data_8EAI
#
_model_server_result.job_id            LlyS6kL5Y6QkNQOzr3sbLg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-19 11:50:02' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8eai 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"N","auth_seq_id":703}' 
#
_entry.id    8EAI 
#
_exptl.entry_id    8EAI 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              492.201 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            '[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    heptameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      7 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 K N N 
? 5 N N N 
? 5 Q N N 
? 5 T N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A ND1 HIS 145 A HIS 144 1_555 H ZN ZN . A ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 150 A CYS 149 1_555 H ZN ZN . A ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 172 A CYS 171 1_555 H ZN ZN . A ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 175 A CYS 174 1_555 H ZN ZN . A ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? 
metalc ? metalc5 B ND1 HIS 145 B HIS 144 1_555 I ZN ZN . B ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 150 B CYS 149 1_555 I ZN ZN . B ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 172 B CYS 171 1_555 I ZN ZN . B ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 175 B CYS 174 1_555 I ZN ZN . B ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? 
metalc ? metalc9 B OG SER 345 B SER 347 1_555 J MG MG . B MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.95 ? 
metalc ? metalc10 J MG MG . B MG 702 1_555 K O2B 08T . B 08T 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.957 ? 
metalc ? metalc11 J MG MG . B MG 702 1_555 V O HOH . B HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? 
metalc ? metalc12 J MG MG . B MG 702 1_555 V O HOH . B HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.95 ? 
metalc ? metalc13 J MG MG . B MG 702 1_555 V O HOH . B HOH 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? 
metalc ? metalc14 C ND1 HIS 145 C HIS 144 1_555 L ZN ZN . C ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 150 C CYS 149 1_555 L ZN ZN . C ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? 
metalc ? metalc16 C SG CYS 172 C CYS 171 1_555 L ZN ZN . C ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? 
metalc ? metalc17 C SG CYS 175 C CYS 174 1_555 L ZN ZN . C ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc18 C OG SER 345 C SER 347 1_555 M MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.95 ? 
metalc ? metalc19 M MG MG . C MG 702 1_555 N O2B 08T . C 08T 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.956 ? 
metalc ? metalc20 M MG MG . C MG 702 1_555 W O HOH . C HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? 
metalc ? metalc21 M MG MG . C MG 702 1_555 W O HOH . C HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.95 ? 
metalc ? metalc22 M MG MG . C MG 702 1_555 W O HOH . C HOH 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? 
metalc ? metalc23 D ND1 HIS 145 D HIS 144 1_555 O ZN ZN . D ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? 
metalc ? metalc24 D SG CYS 150 D CYS 149 1_555 O ZN ZN . D ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? 
metalc ? metalc25 D SG CYS 172 D CYS 171 1_555 O ZN ZN . D ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? 
metalc ? metalc26 D SG CYS 175 D CYS 174 1_555 O ZN ZN . D ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? 
metalc ? metalc27 D OG SER 345 D SER 347 1_555 P MG MG . D MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.95 ? 
metalc ? metalc28 P MG MG . D MG 702 1_555 Q O2B 08T . D 08T 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.956 ? 
metalc ? metalc29 P MG MG . D MG 702 1_555 X O HOH . D HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? 
metalc ? metalc30 P MG MG . D MG 702 1_555 X O HOH . D HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.95 ? 
metalc ? metalc31 P MG MG . D MG 702 1_555 X O HOH . D HOH 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? 
metalc ? metalc32 E ND1 HIS 145 E HIS 144 1_555 R ZN ZN . E ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? 
metalc ? metalc33 E SG CYS 150 E CYS 149 1_555 R ZN ZN . E ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? 
metalc ? metalc34 E SG CYS 172 E CYS 171 1_555 R ZN ZN . E ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? 
metalc ? metalc35 E SG CYS 175 E CYS 174 1_555 R ZN ZN . E ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? 
metalc ? metalc36 E OG SER 345 E SER 347 1_555 S MG MG . E MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.951 ? 
metalc ? metalc37 S MG MG . E MG 702 1_555 T O2B 08T . E 08T 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.955 ? 
metalc ? metalc38 S MG MG . E MG 702 1_555 Y O HOH . E HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.95 ? 
metalc ? metalc39 S MG MG . E MG 702 1_555 Y O HOH . E HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? 
metalc ? metalc40 S MG MG . E MG 702 1_555 Y O HOH . E HOH 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.95 ? 
metalc ? metalc41 F ND1 HIS 145 F HIS 144 1_555 U ZN ZN . F ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
metalc ? metalc42 F SG CYS 150 F CYS 149 1_555 U ZN ZN . F ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? 
metalc ? metalc43 F SG CYS 172 F CYS 171 1_555 U ZN ZN . F ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? 
metalc ? metalc44 F SG CYS 175 F CYS 174 1_555 U ZN ZN . F ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H14 Be F3 N5 O10 P2' 
_chem_comp.formula_weight    492.201 
_chem_comp.id                08T 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              '[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O3' C3' 08T sing 1 n n 
O2' C2' 08T sing 2 n n 
C3' C4' 08T sing 3 n n 
C3' C2' 08T sing 4 n n 
C4' C5' 08T sing 5 n n 
C4' O4' 08T sing 6 n n 
C2' C1' 08T sing 7 n n 
C5' O5' 08T sing 8 n n 
O4' C1' 08T sing 9 n n 
C1' N9 08T sing 10 n n 
N3 C2 08T doub 11 n y 
N3 C4 08T sing 12 n y 
O2A PA 08T doub 13 n n 
C2 N1 08T sing 14 n y 
O5' PA 08T sing 15 n n 
C4 N9 08T sing 16 n y 
C4 C5 08T doub 17 n y 
N9 C8 08T sing 18 n y 
PA O1A 08T sing 19 n n 
PA O3A 08T sing 20 n n 
N1 C6 08T doub 21 n y 
C5 C6 08T sing 22 n y 
C5 N7 08T sing 23 n y 
O3A PB 08T sing 24 n n 
C8 N7 08T doub 25 n y 
C6 N6 08T sing 26 n n 
O1B PB 08T doub 27 n n 
PB O3B 08T sing 28 n n 
PB O2B 08T sing 29 n n 
F1 BE 08T sing 30 n n 
BE F3 08T sing 31 n n 
O3B BE 08T sing 32 n n 
BE F2 08T sing 33 n n 
C5' H1 08T sing 34 n n 
C5' H2 08T sing 35 n n 
C4' H3 08T sing 36 n n 
C3' H4 08T sing 37 n n 
O3' H5 08T sing 38 n n 
C2' H6 08T sing 39 n n 
O2' H7 08T sing 40 n n 
C1' H8 08T sing 41 n n 
O1A H9 08T sing 42 n n 
C2 H10 08T sing 43 n n 
O2B H11 08T sing 44 n n 
N6 H12 08T sing 45 n n 
N6 H13 08T sing 46 n n 
C8 H14 08T sing 47 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8EAI 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
H 3 ZN A 1 701 2002 ZN ZN . 
I 3 ZN B 1 701 2002 ZN ZN . 
J 4 MG B 1 702 2003 MG MG . 
K 5 08T B 1 703 2001 08T 08T . 
L 3 ZN C 1 701 2002 ZN ZN . 
M 4 MG C 1 702 2003 MG MG . 
N 5 08T C 1 703 2001 08T 08T . 
O 3 ZN D 1 701 2002 ZN ZN . 
P 4 MG D 1 702 2003 MG MG . 
Q 5 08T D 1 703 2001 08T 08T . 
R 3 ZN E 1 701 2002 ZN ZN . 
S 4 MG E 1 702 2003 MG MG . 
T 5 08T E 1 703 2001 08T 08T . 
U 3 ZN F 1 701 2002 ZN ZN . 
V 6 HOH B 1 801 2103 HOH HOH . 
V 6 HOH B 2 802 2102 HOH HOH . 
V 6 HOH B 3 803 2101 HOH HOH . 
W 6 HOH C 1 801 2103 HOH HOH . 
W 6 HOH C 2 802 2101 HOH HOH . 
W 6 HOH C 3 803 2102 HOH HOH . 
X 6 HOH D 1 801 2103 HOH HOH . 
X 6 HOH D 2 802 2102 HOH HOH . 
X 6 HOH D 3 803 2101 HOH HOH . 
Y 6 HOH E 1 801 2103 HOH HOH . 
Y 6 HOH E 2 802 2102 HOH HOH . 
Y 6 HOH E 3 803 2101 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PA 08T . . . N 5 114.38 161.658 114.881 1 113.29 ? PA 08T 703 C 1 
HETATM 2 P PB 08T . . . N 5 114.909 159.48 113.006 1 109.27 ? PB 08T 703 C 1 
HETATM 3 BE BE 08T . . . N 5 117.64 158.657 112.565 1 135.6 ? BE 08T 703 C 1 
HETATM 4 C C5' 08T . . . N 5 114.87 164.052 113.923 1 131.01 ? C5' 08T 703 C 1 
HETATM 5 O O5' 08T . . . N 5 113.899 163.135 114.485 1 129.18 ? O5' 08T 703 C 1 
HETATM 6 C C4' 08T . . . N 5 114.23 165.407 113.747 1 128.01 ? C4' 08T 703 C 1 
HETATM 7 O O4' 08T . . . N 5 113.288 165.347 112.644 1 127.12 ? O4' 08T 703 C 1 
HETATM 8 C C3' 08T . . . N 5 113.423 165.938 114.945 1 130.1 ? C3' 08T 703 C 1 
HETATM 9 O O3' 08T . . . N 5 113.764 167.296 115.187 1 140.88 ? O3' 08T 703 C 1 
HETATM 10 C C2' 08T . . . N 5 111.977 165.85 114.447 1 128.93 ? C2' 08T 703 C 1 
HETATM 11 O O2' 08T . . . N 5 111.087 166.735 115.092 1 130.43 ? O2' 08T 703 C 1 
HETATM 12 C C1' 08T . . . N 5 112.186 166.156 112.97 1 125.65 ? C1' 08T 703 C 1 
HETATM 13 N N1 08T . . . N 5 107.16 166.64 112.046 1 129.11 ? N1 08T 703 C 1 
HETATM 14 O O1A 08T . . . N 5 113.322 160.996 115.697 1 140.88 ? O1A 08T 703 C 1 
HETATM 15 O O1B 08T . . . N 5 114.246 159.124 111.717 1 129.01 ? O1B 08T 703 C 1 
HETATM 16 F F1 08T . . . N 5 117.57 157.837 113.828 1 133.64 ? F1 08T 703 C 1 
HETATM 17 C C2 08T . . . N 5 107.955 167.148 112.996 1 130.7 ? C2 08T 703 C 1 
HETATM 18 O O2A 08T . . . N 5 115.767 161.718 115.428 1 134.73 ? O2A 08T 703 C 1 
HETATM 19 O O2B 08T . . . N 5 114.8 158.555 114.175 1 143.4 ? O2B 08T 703 C 1 
HETATM 20 F F2 08T . . . N 5 118.924 159.437 112.436 1 140.24 ? F2 08T 703 C 1 
HETATM 21 N N3 08T . . . N 5 109.262 166.979 113.18 1 127.91 ? N3 08T 703 C 1 
HETATM 22 O O3A 08T . . . N 5 114.423 160.939 113.449 1 122.56 ? O3A 08T 703 C 1 
HETATM 23 O O3B 08T . . . N 5 116.462 159.738 112.729 1 129.24 ? O3B 08T 703 C 1 
HETATM 24 F F3 08T . . . N 5 117.31 157.855 111.33 1 139.49 ? F3 08T 703 C 1 
HETATM 25 C C4 08T . . . N 5 109.772 166.172 112.236 1 125.2 ? C4 08T 703 C 1 
HETATM 26 C C5 08T . . . N 5 109.088 165.575 111.2 1 126.43 ? C5 08T 703 C 1 
HETATM 27 C C6 08T . . . N 5 107.706 165.828 111.109 1 126.38 ? C6 08T 703 C 1 
HETATM 28 N N6 08T . . . N 5 106.921 165.321 110.163 1 124.65 ? N6 08T 703 C 1 
HETATM 29 N N7 08T . . . N 5 109.955 164.812 110.428 1 131.33 ? N7 08T 703 C 1 
HETATM 30 C C8 08T . . . N 5 111.128 164.964 110.999 1 134.56 ? C8 08T 703 C 1 
HETATM 31 N N9 08T . . . N 5 111.075 165.772 112.106 1 125.93 ? N9 08T 703 C 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              17 
_model_server_stats.parse_time_ms           8 
_model_server_stats.create_model_time_ms    31 
_model_server_stats.query_time_ms           330 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           31 
#