data_8ESW # _model_server_result.job_id oBeLDRejW3shNm7s1pnnkg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-23 07:19:58' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8esw # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"WA","auth_seq_id":301}' # _entry.id 8ESW # _exptl.entry_id 8ESW _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 175.82 _entity.id 46 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8ESW _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8ESW _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details 43-meric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 43 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC,KC,LC,MC,NC _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 46 VA N N ? 46 WA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 L SG CYS 38 A8 CYS 38 1_555 L SG CYS 68 A8 CYS 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf2 L SG CYS 48 A8 CYS 48 1_555 L SG CYS 58 A8 CYS 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf3 L SG CYS 80 A8 CYS 80 1_555 L SG CYS 113 A8 CYS 113 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf4 L SG CYS 90 A8 CYS 90 1_555 L SG CYS 103 A8 CYS 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf5 O SG CYS 27 S5 CYS 27 1_555 O SG CYS 60 S5 CYS 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? disulf ? disulf6 O SG CYS 37 S5 CYS 37 1_555 O SG CYS 50 S5 CYS 50 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf7 Q SG CYS 54 BL CYS 54 1_555 Q SG CYS 61 BL CYS 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf8 Q SG CYS 90 BL CYS 90 1_555 Q SG CYS 102 BL CYS 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf9 T SG CYS 57 B7 CYS 57 1_555 T SG CYS 88 B7 CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf10 T SG CYS 67 B7 CYS 67 1_555 T SG CYS 78 B7 CYS 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf11 HA SG CYS 301 V1 CYS 301 1_555 HA SG CYS 319 V1 CYS 319 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? metalc ? metalc1 B SG CYS 87 S6 CYS 87 1_555 SA ZN ZN . S6 ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc2 B NE2 HIS 96 S6 HIS 96 1_555 SA ZN ZN . S6 ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 ? metalc ? metalc3 B SG CYS 111 S6 CYS 111 1_555 SA ZN ZN . S6 ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc4 B SG CYS 114 S6 CYS 114 1_555 SA ZN ZN . S6 ZN 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc5 C SG CYS 74 S1 CYS 74 1_555 VA FE1 FES . S1 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc6 C SG CYS 85 S1 CYS 85 1_555 VA FE1 FES . S1 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc7 C SG CYS 88 S1 CYS 88 1_555 VA FE2 FES . S1 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc8 C SG CYS 102 S1 CYS 102 1_555 VA FE2 FES . S1 FES 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc9 C ND1 HIS 134 S1 HIS 134 1_555 TA FE3 SF4 . S1 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? metalc ? metalc10 C NE2 HIS 134 S1 HIS 134 1_555 TA FE3 SF4 . S1 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? metalc ? metalc11 C SG CYS 138 S1 CYS 138 1_555 TA FE2 SF4 . S1 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? metalc ? metalc12 C SG CYS 141 S1 CYS 141 1_555 TA FE4 SF4 . S1 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc13 C SG CYS 147 S1 CYS 147 1_555 TA FE1 SF4 . S1 SF4 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc14 C SG CYS 190 S1 CYS 190 1_555 UA FE2 SF4 . S1 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc15 C SG CYS 193 S1 CYS 193 1_555 UA FE1 SF4 . S1 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc16 C SG CYS 196 S1 CYS 196 1_555 UA FE3 SF4 . S1 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc17 C SG CYS 240 S1 CYS 240 1_555 UA FE4 SF4 . S1 SF4 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? metalc ? metalc18 E SG CYS 128 V2 CYS 128 1_555 WA FE1 FES . V2 FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc19 E SG CYS 133 V2 CYS 133 1_555 WA FE1 FES . V2 FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc20 E SG CYS 169 V2 CYS 169 1_555 WA FE2 FES . V2 FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc21 E SG CYS 173 V2 CYS 173 1_555 WA FE2 FES . V2 FES 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc22 F SG CYS 97 S7 CYS 97 1_555 XA FE1 SF4 . S7 SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc23 F SG CYS 161 S7 CYS 161 1_555 XA FE2 SF4 . S7 SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc24 G NE2 HIS 106 S8 HIS 106 1_555 BB FE2 SF4 . S8 SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.274 ? metalc ? metalc25 G SG CYS 118 S8 CYS 118 1_555 CB FE3 SF4 . S8 SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? metalc ? metalc26 G SG CYS 121 S8 CYS 121 1_555 CB FE1 SF4 . S8 SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? metalc ? metalc27 G SG CYS 124 S8 CYS 124 1_555 CB FE4 SF4 . S8 SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc28 G SG CYS 128 S8 CYS 128 1_555 BB FE4 SF4 . S8 SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc29 G SG CYS 157 S8 CYS 157 1_555 BB FE2 SF4 . S8 SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc30 G SG CYS 160 S8 CYS 160 1_555 BB FE1 SF4 . S8 SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? metalc ? metalc31 G SG CYS 163 S8 CYS 163 1_555 BB FE3 SF4 . S8 SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? metalc ? metalc32 G SG CYS 167 S8 CYS 167 1_555 CB FE2 SF4 . S8 SF4 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc33 HA SG CYS 394 V1 CYS 394 1_555 GC FE4 SF4 . V1 SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc34 HA SG CYS 397 V1 CYS 397 1_555 GC FE1 SF4 . V1 SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc35 HA SG CYS 397 V1 CYS 397 1_555 GC FE2 SF4 . V1 SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? metalc ? metalc36 HA SG CYS 400 V1 CYS 400 1_555 GC FE2 SF4 . V1 SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc37 HA SG CYS 440 V1 CYS 440 1_555 GC FE3 SF4 . V1 SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? # _chem_comp.formula 'Fe2 S2' _chem_comp.formula_weight 175.82 _chem_comp.id FES _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag FE1 S1 FES sing 519 n n FE1 S2 FES sing 520 n n FE2 S1 FES sing 521 n n FE2 S2 FES sing 522 n n # _atom_sites.entry_id 8ESW _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code RA 43 CDL AN 1 201 201 CDL CDL . SA 44 ZN S6 1 201 201 ZN ZN . TA 45 SF4 S1 1 801 801 SF4 SF4 . UA 45 SF4 S1 1 802 802 SF4 SF4 . VA 46 FES S1 1 803 803 FES FES . WA 46 FES V2 1 301 301 FES FES . XA 45 SF4 S7 1 301 301 SF4 SF4 . YA 43 CDL S7 1 302 302 CDL CDL . ZA 47 PC1 S7 1 303 403 PC1 PC1 . AB 47 PC1 S7 1 304 202 PC1 PC1 . BB 45 SF4 S8 1 301 301 SF4 SF4 . CB 45 SF4 S8 1 302 302 SF4 SF4 . DB 47 PC1 1 1 401 401 PC1 PC1 . EB 47 PC1 4 1 501 501 PC1 PC1 . FB 47 PC1 4 1 502 503 PC1 PC1 . GB 48 3PE 4 1 503 205 3PE 3PE . HB 48 3PE 4 1 504 403 3PE 3PE . IB 48 3PE 5 1 601 502 3PE 3PE . JB 48 3PE 5 1 602 606 3PE 3PE . KB 48 3PE 5 1 603 607 3PE 3PE . LB 43 CDL 5 1 604 610 CDL CDL . MB 48 3PE 5 1 605 611 3PE 3PE . NB 48 3PE 5 1 606 612 3PE 3PE . OB 48 3PE 5 1 607 613 3PE 3PE . PB 43 CDL 5 1 608 614 CDL CDL . QB 48 3PE AM 1 201 201 3PE 3PE . RB 47 PC1 AM 1 202 202 PC1 PC1 . SB 48 3PE AM 1 203 203 3PE 3PE . TB 48 3PE AM 1 204 204 3PE 3PE . UB 47 PC1 AM 1 205 404 PC1 PC1 . VB 47 PC1 B6 1 201 202 PC1 PC1 . WB 48 3PE B6 1 202 203 3PE 3PE . XB 43 CDL B6 1 203 204 CDL CDL . YB 47 PC1 B4 1 201 405 PC1 PC1 . ZB 43 CDL B5 1 201 201 CDL CDL . AC 49 ZMP B9 1 201 201 ZMP ZMP . BC 47 PC1 C2 1 201 202 PC1 PC1 . CC 50 NDP A9 1 501 501 NDP NDP . DC 43 CDL A9 1 502 502 CDL CDL . EC 43 CDL A9 1 503 503 CDL CDL . FC 51 FMN V1 1 501 501 FMN FMN . GC 45 SF4 V1 1 502 502 SF4 SF4 . HC 48 3PE 2 1 401 206 3PE 3PE . IC 47 PC1 2 1 402 401 PC1 PC1 . JC 47 PC1 2 1 403 402 PC1 PC1 . KC 47 PC1 6 1 201 402 PC1 PC1 . LC 47 PC1 6 1 202 203 PC1 PC1 . MC 52 DGT AL 1 501 501 DGT DGT . NC 49 ZMP AB 1 201 201 ZMP ZMP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 FE FE1 FES . . . WA 46 205.14 199.64 349.43 1 49.78 ? FE1 FES 301 V2 1 HETATM 2 FE FE2 FES . . . WA 46 204.453 197.236 348.451 1 49.78 ? FE2 FES 301 V2 1 HETATM 3 S S1 FES . . . WA 46 205.853 197.67 350.097 1 49.78 ? S1 FES 301 V2 1 HETATM 4 S S2 FES . . . WA 46 204 199.208 347.602 1 49.78 ? S2 FES 301 V2 1 # _model_server_stats.io_time_ms 26 _model_server_stats.parse_time_ms 16 _model_server_stats.create_model_time_ms 299 _model_server_stats.query_time_ms 287 _model_server_stats.encode_time_ms 6 _model_server_stats.element_count 4 #