data_8EKL # _model_server_result.job_id r57U2FCvActVpEWe0r6DPQ _model_server_result.datetime_utc '2025-09-07 21:38:13' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8ekl # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Q","auth_seq_id":902}' # _entry.id 8EKL # _exptl.entry_id 8EKL _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 14 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8EKL _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8EKL _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details heptameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 7 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 H N N ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 K N N ? 2 L N N ? 2 M N N ? 2 N N N ? 2 O N N ? 2 P N N ? 2 Q N N ? 2 R N N ? 2 S N N ? 2 T N N ? 2 U N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 11 A ASP 220 1_555 H CA CA . A CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 13 A ASP 222 1_555 H CA CA . A CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? metalc ? metalc3 A OD2 ASP 13 A ASP 222 1_555 I CA CA . A CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASP 15 A ASP 224 1_555 H CA CA . A CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.766 ? metalc ? metalc5 A OD2 ASP 15 A ASP 224 1_555 I CA CA . A CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? metalc ? metalc6 A O ILE 17 A ILE 226 1_555 H CA CA . A CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 22 A GLU 231 1_555 H CA CA . A CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc8 A OE1 GLU 22 A GLU 231 1_555 I CA CA . A CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc9 A O ASN 51 A ASN 260 1_555 I CA CA . A CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc10 A O GLU 54 A GLU 263 1_555 I CA CA . A CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 64 A ASP 273 1_555 I CA CA . A CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? metalc ? metalc12 B OD1 ASP 11 B ASP 220 1_555 J CA CA . B CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc13 B OD1 ASP 13 B ASP 222 1_555 J CA CA . B CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.208 ? metalc ? metalc14 B OD2 ASP 13 B ASP 222 1_555 J CA CA . B CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.176 ? metalc ? metalc15 B OD2 ASP 13 B ASP 222 1_555 K CA CA . B CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? metalc ? metalc16 B OD1 ASP 15 B ASP 224 1_555 J CA CA . B CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.572 ? metalc ? metalc17 B O ILE 17 B ILE 226 1_555 J CA CA . B CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc18 B OE1 GLU 22 B GLU 231 1_555 J CA CA . B CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc19 B OE2 GLU 22 B GLU 231 1_555 K CA CA . B CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? metalc ? metalc20 B O ASN 51 B ASN 260 1_555 K CA CA . B CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc21 B O GLU 54 B GLU 263 1_555 K CA CA . B CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc22 B OD2 ASP 64 B ASP 273 1_555 K CA CA . B CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.264 ? metalc ? metalc23 C OD1 ASP 11 C ASP 220 1_555 L CA CA . C CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? metalc ? metalc24 C OD1 ASP 13 C ASP 222 1_555 L CA CA . C CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? metalc ? metalc25 C OD2 ASP 13 C ASP 222 1_555 L CA CA . C CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.143 ? metalc ? metalc26 C OD2 ASP 13 C ASP 222 1_555 M CA CA . C CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? metalc ? metalc27 C OD1 ASP 15 C ASP 224 1_555 L CA CA . C CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.431 ? metalc ? metalc28 C OD2 ASP 15 C ASP 224 1_555 M CA CA . C CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.921 ? metalc ? metalc29 C O ILE 17 C ILE 226 1_555 L CA CA . C CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.208 ? metalc ? metalc30 C OE2 GLU 22 C GLU 231 1_555 L CA CA . C CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc31 C OE1 GLU 22 C GLU 231 1_555 M CA CA . C CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? metalc ? metalc32 C O ASN 51 C ASN 260 1_555 M CA CA . C CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc33 C O GLU 54 C GLU 263 1_555 M CA CA . C CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc34 C OD2 ASP 64 C ASP 273 1_555 M CA CA . C CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc35 D OD1 ASP 11 D ASP 220 1_555 N CA CA . D CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? metalc ? metalc36 D OD1 ASP 13 D ASP 222 1_555 N CA CA . D CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.204 ? metalc ? metalc37 D OD2 ASP 13 D ASP 222 1_555 N CA CA . D CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.057 ? metalc ? metalc38 D OD2 ASP 13 D ASP 222 1_555 O CA CA . D CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc39 D OD1 ASP 15 D ASP 224 1_555 N CA CA . D CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.411 ? metalc ? metalc40 D OD2 ASP 15 D ASP 224 1_555 O CA CA . D CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.167 ? metalc ? metalc41 D O ILE 17 D ILE 226 1_555 N CA CA . D CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? metalc ? metalc42 D OE2 GLU 22 D GLU 231 1_555 N CA CA . D CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc43 D OE1 GLU 22 D GLU 231 1_555 O CA CA . D CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.529 ? metalc ? metalc44 D O ASN 51 D ASN 260 1_555 O CA CA . D CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc45 D O GLU 54 D GLU 263 1_555 O CA CA . D CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? metalc ? metalc46 D OD2 ASP 64 D ASP 273 1_555 O CA CA . D CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc47 E OD1 ASP 11 E ASP 220 1_555 P CA CA . E CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? metalc ? metalc48 E OD1 ASP 13 E ASP 222 1_555 P CA CA . E CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.194 ? metalc ? metalc49 E OD2 ASP 13 E ASP 222 1_555 P CA CA . E CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.163 ? metalc ? metalc50 E OD2 ASP 13 E ASP 222 1_555 Q CA CA . E CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? metalc ? metalc51 E OD1 ASP 15 E ASP 224 1_555 P CA CA . E CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.644 ? metalc ? metalc52 E O ILE 17 E ILE 226 1_555 P CA CA . E CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.228 ? metalc ? metalc53 E OE2 GLU 22 E GLU 231 1_555 P CA CA . E CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.609 ? metalc ? metalc54 E OE1 GLU 22 E GLU 231 1_555 Q CA CA . E CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.647 ? metalc ? metalc55 E OE2 GLU 22 E GLU 231 1_555 Q CA CA . E CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.174 ? metalc ? metalc56 E O ASN 51 E ASN 260 1_555 Q CA CA . E CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc57 E O GLU 54 E GLU 263 1_555 Q CA CA . E CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? metalc ? metalc58 E OD2 ASP 64 E ASP 273 1_555 Q CA CA . E CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? metalc ? metalc59 F OD1 ASP 11 F ASP 220 1_555 R CA CA . F CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc60 F OD1 ASP 13 F ASP 222 1_555 R CA CA . F CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? metalc ? metalc61 F OD2 ASP 13 F ASP 222 1_555 S CA CA . F CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc62 F OD1 ASP 15 F ASP 224 1_555 R CA CA . F CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? metalc ? metalc63 F OD2 ASP 15 F ASP 224 1_555 S CA CA . F CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.964 ? metalc ? metalc64 F O ILE 17 F ILE 226 1_555 R CA CA . F CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc65 F OE2 GLU 22 F GLU 231 1_555 R CA CA . F CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.699 ? metalc ? metalc66 F OE1 GLU 22 F GLU 231 1_555 S CA CA . F CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.78 ? metalc ? metalc67 F O ASN 51 F ASN 260 1_555 S CA CA . F CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.279 ? metalc ? metalc68 F O GLU 54 F GLU 263 1_555 S CA CA . F CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? metalc ? metalc69 F OD2 ASP 64 F ASP 273 1_555 S CA CA . F CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? metalc ? metalc70 G OD1 ASP 11 G ASP 220 1_555 T CA CA . G CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? metalc ? metalc71 G OD1 ASP 13 G ASP 222 1_555 T CA CA . G CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc72 G OD2 ASP 13 G ASP 222 1_555 U CA CA . G CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.245 ? metalc ? metalc73 G OD1 ASP 15 G ASP 224 1_555 T CA CA . G CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc74 G OD2 ASP 15 G ASP 224 1_555 U CA CA . G CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.923 ? metalc ? metalc75 G O ILE 17 G ILE 226 1_555 T CA CA . G CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc76 G OE2 GLU 22 G GLU 231 1_555 T CA CA . G CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? metalc ? metalc77 G OE1 GLU 22 G GLU 231 1_555 U CA CA . G CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? metalc ? metalc78 G O ASN 51 G ASN 260 1_555 U CA CA . G CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc79 G O GLU 54 G GLU 263 1_555 U CA CA . G CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.418 ? metalc ? metalc80 G OD2 ASP 64 G ASP 273 1_555 U CA CA . G CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8EKL _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code H 2 CA A 1 901 1 CA CA . I 2 CA A 1 902 2 CA CA . J 2 CA B 1 901 3 CA CA . K 2 CA B 1 902 4 CA CA . L 2 CA C 1 901 5 CA CA . M 2 CA C 1 902 6 CA CA . N 2 CA D 1 901 7 CA CA . O 2 CA D 1 902 8 CA CA . P 2 CA E 1 901 9 CA CA . Q 2 CA E 1 902 10 CA CA . R 2 CA F 1 901 11 CA CA . S 2 CA F 1 902 12 CA CA . T 2 CA G 1 901 13 CA CA . U 2 CA G 1 902 14 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id Q _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 145.497 _atom_site.Cartn_y 109.457 _atom_site.Cartn_z 143.309 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 44.77 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 902 _atom_site.auth_asym_id E _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 24 _model_server_stats.parse_time_ms 18 _model_server_stats.create_model_time_ms 16 _model_server_stats.query_time_ms 316 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #