data_8G9B # _model_server_result.job_id EOcFePHVIdy2EH784EI6SA _model_server_result.datetime_utc '2024-10-11 20:27:32' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8g9b # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Y","auth_seq_id":602}' # _entry.id 8G9B # _exptl.entry_id 8G9B _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 523.18 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 16 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8G9B _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8G9B _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 N N N ? 2 O N N ? 2 S N N ? 2 T N N ? 2 X N N ? 2 Y N N ? 2 CA N N ? 2 DA N N ? 2 HA N N ? 2 IA N N ? 2 MA N N ? 2 NA N N ? 2 RA N N ? 2 SA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A SG CYS 336 A CYS 331 1_555 L C2 IMP . A IMP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.765 ? covale ? covale2 B SG CYS 336 B CYS 331 1_555 Q C2 IMP . B IMP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.765 ? covale ? covale3 C SG CYS 336 C CYS 331 1_555 V C2 IMP . C IMP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.769 ? covale ? covale4 D SG CYS 336 D CYS 331 1_555 AA C2 IMP . D IMP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.766 ? covale ? covale5 E SG CYS 336 E CYS 331 1_555 FA C2 IMP . E IMP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.765 ? covale ? covale6 F SG CYS 336 F CYS 331 1_555 KA C2 IMP . F IMP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.766 ? covale ? covale7 G SG CYS 336 G CYS 331 1_555 PA C2 IMP . G IMP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.766 ? covale ? covale8 H SG CYS 336 H CYS 331 1_555 UA C2 IMP . H IMP 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.765 ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O14 P3' _chem_comp.formula_weight 523.18 _chem_comp.id GTP _chem_comp.mon_nstd_flag n _chem_comp.name "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8G9B _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code I 2 GTP A 1 601 601 GTP GTP . J 2 GTP A 1 602 602 GTP GTP . K 3 ATP A 1 603 603 ATP ATP . L 4 IMP A 1 604 604 IMP IMP . M 5 NAD A 1 605 605 NAD NAD . N 2 GTP B 1 601 601 GTP GTP . O 2 GTP B 1 602 602 GTP GTP . P 3 ATP B 1 603 603 ATP ATP . Q 4 IMP B 1 604 604 IMP IMP . R 5 NAD B 1 605 605 NAD NAD . S 2 GTP C 1 601 601 GTP GTP . T 2 GTP C 1 602 602 GTP GTP . U 3 ATP C 1 603 603 ATP ATP . V 4 IMP C 1 604 604 IMP IMP . W 5 NAD C 1 605 605 NAD NAD . X 2 GTP D 1 601 601 GTP GTP . Y 2 GTP D 1 602 602 GTP GTP . Z 3 ATP D 1 603 603 ATP ATP . AA 4 IMP D 1 604 604 IMP IMP . BA 5 NAD D 1 605 605 NAD NAD . CA 2 GTP E 1 601 601 GTP GTP . DA 2 GTP E 1 602 602 GTP GTP . EA 3 ATP E 1 603 603 ATP ATP . FA 4 IMP E 1 604 604 IMP IMP . GA 5 NAD E 1 605 605 NAD NAD . HA 2 GTP F 1 601 601 GTP GTP . IA 2 GTP F 1 602 602 GTP GTP . JA 3 ATP F 1 603 603 ATP ATP . KA 4 IMP F 1 604 604 IMP IMP . LA 5 NAD F 1 605 605 NAD NAD . MA 2 GTP G 1 601 601 GTP GTP . NA 2 GTP G 1 602 602 GTP GTP . OA 3 ATP G 1 603 603 ATP ATP . PA 4 IMP G 1 604 604 IMP IMP . QA 5 NAD G 1 605 605 NAD NAD . RA 2 GTP H 1 601 601 GTP GTP . SA 2 GTP H 1 602 602 GTP GTP . TA 3 ATP H 1 603 603 ATP ATP . UA 4 IMP H 1 604 604 IMP IMP . VA 5 NAD H 1 605 605 NAD NAD . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG GTP . . . Y 2 129.785 129.948 193.934 1 110.31 ? PG GTP 602 D 1 HETATM 2 O O1G GTP . . . Y 2 129.332 131.381 193.867 1 102.52 ? O1G GTP 602 D 1 HETATM 3 O O2G GTP . . . Y 2 130.532 129.593 195.191 1 103.54 ? O2G GTP 602 D 1 HETATM 4 O O3G GTP . . . Y 2 130.415 129.434 192.665 1 103 ? O3G GTP 602 D 1 HETATM 5 O O3B GTP . . . Y 2 128.416 129.125 194.063 1 104.56 ? O3B GTP 602 D 1 HETATM 6 P PB GTP . . . Y 2 127.492 129.328 195.356 1 108.83 ? PB GTP 602 D 1 HETATM 7 O O1B GTP . . . Y 2 126.114 128.807 195.053 1 102.29 ? O1B GTP 602 D 1 HETATM 8 O O2B GTP . . . Y 2 128.251 128.848 196.563 1 101.33 ? O2B GTP 602 D 1 HETATM 9 O O3A GTP . . . Y 2 127.368 130.914 195.426 1 102.71 ? O3A GTP 602 D 1 HETATM 10 P PA GTP . . . Y 2 126.393 131.569 194.346 1 108.02 ? PA GTP 602 D 1 HETATM 11 O O1A GTP . . . Y 2 124.986 131.194 194.732 1 102.22 ? O1A GTP 602 D 1 HETATM 12 O O2A GTP . . . Y 2 126.792 133.011 194.178 1 101.5 ? O2A GTP 602 D 1 HETATM 13 O O5' GTP . . . Y 2 126.786 130.777 193.004 1 101.86 ? O5' GTP 602 D 1 HETATM 14 C C5' GTP . . . Y 2 126.952 131.456 191.758 1 100.67 ? C5' GTP 602 D 1 HETATM 15 C C4' GTP . . . Y 2 127.087 130.42 190.645 1 102.33 ? C4' GTP 602 D 1 HETATM 16 O O4' GTP . . . Y 2 126.514 130.867 189.421 1 100.79 ? O4' GTP 602 D 1 HETATM 17 C C3' GTP . . . Y 2 128.527 130.1 190.303 1 101.93 ? C3' GTP 602 D 1 HETATM 18 O O3' GTP . . . Y 2 129.057 129.085 191.165 1 100.82 ? O3' GTP 602 D 1 HETATM 19 C C2' GTP . . . Y 2 128.442 129.641 188.87 1 101.13 ? C2' GTP 602 D 1 HETATM 20 O O2' GTP . . . Y 2 128.184 128.242 188.826 1 100.5 ? O2' GTP 602 D 1 HETATM 21 C C1' GTP . . . Y 2 127.241 130.354 188.317 1 100.4 ? C1' GTP 602 D 1 HETATM 22 N N9 GTP . . . Y 2 127.769 131.486 187.574 1 100.68 ? N9 GTP 602 D 1 HETATM 23 C C8 GTP . . . Y 2 128.96 132.035 187.8 1 102.15 ? C8 GTP 602 D 1 HETATM 24 N N7 GTP . . . Y 2 129.181 133.071 186.968 1 100.82 ? N7 GTP 602 D 1 HETATM 25 C C5 GTP . . . Y 2 128.108 133.182 186.203 1 98.61 ? C5 GTP 602 D 1 HETATM 26 C C6 GTP . . . Y 2 127.716 134.069 185.125 1 98.22 ? C6 GTP 602 D 1 HETATM 27 O O6 GTP . . . Y 2 128.475 134.979 184.74 1 96.67 ? O6 GTP 602 D 1 HETATM 28 N N1 GTP . . . Y 2 126.526 133.852 184.583 1 99.97 ? N1 GTP 602 D 1 HETATM 29 C C2 GTP . . . Y 2 125.715 132.882 184.99 1 98.93 ? C2 GTP 602 D 1 HETATM 30 N N2 GTP . . . Y 2 124.544 132.752 184.369 1 97.77 ? N2 GTP 602 D 1 HETATM 31 N N3 GTP . . . Y 2 126.006 132.027 185.97 1 98.47 ? N3 GTP 602 D 1 HETATM 32 C C4 GTP . . . Y 2 127.178 132.137 186.598 1 98.58 ? C4 GTP 602 D 1 # _model_server_stats.io_time_ms 17 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 36 _model_server_stats.query_time_ms 312 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 32 #