data_8EBO # _model_server_result.job_id '_WuXRPt0NCQR3EHAP1Rxow' _model_server_result.datetime_utc '2024-11-02 02:20:26' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8ebo # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":103}' # _entry.id 8EBO # _exptl.entry_id 8EBO _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 39.098 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'POTASSIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 3 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8EBO _cell.length_a 42.053 _cell.length_b 47.474 _cell.length_c 119.597 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8EBO _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 22 _symmetry.space_group_name_Hall 'F 2 2' _symmetry.space_group_name_H-M 'F 2 2 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 C N N ? 3 D N N ? 3 E N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O6 DG 1 A DG 1 1_555 E K K . A K 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.761 ? metalc ? metalc2 A O6 DG 1 A DG 1 1_555 E K K . A K 104 2_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc3 A O6 DG 3 A DG 3 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.842 ? metalc ? metalc4 A O6 DG 3 A DG 3 1_555 E K K . A K 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.485 ? metalc ? metalc5 A O6 DG 4 A DG 4 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.942 ? metalc ? metalc6 A O6 DG 4 A DG 4 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.805 ? metalc ? metalc7 A O6 DG 5 A DG 5 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.775 ? metalc ? metalc8 A O6 DG 7 A DG 7 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.621 ? metalc ? metalc9 A O6 DG 7 A DG 7 1_555 E K K . A K 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.595 ? metalc ? metalc10 A O6 DG 8 A DG 8 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.714 ? metalc ? metalc11 A O6 DG 8 A DG 8 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.687 ? metalc ? metalc12 A O6 DG 9 A DG 9 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.731 ? metalc ? metalc13 A O6 DG 11 A DG 11 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.744 ? metalc ? metalc14 A O6 DG 11 A DG 11 1_555 E K K . A K 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.872 ? metalc ? metalc15 A O6 DG 12 A DG 12 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.891 ? metalc ? metalc16 A O6 DG 12 A DG 12 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.009 ? metalc ? metalc17 A O6 DG 13 A DG 13 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.738 ? metalc ? metalc18 A O6 DG 18 A DG 18 1_555 E K K . A K 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.783 ? metalc ? metalc19 A O6 DG 18 A DG 18 1_555 E K K . A K 104 2_455 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.719 ? metalc ? metalc20 A O6 DG 19 A DG 19 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.756 ? metalc ? metalc21 A O6 DG 19 A DG 19 1_555 E K K . A K 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.743 ? metalc ? metalc22 A O6 DG 20 A DG 20 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.846 ? metalc ? metalc23 A O6 DG 20 A DG 20 1_555 D K K . A K 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.621 ? metalc ? metalc24 A O6 DG 21 A DG 21 1_555 C K K . A K 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.355 ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog1 A N1 DG 3 A DG 3 1_555 A O6 DG 7 A DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog2 A N2 DG 3 A DG 3 1_555 A N7 DG 7 A DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog3 A N7 DG 3 A DG 3 1_555 A N2 DG 19 A DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog4 A O6 DG 3 A DG 3 1_555 A N1 DG 19 A DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog5 A N1 DG 4 A DG 4 1_555 A O6 DG 8 A DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog6 A N2 DG 4 A DG 4 1_555 A N7 DG 8 A DG 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog7 A N7 DG 4 A DG 4 1_555 A N2 DG 20 A DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog8 A O6 DG 4 A DG 4 1_555 A N1 DG 20 A DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog9 A N7 DG 4 A DG 4 1_555 A N2 DG 21 A DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog10 A O6 DG 4 A DG 4 1_555 A N1 DG 21 A DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog11 A N1 DG 5 A DG 5 1_555 A O6 DG 9 A DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog12 A N2 DG 5 A DG 5 1_555 A N7 DG 9 A DG 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog13 A N7 DG 5 A DG 5 1_555 A N2 DG 21 A DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog14 A O6 DG 5 A DG 5 1_555 A N1 DG 21 A DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog15 A N1 DG 7 A DG 7 1_555 A O6 DG 11 A DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog16 A N2 DG 7 A DG 7 1_555 A N7 DG 11 A DG 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog17 A N1 DG 8 A DG 8 1_555 A O6 DG 12 A DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog18 A N2 DG 8 A DG 8 1_555 A N7 DG 12 A DG 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog19 A N1 DG 9 A DG 9 1_555 A O6 DG 13 A DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog20 A N2 DG 9 A DG 9 1_555 A N7 DG 13 A DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog21 A N1 DG 11 A DG 11 1_555 A O6 DG 19 A DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog22 A N2 DG 11 A DG 11 1_555 A N7 DG 19 A DG 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog23 A N1 DG 12 A DG 12 1_555 A O6 DG 20 A DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog24 A N2 DG 12 A DG 12 1_555 A N7 DG 20 A DG 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog25 A N1 DG 13 A DG 13 1_555 A O6 DG 21 A DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_6_PAIR hydrog26 A N2 DG 13 A DG 13 1_555 A N7 DG 21 A DG 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'K 1' _chem_comp.formula_weight 39.098 _chem_comp.id K _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'POTASSIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8EBO _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.02378 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.021064 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008361 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 MMP A 1 101 101 MMP MMP . C 3 K A 1 102 101 K K . D 3 K A 1 103 102 K K . E 3 K A 1 104 103 K K . F 4 3CO A 1 105 1 3CO 3CO . G 5 HOH A 1 201 2 HOH HOH . G 5 HOH A 2 202 1 HOH HOH . G 5 HOH A 3 203 4 HOH HOH . G 5 HOH A 4 204 3 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol K _atom_site.label_atom_id K _atom_site.label_comp_id K _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -17.361 _atom_site.Cartn_y 3.257 _atom_site.Cartn_z -16.456 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 69.69 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id K _atom_site.auth_comp_id K _atom_site.auth_seq_id 103 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 10 _model_server_stats.parse_time_ms 19 _model_server_stats.create_model_time_ms 6 _model_server_stats.query_time_ms 300 _model_server_stats.encode_time_ms 9 _model_server_stats.element_count 1 #