data_8G9B # _model_server_result.job_id v48TjWT2cdec43CG0GCtyA _model_server_result.datetime_utc '2024-10-11 20:27:34' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8g9b # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"DA","auth_seq_id":602}' # _entry.id 8G9B # _exptl.entry_id 8G9B _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 523.18 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 16 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8G9B _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8G9B _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 N N N ? 2 O N N ? 2 S N N ? 2 T N N ? 2 X N N ? 2 Y N N ? 2 CA N N ? 2 DA N N ? 2 HA N N ? 2 IA N N ? 2 MA N N ? 2 NA N N ? 2 RA N N ? 2 SA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A SG CYS 336 A CYS 331 1_555 L C2 IMP . A IMP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.765 ? covale ? covale2 B SG CYS 336 B CYS 331 1_555 Q C2 IMP . B IMP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.765 ? covale ? covale3 C SG CYS 336 C CYS 331 1_555 V C2 IMP . C IMP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.769 ? covale ? covale4 D SG CYS 336 D CYS 331 1_555 AA C2 IMP . D IMP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.766 ? covale ? covale5 E SG CYS 336 E CYS 331 1_555 FA C2 IMP . E IMP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.765 ? covale ? covale6 F SG CYS 336 F CYS 331 1_555 KA C2 IMP . F IMP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.766 ? covale ? covale7 G SG CYS 336 G CYS 331 1_555 PA C2 IMP . G IMP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.766 ? covale ? covale8 H SG CYS 336 H CYS 331 1_555 UA C2 IMP . H IMP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.765 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 523.18 _chem_comp.id GTP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8G9B _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 2 GTP A 1 601 601 GTP GTP . J 2 GTP A 1 602 602 GTP GTP . K 3 ATP A 1 603 603 ATP ATP . L 4 IMP A 1 604 604 IMP IMP . M 5 NAD A 1 605 605 NAD NAD . N 2 GTP B 1 601 601 GTP GTP . O 2 GTP B 1 602 602 GTP GTP . P 3 ATP B 1 603 603 ATP ATP . Q 4 IMP B 1 604 604 IMP IMP . R 5 NAD B 1 605 605 NAD NAD . S 2 GTP C 1 601 601 GTP GTP . T 2 GTP C 1 602 602 GTP GTP . U 3 ATP C 1 603 603 ATP ATP . V 4 IMP C 1 604 604 IMP IMP . W 5 NAD C 1 605 605 NAD NAD . X 2 GTP D 1 601 601 GTP GTP . Y 2 GTP D 1 602 602 GTP GTP . Z 3 ATP D 1 603 603 ATP ATP . AA 4 IMP D 1 604 604 IMP IMP . BA 5 NAD D 1 605 605 NAD NAD . CA 2 GTP E 1 601 601 GTP GTP . DA 2 GTP E 1 602 602 GTP GTP . EA 3 ATP E 1 603 603 ATP ATP . FA 4 IMP E 1 604 604 IMP IMP . GA 5 NAD E 1 605 605 NAD NAD . HA 2 GTP F 1 601 601 GTP GTP . IA 2 GTP F 1 602 602 GTP GTP . JA 3 ATP F 1 603 603 ATP ATP . KA 4 IMP F 1 604 604 IMP IMP . LA 5 NAD F 1 605 605 NAD NAD . MA 2 GTP G 1 601 601 GTP GTP . NA 2 GTP G 1 602 602 GTP GTP . OA 3 ATP G 1 603 603 ATP ATP . PA 4 IMP G 1 604 604 IMP IMP . QA 5 NAD G 1 605 605 NAD NAD . RA 2 GTP H 1 601 601 GTP GTP . SA 2 GTP H 1 602 602 GTP GTP . TA 3 ATP H 1 603 603 ATP ATP . UA 4 IMP H 1 604 604 IMP IMP . VA 5 NAD H 1 605 605 NAD NAD . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG GTP . . . DA 2 207.228 207.468 142.983 1 192.16 ? PG GTP 602 E 1 HETATM 2 O O1G GTP . . . DA 2 206.93 208.352 144.171 1 191.03 ? O1G GTP 602 E 1 HETATM 3 O O2G GTP . . . DA 2 206.071 207.293 142.03 1 191.94 ? O2G GTP 602 E 1 HETATM 4 O O3G GTP . . . DA 2 207.953 206.188 143.326 1 191.87 ? O3G GTP 602 E 1 HETATM 5 O O3B GTP . . . DA 2 208.307 208.309 142.135 1 192.97 ? O3B GTP 602 E 1 HETATM 6 P PB GTP . . . DA 2 207.941 209.768 141.562 1 194.49 ? PB GTP 602 E 1 HETATM 7 O O1B GTP . . . DA 2 209.224 210.448 141.145 1 192.22 ? O1B GTP 602 E 1 HETATM 8 O O2B GTP . . . DA 2 206.812 209.617 140.57 1 192.43 ? O2B GTP 602 E 1 HETATM 9 O O3A GTP . . . DA 2 207.37 210.525 142.863 1 194.02 ? O3A GTP 602 E 1 HETATM 10 P PA GTP . . . DA 2 205.82 210.953 142.946 1 192.96 ? PA GTP 602 E 1 HETATM 11 O O1A GTP . . . DA 2 205.631 212.207 142.126 1 191.86 ? O1A GTP 602 E 1 HETATM 12 O O2A GTP . . . DA 2 204.977 209.732 142.663 1 191.84 ? O2A GTP 602 E 1 HETATM 13 O O5' GTP . . . DA 2 205.644 211.336 144.5 1 192.12 ? O5' GTP 602 E 1 HETATM 14 C C5' GTP . . . DA 2 205.627 210.317 145.497 1 192.23 ? C5' GTP 602 E 1 HETATM 15 C C4' GTP . . . DA 2 206.86 210.451 146.383 1 192.11 ? C4' GTP 602 E 1 HETATM 16 O O4' GTP . . . DA 2 206.513 211.14 147.587 1 192.14 ? O4' GTP 602 E 1 HETATM 17 C C3' GTP . . . DA 2 207.41 209.086 146.77 1 192.15 ? C3' GTP 602 E 1 HETATM 18 O O3' GTP . . . DA 2 208.751 208.946 146.283 1 191.95 ? O3' GTP 602 E 1 HETATM 19 C C2' GTP . . . DA 2 207.322 209.01 148.289 1 192.02 ? C2' GTP 602 E 1 HETATM 20 O O2' GTP . . . DA 2 208.608 208.894 148.912 1 191.79 ? O2' GTP 602 E 1 HETATM 21 C C1' GTP . . . DA 2 206.653 210.301 148.735 1 192.36 ? C1' GTP 602 E 1 HETATM 22 N N9 GTP . . . DA 2 205.313 209.997 149.294 1 192.94 ? N9 GTP 602 E 1 HETATM 23 C C8 GTP . . . DA 2 204.366 209.246 148.701 1 192.38 ? C8 GTP 602 E 1 HETATM 24 N N7 GTP . . . DA 2 203.253 209.161 149.473 1 192.29 ? N7 GTP 602 E 1 HETATM 25 C C5 GTP . . . DA 2 203.483 209.872 150.592 1 192.74 ? C5 GTP 602 E 1 HETATM 26 C C6 GTP . . . DA 2 202.729 210.198 151.825 1 192.15 ? C6 GTP 602 E 1 HETATM 27 O O6 GTP . . . DA 2 201.568 209.769 152.003 1 191.48 ? O6 GTP 602 E 1 HETATM 28 N N1 GTP . . . DA 2 203.327 210.967 152.743 1 191.84 ? N1 GTP 602 E 1 HETATM 29 C C2 GTP . . . DA 2 204.576 211.444 152.58 1 191.58 ? C2 GTP 602 E 1 HETATM 30 N N2 GTP . . . DA 2 205.108 212.215 153.559 1 191 ? N2 GTP 602 E 1 HETATM 31 N N3 GTP . . . DA 2 205.325 211.186 151.477 1 192.3 ? N3 GTP 602 E 1 HETATM 32 C C4 GTP . . . DA 2 204.842 210.421 150.47 1 192.98 ? C4 GTP 602 E 1 # _model_server_stats.io_time_ms 17 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 54 _model_server_stats.query_time_ms 327 _model_server_stats.encode_time_ms 12 _model_server_stats.element_count 32 #