data_8E9G
#
_model_server_result.job_id            zYZFZQxRsy5nq-wJfTD1kQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-25 18:06:59' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8e9g 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"W","auth_seq_id":805}' 
#
_entry.id    8E9G 
#
_exptl.entry_id    8E9G 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          16 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    7 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8E9G 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8E9G 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    pentadecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      15 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 16 P N N 
? 16 U N N 
? 16 V N N 
? 16 W N N 
? 16 Y N N 
? 16 AA N N 
? 16 BA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 B SG CYS 37 B CYS 37 1_555 P FE2 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.24 ? 
metalc ? metalc2 B SG CYS 38 B CYS 38 1_555 P FE1 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? 
metalc ? metalc3 B SG CYS 103 B CYS 103 1_555 P FE4 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc4 B SG CYS 132 B CYS 132 1_555 P FE3 SF4 . B SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? 
metalc ? metalc5 F SG CYS 107 E CYS 107 1_555 R FE1 FES . E FES 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? 
metalc ? metalc6 F SG CYS 112 E CYS 112 1_555 R FE1 FES . E FES 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc7 F SG CYS 148 E CYS 148 1_555 R FE2 FES . E FES 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? 
metalc ? metalc8 F SG CYS 152 E CYS 152 1_555 R FE2 FES . E FES 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc9 G SG CYS 48 G CYS 48 1_555 S FE1 FES . G FES 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? 
metalc ? metalc10 G SG CYS 59 G CYS 59 1_555 S FE1 FES . G FES 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc11 G SG CYS 62 G CYS 62 1_555 S FE2 FES . G FES 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc12 G SG CYS 76 G CYS 76 1_555 S FE2 FES . G FES 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc13 G NE2 HIS 110 G HIS 110 1_555 U FE3 SF4 . G SF4 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.991 ? 
metalc ? metalc14 G SG CYS 114 G CYS 114 1_555 U FE1 SF4 . G SF4 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc15 G SG CYS 117 G CYS 117 1_555 U FE4 SF4 . G SF4 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc16 G SG CYS 123 G CYS 123 1_555 U FE2 SF4 . G SF4 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc17 G SG CYS 163 G CYS 163 1_555 V FE3 SF4 . G SF4 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? 
metalc ? metalc18 G SG CYS 166 G CYS 166 1_555 V FE2 SF4 . G SF4 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? 
metalc ? metalc19 G SG CYS 169 G CYS 169 1_555 V FE4 SF4 . G SF4 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc20 G SG CYS 213 G CYS 213 1_555 V FE1 SF4 . G SF4 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? 
metalc ? metalc21 G SG CYS 239 G CYS 239 1_555 W FE1 SF4 . G SF4 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? 
metalc ? metalc22 G SG CYS 242 G CYS 242 1_555 W FE4 SF4 . G SF4 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc23 G SG CYS 246 G CYS 246 1_555 W FE2 SF4 . G SF4 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc24 G SG CYS 274 G CYS 274 1_555 W FE3 SF4 . G SF4 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc25 H SG CYS 334 F CYS 334 1_555 X ZN ZN . F ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
metalc ? metalc26 H SG CYS 351 F CYS 351 1_555 Y FE4 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
metalc ? metalc27 H SG CYS 354 F CYS 354 1_555 Y FE1 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc28 H SG CYS 357 F CYS 357 1_555 Y FE3 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.268 ? 
metalc ? metalc29 H OE2 GLU 372 F GLU 372 1_555 X ZN ZN . F ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.861 ? 
metalc ? metalc30 H SG CYS 397 F CYS 397 1_555 Y FE2 SF4 . F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? 
metalc ? metalc31 H NE2 HIS 421 F HIS 421 1_555 X ZN ZN . F ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? 
metalc ? metalc32 H SG CYS 426 F CYS 426 1_555 X ZN ZN . F ZN 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc33 I NE2 HIS 42 I HIS 42 1_555 AA FE3 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.169 ? 
metalc ? metalc34 I SG CYS 54 I CYS 54 1_555 BA FE4 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc35 I SG CYS 57 I CYS 57 1_555 BA FE1 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? 
metalc ? metalc36 I SG CYS 60 I CYS 60 1_555 BA FE3 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? 
metalc ? metalc37 I SG CYS 64 I CYS 64 1_555 AA FE4 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? 
metalc ? metalc38 I SG CYS 99 I CYS 99 1_555 AA FE1 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.236 ? 
metalc ? metalc39 I SG CYS 102 I CYS 102 1_555 AA FE2 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? 
metalc ? metalc40 I SG CYS 105 I CYS 105 1_555 AA FE3 SF4 . I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.25 ? 
metalc ? metalc41 I SG CYS 109 I CYS 109 1_555 BA FE2 SF4 . I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
FE1 S2 SF4 sing 535 n n 
FE1 S3 SF4 sing 536 n n 
FE1 S4 SF4 sing 537 n n 
FE2 S1 SF4 sing 538 n n 
FE2 S3 SF4 sing 539 n n 
FE2 S4 SF4 sing 540 n n 
FE3 S1 SF4 sing 541 n n 
FE3 S2 SF4 sing 542 n n 
FE3 S4 SF4 sing 543 n n 
FE4 S1 SF4 sing 544 n n 
FE4 S2 SF4 sing 545 n n 
FE4 S3 SF4 sing 546 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8E9G 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
P 16 SF4 B 1 201 1000 SF4 SF4 . 
Q 17 MQ9 B 1 202 401 MQ9 MQ9 . 
R 18 FES E 1 1000 1000 FES FES . 
S 18 FES G 1 801 807 FES FES . 
T 19 GTP G 1 802 845 GTP GTP . 
U 16 SF4 G 1 803 849 SF4 SF4 . 
V 16 SF4 G 1 804 850 SF4 SF4 . 
W 16 SF4 G 1 805 851 SF4 SF4 . 
X 20 ZN F 1 501 503 ZN ZN . 
Y 16 SF4 F 1 502 504 SF4 SF4 . 
Z 21 FMN F 1 503 505 FMN FMN . 
AA 16 SF4 I 1 201 235 SF4 SF4 . 
BA 16 SF4 I 1 202 236 SF4 SF4 . 
CA 17 MQ9 H 1 501 402 MQ9 MQ9 . 
DA 22 XP2 L 1 701 703 XP2 XP2 . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 FE FE1 SF4 . . . W 16 213.661 196.461 152.004 1 66.57 ? FE1 SF4 805 G 1 
HETATM 2 FE FE2 SF4 . . . W 16 215.832 194.906 151.448 1 66.57 ? FE2 SF4 805 G 1 
HETATM 3 FE FE3 SF4 . . . W 16 214.499 196.16 149.421 1 66.57 ? FE3 SF4 805 G 1 
HETATM 4 FE FE4 SF4 . . . W 16 213.334 194.066 150.731 1 66.57 ? FE4 SF4 805 G 1 
HETATM 5 S S1 SF4 . . . W 16 215.22 194.002 149.454 1 66.57 ? S1 SF4 805 G 1 
HETATM 6 S S2 SF4 . . . W 16 212.359 196.046 150.186 1 66.57 ? S2 SF4 805 G 1 
HETATM 7 S S3 SF4 . . . W 16 214.108 194.398 152.847 1 66.57 ? S3 SF4 805 G 1 
HETATM 8 S S4 SF4 . . . W 16 215.645 197.149 151.12 1 66.57 ? S4 SF4 805 G 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              19 
_model_server_stats.parse_time_ms           10 
_model_server_stats.create_model_time_ms    53 
_model_server_stats.query_time_ms           276 
_model_server_stats.encode_time_ms          4 
_model_server_stats.element_count           8 
#