data_8GAO
#
_model_server_result.job_id            VMdK5jTbahPP6nYnblozoA 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-08-31 03:26:58' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8gao 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":502}' 
#
_entry.id    8GAO 
#
_exptl.entry_id    8GAO 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              24.305 
_entity.id                          7 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'MAGNESIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    5 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8GAO 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8GAO 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    decameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      10 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 7 L N N 
? 7 N N N 
? 7 P N N 
? 7 R N N 
? 7 T N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 I O3' GTP 1 P GTP 1 1_555 I P C 2 P C 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.61 ? 
metalc ? metalc1 B OE1 GLN 227 B GLN 227 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.679 ? 
metalc ? metalc2 K O2G AGS . B AGS 501 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.981 ? 
metalc ? metalc3 K O3G AGS . B AGS 501 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? 
metalc ? metalc4 K O3B AGS . B AGS 501 1_555 L MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.932 ? 
metalc ? metalc5 C OE1 GLN 227 C GLN 227 1_555 N MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc6 M O3G AGS . C AGS 501 1_555 N MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.938 ? 
metalc ? metalc7 M O1B AGS . C AGS 501 1_555 N MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? 
metalc ? metalc8 O O2G AGS . D AGS 501 1_555 P MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.838 ? 
metalc ? metalc9 O O2B AGS . D AGS 501 1_555 P MG MG . D MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? 
metalc ? metalc10 Q O3G AGS . E AGS 501 1_555 R MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.98 ? 
metalc ? metalc11 Q O1B AGS . E AGS 501 1_555 R MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? 
metalc ? metalc12 S O3G AGS . F AGS 501 1_555 T MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.934 ? 
metalc ? metalc13 S O2B AGS . F AGS 501 1_555 T MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.135 ? 
metalc ? metalc14 S O3B AGS . F AGS 501 1_555 T MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.659 ? 
metalc ? metalc15 S O2A AGS . F AGS 501 1_555 T MG MG . F MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.924 ? 
metalc ? metalc16 G SG CYS 35 G CYS 37 1_555 U ZN ZN . G ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? 
metalc ? metalc17 G SG CYS 38 G CYS 40 1_555 U ZN ZN . G ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc18 G SG CYS 63 G CYS 65 1_555 U ZN ZN . G ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc19 G SG CYS 66 G CYS 68 1_555 U ZN ZN . G ZN 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog1 I N1 GTP 1 P GTP 1 1_555 J N3 DC 40 T DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog2 I N2 GTP 1 P GTP 1 1_555 J O2 DC 40 T DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog3 I O6 GTP 1 P GTP 1 1_555 J N4 DC 40 T DC 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog4 I N3 C 2 P C 2 1_555 J N1 DG 39 T DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog5 I N4 C 2 P C 2 1_555 J O6 DG 39 T DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog6 I O2 C 2 P C 2 1_555 J N2 DG 39 T DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog7 I N3 C 3 P C 3 1_555 J N1 DG 38 T DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog8 I N4 C 3 P C 3 1_555 J O6 DG 38 T DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog9 I O2 C 3 P C 3 1_555 J N2 DG 38 T DG 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog10 I N1 G 4 P G 4 1_555 J N3 DC 37 T DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog11 I N2 G 4 P G 4 1_555 J O2 DC 37 T DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog12 I O6 G 4 P G 4 1_555 J N4 DC 37 T DC 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog13 I N1 A 5 P A 5 1_555 J N3 DT 36 T DT 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
hydrog WATSON-CRICK hydrog14 I N6 A 5 P A 5 1_555 J O4 DT 36 T DT 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 
#
_chem_comp.formula           'Mg 2' 
_chem_comp.formula_weight    24.305 
_chem_comp.id                MG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'MAGNESIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     8GAO 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
K 6 AGS B 1 501 501 AGS AGS . 
L 7 MG B 1 502 502 MG MG . 
M 6 AGS C 1 501 501 AGS AGS . 
N 7 MG C 1 502 502 MG MG . 
O 6 AGS D 1 501 501 AGS AGS . 
P 7 MG D 1 502 502 MG MG . 
Q 6 AGS E 1 501 501 AGS AGS . 
R 7 MG E 1 502 502 MG MG . 
S 6 AGS F 1 501 501 AGS AGS . 
T 7 MG F 1 502 502 MG MG . 
U 8 ZN G 1 401 525 ZN ZN . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           MG 
_atom_site.label_atom_id         MG 
_atom_site.label_comp_id         MG 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         L 
_atom_site.label_entity_id       7 
_atom_site.Cartn_x               137.942 
_atom_site.Cartn_y               103.03 
_atom_site.Cartn_z               88.432 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        45.98 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          MG 
_atom_site.auth_comp_id          MG 
_atom_site.auth_seq_id           502 
_atom_site.auth_asym_id          B 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              14 
_model_server_stats.parse_time_ms           81 
_model_server_stats.create_model_time_ms    18 
_model_server_stats.query_time_ms           494 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           1 
#