data_8E5N # _model_server_result.job_id NYbII-OH6VD0o4y81DPXkA _model_server_result.datetime_utc '2024-10-25 20:28:44' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8e5n # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":1002}' # _entry.id 8E5N # _exptl.entry_id 8E5N _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 54.938 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MANGANESE (II) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 12 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90.2 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8E5N _cell.length_a 53.423 _cell.length_b 287.535 _cell.length_c 67.351 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8E5N _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 1 PISA trimeric 3 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,G,H,I,J,K,L,S,T,U,Y,Z,CA 1 1 C,D,F,M,N,O,P,Q,R,V,W,X,AA,BA,DA 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 G N N ? 2 H N N ? 2 J N N ? 2 K N N ? 2 M N N ? 2 N N N ? 2 P N N ? 2 Q N N ? 2 S N N ? 2 T N N ? 2 V N N ? 2 W N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A ND1 HIS 101 A HIS 101 1_555 G MN MN . A MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.542 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 124 A ASP 124 1_555 G MN MN . A MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 124 A ASP 124 1_555 H MN MN . A MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc4 A ND1 HIS 126 A HIS 126 1_555 H MN MN . A MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.168 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 128 A ASP 128 1_555 G MN MN . A MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 232 A ASP 232 1_555 G MN MN . A MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 234 A ASP 234 1_555 H MN MN . A MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc8 B ND1 HIS 101 B HIS 101 1_555 J MN MN . B MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc9 B OD2 ASP 124 B ASP 124 1_555 J MN MN . B MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.176 ? metalc ? metalc10 B OD1 ASP 124 B ASP 124 1_555 K MN MN . B MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.993 ? metalc ? metalc11 B ND1 HIS 126 B HIS 126 1_555 K MN MN . B MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? metalc ? metalc12 B OD2 ASP 128 B ASP 128 1_555 J MN MN . B MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? metalc ? metalc13 B OD2 ASP 232 B ASP 232 1_555 J MN MN . B MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc14 B OD2 ASP 232 B ASP 232 1_555 K MN MN . B MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? metalc ? metalc15 B OD1 ASP 234 B ASP 234 1_555 K MN MN . B MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? metalc ? metalc16 B OD2 ASP 234 B ASP 234 1_555 K MN MN . B MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc17 C ND1 HIS 101 C HIS 101 1_555 M MN MN . C MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.752 ? metalc ? metalc18 C OD2 ASP 124 C ASP 124 1_555 M MN MN . C MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.191 ? metalc ? metalc19 C OD1 ASP 124 C ASP 124 1_555 N MN MN . C MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? metalc ? metalc20 C ND1 HIS 126 C HIS 126 1_555 N MN MN . C MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? metalc ? metalc21 C OD2 ASP 128 C ASP 128 1_555 M MN MN . C MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? metalc ? metalc22 C OD2 ASP 232 C ASP 232 1_555 M MN MN . C MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? metalc ? metalc23 C OD1 ASP 234 C ASP 234 1_555 N MN MN . C MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc24 C OD2 ASP 234 C ASP 234 1_555 N MN MN . C MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc25 D ND1 HIS 101 D HIS 101 1_555 P MN MN . D MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? metalc ? metalc26 D OD1 ASP 124 D ASP 124 1_555 Q MN MN . D MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc27 D ND1 HIS 126 D HIS 126 1_555 Q MN MN . D MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.21 ? metalc ? metalc28 D OD2 ASP 128 D ASP 128 1_555 P MN MN . D MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc29 D OD2 ASP 232 D ASP 232 1_555 P MN MN . D MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.543 ? metalc ? metalc30 D OD2 ASP 232 D ASP 232 1_555 Q MN MN . D MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.493 ? metalc ? metalc31 D OD1 ASP 234 D ASP 234 1_555 Q MN MN . D MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? metalc ? metalc32 E ND1 HIS 101 E HIS 101 1_555 S MN MN . E MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.471 ? metalc ? metalc33 E OD2 ASP 124 E ASP 124 1_555 S MN MN . E MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.008 ? metalc ? metalc34 E OD1 ASP 124 E ASP 124 1_555 T MN MN . E MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? metalc ? metalc35 E ND1 HIS 126 E HIS 126 1_555 T MN MN . E MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? metalc ? metalc36 E OD2 ASP 128 E ASP 128 1_555 S MN MN . E MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? metalc ? metalc37 E OD2 ASP 232 E ASP 232 1_555 S MN MN . E MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.751 ? metalc ? metalc38 E OD2 ASP 232 E ASP 232 1_555 T MN MN . E MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.713 ? metalc ? metalc39 E OD1 ASP 234 E ASP 234 1_555 T MN MN . E MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc40 E OD2 ASP 234 E ASP 234 1_555 T MN MN . E MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.192 ? metalc ? metalc41 F ND1 HIS 101 F HIS 101 1_555 V MN MN . F MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? metalc ? metalc42 F OD2 ASP 124 F ASP 124 1_555 V MN MN . F MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? metalc ? metalc43 F OD1 ASP 124 F ASP 124 1_555 W MN MN . F MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.996 ? metalc ? metalc44 F ND1 HIS 126 F HIS 126 1_555 W MN MN . F MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc ? metalc45 F OD2 ASP 128 F ASP 128 1_555 V MN MN . F MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? metalc ? metalc46 F OD2 ASP 232 F ASP 232 1_555 V MN MN . F MN 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.725 ? metalc ? metalc47 F OD2 ASP 232 F ASP 232 1_555 W MN MN . F MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? metalc ? metalc48 F OD1 ASP 234 F ASP 234 1_555 W MN MN . F MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc49 F OD2 ASP 234 F ASP 234 1_555 W MN MN . F MN 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? # _chem_comp.formula 'Mn 2' _chem_comp.formula_weight 54.938 _chem_comp.id MN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MANGANESE (II) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8E5N _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.018719 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000065 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.003478 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.014848 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 2 MN A 1 1001 1001 MN MN . H 2 MN A 1 1002 1002 MN MN . I 3 UL0 A 1 1003 4000 UL0 LIG . J 2 MN B 1 1001 1001 MN MN . K 2 MN B 1 1002 1002 MN MN . L 3 UL0 B 1 1003 4000 UL0 LIG . M 2 MN C 1 1001 1001 MN MN . N 2 MN C 1 1002 1002 MN MN . O 3 UL0 C 1 1003 4000 UL0 LIG . P 2 MN D 1 1001 1001 MN MN . Q 2 MN D 1 1002 1002 MN MN . R 3 UL0 D 1 1003 4000 UL0 LIG . S 2 MN E 1 1001 1001 MN MN . T 2 MN E 1 1002 1002 MN MN . U 3 UL0 E 1 1003 4000 UL0 LIG . V 2 MN F 1 1001 1001 MN MN . W 2 MN F 1 1002 1002 MN MN . X 3 UL0 F 1 1003 4000 UL0 LIG . Y 4 HOH A 1 1101 1 HOH HOH . Y 4 HOH A 2 1102 4 HOH HOH . Z 4 HOH B 1 1101 11 HOH HOH . Z 4 HOH B 2 1102 9 HOH HOH . AA 4 HOH C 1 1101 13 HOH HOH . AA 4 HOH C 2 1102 14 HOH HOH . AA 4 HOH C 3 1103 12 HOH HOH . BA 4 HOH D 1 1101 2 HOH HOH . BA 4 HOH D 2 1102 3 HOH HOH . BA 4 HOH D 3 1103 15 HOH HOH . BA 4 HOH D 4 1104 5 HOH HOH . CA 4 HOH E 1 1101 7 HOH HOH . CA 4 HOH E 2 1102 6 HOH HOH . CA 4 HOH E 3 1103 10 HOH HOH . DA 4 HOH F 1 1101 16 HOH HOH . DA 4 HOH F 2 1102 8 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MN _atom_site.label_atom_id MN _atom_site.label_comp_id MN _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id Q _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x -36.766 _atom_site.Cartn_y 56.139 _atom_site.Cartn_z -11.417 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 35.69 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MN _atom_site.auth_comp_id MN _atom_site.auth_seq_id 1002 _atom_site.auth_asym_id D _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 22 _model_server_stats.query_time_ms 241 _model_server_stats.encode_time_ms 13 _model_server_stats.element_count 1 #