data_8DG7 # _model_server_result.job_id 8206UviheHzbH-camjaJrg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-26 23:34:00' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8dg7 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":2303}' # _entry.id 8DG7 # _exptl.entry_id 8DG7 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8DG7 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8DG7 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 E N N ? 5 F N N ? 5 G N N ? 5 H N N ? 5 J N N ? 5 K N N ? 5 L N N ? 5 M N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 B P G 1 E G 2 1_555 I O3' U5P . E U5P 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.6 ? metalc ? metalc1 A OE2 GLU 1745 A GLU 1745 1_555 E MG MG . A MG 2301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.98 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 1749 A ASP 1749 1_555 F MG MG . A MG 2302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? metalc ? metalc3 A OE1 GLU 1908 A GLU 1908 1_555 E MG MG . A MG 2301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? metalc ? metalc4 A OE2 GLU 1908 A GLU 1908 1_555 F MG MG . A MG 2302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.996 ? metalc ? metalc5 E MG MG . A MG 2301 1_555 C OP1 C 17 F C 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.001 ? metalc ? metalc6 F MG MG . A MG 2302 1_555 C O2' A 16 F A 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc7 H MG MG . A MG 2304 1_555 I O1P U5P . E U5P 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? metalc ? metalc8 H MG MG . A MG 2304 1_555 I O5' U5P . E U5P 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.903 ? metalc ? metalc9 B OP1 G 1 E G 2 1_555 L MG MG . E MG 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? metalc ? metalc10 B OP2 A 2 E A 3 1_555 L MG MG . E MG 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? metalc ? metalc11 B O3' A 21 E A 22 1_555 K MG MG . E MG 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? metalc ? metalc12 C OP2 A 19 F A 41 1_555 M MG MG . F MG 101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 B N1 G 1 E G 2 1_555 C N3 C 35 F C 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 B N2 G 1 E G 2 1_555 C O2 C 35 F C 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 B O6 G 1 E G 2 1_555 C N4 C 35 F C 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 B N1 A 2 E A 3 1_555 C N3 U 34 F U 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 B N6 A 2 E A 3 1_555 C O4 U 34 F U 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 B N1 G 3 E G 4 1_555 C N3 C 33 F C 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 B N2 G 3 E G 4 1_555 C O2 C 33 F C 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 B O6 G 3 E G 4 1_555 C N4 C 33 F C 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 B N1 G 4 E G 5 1_555 C N3 C 32 F C 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 B N2 G 4 E G 5 1_555 C O2 C 32 F C 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 B O6 G 4 E G 5 1_555 C N4 C 32 F C 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 B N3 U 5 E U 6 1_555 C N1 A 31 F A 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 B O4 U 5 E U 6 1_555 C N6 A 31 F A 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 B N1 A 6 E A 7 1_555 C N3 U 30 F U 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 B N6 A 6 E A 7 1_555 C O4 U 30 F U 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 B N1 G 7 E G 8 1_555 C N3 C 29 F C 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 B N2 G 7 E G 8 1_555 C O2 C 29 F C 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 B O6 G 7 E G 8 1_555 C N4 C 29 F C 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 B N3 U 8 E U 9 1_555 C N1 A 28 F A 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 B O4 U 8 E U 9 1_555 C N6 A 28 F A 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 B N1 A 9 E A 10 1_555 C N3 U 27 F U 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 B N6 A 9 E A 10 1_555 C O4 U 27 F U 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 B N1 G 10 E G 11 1_555 C N3 C 26 F C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 B N2 G 10 E G 11 1_555 C O2 C 26 F C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 B O6 G 10 E G 11 1_555 C N4 C 26 F C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 B N1 G 11 E G 12 1_555 C N3 C 25 F C 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 B N2 G 11 E G 12 1_555 C O2 C 25 F C 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 B O6 G 11 E G 12 1_555 C N4 C 25 F C 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 B N3 U 12 E U 13 1_555 C N1 A 24 F A 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 B O4 U 12 E U 13 1_555 C N6 A 24 F A 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 B N3 U 13 E U 14 1_555 C N1 A 23 F A 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 B O4 U 13 E U 14 1_555 C N6 A 23 F A 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 B N1 G 14 E G 15 1_555 C N3 C 22 F C 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 B N2 G 14 E G 15 1_555 C O2 C 22 F C 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 B O6 G 14 E G 15 1_555 C N4 C 22 F C 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 B N3 U 15 E U 16 1_555 C N1 A 21 F A 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 B O4 U 15 E U 16 1_555 C N6 A 21 F A 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 B N1 A 16 E A 17 1_555 C N3 U 20 F U 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 B N6 A 16 E A 17 1_555 C O4 U 20 F U 42 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 B N3 U 17 E U 18 1_555 C N1 A 19 F A 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 B O4 U 17 E U 18 1_555 C N6 A 19 F A 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 B N1 A 18 E A 19 1_555 C N3 U 18 F U 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 B N6 A 18 E A 19 1_555 C O4 U 18 F U 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 B N1 G 19 E G 20 1_555 C N3 C 17 F C 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 B N2 G 19 E G 20 1_555 C O2 C 17 F C 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 B O6 G 19 E G 20 1_555 C N4 C 17 F C 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-A PAIR' hydrog47 B O2 U 20 E U 21 1_555 C N6 A 16 F A 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 B N1 A 21 E A 22 1_555 C N3 U 15 F U 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 B N6 A 21 E A 22 1_555 C O4 U 15 F U 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8DG7 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 5 MG A 1 2301 1 MG MG . F 5 MG A 1 2302 2 MG MG . G 5 MG A 1 2303 3 MG MG . H 5 MG A 1 2304 7 MG MG . I 6 U5P E 1 101 1 U5P U5P . J 5 MG E 1 102 8 MG MG . K 5 MG E 1 103 11 MG MG . L 5 MG E 1 104 12 MG MG . M 5 MG F 1 101 4 MG MG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id G _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 163.929 _atom_site.Cartn_y 181.137 _atom_site.Cartn_z 170.975 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 40.08 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 2303 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 25 _model_server_stats.parse_time_ms 13 _model_server_stats.create_model_time_ms 40 _model_server_stats.query_time_ms 305 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #