data_8E8F # _model_server_result.job_id rLameBwJ9nmUL8OLKR96Qg _model_server_result.datetime_utc '2024-12-26 12:02:59' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8e8f # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":503}' # _entry.id 8E8F # _exptl.entry_id 8E8F _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 507.181 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 8E8F _cell.length_a 98.236 _cell.length_b 98.236 _cell.length_c 81.296 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8E8F _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 169 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 61' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 5 _struct_asym.id F _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD2 ASP 16 A ASP 13 1_555 D MN MN . A MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.115 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 16 A ASP 13 1_555 E MN MN . A MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? metalc ? metalc3 A O MET 17 A MET 14 1_555 D MN MN . A MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc4 A NH1 ARG 64 A ARG 61 1_555 H MN MN . A MN 505 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.915 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 118 A ASP 115 1_555 D MN MN . A MN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? metalc ? metalc6 A OD1 ASP 118 A ASP 115 1_555 E MN MN . A MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc7 A OE1 GLU 119 A GLU 116 1_555 E MN MN . A MN 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? metalc ? metalc8 D MN MN . A MN 501 1_555 F O2B DGT . A DGT 503 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.182 ? metalc ? metalc9 D MN MN . A MN 501 1_555 F O1A DGT . A DGT 503 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc10 D MN MN . A MN 501 1_555 F O2G DGT . A DGT 503 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.708 ? metalc ? metalc11 D MN MN . A MN 501 1_555 G O5 DPO . A DPO 504 1_555 ? ? ? ? C ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc12 D MN MN . A MN 501 1_555 G O1 DPO . A DPO 504 1_555 ? ? ? ? C ? ? ? ? ? ? ? 1.942 ? metalc ? metalc13 D MN MN . A MN 501 1_555 C OP1 DG 9 P DG 10 1_555 ? ? ? ? C ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc ? metalc14 E MN MN . A MN 502 1_555 F O1A DGT . A DGT 503 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? metalc ? metalc15 E MN MN . A MN 502 1_555 I O HOH . A HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.132 ? metalc ? metalc16 E MN MN . A MN 502 1_555 C O3' U 8 P U 9 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 2.703 ? metalc ? metalc17 E MN MN . A MN 502 1_555 C O3' U 8 P U 9 1_555 ? ? ? ? C ? ? ? ? ? ? ? 2.557 ? metalc ? metalc18 E MN MN . A MN 502 1_555 C OP1 DG 9 P DG 10 1_555 ? ? ? ? C ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? metalc ? metalc19 F O3A DGT . A DGT 503 1_555 H MN MN . A MN 505 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.729 ? metalc ? metalc20 F O2A DGT . A DGT 503 1_555 H MN MN . A MN 505 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.72 ? metalc ? metalc21 G O6 DPO . A DPO 504 1_555 H MN MN . A MN 505 1_555 ? C ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog1 B N3 DT 4 T DT 5 1_555 C O6 DG 9 P DG 10 1_555 ? ? ? ? C ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog2 B O2 DT 4 T DT 5 1_555 C N1 DG 9 P DG 10 1_555 ? ? ? ? C ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 B N1 DA 5 T DA 6 1_555 C N3 U 8 P U 9 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 B N1 DA 5 T DA 6 1_555 C N3 U 8 P U 9 1_555 ? B ? ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 B N6 DA 5 T DA 6 1_555 C O4 U 8 P U 9 1_555 ? A ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 B N3 DT 6 T DT 7 1_555 C N1 DA 7 P DA 8 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 B N3 DT 6 T DT 7 1_555 C N1 DA 7 P DA 8 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 B O4 DT 6 T DT 7 1_555 C N6 DA 7 P DA 8 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 B O4 DT 6 T DT 7 1_555 C N6 DA 7 P DA 8 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 B N1 DG 7 T DG 8 1_555 C N3 DC 6 P DC 7 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 B N1 DG 7 T DG 8 1_555 C N3 DC 6 P DC 7 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 B N2 DG 7 T DG 8 1_555 C O2 DC 6 P DC 7 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 B N2 DG 7 T DG 8 1_555 C O2 DC 6 P DC 7 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 B O6 DG 7 T DG 8 1_555 C N4 DC 6 P DC 7 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 B O6 DG 7 T DG 8 1_555 C N4 DC 6 P DC 7 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 B N1 DA 8 T DA 9 1_555 C N3 DT 5 P DT 6 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 B N1 DA 8 T DA 9 1_555 C N3 DT 5 P DT 6 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 B N6 DA 8 T DA 9 1_555 C O4 DT 5 P DT 6 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 B N6 DA 8 T DA 9 1_555 C O4 DT 5 P DT 6 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 B N3 DC 9 T DC 10 1_555 C N1 DG 4 P DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 B N4 DC 9 T DC 10 1_555 C O6 DG 4 P DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 B O2 DC 9 T DC 10 1_555 C N2 DG 4 P DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 B N1 DG 10 T DG 11 1_555 C N3 DC 3 P DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 B N2 DG 10 T DG 11 1_555 C O2 DC 3 P DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 B O6 DG 10 T DG 11 1_555 C N4 DC 3 P DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 B N3 DC 11 T DC 12 1_555 C N1 DG 2 P DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 B N4 DC 11 T DC 12 1_555 C O6 DG 2 P DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 B O2 DC 11 T DC 12 1_555 C N2 DG 2 P DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 B N3 DT 12 T DT 13 1_555 C N1 DA 1 P DA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 B O4 DT 12 T DT 13 1_555 C N6 DA 1 P DA 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O13 P3' _chem_comp.formula_weight 507.181 _chem_comp.id DGT _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G DGT sing 195 n n PG O2G DGT sing 196 n n O1G HO1G DGT sing 197 n n O2G HO2G DGT sing 198 n n O3G PG DGT doub 199 n n O3B PG DGT sing 200 n n PB O3B DGT sing 201 n n PB O1B DGT sing 202 n n PB O3A DGT sing 203 n n O1B HO1B DGT sing 204 n n O2B PB DGT doub 205 n n PA O3A DGT sing 206 n n PA O1A DGT sing 207 n n O1A HO1A DGT sing 208 n n O2A PA DGT doub 209 n n O5' PA DGT sing 210 n n O5' C5' DGT sing 211 n n C5' H5' DGT sing 212 n n C5' "H5'A" DGT sing 213 n n C4' C5' DGT sing 214 n n C4' H4' DGT sing 215 n n O4' C4' DGT sing 216 n n C3' C4' DGT sing 217 n n C3' O3' DGT sing 218 n n C3' H3' DGT sing 219 n n O3' HO3' DGT sing 220 n n C2' C3' DGT sing 221 n n C2' C1' DGT sing 222 n n C2' H2' DGT sing 223 n n C2' "H2'A" DGT sing 224 n n C1' O4' DGT sing 225 n n C1' H1' DGT sing 226 n n N9 C1' DGT sing 227 n n N9 C4 DGT sing 228 n y C8 N9 DGT sing 229 n y C8 H8 DGT sing 230 n n N7 C8 DGT doub 231 n y N7 C5 DGT sing 232 n y C5 C6 DGT sing 233 n n C5 C4 DGT doub 234 n y C6 N1 DGT sing 235 n n O6 C6 DGT doub 236 n n N1 C2 DGT sing 237 n n C2 N3 DGT doub 238 n n C2 N2 DGT sing 239 n n N2 HN2 DGT sing 240 n n N2 HN2A DGT sing 241 n n C4 N3 DGT sing 242 n n N1 H16 DGT sing 243 n n # _atom_sites.entry_id 8E8F _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.01018 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.005877 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011754 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.012301 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 MN A 1 501 502 MN MN . E 4 MN A 1 502 503 MN MN . F 5 DGT A 1 503 504 DGT DGT . G 6 DPO A 1 504 508 DPO DPO . H 4 MN A 1 505 1 MN MN . I 7 HOH A 1 601 4 HOH HOH . I 7 HOH A 2 602 1 HOH HOH . I 7 HOH A 3 603 9 HOH HOH . I 7 HOH A 4 604 10 HOH HOH . I 7 HOH A 5 605 2 HOH HOH . I 7 HOH A 6 606 5 HOH HOH . I 7 HOH A 7 607 3 HOH HOH . I 7 HOH A 8 608 8 HOH HOH . I 7 HOH A 9 609 7 HOH HOH . J 7 HOH P 1 101 6 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG DGT . B . F 5 -19.332 38.909 7.875 0.5 52.47 ? PG DGT 503 A 1 HETATM 2 O O1G DGT . B . F 5 -18.103 38.034 8.08 0.5 53.04 ? O1G DGT 503 A 1 HETATM 3 O O2G DGT . B . F 5 -19.849 38.734 6.449 0.5 53.08 -1 O2G DGT 503 A 1 HETATM 4 O O3G DGT . B . F 5 -20.369 38.713 8.924 0.5 46.93 ? O3G DGT 503 A 1 HETATM 5 O O3B DGT . B . F 5 -18.772 40.4 7.906 0.5 49.13 ? O3B DGT 503 A 1 HETATM 6 P PB DGT . B . F 5 -18.917 41.55 6.818 0.5 54.7 ? PB DGT 503 A 1 HETATM 7 O O1B DGT . B . F 5 -18.26 42.815 7.375 0.5 49.04 -1 O1B DGT 503 A 1 HETATM 8 O O2B DGT . B . F 5 -18.456 41.151 5.47 0.5 42.05 ? O2B DGT 503 A 1 HETATM 9 O O3A DGT . B . F 5 -20.486 41.809 6.821 0.5 56.95 ? O3A DGT 503 A 1 HETATM 10 P PA DGT . B . F 5 -21.563 41.922 5.658 0.5 55.88 ? PA DGT 503 A 1 HETATM 11 O O1A DGT . B . F 5 -21.322 40.75 4.697 0.5 49.34 -1 O1A DGT 503 A 1 HETATM 12 O O2A DGT . B . F 5 -22.925 42.032 6.25 0.5 56.77 ? O2A DGT 503 A 1 HETATM 13 O O5' DGT . B . F 5 -21.248 43.269 4.854 0.5 54.07 ? O5' DGT 503 A 1 HETATM 14 C C5' DGT . B . F 5 -20.289 43.409 3.788 0.5 55.88 ? C5' DGT 503 A 1 HETATM 15 C C4' DGT . B . F 5 -19.588 44.734 3.94 0.5 49.37 ? C4' DGT 503 A 1 HETATM 16 O O4' DGT . B . F 5 -20.522 45.799 3.678 0.5 51.75 ? O4' DGT 503 A 1 HETATM 17 C C3' DGT . B . F 5 -19.054 45.005 5.338 0.5 53.35 ? C3' DGT 503 A 1 HETATM 18 O O3' DGT . B . F 5 -17.716 44.517 5.447 0.5 43.86 ? O3' DGT 503 A 1 HETATM 19 C C2' DGT . B . F 5 -19.083 46.526 5.419 0.5 47.34 ? C2' DGT 503 A 1 HETATM 20 C C1' DGT . B . F 5 -20.201 46.935 4.465 0.5 52.88 ? C1' DGT 503 A 1 HETATM 21 N N9 DGT . B . F 5 -21.429 47.38 5.144 0.5 54.41 ? N9 DGT 503 A 1 HETATM 22 C C8 DGT . B . F 5 -22.325 46.625 5.847 0.5 51.64 ? C8 DGT 503 A 1 HETATM 23 N N7 DGT . B . F 5 -23.312 47.356 6.36 0.5 58.01 ? N7 DGT 503 A 1 HETATM 24 C C5 DGT . B . F 5 -23.018 48.647 5.955 0.5 54.56 ? C5 DGT 503 A 1 HETATM 25 C C6 DGT . B . F 5 -23.661 49.879 6.184 0.5 58.13 ? C6 DGT 503 A 1 HETATM 26 O O6 DGT . B . F 5 -24.68 49.957 6.866 0.5 55.39 ? O6 DGT 503 A 1 HETATM 27 N N1 DGT . B . F 5 -23.143 51.001 5.665 0.5 55.7 ? N1 DGT 503 A 1 HETATM 28 C C2 DGT . B . F 5 -21.984 50.88 4.923 0.5 57.14 ? C2 DGT 503 A 1 HETATM 29 N N2 DGT . B . F 5 -21.498 52.018 4.424 0.5 50.51 ? N2 DGT 503 A 1 HETATM 30 N N3 DGT . B . F 5 -21.327 49.747 4.676 0.5 55.27 ? N3 DGT 503 A 1 HETATM 31 C C4 DGT . B . F 5 -21.888 48.673 5.217 0.5 57.5 ? C4 DGT 503 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 14 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 290 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 31 #