data_8E6U
#
_model_server_result.job_id            oWrgPX-iWmoSkWskywlxsQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-18 10:42:51' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8e6u 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":2002}' 
#
_entry.id    8E6U 
#
_exptl.entry_id    8E6U 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              619.412 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '[(2R,3S,5R)-5-(6-amino-8-phenyl-9H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,4S,5R)-3,4,5-trihydroxyoxolan-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name)' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8E6U 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8E6U 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
? 2 L N N 
#
_chem_comp.formula           'C21 H27 N5 O13 P2' 
_chem_comp.formula_weight    619.412 
_chem_comp.id                UOZ 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              '[(2R,3S,5R)-5-(6-amino-8-phenyl-9H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methyl [(2R,3S,4S,5R)-3,4,5-trihydroxyoxolan-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name)' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O33 C32 UOZ sing 356 n n 
N01 C02 UOZ sing 357 n n 
C32 O31 UOZ sing 358 n n 
C32 C34 UOZ sing 359 n n 
N08 C07 UOZ sing 360 n y 
N08 C09 UOZ doub 361 n y 
O31 C30 UOZ sing 362 n n 
C02 C07 UOZ doub 363 n y 
C02 N03 UOZ sing 364 n y 
C13 C14 UOZ doub 365 n y 
C13 C12 UOZ sing 366 n y 
C14 C15 UOZ sing 367 n y 
C12 C11 UOZ doub 368 n y 
C15 C10 UOZ doub 369 n y 
C07 C06 UOZ sing 370 n y 
C34 O35 UOZ sing 371 n n 
C34 C36 UOZ sing 372 n n 
C11 C10 UOZ sing 373 n y 
C10 C09 UOZ sing 374 n n 
C09 N16 UOZ sing 375 n y 
N03 C04 UOZ doub 376 n y 
C30 C36 UOZ sing 377 n n 
C30 C29 UOZ sing 378 n n 
C36 O37 UOZ sing 379 n n 
C06 N16 UOZ sing 380 n y 
C06 N05 UOZ doub 381 n y 
N16 C17 UOZ sing 382 n n 
C04 N05 UOZ sing 383 n y 
C29 O28 UOZ sing 384 n n 
C17 O41 UOZ sing 385 n n 
C17 C18 UOZ sing 386 n n 
O28 P26 UOZ sing 387 n n 
O41 C21 UOZ sing 388 n n 
C18 C19 UOZ sing 389 n n 
O25 P26 UOZ sing 390 n n 
O25 P24 UOZ sing 391 n n 
O39 P24 UOZ doub 392 n n 
P26 O38 UOZ doub 393 n n 
P26 O27 UOZ sing 394 n n 
O23 P24 UOZ sing 395 n n 
O23 C22 UOZ sing 396 n n 
C19 C21 UOZ sing 397 n n 
C19 O20 UOZ sing 398 n n 
C21 C22 UOZ sing 399 n n 
P24 O40 UOZ sing 400 n n 
C13 H1 UOZ sing 401 n n 
C15 H2 UOZ sing 402 n n 
C17 H3 UOZ sing 403 n n 
C21 H4 UOZ sing 404 n n 
C22 H5 UOZ sing 405 n n 
C22 H6 UOZ sing 406 n n 
C04 H7 UOZ sing 407 n n 
C11 H8 UOZ sing 408 n n 
C12 H9 UOZ sing 409 n n 
C14 H10 UOZ sing 410 n n 
C18 H11 UOZ sing 411 n n 
C18 H12 UOZ sing 412 n n 
C19 H13 UOZ sing 413 n n 
C29 H14 UOZ sing 414 n n 
C29 H15 UOZ sing 415 n n 
C30 H16 UOZ sing 416 n n 
C32 H17 UOZ sing 417 n n 
C34 H18 UOZ sing 418 n n 
C36 H19 UOZ sing 419 n n 
N01 H20 UOZ sing 420 n n 
N01 H21 UOZ sing 421 n n 
O20 H22 UOZ sing 422 n n 
O27 H23 UOZ sing 423 n n 
O33 H24 UOZ sing 424 n n 
O35 H25 UOZ sing 425 n n 
O37 H26 UOZ sing 426 n n 
O40 H27 UOZ sing 427 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8E6U 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 UOZ A 1 2001 2001 UOZ LIG . 
F 2 UOZ A 1 2002 2002 UOZ LIG . 
G 2 UOZ B 1 2001 2001 UOZ LIG . 
H 2 UOZ B 1 2002 2002 UOZ LIG . 
I 2 UOZ C 1 2001 2001 UOZ LIG . 
J 2 UOZ C 1 2002 2002 UOZ LIG . 
K 2 UOZ D 1 2001 2001 UOZ LIG . 
L 2 UOZ D 1 2002 2002 UOZ LIG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C10 UOZ . . . L 2 214.705 149.141 208.144 1 184.77 ? C10 UOZ 2002 D 1 
HETATM 2 C C13 UOZ . . . L 2 216.49 147.418 206.642 1 184.77 ? C13 UOZ 2002 D 1 
HETATM 3 C C15 UOZ . . . L 2 215.479 149.616 207.046 1 184.77 ? C15 UOZ 2002 D 1 
HETATM 4 C C17 UOZ . . . L 2 215.643 151.793 209.663 1 184.77 ? C17 UOZ 2002 D 1 
HETATM 5 C C21 UOZ . . . L 2 217.238 151.335 211.361 1 184.77 ? C21 UOZ 2002 D 1 
HETATM 6 C C22 UOZ . . . L 2 216.553 150.917 212.776 1 184.77 ? C22 UOZ 2002 D 1 
HETATM 7 C C02 UOZ . . . L 2 210.475 151.34 210.438 1 184.77 ? C02 UOZ 2002 D 1 
HETATM 8 C C04 UOZ . . . L 2 211.447 153.256 211.477 1 184.77 ? C04 UOZ 2002 D 1 
HETATM 9 C C06 UOZ . . . L 2 212.918 151.876 210.282 1 184.77 ? C06 UOZ 2002 D 1 
HETATM 10 C C07 UOZ . . . L 2 211.832 151.008 209.942 1 184.77 ? C07 UOZ 2002 D 1 
HETATM 11 C C09 UOZ . . . L 2 213.716 150.107 208.971 1 184.77 ? C09 UOZ 2002 D 1 
HETATM 12 C C11 UOZ . . . L 2 214.868 147.758 208.454 1 184.77 ? C11 UOZ 2002 D 1 
HETATM 13 C C12 UOZ . . . L 2 215.741 146.909 207.722 1 184.77 ? C12 UOZ 2002 D 1 
HETATM 14 C C14 UOZ . . . L 2 216.357 148.778 206.305 1 184.77 ? C14 UOZ 2002 D 1 
HETATM 15 C C18 UOZ . . . L 2 215.813 153.026 210.532 1 184.77 ? C18 UOZ 2002 D 1 
HETATM 16 C C19 UOZ . . . L 2 217.165 152.841 211.246 1 184.77 ? C19 UOZ 2002 D 1 
HETATM 17 N N01 UOZ . . . L 2 209.333 150.572 210.176 1 184.77 ? N01 UOZ 2002 D 1 
HETATM 18 N N03 UOZ . . . L 2 210.318 152.477 211.205 1 184.77 ? N03 UOZ 2002 D 1 
HETATM 19 N N05 UOZ . . . L 2 212.717 153.029 211.067 1 184.77 ? N05 UOZ 2002 D 1 
HETATM 20 N N08 UOZ . . . L 2 212.366 149.94 209.142 1 184.77 ? N08 UOZ 2002 D 1 
HETATM 21 N N16 UOZ . . . L 2 214.12 151.288 209.651 1 184.77 ? N16 UOZ 2002 D 1 
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HETATM 27 O O38 UOZ . . . L 2 220.77 152.295 213.118 1 184.77 ? O38 UOZ 2002 D 1 
HETATM 28 O O39 UOZ . . . L 2 217.299 152.288 216.239 1 184.77 ? O39 UOZ 2002 D 1 
HETATM 29 O O40 UOZ . . . L 2 218.396 153.513 214.284 1 184.77 ? O40 UOZ 2002 D 1 
HETATM 30 O O41 UOZ . . . L 2 216.613 150.87 210.127 1 184.77 ? O41 UOZ 2002 D 1 
HETATM 31 P P24 UOZ . . . L 2 217.894 152.255 214.878 1 184.77 ? P24 UOZ 2002 D 1 
HETATM 32 P P26 UOZ . . . L 2 220.255 150.968 213.54 1 184.77 ? P26 UOZ 2002 D 1 
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_model_server_stats.io_time_ms              21 
_model_server_stats.parse_time_ms           10 
_model_server_stats.create_model_time_ms    51 
_model_server_stats.query_time_ms           311 
_model_server_stats.encode_time_ms          8 
_model_server_stats.element_count           32 
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