data_8EAJ # _model_server_result.job_id JyypoKj2VtHhOnY5mHSNWA _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 11:46:27' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8eaj # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":703}' # _entry.id 8EAJ # _exptl.entry_id 8EAJ _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 492.201 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description '[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium' _entity.pdbx_number_of_molecules 5 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 J N N ? 5 M N N ? 5 P N N ? 5 S N N ? 5 V N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A ND1 HIS 145 A HIS 144 1_555 H ZN ZN . A ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 150 A CYS 149 1_555 H ZN ZN . A ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 172 A CYS 171 1_555 H ZN ZN . A ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 175 A CYS 174 1_555 H ZN ZN . A ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc5 A OG SER 345 A SER 347 1_555 I MG MG . A MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc ? metalc6 I MG MG . A MG 702 1_555 J O2B 08T . A 08T 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.955 ? metalc ? metalc7 I MG MG . A MG 702 1_555 X O HOH . A HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc8 I MG MG . A MG 702 1_555 X O HOH . A HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc9 I MG MG . A MG 702 1_555 X O HOH . A HOH 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc10 B ND1 HIS 145 B HIS 144 1_555 K ZN ZN . B ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? metalc ? metalc11 B SG CYS 150 B CYS 149 1_555 K ZN ZN . B ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc12 B SG CYS 172 B CYS 171 1_555 K ZN ZN . B ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? metalc ? metalc13 B SG CYS 175 B CYS 174 1_555 K ZN ZN . B ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? metalc ? metalc14 B OG SER 345 B SER 347 1_555 L MG MG . B MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc15 L MG MG . B MG 702 1_555 M O2B 08T . B 08T 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.954 ? metalc ? metalc16 L MG MG . B MG 702 1_555 Y O HOH . B HOH 2101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc17 L MG MG . B MG 702 1_555 Y O HOH . B HOH 2102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.949 ? metalc ? metalc18 L MG MG . B MG 702 1_555 Y O HOH . B HOH 2103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc19 C ND1 HIS 145 C HIS 144 1_555 N ZN ZN . C ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc20 C SG CYS 150 C CYS 149 1_555 N ZN ZN . C ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? metalc ? metalc21 C SG CYS 172 C CYS 171 1_555 N ZN ZN . C ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? metalc ? metalc22 C SG CYS 175 C CYS 174 1_555 N ZN ZN . C ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc23 C OG SER 345 C SER 347 1_555 O MG MG . C MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc24 O MG MG . C MG 702 1_555 P O2B 08T . C 08T 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.952 ? metalc ? metalc25 O MG MG . C MG 702 1_555 Z O HOH . C HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc26 O MG MG . C MG 702 1_555 Z O HOH . C HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc27 O MG MG . C MG 702 1_555 Z O HOH . C HOH 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc28 D ND1 HIS 145 D HIS 144 1_555 Q ZN ZN . D ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc29 D SG CYS 150 D CYS 149 1_555 Q ZN ZN . D ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? metalc ? metalc30 D SG CYS 172 D CYS 171 1_555 Q ZN ZN . D ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc31 D SG CYS 175 D CYS 174 1_555 Q ZN ZN . D ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? metalc ? metalc32 D OG SER 345 D SER 347 1_555 R MG MG . D MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc33 R MG MG . D MG 702 1_555 S O2B 08T . D 08T 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.955 ? metalc ? metalc34 R MG MG . D MG 702 1_555 AA O HOH . D HOH 2101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc35 R MG MG . D MG 702 1_555 AA O HOH . D HOH 2102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc36 R MG MG . D MG 702 1_555 AA O HOH . D HOH 2103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc37 E ND1 HIS 145 E HIS 144 1_555 T ZN ZN . E ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? metalc ? metalc38 E SG CYS 150 E CYS 149 1_555 T ZN ZN . E ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? metalc ? metalc39 E SG CYS 172 E CYS 171 1_555 T ZN ZN . E ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc40 E SG CYS 175 E CYS 174 1_555 T ZN ZN . E ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc41 E OG SER 345 E SER 347 1_555 U MG MG . E MG 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc42 U MG MG . E MG 702 1_555 V O2B 08T . E 08T 703 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.953 ? metalc ? metalc43 U MG MG . E MG 702 1_555 BA O HOH . E HOH 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc44 U MG MG . E MG 702 1_555 BA O HOH . E HOH 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc45 U MG MG . E MG 702 1_555 BA O HOH . E HOH 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.948 ? metalc ? metalc46 F ND1 HIS 145 F HIS 144 1_555 W ZN ZN . F ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc47 F SG CYS 150 F CYS 149 1_555 W ZN ZN . F ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc48 F SG CYS 172 F CYS 171 1_555 W ZN ZN . F ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.1 ? metalc ? metalc49 F SG CYS 175 F CYS 174 1_555 W ZN ZN . F ZN 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? # _chem_comp.formula 'C10 H14 Be F3 N5 O10 P2' _chem_comp.formula_weight 492.201 _chem_comp.id 08T _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name '[[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag O3' C3' 08T sing 1 n n O2' C2' 08T sing 2 n n C3' C4' 08T sing 3 n n C3' C2' 08T sing 4 n n C4' C5' 08T sing 5 n n C4' O4' 08T sing 6 n n C2' C1' 08T sing 7 n n C5' O5' 08T sing 8 n n O4' C1' 08T sing 9 n n C1' N9 08T sing 10 n n N3 C2 08T doub 11 n y N3 C4 08T sing 12 n y O2A PA 08T doub 13 n n C2 N1 08T sing 14 n y O5' PA 08T sing 15 n n C4 N9 08T sing 16 n y C4 C5 08T doub 17 n y N9 C8 08T sing 18 n y PA O1A 08T sing 19 n n PA O3A 08T sing 20 n n N1 C6 08T doub 21 n y C5 C6 08T sing 22 n y C5 N7 08T sing 23 n y O3A PB 08T sing 24 n n C8 N7 08T doub 25 n y C6 N6 08T sing 26 n n O1B PB 08T doub 27 n n PB O3B 08T sing 28 n n PB O2B 08T sing 29 n n F1 BE 08T sing 30 n n BE F3 08T sing 31 n n O3B BE 08T sing 32 n n BE F2 08T sing 33 n n C5' H1 08T sing 34 n n C5' H2 08T sing 35 n n C4' H3 08T sing 36 n n C3' H4 08T sing 37 n n O3' H5 08T sing 38 n n C2' H6 08T sing 39 n n O2' H7 08T sing 40 n n C1' H8 08T sing 41 n n O1A H9 08T sing 42 n n C2 H10 08T sing 43 n n O2B H11 08T sing 44 n n N6 H12 08T sing 45 n n N6 H13 08T sing 46 n n C8 H14 08T sing 47 n n # _atom_sites.entry_id 8EAJ _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code H 3 ZN A 1 701 2002 ZN ZN . I 4 MG A 1 702 2003 MG MG . J 5 08T A 1 703 2001 08T 08T . K 3 ZN B 1 701 2002 ZN ZN . L 4 MG B 1 702 2003 MG MG . M 5 08T B 1 703 2001 08T 08T . N 3 ZN C 1 701 2002 ZN ZN . O 4 MG C 1 702 2003 MG MG . P 5 08T C 1 703 2001 08T 08T . Q 3 ZN D 1 701 2002 ZN ZN . R 4 MG D 1 702 2003 MG MG . S 5 08T D 1 703 2001 08T 08T . T 3 ZN E 1 701 2002 ZN ZN . U 4 MG E 1 702 2003 MG MG . V 5 08T E 1 703 2001 08T 08T . W 3 ZN F 1 701 2002 ZN ZN . X 6 HOH A 1 801 2103 HOH HOH . X 6 HOH A 2 802 2101 HOH HOH . X 6 HOH A 3 803 2102 HOH HOH . Y 6 HOH B 1 2101 2101 HOH HOH . Y 6 HOH B 2 2102 2103 HOH HOH . Y 6 HOH B 3 2103 2102 HOH HOH . Z 6 HOH C 1 801 2103 HOH HOH . Z 6 HOH C 2 802 2102 HOH HOH . Z 6 HOH C 3 803 2101 HOH HOH . AA 6 HOH D 1 2101 2101 HOH HOH . AA 6 HOH D 2 2102 2103 HOH HOH . AA 6 HOH D 3 2103 2102 HOH HOH . BA 6 HOH E 1 801 2103 HOH HOH . BA 6 HOH E 2 802 2102 HOH HOH . BA 6 HOH E 3 803 2101 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PA 08T . . . M 5 105.044 129.585 115.114 1 77.51 ? PA 08T 703 B 1 HETATM 2 P PB 08T . . . M 5 107.27 129 113.333 1 68.27 ? PB 08T 703 B 1 HETATM 3 BE BE 08T . . . M 5 109.371 130.93 112.906 1 79.22 ? BE 08T 703 B 1 HETATM 4 C C5' 08T . . . M 5 103.298 131.307 114.198 1 71.86 ? C5' 08T 703 B 1 HETATM 5 O O5' 08T . . . M 5 103.555 129.962 114.666 1 73.5 ? O5' 08T 703 B 1 HETATM 6 C C4' 08T . . . M 5 101.813 131.485 114.009 1 73.11 ? C4' 08T 703 B 1 HETATM 7 O O4' 08T . . . M 5 101.39 130.702 112.864 1 80.32 ? O4' 08T 703 B 1 HETATM 8 C C3' 08T . . . M 5 100.924 131.019 115.174 1 69.78 ? C3' 08T 703 B 1 HETATM 9 O O3' 08T . . . M 5 99.906 131.98 115.414 1 81.82 ? O3' 08T 703 B 1 HETATM 10 C C2' 08T . . . M 5 100.294 129.736 114.625 1 68.44 ? C2' 08T 703 B 1 HETATM 11 O O2' 08T . . . M 5 99.075 129.384 115.24 1 75.24 ? O2' 08T 703 B 1 HETATM 12 C C1' 08T . . . M 5 100.146 130.119 113.16 1 68.25 ? C1' 08T 703 B 1 HETATM 13 N N1 08T . . . M 5 97.259 126.038 112.021 1 74.46 ? N1 08T 703 B 1 HETATM 14 O O1A 08T . . . M 5 105.025 128.287 115.848 1 88.46 ? O1A 08T 703 B 1 HETATM 15 O O1B 08T . . . M 5 107.287 128.168 112.097 1 77.39 ? O1B 08T 703 B 1 HETATM 16 F F1 08T . . . M 5 109.931 130.609 114.266 1 88.11 ? F1 08T 703 B 1 HETATM 17 C C2 08T . . . M 5 97.17 126.966 112.983 1 76.69 ? C2 08T 703 B 1 HETATM 18 O O2A 08T . . . M 5 105.68 130.765 115.768 1 72.83 ? O2A 08T 703 B 1 HETATM 19 O O2B 08T . . . M 5 107.968 128.52 114.56 1 83.27 ? O2B 08T 703 B 1 HETATM 20 F F2 08T . . . M 5 109.345 132.408 112.612 1 84.51 ? F2 08T 703 B 1 HETATM 21 N N3 08T . . . M 5 97.961 128.007 113.224 1 79.85 ? N3 08T 703 B 1 HETATM 22 O O3A 08T . . . M 5 105.752 129.344 113.698 1 70.9 ? O3A 08T 703 B 1 HETATM 23 O O3B 08T . . . M 5 107.841 130.45 112.984 1 71.82 ? O3B 08T 703 B 1 HETATM 24 F F3 08T . . . M 5 110.013 130.122 111.808 1 88.41 ? F3 08T 703 B 1 HETATM 25 C C4 08T . . . M 5 98.96 128.058 112.33 1 70.16 ? C4 08T 703 B 1 HETATM 26 C C5 08T . . . M 5 99.186 127.184 111.29 1 64.23 ? C5 08T 703 B 1 HETATM 27 C C6 08T . . . M 5 98.28 126.119 111.136 1 67.82 ? C6 08T 703 B 1 HETATM 28 N N6 08T . . . M 5 98.373 125.201 110.178 1 70.42 ? N6 08T 703 B 1 HETATM 29 N N7 08T . . . M 5 100.318 127.564 110.582 1 70.61 ? N7 08T 703 B 1 HETATM 30 C C8 08T . . . M 5 100.745 128.643 111.195 1 77.23 ? C8 08T 703 B 1 HETATM 31 N N9 08T . . . M 5 99.963 128.986 112.266 1 67.55 ? N9 08T 703 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 16 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 55 _model_server_stats.query_time_ms 301 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 31 #