data_8EIH
#
_model_server_result.job_id            t8cDcxGuGab8_bpduxsLxQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-22 21:44:34' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8eih 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"J","auth_seq_id":901}' 
#
_entry.id    8EIH 
#
_exptl.entry_id    8EIH 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              384.411 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8EIH 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8EIH 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    pentameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      5 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 F N N 
? 2 J N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 232 A CYS 435 1_555 G ZN ZN . A ZN 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 235 A CYS 438 1_555 G ZN ZN . A ZN 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 252 A CYS 455 1_555 G ZN ZN . A ZN 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 255 A CYS 458 1_555 G ZN ZN . A ZN 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc5 A SG CYS 275 A CYS 478 1_555 H ZN ZN . A ZN 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? 
metalc ? metalc6 A SG CYS 278 A CYS 481 1_555 H ZN ZN . A ZN 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc7 A SG CYS 287 A CYS 490 1_555 I ZN ZN . A ZN 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc8 A SG CYS 292 A CYS 495 1_555 I ZN ZN . A ZN 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc9 A SG CYS 297 A CYS 500 1_555 H ZN ZN . A ZN 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc10 A SG CYS 300 A CYS 503 1_555 H ZN ZN . A ZN 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc11 A SG CYS 321 A CYS 524 1_555 I ZN ZN . A ZN 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc12 A SG CYS 324 A CYS 527 1_555 I ZN ZN . A ZN 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc13 B SG CYS 232 B CYS 435 1_555 K ZN ZN . B ZN 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc14 B SG CYS 235 B CYS 438 1_555 K ZN ZN . B ZN 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc15 B SG CYS 252 B CYS 455 1_555 K ZN ZN . B ZN 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc16 B SG CYS 255 B CYS 458 1_555 K ZN ZN . B ZN 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc17 B SG CYS 275 B CYS 478 1_555 L ZN ZN . B ZN 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc18 B SG CYS 278 B CYS 481 1_555 L ZN ZN . B ZN 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? 
metalc ? metalc19 B SG CYS 287 B CYS 490 1_555 M ZN ZN . B ZN 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc20 B SG CYS 292 B CYS 495 1_555 M ZN ZN . B ZN 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? 
metalc ? metalc21 B SG CYS 297 B CYS 500 1_555 L ZN ZN . B ZN 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? 
metalc ? metalc22 B SG CYS 300 B CYS 503 1_555 L ZN ZN . B ZN 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc23 B SG CYS 321 B CYS 524 1_555 M ZN ZN . B ZN 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? 
metalc ? metalc24 B SG CYS 324 B CYS 527 1_555 M ZN ZN . B ZN 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc25 C SG CYS 232 C CYS 435 1_555 N ZN ZN . C ZN 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc26 C SG CYS 252 C CYS 455 1_555 N ZN ZN . C ZN 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? 
metalc ? metalc27 C SG CYS 255 C CYS 458 1_555 N ZN ZN . C ZN 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc28 C SG CYS 275 C CYS 478 1_555 O ZN ZN . C ZN 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? 
metalc ? metalc29 C SG CYS 278 C CYS 481 1_555 O ZN ZN . C ZN 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc30 C SG CYS 287 C CYS 490 1_555 P ZN ZN . C ZN 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc31 C SG CYS 292 C CYS 495 1_555 P ZN ZN . C ZN 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc32 C SG CYS 297 C CYS 500 1_555 O ZN ZN . C ZN 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? 
metalc ? metalc33 C SG CYS 300 C CYS 503 1_555 O ZN ZN . C ZN 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc34 C SG CYS 321 C CYS 524 1_555 P ZN ZN . C ZN 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc35 C SG CYS 324 C CYS 527 1_555 P ZN ZN . C ZN 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc36 D O GLY 250 D GLY 453 1_555 Q ZN ZN . D ZN 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
#
_chem_comp.formula           'C14 H20 N6 O5 S' 
_chem_comp.formula_weight    384.411 
_chem_comp.id                SAH 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE 
_chem_comp.type              'l-peptide linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N CA SAH sing 275 n n 
N HN1 SAH sing 276 n n 
N HN2 SAH sing 277 n n 
CA CB SAH sing 278 n n 
CA C SAH sing 279 n n 
CA HA SAH sing 280 n n 
CB CG SAH sing 281 n n 
CB HB1 SAH sing 282 n n 
CB HB2 SAH sing 283 n n 
CG SD SAH sing 284 n n 
CG HG1 SAH sing 285 n n 
CG HG2 SAH sing 286 n n 
SD C5' SAH sing 287 n n 
C O SAH doub 288 n n 
C OXT SAH sing 289 n n 
OXT HXT SAH sing 290 n n 
C5' C4' SAH sing 291 n n 
C5' "H5'1" SAH sing 292 n n 
C5' "H5'2" SAH sing 293 n n 
C4' O4' SAH sing 294 n n 
C4' C3' SAH sing 295 n n 
C4' H4' SAH sing 296 n n 
O4' C1' SAH sing 297 n n 
C3' O3' SAH sing 298 n n 
C3' C2' SAH sing 299 n n 
C3' H3' SAH sing 300 n n 
O3' HO3' SAH sing 301 n n 
C2' O2' SAH sing 302 n n 
C2' C1' SAH sing 303 n n 
C2' H2' SAH sing 304 n n 
O2' HO2' SAH sing 305 n n 
C1' N9 SAH sing 306 n n 
C1' H1' SAH sing 307 n n 
N9 C8 SAH sing 308 n y 
N9 C4 SAH sing 309 n y 
C8 N7 SAH doub 310 n y 
C8 H8 SAH sing 311 n n 
N7 C5 SAH sing 312 n y 
C5 C6 SAH sing 313 n y 
C5 C4 SAH doub 314 n y 
C6 N6 SAH sing 315 n n 
C6 N1 SAH doub 316 n y 
N6 HN61 SAH sing 317 n n 
N6 HN62 SAH sing 318 n n 
N1 C2 SAH sing 319 n y 
C2 N3 SAH doub 320 n y 
C2 H2 SAH sing 321 n n 
N3 C4 SAH sing 322 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     8EIH 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
F 2 SAH A 1 901 1 SAH SAH . 
G 3 ZN A 1 902 7 ZN ZN . 
H 3 ZN A 1 903 8 ZN ZN . 
I 3 ZN A 1 904 9 ZN ZN . 
J 2 SAH B 1 901 1 SAH SAH . 
K 3 ZN B 1 902 4 ZN ZN . 
L 3 ZN B 1 903 5 ZN ZN . 
M 3 ZN B 1 904 6 ZN ZN . 
N 3 ZN C 1 901 1 ZN ZN . 
O 3 ZN C 1 902 2 ZN ZN . 
P 3 ZN C 1 903 3 ZN ZN . 
Q 3 ZN D 1 901 10 ZN ZN . 
R 3 ZN D 1 902 11 ZN ZN . 
S 3 ZN D 1 903 12 ZN ZN . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N SAH . . . J 2 202.229 177.099 191.365 1 24.61 ? N SAH 901 B 1 
HETATM 2 C CA SAH . . . J 2 202.854 177.718 192.526 1 26.69 ? CA SAH 901 B 1 
HETATM 3 C CB SAH . . . J 2 202.409 179.172 192.653 1 27.52 ? CB SAH 901 B 1 
HETATM 4 C CG SAH . . . J 2 201.65 179.725 191.453 1 34.74 ? CG SAH 901 B 1 
HETATM 5 S SD SAH . . . J 2 201.21 181.468 191.667 1 55.37 ? SD SAH 901 B 1 
HETATM 6 C C SAH . . . J 2 202.557 176.958 193.815 1 30.23 ? C SAH 901 B 1 
HETATM 7 O O SAH . . . J 2 202.661 175.736 193.863 1 31.17 ? O SAH 901 B 1 
HETATM 8 O OXT SAH . . . J 2 202.228 177.546 194.843 1 30.92 ? OXT SAH 901 B 1 
HETATM 9 C C5' SAH . . . J 2 202.452 181.98 190.452 1 28.92 ? C5' SAH 901 B 1 
HETATM 10 C C4' SAH . . . J 2 203.756 182.43 191.104 1 37.25 ? C4' SAH 901 B 1 
HETATM 11 O O4' SAH . . . J 2 204.699 182.821 190.123 1 40.02 ? O4' SAH 901 B 1 
HETATM 12 C C3' SAH . . . J 2 203.569 183.631 192.017 1 38.44 ? C3' SAH 901 B 1 
HETATM 13 O O3' SAH . . . J 2 203.678 183.232 193.362 1 30.62 ? O3' SAH 901 B 1 
HETATM 14 C C2' SAH . . . J 2 204.698 184.579 191.674 1 36.32 ? C2' SAH 901 B 1 
HETATM 15 O O2' SAH . . . J 2 205.473 184.843 192.818 1 25.83 ? O2' SAH 901 B 1 
HETATM 16 C C1' SAH . . . J 2 205.53 183.838 190.643 1 31 ? C1' SAH 901 B 1 
HETATM 17 N N9 SAH . . . J 2 205.996 184.755 189.585 1 32.25 ? N9 SAH 901 B 1 
HETATM 18 C C8 SAH . . . J 2 205.291 185.789 189.027 1 31.45 ? C8 SAH 901 B 1 
HETATM 19 N N7 SAH . . . J 2 206.07 186.389 188.099 1 28.72 ? N7 SAH 901 B 1 
HETATM 20 C C5 SAH . . . J 2 207.262 185.756 188.059 1 31.09 ? C5 SAH 901 B 1 
HETATM 21 C C6 SAH . . . J 2 208.405 185.958 187.298 1 27.55 ? C6 SAH 901 B 1 
HETATM 22 N N6 SAH . . . J 2 208.452 186.939 186.404 1 24.47 ? N6 SAH 901 B 1 
HETATM 23 N N1 SAH . . . J 2 209.495 185.136 187.475 1 23.63 ? N1 SAH 901 B 1 
HETATM 24 C C2 SAH . . . J 2 209.444 184.119 188.403 1 24.83 ? C2 SAH 901 B 1 
HETATM 25 N N3 SAH . . . J 2 208.306 183.924 189.156 1 29.45 ? N3 SAH 901 B 1 
HETATM 26 C C4 SAH . . . J 2 207.231 184.728 188.987 1 32.17 ? C4 SAH 901 B 1 
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