data_8GCE # _model_server_result.job_id WxKniGahqCruOgFH-JmNCA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-05 08:26:22' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8gce # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":1104}' # _entry.id 8GCE # _exptl.entry_id 8GCE _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 5 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8GCE _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8GCE _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 F N N ? 5 G N N ? 5 H N N ? 5 I N N ? 5 M N N ? 5 N N N # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 3 oligosaccharide 4 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.details _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order 1 ? 3 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 2 ? 3 3 2 BMA NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 3 ? 4 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 3 n C NAG 1 C 1 NAG B 2008 NAG 3 n C NAG 2 C 2 NAG B 2009 NAG 3 n C BMA 3 C 3 BMA B 2010 BMA 3 n D NAG 1 D 1 NAG B 2011 NAG 3 n D NAG 2 D 2 NAG B 2012 NAG 3 n D BMA 3 D 3 BMA B 2013 BMA 4 n E NAG 1 E 1 NAG B 2014 NAG 4 n E NAG 2 E 2 NAG B 2015 NAG # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 87 A CYS 56 1_555 A SG CYS 96 A CYS 65 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 138 A CYS 107 1_555 A SG CYS 161 A CYS 130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 177 A CYS 146 1_555 A SG CYS 198 A CYS 167 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.02 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 504 A CYS 473 1_555 A SG CYS 515 A CYS 484 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 521 A CYS 490 1_555 A SG CYS 576 A CYS 545 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 633 A CYS 602 1_555 A SG CYS 639 A CYS 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 705 A CYS 674 1_555 A SG CYS 718 A CYS 687 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? disulf ? disulf8 A SG CYS 857 A CYS 826 1_555 A SG CYS 921 A CYS 890 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf9 A SG CYS 911 A CYS 880 1_555 A SG CYS 916 A CYS 885 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf10 B SG CYS 31 B CYS 5 1_555 B SG CYS 49 B CYS 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? disulf ? disulf11 B SG CYS 39 B CYS 13 1_555 B SG CYS 461 B CYS 435 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf12 B SG CYS 42 B CYS 16 1_555 B SG CYS 64 B CYS 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf13 B SG CYS 52 B CYS 26 1_555 B SG CYS 75 B CYS 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf14 B SG CYS 203 B CYS 177 1_555 B SG CYS 210 B CYS 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf15 B SG CYS 258 B CYS 232 1_555 B SG CYS 299 B CYS 273 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf16 B SG CYS 400 B CYS 374 1_555 B SG CYS 412 B CYS 386 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf17 B SG CYS 432 B CYS 406 1_555 B SG CYS 459 B CYS 433 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf18 B SG CYS 463 B CYS 437 1_555 B SG CYS 483 B CYS 457 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf19 B SG CYS 474 B CYS 448 1_555 B SG CYS 486 B CYS 460 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf20 B SG CYS 488 B CYS 462 1_555 B SG CYS 497 B CYS 471 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf21 B SG CYS 499 B CYS 473 1_555 B SG CYS 529 B CYS 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf22 B SG CYS 512 B CYS 486 1_555 B SG CYS 527 B CYS 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf23 B SG CYS 521 B CYS 495 1_555 B SG CYS 532 B CYS 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf24 B SG CYS 534 B CYS 508 1_555 B SG CYS 547 B CYS 521 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf25 B SG CYS 549 B CYS 523 1_555 B SG CYS 570 B CYS 544 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf26 B SG CYS 554 B CYS 528 1_555 B SG CYS 568 B CYS 542 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? disulf ? disulf27 B SG CYS 562 B CYS 536 1_555 B SG CYS 573 B CYS 547 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf28 B SG CYS 575 B CYS 549 1_555 B SG CYS 584 B CYS 558 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? disulf ? disulf29 B SG CYS 586 B CYS 560 1_555 B SG CYS 609 B CYS 583 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? disulf ? disulf30 B SG CYS 593 B CYS 567 1_555 B SG CYS 607 B CYS 581 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? disulf ? disulf31 B SG CYS 601 B CYS 575 1_555 B SG CYS 612 B CYS 586 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf32 B SG CYS 614 B CYS 588 1_555 B SG CYS 624 B CYS 598 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf33 B SG CYS 627 B CYS 601 1_555 B SG CYS 630 B CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf34 B SG CYS 634 B CYS 608 1_555 B SG CYS 681 B CYS 655 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf35 B SG CYS 640 B CYS 614 1_555 B SG CYS 661 B CYS 635 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? disulf ? disulf36 B SG CYS 643 B CYS 617 1_555 B SG CYS 657 B CYS 631 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 46 A ASN 15 1_555 J C1 NAG . A NAG 1105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.41 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 601 A ASN 570 1_555 K C1 NAG . A NAG 1106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? covale ? covale3 B ND2 ASN 125 B ASN 99 1_555 E C1 NAG . E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? covale ? covale4 B ND2 ASN 346 B ASN 320 1_555 D C1 NAG . D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? covale ? covale5 B ND2 ASN 397 B ASN 371 1_555 C C1 NAG . C NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.415 ? covale ? covale6 C O4 NAG . C NAG 1 1_555 C C1 NAG . C NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.423 ? covale ? covale7 C O4 NAG . C NAG 2 1_555 C C1 BMA . C BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? covale ? covale8 D O4 NAG . D NAG 1 1_555 D C1 NAG . D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? covale ? covale9 D O4 NAG . D NAG 2 1_555 D C1 BMA . D BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? covale ? covale10 E O4 NAG . E NAG 1 1_555 E C1 NAG . E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? metalc ? metalc1 A OE1 GLU 274 A GLU 243 1_555 F CA CA . A CA 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc2 A OE2 GLU 274 A GLU 243 1_555 F CA CA . A CA 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.915 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 328 A ASP 297 1_555 G CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.871 ? metalc ? metalc4 A OD1 ASN 330 A ASN 299 1_555 G CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.262 ? metalc ? metalc5 A OD1 ASP 332 A ASP 301 1_555 G CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 332 A ASP 301 1_555 G CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.847 ? metalc ? metalc7 A O ARG 334 A ARG 303 1_555 G CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 336 A ASP 305 1_555 G CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc9 A OD2 ASP 336 A ASP 305 1_555 G CA CA . A CA 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.328 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 398 A ASP 367 1_555 H CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 398 A ASP 367 1_555 H CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.71 ? metalc ? metalc12 A OD1 ASP 400 A ASP 369 1_555 H CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc13 A OD2 ASP 400 A ASP 369 1_555 H CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.137 ? metalc ? metalc14 A O TYR 402 A TYR 371 1_555 H CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.134 ? metalc ? metalc15 A OD1 ASP 404 A ASP 373 1_555 H CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? metalc ? metalc16 A OD2 ASP 404 A ASP 373 1_555 H CA CA . A CA 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.832 ? metalc ? metalc17 A OD1 ASP 457 A ASP 426 1_555 I CA CA . A CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.76 ? metalc ? metalc18 A OD1 ASP 459 A ASP 428 1_555 I CA CA . A CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.258 ? metalc ? metalc19 A OD1 ASN 461 A ASN 430 1_555 I CA CA . A CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc20 A OD1 ASP 465 A ASP 434 1_555 I CA CA . A CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? metalc ? metalc21 A OD2 ASP 465 A ASP 434 1_555 I CA CA . A CA 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? metalc ? metalc22 B OG SER 147 B SER 121 1_555 L MG MG . B MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.837 ? metalc ? metalc23 B O SER 149 B SER 123 1_555 M CA CA . B CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc24 B OD2 ASP 184 B ASP 158 1_555 N CA CA . B CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? metalc ? metalc25 B OD1 ASP 243 B ASP 217 1_555 N CA CA . B CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? metalc ? metalc26 B OD2 ASP 243 B ASP 217 1_555 N CA CA . B CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.182 ? metalc ? metalc27 B O PRO 245 B PRO 219 1_555 N CA CA . B CA 2003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc28 B OE2 GLU 246 B GLU 220 1_555 L MG MG . B MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.982 ? metalc ? metalc29 B OD2 ASP 277 B ASP 251 1_555 M CA CA . B CA 2002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.446 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8GCE _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code F 5 CA A 1 1101 2004 CA CA . G 5 CA A 1 1102 2005 CA CA . H 5 CA A 1 1103 2006 CA CA . I 5 CA A 1 1104 2007 CA CA . J 6 NAG A 1 1105 3015 NAG NAG . K 6 NAG A 1 1106 3570 NAG NAG . L 7 MG B 1 2001 2001 MG MG . M 5 CA B 1 2002 2002 CA CA . N 5 CA B 1 2003 2003 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id I _atom_site.label_entity_id 5 _atom_site.Cartn_x 164.1 _atom_site.Cartn_y 137.163 _atom_site.Cartn_z 174.468 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 20.74 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 1104 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 14 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 30 _model_server_stats.query_time_ms 283 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 1 #