data_8G0H # _model_server_result.job_id nZIFjedn005U7XoeBzacCA _model_server_result.datetime_utc '2025-01-11 02:05:59' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8g0h # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":1101}' # _entry.id 8G0H # _exptl.entry_id 8G0H _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 424.455 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-(4-{[2-(1H-benzimidazol-2-yl)ethyl]carbamoyl}phenyl)-1H-benzimidazole-7-carboxamide _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 114.51 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8G0H _cell.length_a 108.066 _cell.length_b 110.172 _cell.length_c 117.086 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8G0H _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,D,H,I,M,N 1 1 C,E,F,G,J,K,L 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 I N N ? 5 J N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 G SG CYS 41 A CYS 21 1_555 K ZN ZN . A ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc2 G SG CYS 44 A CYS 24 1_555 K ZN ZN . A ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? metalc ? metalc3 G ND1 HIS 73 A HIS 53 1_555 K ZN ZN . A ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? metalc ? metalc4 G SG CYS 76 A CYS 56 1_555 K ZN ZN . A ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc5 G SG CYS 205 A CYS 295 1_555 L ZN ZN . A ZN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? metalc ? metalc6 G SG CYS 208 A CYS 298 1_555 L ZN ZN . A ZN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc7 G SG CYS 221 A CYS 311 1_555 L ZN ZN . A ZN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc8 G SG CYS 231 A CYS 321 1_555 L ZN ZN . A ZN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc9 H SG CYS 41 C CYS 21 1_555 N ZN ZN . C ZN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc10 H SG CYS 44 C CYS 24 1_555 N ZN ZN . C ZN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc11 H ND1 HIS 73 C HIS 53 1_555 N ZN ZN . C ZN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? metalc ? metalc12 H SG CYS 76 C CYS 56 1_555 N ZN ZN . C ZN 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc13 H SG CYS 205 C CYS 295 1_555 M ZN ZN . C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? metalc ? metalc14 H SG CYS 208 C CYS 298 1_555 M ZN ZN . C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc15 H SG CYS 221 C CYS 311 1_555 M ZN ZN . C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc16 H SG CYS 231 C CYS 321 1_555 M ZN ZN . C ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 C N3 DC 1 N DC 1 1_555 F N1 DG 5 M DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 C N4 DC 1 N DC 1 1_555 F O6 DG 5 M DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 C O2 DC 1 N DC 1 1_555 F N2 DG 5 M DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 C N1 DG 2 N DG 2 1_555 F N3 DC 4 M DC 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 C N2 DG 2 N DG 2 1_555 F O2 DC 4 M DC 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 C O6 DG 2 N DG 2 1_555 F N4 DC 4 M DC 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 C N1 DA 3 N DA 3 1_555 F N3 DT 3 M DT 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 C N6 DA 3 N DA 3 1_555 F O4 DT 3 M DT 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 C N3 DC 4 N DC 4 1_555 F N1 DG 2 M DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 C N4 DC 4 N DC 4 1_555 F O6 DG 2 M DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 C O2 DC 4 N DC 4 1_555 F N2 DG 2 M DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 C N1 DG 5 N DG 5 1_555 F N3 DC 1 M DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 C N2 DG 5 N DG 5 1_555 F O2 DC 1 M DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 C O6 DG 5 N DG 5 1_555 F N4 DC 1 M DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog15 A N3 DC 1 O DC 1 1_555 B N2 DG 5 P DG 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A N1 DG 2 O DG 2 1_555 B N3 DC 4 P DC 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N2 DG 2 O DG 2 1_555 B O2 DC 4 P DC 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A O6 DG 2 O DG 2 1_555 B N4 DC 4 P DC 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A N1 DA 3 O DA 3 1_555 B N3 DT 3 P DT 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N6 DA 3 O DA 3 1_555 B O4 DT 3 P DT 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N3 DC 4 O DC 4 1_555 B N1 DG 2 P DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A N4 DC 4 O DC 4 1_555 B O6 DG 2 P DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A O2 DC 4 O DC 4 1_555 B N2 DG 2 P DG 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A N1 DG 5 O DG 5 1_555 B N3 DC 1 P DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N2 DG 5 O DG 5 1_555 B O2 DC 1 P DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A O6 DG 5 O DG 5 1_555 B N4 DC 1 P DC 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C24 H20 N6 O2' _chem_comp.formula_weight 424.455 _chem_comp.id YH0 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-(4-{[2-(1H-benzimidazol-2-yl)ethyl]carbamoyl}phenyl)-1H-benzimidazole-7-carboxamide _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C22 C21 YH0 doub 523 n y C22 C23 YH0 sing 524 n y C21 C20 YH0 sing 525 n y C23 C18 YH0 doub 526 n y C20 C19 YH0 doub 527 n y C18 C19 YH0 sing 528 n y C18 N4 YH0 sing 529 n y C19 N5 YH0 sing 530 n y N4 C17 YH0 sing 531 n y N5 C17 YH0 doub 532 n y C17 C16 YH0 sing 533 n n C16 C15 YH0 sing 534 n n C15 N3 YH0 sing 535 n n O1 C14 YH0 doub 536 n n N3 C14 YH0 sing 537 n n C14 C11 YH0 sing 538 n n C11 C12 YH0 doub 539 n y C11 C10 YH0 sing 540 n y C12 C13 YH0 sing 541 n y C10 C9 YH0 doub 542 n y C13 C8 YH0 doub 543 n y C9 C8 YH0 sing 544 n y C8 C3 YH0 sing 545 n n C3 N1 YH0 sing 546 n y C3 N2 YH0 doub 547 n y N1 C2 YH0 sing 548 n y N2 C4 YH0 sing 549 n y N C YH0 sing 550 n n C2 C4 YH0 doub 551 n y C2 C1 YH0 sing 552 n y C4 C5 YH0 sing 553 n y C C1 YH0 sing 554 n n C O YH0 doub 555 n n C1 C7 YH0 doub 556 n y C5 C6 YH0 doub 557 n y C7 C6 YH0 sing 558 n y N1 H1 YH0 sing 559 n n C7 H2 YH0 sing 560 n n C9 H4 YH0 sing 561 n n C5 H5 YH0 sing 562 n n C6 H6 YH0 sing 563 n n N3 H7 YH0 sing 564 n n N4 H8 YH0 sing 565 n n N H9 YH0 sing 566 n n N H10 YH0 sing 567 n n C10 H11 YH0 sing 568 n n C12 H12 YH0 sing 569 n n C13 H13 YH0 sing 570 n n C15 H14 YH0 sing 571 n n C15 H15 YH0 sing 572 n n C16 H16 YH0 sing 573 n n C16 H17 YH0 sing 574 n n C20 H18 YH0 sing 575 n n C21 H19 YH0 sing 576 n n C22 H20 YH0 sing 577 n n C23 H21 YH0 sing 578 n n # _atom_sites.entry_id 8G0H _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009254 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.004219 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009077 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.009387 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 5 YH0 D 1 1101 1101 YH0 XXX . J 5 YH0 B 1 1101 1101 YH0 XXX . K 6 ZN A 1 401 500 ZN ZN . L 6 ZN A 1 402 400 ZN ZN . M 6 ZN C 1 401 400 ZN ZN . N 6 ZN C 1 402 500 ZN ZN . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N1 YH0 . . . I 5 48.487 30.656 47.885 1 146.87 ? N1 YH0 1101 D 1 HETATM 2 C C7 YH0 . . . I 5 51.32 31.693 45.683 1 140.42 ? C7 YH0 1101 D 1 HETATM 3 C C8 YH0 . . . I 5 46.331 29.465 48.022 1 152.17 ? C8 YH0 1101 D 1 HETATM 4 N N2 YH0 . . . I 5 47.681 29.827 45.973 1 149.71 ? N2 YH0 1101 D 1 HETATM 5 C C9 YH0 . . . I 5 45.067 29.571 47.464 1 156.53 ? C9 YH0 1101 D 1 HETATM 6 O O1 YH0 . . . I 5 42.552 28.421 51.195 1 200.08 ? O1 YH0 1101 D 1 HETATM 7 C C1 YH0 . . . I 5 50.616 31.573 46.883 1 139.3 ? C1 YH0 1101 D 1 HETATM 8 C C5 YH0 . . . I 5 49.583 30.532 44.464 1 175.42 ? C5 YH0 1101 D 1 HETATM 9 C C6 YH0 . . . I 5 50.81 31.181 44.494 1 148.03 ? C6 YH0 1101 D 1 HETATM 10 N N3 YH0 . . . I 5 41.935 27.449 49.268 1 167.84 ? N3 YH0 1101 D 1 HETATM 11 C C4 YH0 . . . I 5 48.888 30.416 45.659 1 151.53 ? C4 YH0 1101 D 1 HETATM 12 C C3 YH0 . . . I 5 47.496 29.989 47.31 1 152.19 ? C3 YH0 1101 D 1 HETATM 13 C C2 YH0 . . . I 5 49.378 30.924 46.857 1 140.52 ? C2 YH0 1101 D 1 HETATM 14 N N4 YH0 . . . I 5 37.252 26.392 48.555 1 178.94 ? N4 YH0 1101 D 1 HETATM 15 N N YH0 . . . I 5 50.374 32.779 48.964 1 151.34 ? N YH0 1101 D 1 HETATM 16 C C YH0 . . . I 5 51.18 32.089 48.166 1 137.65 ? C YH0 1101 D 1 HETATM 17 O O YH0 . . . I 5 52.35 31.86 48.448 1 169.26 ? O YH0 1101 D 1 HETATM 18 C C10 YH0 . . . I 5 43.959 29.1 48.139 1 158.36 ? C10 YH0 1101 D 1 HETATM 19 C C11 YH0 . . . I 5 44.086 28.511 49.387 1 158.18 ? C11 YH0 1101 D 1 HETATM 20 C C12 YH0 . . . I 5 45.355 28.391 49.944 1 157.66 ? C12 YH0 1101 D 1 HETATM 21 C C13 YH0 . . . I 5 46.464 28.865 49.271 1 162.8 ? C13 YH0 1101 D 1 HETATM 22 C C14 YH0 . . . I 5 42.801 28.116 50.032 1 176.37 ? C14 YH0 1101 D 1 HETATM 23 C C15 YH0 . . . I 5 40.529 27.382 49.626 1 173.14 ? C15 YH0 1101 D 1 HETATM 24 C C16 YH0 . . . I 5 39.743 26.503 48.692 1 176.95 ? C16 YH0 1101 D 1 HETATM 25 C C17 YH0 . . . I 5 38.376 26.264 49.231 1 178.68 ? C17 YH0 1101 D 1 HETATM 26 C C18 YH0 . . . I 5 36.247 26.13 49.485 1 172.28 ? C18 YH0 1101 D 1 HETATM 27 C C19 YH0 . . . I 5 36.822 25.843 50.72 1 166.7 ? C19 YH0 1101 D 1 HETATM 28 C C20 YH0 . . . I 5 36.058 25.522 51.831 1 167.33 ? C20 YH0 1101 D 1 HETATM 29 C C21 YH0 . . . I 5 34.682 25.485 51.679 1 165.52 ? C21 YH0 1101 D 1 HETATM 30 C C22 YH0 . . . I 5 34.092 25.768 50.452 1 167.8 ? C22 YH0 1101 D 1 HETATM 31 C C23 YH0 . . . I 5 34.863 26.1 49.346 1 173.74 ? C23 YH0 1101 D 1 HETATM 32 N N5 YH0 . . . I 5 38.181 25.937 50.529 1 167.64 ? N5 YH0 1101 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 27 _model_server_stats.parse_time_ms 27 _model_server_stats.create_model_time_ms 16 _model_server_stats.query_time_ms 265 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 32 #