555 DA MG MG . F MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? metalc ? metalc47 CA MG MG . F MG 403 1_555 JA O HOH . F HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.922 ? metalc ? metalc48 CA MG MG . F MG 403 1_555 JA O HOH . F HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.868 ? # _chem_comp.formula 'C5 H13 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 390.07 _chem_comp.id PRP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose _chem_comp.type d-saccharide _chem_comp.pdbx_synonyms 'ALPHA-PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHORIC ACID;1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribose;1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-D-ribose;1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-ribose' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 PRP sing 281 n n C1 O1 PRP sing 282 n n C1 O4 PRP sing 283 n n C1 H1 PRP sing 284 n n C2 C3 PRP sing 285 n n C2 O2 PRP sing 286 n n C2 H2 PRP sing 287 n n C3 C4 PRP sing 288 n n C3 O3 PRP sing 289 n n C3 H3 PRP sing 290 n n C4 C5 PRP sing 291 n n C4 O4 PRP sing 292 n n C4 H4 PRP sing 293 n n C5 O5 PRP sing 294 n n C5 H51 PRP sing 295 n n C5 H52 PRP sing 296 n n O1 PA PRP sing 297 n n O2 HO2 PRP sing 298 n n O3 HO3 PRP sing 299 n n O5 P PRP sing 300 n n P O1P PRP doub 301 n n P O2P PRP sing 302 n n P O3P PRP sing 303 n n O2P HOP2 PRP sing 304 n n O3P HOP3 PRP sing 305 n n PA O1A PRP doub 306 n n PA O2A PRP sing 307 n n PA O3A PRP sing 308 n n O2A HOA2 PRP sing 309 n n O3A PB PRP sing 310 n n PB O1B PRP doub 311 n n PB O2B PRP sing 312 n n PB O3B PRP sing 313 n n O2B HOB2 PRP sing 314 n n O3B HOB3 PRP sing 315 n n # _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id PRP _pdbx_chem_comp_identifier.identifier a-D-Ribf1PO35PO3 _pdbx_chem_comp_identifier.type 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' _pdbx_chem_comp_identifier.program PDB-CARE _pdbx_chem_comp_identifier.program_version 1 # _atom_sites.entry_id 8DBL _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 2 PRP A 1 401 401 PRP PRP . H 3 PO4 A 1 402 422 PO4 PO4 . I 4 MG A 1 403 431 MG MG . J 4 MG A 1 404 432 MG MG . K 2 PRP B 1 401 401 PRP PRP . L 3 PO4 B 1 402 422 PO4 PO4 . M 4 MG B 1 403 431 MG MG . N 4 MG B 1 404 432 MG MG . O 2 PRP C 1 401 401 PRP PRP . P 3 PO4 C 1 402 422 PO4 PO4 . Q 4 MG C 1 403 431 MG MG . R 4 MG C 1 404 432 MG MG . S 2 PRP D 1 401 401 PRP PRP . T 3 PO4 D 1 402 422 PO4 PO4 . U 4 MG D 1 403 431 MG MG . V 4 MG D 1 404 432 MG MG . W 2 PRP E 1 401 401 PRP PRP . X 3 PO4 E 1 402 422 PO4 PO4 . Y 4 MG E 1 403 431 MG MG . Z 4 MG E 1 404 432 MG MG . AA 2 PRP F 1 401 401 PRP PRP . BA 3 PO4 F 1 402 422 PO4 PO4 . CA 4 MG F 1 403 431 MG MG . DA 4 MG F 1 404 432 MG MG . EA 5 HOH A 1 501 433 HOH HOH . EA 5 HOH A 2 502 434 HOH HOH . FA 5 HOH B 1 501 433 HOH HOH . FA 5 HOH B 2 502 434 HOH HOH . GA 5 HOH C 1 501 433 HOH HOH . GA 5 HOH C 2 502 434 HOH HOH . HA 5 HOH D 1 501 433 HOH HOH . HA 5 HOH D 2 502 434 HOH HOH . IA 5 HOH E 1 501 433 HOH HOH . IA 5 HOH E 2 502 434 HOH HOH . JA 5 HOH F 1 501 433 HOH HOH . JA 5 HOH F 2 502 434 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 PRP . . . AA 2 103.609 145.865 135.044 1 50.32 ? C1 PRP 401 F 1 HETATM 2 C C2 PRP . . . AA 2 103.022 145.931 136.433 1 49.14 ? C2 PRP 401 F 1 HETATM 3 C C3 PRP . . . AA 2 101.925 146.962 136.312 1 51.34 ? C3 PRP 401 F 1 HETATM 4 C C4 PRP . . . AA 2 102.191 147.675 135.001 1 47.86 ? C4 PRP 401 F 1 HETATM 5 C C5 PRP . . . AA 2 102.29 149.175 135.195 1 49.34 ? C5 PRP 401 F 1 HETATM 6 O O1 PRP . . . AA 2 102.815 144.936 134.324 1 53.62 ? O1 PRP 401 F 1 HETATM 7 O O2 PRP . . . AA 2 102.481 144.664 136.817 1 52.1 ? O2 PRP 401 F 1 HETATM 8 O O3 PRP . . . AA 2 100.652 146.314 136.26 1 52.82 ? O3 PRP 401 F 1 HETATM 9 O O4 PRP . . . AA 2 103.412 147.154 134.479 1 54.8 ? O4 PRP 401 F 1 HETATM 10 O O5 PRP . . . AA 2 101.246 149.73 134.408 1 56.49 ? O5 PRP 401 F 1 HETATM 11 P P PRP . . . AA 2 100.977 151.307 134.436 1 51.31 ? P PRP 401 F 1 HETATM 12 O O1P PRP . . . AA 2 99.737 151.481 133.6 1 54.72 ? O1P PRP 401 F 1 HETATM 13 O O2P PRP . . . AA 2 100.8 151.601 135.903 1 49.63 ? O2P PRP 401 F 1 HETATM 14 O O3P PRP . . . AA 2 102.224 151.876 133.808 1 49.17 ? O3P PRP 401 F 1 HETATM 15 P PA PRP . . . AA 2 103.239 144.415 132.867 1 50.29 ? PA PRP 401 F 1 HETATM 16 O O1A PRP . . . AA 2 102.522 145.281 131.861 1 51.42 ? O1A PRP 401 F 1 HETATM 17 O O2A PRP . . . AA 2 104.744 144.317 132.812 1 49.95 ? O2A PRP 401 F 1 HETATM 18 O O3A PRP . . . AA 2 102.568 142.947 132.811 1 49.46 ? O3A PRP 401 F 1 HETATM 19 P PB PRP . . . AA 2 103.005 141.682 133.716 1 60.14 ? PB PRP 401 F 1 HETATM 20 O O1B PRP . . . AA 2 104.414 141.361 133.283 1 56 ? O1B PRP 401 F 1 HETATM 21 O O2B PRP . . . AA 2 102.879 142.118 135.157 1 53.29 ? O2B PRP 401 F 1 HETATM 22 O O3B PRP . . . AA 2 101.994 140.635 133.318 1 50.93 ? O3B PRP 401 F 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 22 _model_server_stats.query_time_ms 264 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 22 #