data_8DBM # _model_server_result.job_id fQlz-d8tLdEHaVQIg6_w9Q _model_server_result.datetime_utc '2024-11-14 14:26:49' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8dbm # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"WA","auth_seq_id":401}' # _entry.id 8DBM # _exptl.entry_id 8DBM _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 390.07 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose _entity.pdbx_number_of_molecules 12 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8DBM _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8DBM _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 M N N ? 2 Q N N ? 2 U N N ? 2 Y N N ? 2 CA N N ? 2 GA N N ? 2 KA N N ? 2 OA N N ? 2 SA N N ? 2 WA N N ? 2 AB N N ? 2 EB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD2 ASP 171 A ASP 171 1_555 P MG MG . A MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc2 M O1A PRP . A PRP 401 1_555 O MG MG . A MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? metalc ? metalc3 M O3B PRP . A PRP 401 1_555 O MG MG . A MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.886 ? metalc ? metalc4 M O1 PRP . A PRP 401 1_555 P MG MG . A MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? metalc ? metalc5 M O2 PRP . A PRP 401 1_555 P MG MG . A MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc6 M O1B PRP . A PRP 401 1_555 P MG MG . A MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? metalc ? metalc7 O MG MG . A MG 403 1_555 IB O HOH . A HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.923 ? metalc ? metalc8 O MG MG . A MG 403 1_555 IB O HOH . A HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.868 ? metalc ? metalc9 B OD2 ASP 171 B ASP 171 1_555 T MG MG . B MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc10 Q O2A PRP . B PRP 401 1_555 S MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc11 Q O1B PRP . B PRP 401 1_555 S MG MG . B MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.886 ? metalc ? metalc12 Q O1 PRP . B PRP 401 1_555 T MG MG . B MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? metalc ? metalc13 Q O2 PRP . B PRP 401 1_555 T MG MG . B MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc14 Q O2B PRP . B PRP 401 1_555 T MG MG . B MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? metalc ? metalc15 S MG MG . B MG 403 1_555 JB O HOH . B HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.922 ? metalc ? metalc16 S MG MG . B MG 403 1_555 JB O HOH . B HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc17 C OD2 ASP 171 C ASP 171 1_555 X MG MG . C MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc18 U O1A PRP . C PRP 401 1_555 W MG MG . C MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc19 U O3B PRP . C PRP 401 1_555 W MG MG . C MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.885 ? metalc ? metalc20 U O1 PRP . C PRP 401 1_555 X MG MG . C MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? metalc ? metalc21 U O2 PRP . C PRP 401 1_555 X MG MG . C MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc22 U O1B PRP . C PRP 401 1_555 X MG MG . C MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc23 W MG MG . C MG 403 1_555 KB O HOH . C HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.923 ? metalc ? metalc24 W MG MG . C MG 403 1_555 KB O HOH . C HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.868 ? metalc ? metalc25 D OD2 ASP 171 D ASP 171 1_555 BA MG MG . D MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc26 Y O2A PRP . D PRP 401 1_555 AA MG MG . D MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? metalc ? metalc27 Y O1B PRP . D PRP 401 1_555 AA MG MG . D MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.887 ? metalc ? metalc28 Y O1 PRP . D PRP 401 1_555 BA MG MG . D MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? metalc ? metalc29 Y O2 PRP . D PRP 401 1_555 BA MG MG . D MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc30 Y O2B PRP . D PRP 401 1_555 BA MG MG . D MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc31 AA MG MG . D MG 403 1_555 LB O HOH . D HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.923 ? metalc ? metalc32 AA MG MG . D MG 403 1_555 LB O HOH . D HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc33 E OD2 ASP 171 E ASP 171 1_555 FA MG MG . E MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.913 ? metalc ? metalc34 CA O1A PRP . E PRP 401 1_555 EA MG MG . E MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc35 CA O3B PRP . E PRP 401 1_555 EA MG MG . E MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.885 ? metalc ? metalc36 CA O1 PRP . E PRP 401 1_555 FA MG MG . E MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? metalc ? metalc37 CA O2 PRP . E PRP 401 1_555 FA MG MG . E MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc38 CA O1B PRP . E PRP 401 1_555 FA MG MG . E MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc39 EA MG MG . E MG 403 1_555 MB O HOH . E HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.924 ? metalc ? metalc40 EA MG MG . E MG 403 1_555 MB O HOH . E HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc41 F OD2 ASP 171 F ASP 171 1_555 JA MG MG . F MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc42 GA O2A PRP . F PRP 401 1_555 IA MG MG . F MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc43 GA O1B PRP . F PRP 401 1_555 IA MG MG . F MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.885 ? metalc ? metalc44 GA O1 PRP . F PRP 401 1_555 JA MG MG . F MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? metalc ? metalc45 GA O2 PRP . F PRP 401 1_555 JA MG MG . F MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? metalc ? metalc46 GA O2B PRP . F PRP 401 1_555 JA MG MG . F MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? metalc ? metalc47 IA MG MG . F MG 403 1_555 NB O HOH . F HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.923 ? metalc ? metalc48 IA MG MG . F MG 403 1_555 NB O HOH . F HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc49 G OD2 ASP 171 G ASP 171 1_555 NA MG MG . G MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc50 KA O1A PRP . G PRP 401 1_555 MA MG MG . G MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc51 KA O3B PRP . G PRP 401 1_555 MA MG MG . G MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.886 ? metalc ? metalc52 KA O1 PRP . G PRP 401 1_555 NA MG MG . G MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? metalc ? metalc53 KA O2 PRP . G PRP 401 1_555 NA MG MG . G MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc54 KA O1B PRP . G PRP 401 1_555 NA MG MG . G MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? metalc ? metalc55 MA MG MG . G MG 403 1_555 OB O HOH . G HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.923 ? metalc ? metalc56 MA MG MG . G MG 403 1_555 OB O HOH . G HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.868 ? metalc ? metalc57 H OD2 ASP 171 H ASP 171 1_555 RA MG MG . H MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc58 OA O2A PRP . H PRP 401 1_555 QA MG MG . H MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc59 OA O1B PRP . H PRP 401 1_555 QA MG MG . H MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.886 ? metalc ? metalc60 OA O1 PRP . H PRP 401 1_555 RA MG MG . H MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? metalc ? metalc61 OA O2 PRP . H PRP 401 1_555 RA MG MG . H MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc62 OA O2B PRP . H PRP 401 1_555 RA MG MG . H MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? metalc ? metalc63 QA MG MG . H MG 403 1_555 PB O HOH . H HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.923 ? metalc ? metalc64 QA MG MG . H MG 403 1_555 PB O HOH . H HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc65 I OD2 ASP 171 I ASP 171 1_555 VA MG MG . I MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc66 SA O1A PRP . I PRP 401 1_555 UA MG MG . I MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? metalc ? metalc67 SA O3B PRP . I PRP 401 1_555 UA MG MG . I MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.886 ? metalc ? metalc68 SA O1 PRP . I PRP 401 1_555 VA MG MG . I MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.681 ? metalc ? metalc69 SA O2 PRP . I PRP 401 1_555 VA MG MG . I MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc70 SA O1B PRP . I PRP 401 1_555 VA MG MG . I MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc71 UA MG MG . I MG 403 1_555 QB O HOH . I HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.923 ? metalc ? metalc72 UA MG MG . I MG 403 1_555 QB O HOH . I HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.868 ? metalc ? metalc73 J OD2 ASP 171 J ASP 171 1_555 ZA MG MG . J MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.915 ? metalc ? metalc74 WA O2A PRP . J PRP 401 1_555 YA MG MG . J MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc75 WA O1B PRP . J PRP 401 1_555 YA MG MG . J MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.887 ? metalc ? metalc76 WA O1 PRP . J PRP 401 1_555 ZA MG MG . J MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.679 ? metalc ? metalc77 WA O2 PRP . J PRP 401 1_555 ZA MG MG . J MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc78 WA O2B PRP . J PRP 401 1_555 ZA MG MG . J MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc79 YA MG MG . J MG 403 1_555 RB O HOH . J HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.923 ? metalc ? metalc80 YA MG MG . J MG 403 1_555 RB O HOH . J HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc81 K OD2 ASP 171 K ASP 171 1_555 DB MG MG . K MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc82 AB O1A PRP . K PRP 401 1_555 CB MG MG . K MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc83 AB O3B PRP . K PRP 401 1_555 CB MG MG . K MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.884 ? metalc ? metalc84 AB O1 PRP . K PRP 401 1_555 DB MG MG . K MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? metalc ? metalc85 AB O2 PRP . K PRP 401 1_555 DB MG MG . K MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc86 AB O1B PRP . K PRP 401 1_555 DB MG MG . K MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc87 CB MG MG . K MG 403 1_555 SB O HOH . K HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.924 ? metalc ? metalc88 CB MG MG . K MG 403 1_555 SB O HOH . K HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc89 L OD2 ASP 171 L ASP 171 1_555 HB MG MG . L MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc90 EB O2A PRP . L PRP 401 1_555 GB MG MG . L MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? metalc ? metalc91 EB O1B PRP . L PRP 401 1_555 GB MG MG . L MG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.887 ? metalc ? metalc92 EB O1 PRP . L PRP 401 1_555 HB MG MG . L MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.68 ? metalc ? metalc93 EB O2 PRP . L PRP 401 1_555 HB MG MG . L MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? metalc ? metalc94 EB O2B PRP . L PRP 401 1_555 HB MG MG . L MG 404 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? metalc ? metalc95 GB MG MG . L MG 403 1_555 TB O HOH . L HOH 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.922 ? metalc ? metalc96 GB MG MG . L MG 403 1_555 TB O HOH . L HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? # _chem_comp.formula 'C5 H13 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 390.07 _chem_comp.id PRP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose _chem_comp.type d-saccharide _chem_comp.pdbx_synonyms 'ALPHA-PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHORIC ACID;1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribose;1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-D-ribose;1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-ribose' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 PRP sing 281 n n C1 O1 PRP sing 282 n n C1 O4 PRP sing 283 n n C1 H1 PRP sing 284 n n C2 C3 PRP sing 285 n n C2 O2 PRP sing 286 n n C2 H2 PRP sing 287 n n C3 C4 PRP sing 288 n n C3 O3 PRP sing 289 n n C3 H3 PRP sing 290 n n C4 C5 PRP sing 291 n n C4 O4 PRP sing 292 n n C4 H4 PRP sing 293 n n C5 O5 PRP sing 294 n n C5 H51 PRP sing 295 n n C5 H52 PRP sing 296 n n O1 PA PRP sing 297 n n O2 HO2 PRP sing 298 n n O3 HO3 PRP sing 299 n n O5 P PRP sing 300 n n P O1P PRP doub 301 n n P O2P PRP sing 302 n n P O3P PRP sing 303 n n O2P HOP2 PRP sing 304 n n O3P HOP3 PRP sing 305 n n PA O1A PRP doub 306 n n PA O2A PRP sing 307 n n PA O3A PRP sing 308 n n O2A HOA2 PRP sing 309 n n O3A PB PRP sing 310 n n PB O1B PRP doub 311 n n PB O2B PRP sing 312 n n PB O3B PRP sing 313 n n O2B HOB2 PRP sing 314 n n O3B HOB3 PRP sing 315 n n # _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id PRP _pdbx_chem_comp_identifier.identifier a-D-Ribf1PO35PO3 _pdbx_chem_comp_identifier.type 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' _pdbx_chem_comp_identifier.program PDB-CARE _pdbx_chem_comp_identifier.program_version 1 # _atom_sites.entry_id 8DBM _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 2 PRP A 1 401 401 PRP PRP . N 3 PO4 A 1 402 422 PO4 PO4 . O 4 MG A 1 403 431 MG MG . P 4 MG A 1 404 432 MG MG . Q 2 PRP B 1 401 401 PRP PRP . R 3 PO4 B 1 402 422 PO4 PO4 . S 4 MG B 1 403 431 MG MG . T 4 MG B 1 404 432 MG MG . U 2 PRP C 1 401 401 PRP PRP . V 3 PO4 C 1 402 422 PO4 PO4 . W 4 MG C 1 403 431 MG MG . X 4 MG C 1 404 432 MG MG . Y 2 PRP D 1 401 401 PRP PRP . Z 3 PO4 D 1 402 422 PO4 PO4 . AA 4 MG D 1 403 431 MG MG . BA 4 MG D 1 404 432 MG MG . CA 2 PRP E 1 401 401 PRP PRP . DA 3 PO4 E 1 402 422 PO4 PO4 . EA 4 MG E 1 403 431 MG MG . FA 4 MG E 1 404 432 MG MG . GA 2 PRP F 1 401 401 PRP PRP . HA 3 PO4 F 1 402 422 PO4 PO4 . IA 4 MG F 1 403 431 MG MG . JA 4 MG F 1 404 432 MG MG . KA 2 PRP G 1 401 401 PRP PRP . LA 3 PO4 G 1 402 422 PO4 PO4 . MA 4 MG G 1 403 431 MG MG . NA 4 MG G 1 404 432 MG MG . OA 2 PRP H 1 401 401 PRP PRP . PA 3 PO4 H 1 402 422 PO4 PO4 . QA 4 MG H 1 403 431 MG MG . RA 4 MG H 1 404 432 MG MG . SA 2 PRP I 1 401 401 PRP PRP . TA 3 PO4 I 1 402 422 PO4 PO4 . UA 4 MG I 1 403 431 MG MG . VA 4 MG I 1 404 432 MG MG . WA 2 PRP J 1 401 401 PRP PRP . XA 3 PO4 J 1 402 422 PO4 PO4 . YA 4 MG J 1 403 431 MG MG . ZA 4 MG J 1 404 432 MG MG . AB 2 PRP K 1 401 401 PRP PRP . BB 3 PO4 K 1 402 422 PO4 PO4 . CB 4 MG K 1 403 431 MG MG . DB 4 MG K 1 404 432 MG MG . EB 2 PRP L 1 401 401 PRP PRP . FB 3 PO4 L 1 402 422 PO4 PO4 . GB 4 MG L 1 403 431 MG MG . HB 4 MG L 1 404 432 MG MG . IB 5 HOH A 1 501 433 HOH HOH . IB 5 HOH A 2 502 434 HOH HOH . JB 5 HOH B 1 501 433 HOH HOH . JB 5 HOH B 2 502 434 HOH HOH . KB 5 HOH C 1 501 433 HOH HOH . KB 5 HOH C 2 502 434 HOH HOH . LB 5 HOH D 1 501 433 HOH HOH . LB 5 HOH D 2 502 434 HOH HOH . MB 5 HOH E 1 501 433 HOH HOH . MB 5 HOH E 2 502 434 HOH HOH . NB 5 HOH F 1 501 433 HOH HOH . NB 5 HOH F 2 502 434 HOH HOH . OB 5 HOH G 1 501 433 HOH HOH . OB 5 HOH G 2 502 434 HOH HOH . PB 5 HOH H 1 501 433 HOH HOH . PB 5 HOH H 2 502 434 HOH HOH . QB 5 HOH I 1 501 433 HOH HOH . QB 5 HOH I 2 502 434 HOH HOH . RB 5 HOH J 1 501 433 HOH HOH . RB 5 HOH J 2 502 434 HOH HOH . SB 5 HOH K 1 501 433 HOH HOH . SB 5 HOH K 2 502 434 HOH HOH . TB 5 HOH L 1 501 433 HOH HOH . TB 5 HOH L 2 502 434 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 PRP . . . WA 2 119.54 164.91 104.972 1 50.32 ? C1 PRP 401 J 1 HETATM 2 C C2 PRP . . . WA 2 119.16 165.361 106.362 1 49.14 ? C2 PRP 401 J 1 HETATM 3 C C3 PRP . . . WA 2 119.075 166.865 106.241 1 51.34 ? C3 PRP 401 J 1 HETATM 4 C C4 PRP . . . WA 2 119.759 167.199 104.93 1 47.86 ? C4 PRP 401 J 1 HETATM 5 C C5 PRP . . . WA 2 120.864 168.218 105.124 1 49.34 ? C5 PRP 401 J 1 HETATM 6 O O1 PRP . . . WA 2 118.324 164.784 104.253 1 53.62 ? O1 PRP 401 J 1 HETATM 7 O O2 PRP . . . WA 2 117.895 164.816 106.746 1 52.1 ? O2 PRP 401 J 1 HETATM 8 O O3 PRP . . . WA 2 117.706 167.271 106.189 1 52.82 ? O3 PRP 401 J 1 HETATM 9 O O4 PRP . . . WA 2 120.286 165.98 104.408 1 54.8 ? O4 PRP 401 J 1 HETATM 10 O O5 PRP . . . WA 2 120.49 169.34 104.338 1 56.49 ? O5 PRP 401 J 1 HETATM 11 P P PRP . . . WA 2 121.38 170.668 104.366 1 51.31 ? P PRP 401 J 1 HETATM 12 O O1P PRP . . . WA 2 120.6 171.649 103.531 1 54.72 ? O1P PRP 401 J 1 HETATM 13 O O2P PRP . . . WA 2 121.455 171.002 105.833 1 49.63 ? O2P PRP 401 J 1 HETATM 14 O O3P PRP . . . WA 2 122.675 170.222 103.738 1 49.17 ? O3P PRP 401 J 1 HETATM 15 P PA PRP . . . WA 2 118.273 164.114 102.796 1 50.29 ? PA PRP 401 J 1 HETATM 16 O O1A PRP . . . WA 2 118.349 165.236 101.79 1 51.42 ? O1A PRP 401 J 1 HETATM 17 O O2A PRP . . . WA 2 119.297 163.006 102.741 1 49.95 ? O2A PRP 401 J 1 HETATM 18 O O3A PRP . . . WA 2 116.775 163.511 102.74 1 49.46 ? O3A PRP 401 J 1 HETATM 19 P PB PRP . . . WA 2 116.221 162.293 103.645 1 60.14 ? PB PRP 401 J 1 HETATM 20 O O1B PRP . . . WA 2 117.021 161.091 103.211 1 56 ? O1B PRP 401 J 1 HETATM 21 O O2B PRP . . . WA 2 116.43 162.697 105.086 1 53.29 ? O2B PRP 401 J 1 HETATM 22 O O3B PRP . . . WA 2 114.767 162.23 103.246 1 50.93 ? O3B PRP 401 J 1 # _model_server_stats.io_time_ms 14 _model_server_stats.parse_time_ms 22 _model_server_stats.create_model_time_ms 82 _model_server_stats.query_time_ms 308 _model_server_stats.encode_time_ms 11 _model_server_stats.element_count 22 #