data_8DE6 # _model_server_result.job_id 50rPx2NoUZvD90yhQ3yUqQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-26 02:45:44' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8de6 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":601}' # _entry.id 8DE6 # _exptl.entry_id 8DE6 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 221.208 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8DE6 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8DE6 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 H N N ? 4 L N N ? 4 P N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 41 E CYS 41 1_555 A SG CYS 114 E CYS 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf2 B SG CYS 42 F CYS 42 1_555 B SG CYS 107 F CYS 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? disulf ? disulf3 C SG CYS 48 A CYS 22 1_555 C SG CYS 83 A CYS 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? disulf ? disulf4 C SG CYS 59 A CYS 33 1_555 C SG CYS 93 A CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? disulf ? disulf5 C SG CYS 62 A CYS 36 1_555 C SG CYS 99 A CYS 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? disulf ? disulf6 C SG CYS 106 A CYS 80 1_555 C SG CYS 117 A CYS 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? disulf ? disulf7 C SG CYS 112 A CYS 86 1_555 C SG CYS 130 A CYS 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? disulf ? disulf8 C SG CYS 124 A CYS 98 1_555 C SG CYS 139 A CYS 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? disulf ? disulf9 C SG CYS 147 A CYS 121 1_555 C SG CYS 186 A CYS 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf10 C SG CYS 515 A CYS 444 1_555 C SG CYS 531 A CYS 460 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf11 C SG CYS 518 A CYS 447 1_555 C SG CYS 533 A CYS 462 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? disulf ? disulf12 C SG CYS 535 A CYS 464 1_555 C SG CYS 544 A CYS 473 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? disulf ? disulf13 D SG CYS 41 B CYS 41 1_555 D SG CYS 114 B CYS 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? disulf ? disulf14 E SG CYS 42 I CYS 42 1_555 E SG CYS 107 I CYS 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? disulf ? disulf15 F SG CYS 48 C CYS 22 1_555 F SG CYS 83 C CYS 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.04 ? disulf ? disulf16 F SG CYS 59 C CYS 33 1_555 F SG CYS 93 C CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf17 F SG CYS 62 C CYS 36 1_555 F SG CYS 99 C CYS 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf18 F SG CYS 106 C CYS 80 1_555 F SG CYS 117 C CYS 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? disulf ? disulf19 F SG CYS 112 C CYS 86 1_555 F SG CYS 130 C CYS 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf20 F SG CYS 124 C CYS 98 1_555 F SG CYS 139 C CYS 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? disulf ? disulf21 F SG CYS 147 C CYS 121 1_555 F SG CYS 186 C CYS 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? disulf ? disulf22 F SG CYS 515 C CYS 444 1_555 F SG CYS 531 C CYS 460 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf23 F SG CYS 518 C CYS 447 1_555 F SG CYS 533 C CYS 462 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.008 ? disulf ? disulf24 F SG CYS 535 C CYS 464 1_555 F SG CYS 544 C CYS 473 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? disulf ? disulf25 G SG CYS 48 G CYS 22 1_555 G SG CYS 83 G CYS 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? disulf ? disulf26 G SG CYS 59 G CYS 33 1_555 G SG CYS 93 G CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? disulf ? disulf27 G SG CYS 62 G CYS 36 1_555 G SG CYS 99 G CYS 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf28 G SG CYS 106 G CYS 80 1_555 G SG CYS 117 G CYS 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf29 G SG CYS 112 G CYS 86 1_555 G SG CYS 130 G CYS 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf30 G SG CYS 124 G CYS 98 1_555 G SG CYS 139 G CYS 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf31 G SG CYS 147 G CYS 121 1_555 G SG CYS 186 G CYS 160 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf32 G SG CYS 515 G CYS 444 1_555 G SG CYS 531 G CYS 460 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? disulf ? disulf33 G SG CYS 518 G CYS 447 1_555 G SG CYS 533 G CYS 462 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? disulf ? disulf34 G SG CYS 535 G CYS 464 1_555 G SG CYS 544 G CYS 473 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? covale ? covale1 C OG1 THR 523 A THR 452 1_555 H C1 NAG . A NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale2 F OG1 THR 523 C THR 452 1_555 L C1 NAG . C NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? covale ? covale3 G OG1 THR 523 G THR 452 1_555 P C1 NAG . G NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? metalc ? metalc1 C OD1 ASN 125 A ASN 99 1_555 K CA CA . A CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc2 C O ASP 127 A ASP 101 1_555 K CA CA . A CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? metalc ? metalc3 C OD2 ASP 129 A ASP 103 1_555 K CA CA . A CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.783 ? metalc ? metalc4 C OD2 ASP 135 A ASP 109 1_555 K CA CA . A CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc5 C OE2 GLU 136 A GLU 110 1_555 K CA CA . A CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.672 ? metalc ? metalc6 F O LEU 122 C LEU 96 1_555 O CA CA . C CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.94 ? metalc ? metalc7 F OD1 ASN 125 C ASN 99 1_555 O CA CA . C CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc8 F O ASP 127 C ASP 101 1_555 O CA CA . C CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.471 ? metalc ? metalc9 F OD2 ASP 129 C ASP 103 1_555 O CA CA . C CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.948 ? metalc ? metalc10 F OD2 ASP 135 C ASP 109 1_555 O CA CA . C CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc11 G O LEU 122 G LEU 96 1_555 S CA CA . G CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.143 ? metalc ? metalc12 G OD1 ASN 125 G ASN 99 1_555 S CA CA . G CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.834 ? metalc ? metalc13 G O ASP 127 G ASP 101 1_555 S CA CA . G CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? metalc ? metalc14 G OD2 ASP 129 G ASP 103 1_555 S CA CA . G CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.989 ? metalc ? metalc15 G OD2 ASP 135 G ASP 109 1_555 S CA CA . G CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? metalc ? metalc16 G OE2 GLU 136 G GLU 110 1_555 S CA CA . G CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.386 ? # _chem_comp.formula 'C8 H15 N O6' _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.id NAG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 NAG sing 259 n n C1 O1 NAG sing 260 n n C1 O5 NAG sing 261 n n C1 H1 NAG sing 262 n n C2 C3 NAG sing 263 n n C2 N2 NAG sing 264 n n C2 H2 NAG sing 265 n n C3 C4 NAG sing 266 n n C3 O3 NAG sing 267 n n C3 H3 NAG sing 268 n n C4 C5 NAG sing 269 n n C4 O4 NAG sing 270 n n C4 H4 NAG sing 271 n n C5 C6 NAG sing 272 n n C5 O5 NAG sing 273 n n C5 H5 NAG sing 274 n n C6 O6 NAG sing 275 n n C6 H61 NAG sing 276 n n C6 H62 NAG sing 277 n n C7 C8 NAG sing 278 n n C7 N2 NAG sing 279 n n C7 O7 NAG doub 280 n n C8 H81 NAG sing 281 n n C8 H82 NAG sing 282 n n C8 H83 NAG sing 283 n n N2 HN2 NAG sing 284 n n O1 HO1 NAG sing 285 n n O3 HO3 NAG sing 286 n n O4 HO4 NAG sing 287 n n O6 HO6 NAG sing 288 n n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 8DE6 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code H 4 NAG A 1 601 601 NAG NAG . I 5 BMA A 1 602 602 BMA BMA . J 5 BMA A 1 603 603 BMA BMA . K 6 CA A 1 604 2 CA CA . L 4 NAG C 1 601 601 NAG NAG . M 5 BMA C 1 602 602 BMA BMA . N 5 BMA C 1 603 603 BMA BMA . O 6 CA C 1 604 3 CA CA . P 4 NAG G 1 601 601 NAG NAG . Q 5 BMA G 1 602 602 BMA BMA . R 5 BMA G 1 603 603 BMA BMA . S 6 CA G 1 604 1 CA CA . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 NAG . . . L 4 186.918 203.218 178.466 1 127.68 ? C1 NAG 601 C 1 HETATM 2 C C2 NAG . . . L 4 185.527 203.418 177.873 1 128.58 ? C2 NAG 601 C 1 HETATM 3 C C3 NAG . . . L 4 184.493 203.491 178.994 1 127.29 ? C3 NAG 601 C 1 HETATM 4 C C4 NAG . . . L 4 184.555 202.246 179.849 1 128.19 ? C4 NAG 601 C 1 HETATM 5 C C5 NAG . . . L 4 185.994 201.998 180.339 1 128.94 ? C5 NAG 601 C 1 HETATM 6 C C6 NAG . . . L 4 186.145 200.685 181.056 1 130.02 ? C6 NAG 601 C 1 HETATM 7 C C7 NAG . . . L 4 185.682 205.839 177.454 1 128.97 ? C7 NAG 601 C 1 HETATM 8 C C8 NAG . . . L 4 185.58 206.897 176.406 1 126.12 ? C8 NAG 601 C 1 HETATM 9 N N2 NAG . . . L 4 185.466 204.596 177.024 1 129.39 ? N2 NAG 601 C 1 HETATM 10 O O3 NAG . . . L 4 183.19 203.633 178.457 1 127.21 ? O3 NAG 601 C 1 HETATM 11 O O4 NAG . . . L 4 183.706 202.422 180.982 1 129.25 ? O4 NAG 601 C 1 HETATM 12 O O5 NAG . . . L 4 186.933 202.022 179.256 1 127.66 ? O5 NAG 601 C 1 HETATM 13 O O6 NAG . . . L 4 185.697 200.733 182.411 1 129.8 ? O6 NAG 601 C 1 HETATM 14 O O7 NAG . . . L 4 185.955 206.083 178.621 1 130.09 ? O7 NAG 601 C 1 # _model_server_stats.io_time_ms 13 _model_server_stats.parse_time_ms 24 _model_server_stats.create_model_time_ms 14 _model_server_stats.query_time_ms 267 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 14 #