data_8DEQ
#
_model_server_result.job_id            mqx80vqsvtRyMq2tZcgSCg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-25 20:22:05' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8deq 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    8DEQ 
#
_exptl.entry_id    8DEQ 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              221.208 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 
_entity.pdbx_number_of_molecules    6 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    octameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      8 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 I N N 
? 4 J N N 
? 4 K N N 
? 4 L N N 
? 4 M N N 
? 4 N N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 49 A CYS 49 1_555 A SG CYS 114 A CYS 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 62 A CYS 62 1_555 A SG CYS 94 A CYS 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
disulf ? disulf3 A SG CYS 63 A CYS 63 1_555 A SG CYS 96 A CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf4 A SG CYS 259 A CYS 259 1_555 A SG CYS 271 A CYS 271 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
disulf ? disulf5 A SG CYS 301 A CYS 301 1_555 A SG CYS 376 A CYS 376 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf6 A SG CYS 306 A CYS 306 1_555 A SG CYS 380 A CYS 380 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf7 A SG CYS 328 A CYS 328 1_555 A SG CYS 370 A CYS 370 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? 
disulf ? disulf8 B SG CYS 49 B CYS 49 1_555 B SG CYS 114 B CYS 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf9 B SG CYS 62 B CYS 62 1_555 B SG CYS 94 B CYS 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf10 B SG CYS 63 B CYS 63 1_555 B SG CYS 96 B CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf11 B SG CYS 259 B CYS 259 1_555 B SG CYS 271 B CYS 271 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
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disulf ? disulf13 B SG CYS 306 B CYS 306 1_555 B SG CYS 380 B CYS 380 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
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disulf ? disulf15 C SG CYS 49 C CYS 49 1_555 C SG CYS 114 C CYS 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
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disulf ? disulf18 C SG CYS 259 C CYS 259 1_555 C SG CYS 271 C CYS 271 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? 
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disulf ? disulf26 D SG CYS 301 D CYS 301 1_555 D SG CYS 376 D CYS 376 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
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disulf ? disulf29 E SG CYS 49 E CYS 49 1_555 E SG CYS 114 E CYS 114 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf30 E SG CYS 62 E CYS 62 1_555 E SG CYS 94 E CYS 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf31 E SG CYS 63 E CYS 63 1_555 E SG CYS 96 E CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf32 E SG CYS 259 E CYS 259 1_555 E SG CYS 271 E CYS 271 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf33 E SG CYS 301 E CYS 301 1_555 E SG CYS 376 E CYS 376 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf34 E SG CYS 306 E CYS 306 1_555 E SG CYS 380 E CYS 380 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
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disulf ? disulf39 F SG CYS 259 F CYS 259 1_555 F SG CYS 271 F CYS 271 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
disulf ? disulf40 F SG CYS 301 F CYS 301 1_555 F SG CYS 376 F CYS 376 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf41 F SG CYS 306 F CYS 306 1_555 F SG CYS 380 F CYS 380 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf42 F SG CYS 328 F CYS 328 1_555 F SG CYS 370 F CYS 370 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? 
covale ? covale1 A ND2 ASN 134 A ASN 134 1_555 I C1 NAG . A NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? 
covale ? covale2 B ND2 ASN 134 B ASN 134 1_555 J C1 NAG . B NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? 
covale ? covale3 C ND2 ASN 134 C ASN 134 1_555 K C1 NAG . C NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? 
covale ? covale4 D ND2 ASN 134 D ASN 134 1_555 L C1 NAG . D NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? 
covale ? covale5 E ND2 ASN 134 E ASN 134 1_555 M C1 NAG . E NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? 
covale ? covale6 F ND2 ASN 134 F ASN 134 1_555 N C1 NAG . F NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? 
#
_chem_comp.formula           'C8 H15 N O6' 
_chem_comp.formula_weight    221.208 
_chem_comp.id                NAG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 
_chem_comp.type              'd-saccharide, beta linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 NAG sing 235 n n 
C1 O1 NAG sing 236 n n 
C1 O5 NAG sing 237 n n 
C1 H1 NAG sing 238 n n 
C2 C3 NAG sing 239 n n 
C2 N2 NAG sing 240 n n 
C2 H2 NAG sing 241 n n 
C3 C4 NAG sing 242 n n 
C3 O3 NAG sing 243 n n 
C3 H3 NAG sing 244 n n 
C4 C5 NAG sing 245 n n 
C4 O4 NAG sing 246 n n 
C4 H4 NAG sing 247 n n 
C5 C6 NAG sing 248 n n 
C5 O5 NAG sing 249 n n 
C5 H5 NAG sing 250 n n 
C6 O6 NAG sing 251 n n 
C6 H61 NAG sing 252 n n 
C6 H62 NAG sing 253 n n 
C7 C8 NAG sing 254 n n 
C7 N2 NAG sing 255 n n 
C7 O7 NAG doub 256 n n 
C8 H81 NAG sing 257 n n 
C8 H82 NAG sing 258 n n 
C8 H83 NAG sing 259 n n 
N2 HN2 NAG sing 260 n n 
O1 HO1 NAG sing 261 n n 
O3 HO3 NAG sing 262 n n 
O4 HO4 NAG sing 263 n n 
O6 HO6 NAG sing 264 n n 
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 
NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 
NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
#
_atom_sites.entry_id                     8DEQ 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 4 NAG A 1 501 403 NAG NAG . 
J 4 NAG B 1 501 403 NAG NAG . 
K 4 NAG C 1 501 403 NAG NAG . 
L 4 NAG D 1 501 403 NAG NAG . 
M 4 NAG E 1 501 403 NAG NAG . 
N 4 NAG F 1 501 403 NAG NAG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 NAG . . . L 4 107.141 135.109 158.475 1 50 ? C1 NAG 501 D 1 
HETATM 2 C C2 NAG . . . L 4 107.256 136.625 158.378 1 50 ? C2 NAG 501 D 1 
HETATM 3 C C3 NAG . . . L 4 106.185 137.141 157.435 1 50 ? C3 NAG 501 D 1 
HETATM 4 C C4 NAG . . . L 4 106.363 136.473 156.082 1 50 ? C4 NAG 501 D 1 
HETATM 5 C C5 NAG . . . L 4 106.278 134.961 156.252 1 50 ? C5 NAG 501 D 1 
HETATM 6 C C6 NAG . . . L 4 106.507 134.224 154.937 1 50 ? C6 NAG 501 D 1 
HETATM 7 C C7 NAG . . . L 4 108.182 137.724 160.329 1 50 ? C7 NAG 501 D 1 
HETATM 8 C C8 NAG . . . L 4 108.192 139.206 160.555 1 50 ? C8 NAG 501 D 1 
HETATM 9 N N2 NAG . . . L 4 107.122 137.252 159.678 1 50 ? N2 NAG 501 D 1 
HETATM 10 O O3 NAG . . . L 4 106.309 138.56 157.297 1 50 ? O3 NAG 501 D 1 
HETATM 11 O O4 NAG . . . L 4 105.341 136.94 155.197 1 50 ? O4 NAG 501 D 1 
HETATM 12 O O5 NAG . . . L 4 107.282 134.542 157.174 1 50 ? O5 NAG 501 D 1 
HETATM 13 O O6 NAG . . . L 4 105.436 134.484 154.022 1 50 ? O6 NAG 501 D 1 
HETATM 14 O O7 NAG . . . L 4 109.089 137.006 160.716 1 50 ? O7 NAG 501 D 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              59 
_model_server_stats.parse_time_ms           9 
_model_server_stats.create_model_time_ms    23 
_model_server_stats.query_time_ms           304 
_model_server_stats.encode_time_ms          22 
_model_server_stats.element_count           14 
#