data_8GK3 # _model_server_result.job_id hvXEqxw5v80k-zYtIjPhrg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-18 15:42:13' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8gk3 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"HA","auth_seq_id":605}' # _entry.id 8GK3 # _exptl.entry_id 8GK3 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 368.488 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description '17-oxoandrost-5-en-3beta-yl hydrogen sulfate' _entity.pdbx_number_of_molecules 24 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 102.165 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 8GK3 _cell.length_a 114.516 _cell.length_b 219.381 _cell.length_c 130.447 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8GK3 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall 'P 2yb' _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 ? monomeric 1 author_defined_assembly 3 ? monomeric 1 author_defined_assembly 4 ? monomeric 1 author_defined_assembly 5 ? monomeric 1 author_defined_assembly 6 ? monomeric 1 author_defined_assembly 7 ? monomeric 1 author_defined_assembly 8 ? monomeric 1 author_defined_assembly 9 ? monomeric 1 author_defined_assembly 10 ? monomeric 1 author_defined_assembly 11 ? monomeric 1 author_defined_assembly 12 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,M,N,O,WA 1 1 B,P,Q,R,XA 2 1 C,S,T,U,V,W 3 1 D,X,Y,Z,AA,BA,CA 4 1 E,DA,EA,FA,GA,HA,YA 5 1 F,IA,ZA 6 1 G,JA,AB 7 1 H,KA,LA,MA,NA,BB 8 1 I,OA,PA,QA,CB 9 1 J,RA,SA,TA,DB 10 1 K,UA,EB 11 1 L,VA 12 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 N N N ? 3 O N N ? 3 Q N N ? 3 R N N ? 3 T N N ? 3 U N N ? 3 V N N ? 3 W N N ? 3 Y N N ? 3 Z N N ? 3 AA N N ? 3 BA N N ? 3 CA N N ? 3 EA N N ? 3 FA N N ? 3 GA N N ? 3 HA N N ? 3 LA N N ? 3 MA N N ? 3 NA N N ? 3 PA N N ? 3 QA N N ? 3 SA N N ? 3 TA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 421 A CYS 442 1_555 M FE HEM . A HEM 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.611 ? metalc ? metalc2 B SG CYS 421 B CYS 442 1_555 P FE HEM . B HEM 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.638 ? metalc ? metalc3 C SG CYS 421 C CYS 442 1_555 S FE HEM . C HEM 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.64 ? metalc ? metalc4 D SG CYS 421 D CYS 442 1_555 X FE HEM . D HEM 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.632 ? metalc ? metalc5 E SG CYS 421 E CYS 442 1_555 DA FE HEM . E HEM 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? metalc ? metalc6 H SG CYS 421 H CYS 442 1_555 KA FE HEM . H HEM 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.651 ? metalc ? metalc7 I SG CYS 421 I CYS 442 1_555 OA FE HEM . I HEM 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.697 ? metalc ? metalc8 K SG CYS 421 K CYS 442 1_555 UA FE HEM . K HEM 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.685 ? # _chem_comp.formula 'C19 H28 O5 S' _chem_comp.formula_weight 368.488 _chem_comp.id ZWY _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name '17-oxoandrost-5-en-3beta-yl hydrogen sulfate' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'Dehydroepiandrosterone sulfate;DHEA sulfate;DHEA-S' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag O23 S21 ZWY doub 458 n n C25 C15 ZWY sing 459 n n C17 C16 ZWY sing 460 n n C17 C18 ZWY sing 461 n n S21 O22 ZWY doub 462 n n S21 O20 ZWY sing 463 n n S21 O24 ZWY sing 464 n n C16 C15 ZWY sing 465 n n C04 C03 ZWY sing 466 n n C04 C05 ZWY sing 467 n n C01 C02 ZWY sing 468 n n O20 C18 ZWY sing 469 n n C15 C05 ZWY sing 470 n n C15 C14 ZWY sing 471 n n C03 C02 ZWY sing 472 n n C18 C19 ZWY sing 473 n n C05 C06 ZWY sing 474 n n C19 C14 ZWY sing 475 n n C02 C10 ZWY sing 476 n n C02 C07 ZWY sing 477 n n C14 C13 ZWY doub 478 n n C06 C07 ZWY sing 479 n n C06 C12 ZWY sing 480 n n O11 C10 ZWY doub 481 n n C10 C09 ZWY sing 482 n n C07 C08 ZWY sing 483 n n C13 C12 ZWY sing 484 n n C08 C09 ZWY sing 485 n n C01 H1 ZWY sing 486 n n C01 H2 ZWY sing 487 n n C01 H3 ZWY sing 488 n n C03 H4 ZWY sing 489 n n C03 H5 ZWY sing 490 n n C04 H6 ZWY sing 491 n n C04 H7 ZWY sing 492 n n C05 H8 ZWY sing 493 n n C06 H9 ZWY sing 494 n n C07 H10 ZWY sing 495 n n C08 H11 ZWY sing 496 n n C08 H12 ZWY sing 497 n n C09 H13 ZWY sing 498 n n C09 H14 ZWY sing 499 n n C12 H15 ZWY sing 500 n n C12 H16 ZWY sing 501 n n C13 H17 ZWY sing 502 n n C16 H18 ZWY sing 503 n n C16 H19 ZWY sing 504 n n C17 H20 ZWY sing 505 n n C17 H21 ZWY sing 506 n n C18 H22 ZWY sing 507 n n C19 H23 ZWY sing 508 n n C19 H24 ZWY sing 509 n n C25 H25 ZWY sing 510 n n C25 H26 ZWY sing 511 n n C25 H27 ZWY sing 512 n n O24 H28 ZWY sing 513 n n # _atom_sites.entry_id 8GK3 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008732 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001882 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004558 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007842 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 2 HEM A 1 601 601 HEM HEM . N 3 ZWY A 1 602 703 ZWY LIG . O 3 ZWY A 1 603 702 ZWY LIG . P 2 HEM B 1 601 601 HEM HEM . Q 3 ZWY B 1 602 702 ZWY LIG . R 3 ZWY B 1 603 703 ZWY LIG . S 2 HEM C 1 601 601 HEM HEM . T 3 ZWY C 1 602 701 ZWY LIG . U 3 ZWY C 1 603 702 ZWY LIG . V 3 ZWY C 1 604 703 ZWY LIG . W 3 ZWY C 1 605 704 ZWY LIG . X 2 HEM D 1 601 601 HEM HEM . Y 3 ZWY D 1 602 701 ZWY LIG . Z 3 ZWY D 1 603 702 ZWY LIG . AA 3 ZWY D 1 604 703 ZWY LIG . BA 3 ZWY D 1 605 704 ZWY LIG . CA 3 ZWY D 1 606 703 ZWY LIG . DA 2 HEM E 1 601 601 HEM HEM . EA 3 ZWY E 1 602 701 ZWY LIG . FA 3 ZWY E 1 603 702 ZWY LIG . GA 3 ZWY E 1 604 703 ZWY LIG . HA 3 ZWY E 1 605 704 ZWY LIG . IA 2 HEM F 1 601 601 HEM HEM . JA 2 HEM G 1 601 601 HEM HEM . KA 2 HEM H 1 601 601 HEM HEM . LA 3 ZWY H 1 602 701 ZWY LIG . MA 3 ZWY H 1 603 702 ZWY LIG . NA 3 ZWY H 1 604 704 ZWY LIG . OA 2 HEM I 1 601 601 HEM HEM . PA 3 ZWY I 1 602 701 ZWY LIG . QA 3 ZWY I 1 603 704 ZWY LIG . RA 2 HEM J 1 601 601 HEM HEM . SA 3 ZWY J 1 602 701 ZWY LIG . TA 3 ZWY J 1 603 704 ZWY LIG . UA 2 HEM K 1 601 601 HEM HEM . VA 2 HEM L 1 601 601 HEM HEM . WA 4 HOH A 1 701 7 HOH HOH . WA 4 HOH A 2 702 35 HOH HOH . WA 4 HOH A 3 703 36 HOH HOH . WA 4 HOH A 4 704 21 HOH HOH . WA 4 HOH A 5 705 22 HOH HOH . XA 4 HOH B 1 701 16 HOH HOH . XA 4 HOH B 2 702 13 HOH HOH . XA 4 HOH B 3 703 2 HOH HOH . XA 4 HOH B 4 704 24 HOH HOH . XA 4 HOH B 5 705 38 HOH HOH . XA 4 HOH B 6 706 37 HOH HOH . XA 4 HOH B 7 707 23 HOH HOH . YA 4 HOH E 1 701 5 HOH HOH . YA 4 HOH E 2 702 3 HOH HOH . ZA 4 HOH F 1 701 39 HOH HOH . ZA 4 HOH F 2 702 27 HOH HOH . ZA 4 HOH F 3 703 25 HOH HOH . ZA 4 HOH F 4 704 26 HOH HOH . AB 4 HOH G 1 701 31 HOH HOH . AB 4 HOH G 2 702 40 HOH HOH . AB 4 HOH G 3 703 30 HOH HOH . AB 4 HOH G 4 704 29 HOH HOH . AB 4 HOH G 5 705 28 HOH HOH . BB 4 HOH H 1 701 9 HOH HOH . BB 4 HOH H 2 702 11 HOH HOH . CB 4 HOH I 1 701 10 HOH HOH . DB 4 HOH J 1 701 12 HOH HOH . EB 4 HOH K 1 701 17 HOH HOH . EB 4 HOH K 2 702 41 HOH HOH . EB 4 HOH K 3 703 33 HOH HOH . EB 4 HOH K 4 704 42 HOH HOH . EB 4 HOH K 5 705 32 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C01 ZWY . . . HA 3 -29.096 56.824 38.521 0.76 41.75 ? C01 ZWY 605 E 1 HETATM 2 C C02 ZWY . . . HA 3 -29.543 57.016 37.078 0.77 35.97 ? C02 ZWY 605 E 1 HETATM 3 C C03 ZWY . . . HA 3 -28.795 58.168 36.463 0.81 36.64 ? C03 ZWY 605 E 1 HETATM 4 C C04 ZWY . . . HA 3 -29.151 59.411 37.299 0.7 34.93 ? C04 ZWY 605 E 1 HETATM 5 C C05 ZWY . . . HA 3 -30.658 59.668 37.277 0.76 34.36 ? C05 ZWY 605 E 1 HETATM 6 C C06 ZWY . . . HA 3 -31.366 58.473 37.881 0.92 32.88 ? C06 ZWY 605 E 1 HETATM 7 C C07 ZWY . . . HA 3 -31.037 57.335 36.95 0.84 33.7 ? C07 ZWY 605 E 1 HETATM 8 C C08 ZWY . . . HA 3 -31.676 56.002 37.35 0.67 39.01 ? C08 ZWY 605 E 1 HETATM 9 C C09 ZWY . . . HA 3 -30.646 54.933 36.926 0.89 38.7 ? C09 ZWY 605 E 1 HETATM 10 C C10 ZWY . . . HA 3 -29.498 55.732 36.368 0.88 40.53 ? C10 ZWY 605 E 1 HETATM 11 C C12 ZWY . . . HA 3 -32.813 58.636 37.919 0.69 39.59 ? C12 ZWY 605 E 1 HETATM 12 C C13 ZWY . . . HA 3 -33.082 60.05 38.376 0.79 38.61 ? C13 ZWY 605 E 1 HETATM 13 C C14 ZWY . . . HA 3 -32.326 61.073 38.42 0.7 38.94 ? C14 ZWY 605 E 1 HETATM 14 C C15 ZWY . . . HA 3 -30.962 61.005 37.908 0.6 41.03 ? C15 ZWY 605 E 1 HETATM 15 C C16 ZWY . . . HA 3 -30.628 62.139 37.043 0.75 41.2 ? C16 ZWY 605 E 1 HETATM 16 C C17 ZWY . . . HA 3 -30.999 63.432 37.77 0.81 40.57 ? C17 ZWY 605 E 1 HETATM 17 C C18 ZWY . . . HA 3 -32.498 63.511 37.989 0.72 45.28 ? C18 ZWY 605 E 1 HETATM 18 C C19 ZWY . . . HA 3 -32.923 62.366 38.968 0.86 40.61 ? C19 ZWY 605 E 1 HETATM 19 C C25 ZWY . . . HA 3 -30.628 60.965 39.291 0.74 41.51 ? C25 ZWY 605 E 1 HETATM 20 O O11 ZWY . . . HA 3 -28.732 55.385 35.516 0.85 51.42 ? O11 ZWY 605 E 1 HETATM 21 O O20 ZWY . . . HA 3 -32.717 64.713 38.686 0.81 56.5 ? O20 ZWY 605 E 1 HETATM 22 O O22 ZWY . . . HA 3 -33.976 66.616 39.005 0.85 63.14 ? O22 ZWY 605 E 1 HETATM 23 O O23 ZWY . . . HA 3 -33.071 66.041 36.708 0.99 46.15 ? O23 ZWY 605 E 1 HETATM 24 O O24 ZWY . . . HA 3 -34.998 64.943 37.705 0.91 46.75 -1 O24 ZWY 605 E 1 HETATM 25 S S21 ZWY . . . HA 3 -33.669 65.66 37.958 0.89 85.99 ? S21 ZWY 605 E 1 HETATM 26 H H1 ZWY . . . HA 3 -28.679 55.832 38.641 1 50.1 ? H1 ZWY 605 E 1 HETATM 27 H H2 ZWY . . . HA 3 -28.345 57.564 38.768 1 50.1 ? H2 ZWY 605 E 1 HETATM 28 H H3 ZWY . . . HA 3 -29.947 56.94 39.181 0.96 50.1 ? H3 ZWY 605 E 1 HETATM 29 H H4 ZWY . . . HA 3 -29.109 58.309 35.436 1 43.97 ? H4 ZWY 605 E 1 HETATM 30 H H5 ZWY . . . HA 3 -27.729 57.984 36.507 1 43.97 ? H5 ZWY 605 E 1 HETATM 31 H H6 ZWY . . . HA 3 -28.637 60.272 36.891 0.98 41.92 ? H6 ZWY 605 E 1 HETATM 32 H H7 ZWY . . . HA 3 -28.832 59.255 38.322 1 41.92 ? H7 ZWY 605 E 1 HETATM 33 H H8 ZWY . . . HA 3 -31.042 59.781 36.271 0.99 41.24 ? H8 ZWY 605 E 1 HETATM 34 H H9 ZWY . . . HA 3 -31.029 58.333 38.901 1 39.46 ? H9 ZWY 605 E 1 HETATM 35 H H10 ZWY . . . HA 3 -31.252 57.592 35.92 0.99 40.44 ? H10 ZWY 605 E 1 HETATM 36 H H11 ZWY . . . HA 3 -32.606 55.857 36.814 1 46.81 ? H11 ZWY 605 E 1 HETATM 37 H H12 ZWY . . . HA 3 -31.831 55.968 38.421 0.93 46.81 ? H12 ZWY 605 E 1 HETATM 38 H H13 ZWY . . . HA 3 -31.062 54.284 36.166 1 46.45 ? H13 ZWY 605 E 1 HETATM 39 H H14 ZWY . . . HA 3 -30.325 54.354 37.783 1 46.45 ? H14 ZWY 605 E 1 HETATM 40 H H15 ZWY . . . HA 3 -33.177 57.984 38.703 1 47.51 ? H15 ZWY 605 E 1 HETATM 41 H H16 ZWY . . . HA 3 -33.158 58.572 36.895 1 47.51 ? H16 ZWY 605 E 1 HETATM 42 H H17 ZWY . . . HA 3 -32.92 59.632 39.362 0.94 46.34 ? H17 ZWY 605 E 1 HETATM 43 H H18 ZWY . . . HA 3 -29.566 62.133 36.831 1 49.44 ? H18 ZWY 605 E 1 HETATM 44 H H19 ZWY . . . HA 3 -31.187 62.068 36.119 0.97 49.44 ? H19 ZWY 605 E 1 HETATM 45 H H20 ZWY . . . HA 3 -30.683 64.278 37.172 1 48.69 ? H20 ZWY 605 E 1 HETATM 46 H H21 ZWY . . . HA 3 -30.499 63.456 38.73 0.98 48.69 ? H21 ZWY 605 E 1 HETATM 47 H H22 ZWY . . . HA 3 -33.036 63.439 37.051 1 54.34 ? H22 ZWY 605 E 1 HETATM 48 H H23 ZWY . . . HA 3 -32.533 62.563 39.96 1 48.74 ? H23 ZWY 605 E 1 HETATM 49 H H24 ZWY . . . HA 3 -34.003 62.29 39.004 1 48.74 ? H24 ZWY 605 E 1 HETATM 50 H H25 ZWY . . . HA 3 -31.323 60.319 39.812 1 49.82 ? H25 ZWY 605 E 1 HETATM 51 H H26 ZWY . . . HA 3 -30.684 61.964 39.705 1 49.82 ? H26 ZWY 605 E 1 HETATM 52 H H27 ZWY . . . HA 3 -29.622 60.583 39.408 1 49.82 ? H27 ZWY 605 E 1 # _model_server_stats.io_time_ms 42 _model_server_stats.parse_time_ms 29 _model_server_stats.create_model_time_ms 440 _model_server_stats.query_time_ms 306 _model_server_stats.encode_time_ms 9 _model_server_stats.element_count 52 #