data_8GMB # _model_server_result.job_id kapvMpaDF91OlQdki2pgyA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-22 09:24:32' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8gmb # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":701}' # _entry.id 8GMB # _exptl.entry_id 8GMB _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 664.796 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "2-[3'-(hydroxymethyl)-1-methyl-5-({5-[(2S)-2-methyl-4-(oxetan-3-yl)piperazin-1-yl]pyridin-2-yl}amino)-6-oxo[1,6-dihydro[3,4'-bipyridine]]-2'-yl]-7,7-dimethyl-3,4,7,8-tetrahydro-2H-cyclopenta[4,5]pyrrolo[1,2-a]pyrazin-1(6H)-one" _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 8GMB _cell.length_a 125.718 _cell.length_b 125.718 _cell.length_c 110.091 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8GMB _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 152 _symmetry.space_group_name_Hall 'P 31 2"' _symmetry.space_group_name_H-M 'P 31 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 4_555 y,x,-z -0.5 0.866025 0 0.866025 0.5 0 0 0 -1 0 0 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 2 _struct_asym.id B _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # _chem_comp.formula 'C37 H44 N8 O4' _chem_comp.formula_weight 664.796 _chem_comp.id 9AJ _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "2-[3'-(hydroxymethyl)-1-methyl-5-({5-[(2S)-2-methyl-4-(oxetan-3-yl)piperazin-1-yl]pyridin-2-yl}amino)-6-oxo[1,6-dihydro[3,4'-bipyridine]]-2'-yl]-7,7-dimethyl-3,4,7,8-tetrahydro-2H-cyclopenta[4,5]pyrrolo[1,2-a]pyrazin-1(6H)-one" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C45 O44 9AJ sing 1 n n C45 C42 9AJ sing 2 n n O44 C43 9AJ sing 3 n n C43 C42 9AJ sing 4 n n C42 N37 9AJ sing 5 n n C38 N37 9AJ sing 6 n n C38 C39 9AJ sing 7 n n N37 C36 9AJ sing 8 n n C41 C39 9AJ sing 9 n n C39 N34 9AJ sing 10 n n C36 C35 9AJ sing 11 n n N34 C35 9AJ sing 12 n n N34 C31 9AJ sing 13 n n C30 C31 9AJ doub 14 n y C30 C29 9AJ sing 15 n y C31 C32 9AJ sing 16 n y C29 C28 9AJ doub 17 n y C32 N33 9AJ doub 18 n y C28 N33 9AJ sing 19 n y C28 N27 9AJ sing 20 n n N27 C26 9AJ sing 21 n n C26 C25 9AJ doub 22 n n C26 C46 9AJ sing 23 n n O47 C46 9AJ doub 24 n n C25 C24 9AJ sing 25 n n C46 N48 9AJ sing 26 n n N48 C50 9AJ sing 27 n n N48 C49 9AJ sing 28 n n C24 C50 9AJ doub 29 n n C24 C20 9AJ sing 30 n n C19 C20 9AJ doub 31 n y C19 C18 9AJ sing 32 n y C20 C21 9AJ sing 33 n y C18 N17 9AJ doub 34 n y C21 C22 9AJ sing 35 n n C21 C16 9AJ doub 36 n y N17 C16 9AJ sing 37 n y C22 O23 9AJ sing 38 n n C16 N15 9AJ sing 39 n n C14 N15 9AJ sing 40 n n C14 C13 9AJ sing 41 n n N15 C2 9AJ sing 42 n n C13 N12 9AJ sing 43 n n C2 O1 9AJ doub 44 n n C2 C3 9AJ sing 45 n n N12 C3 9AJ sing 46 n y N12 C11 9AJ sing 47 n y C3 C4 9AJ doub 48 n y C11 C10 9AJ sing 49 n n C11 C5 9AJ doub 50 n y C10 C7 9AJ sing 51 n n C4 C5 9AJ sing 52 n y C5 C6 9AJ sing 53 n n C7 C8 9AJ sing 54 n n C7 C6 9AJ sing 55 n n C7 C9 9AJ sing 56 n n C4 H1 9AJ sing 57 n n C14 H2 9AJ sing 58 n n C14 H3 9AJ sing 59 n n C6 H4 9AJ sing 60 n n C6 H5 9AJ sing 61 n n C8 H6 9AJ sing 62 n n C8 H7 9AJ sing 63 n n C8 H8 9AJ sing 64 n n C9 H9 9AJ sing 65 n n C9 H10 9AJ sing 66 n n C9 H11 9AJ sing 67 n n C10 H12 9AJ sing 68 n n C10 H13 9AJ sing 69 n n C13 H14 9AJ sing 70 n n C13 H15 9AJ sing 71 n n N27 H16 9AJ sing 72 n n C32 H17 9AJ sing 73 n n C39 H18 9AJ sing 74 n n C41 H19 9AJ sing 75 n n C41 H20 9AJ sing 76 n n C41 H21 9AJ sing 77 n n C38 H22 9AJ sing 78 n n C38 H23 9AJ sing 79 n n C42 H25 9AJ sing 80 n n C45 H26 9AJ sing 81 n n C45 H27 9AJ sing 82 n n C43 H28 9AJ sing 83 n n C43 H29 9AJ sing 84 n n C36 H30 9AJ sing 85 n n C36 H31 9AJ sing 86 n n C35 H32 9AJ sing 87 n n C35 H33 9AJ sing 88 n n C30 H34 9AJ sing 89 n n C29 H35 9AJ sing 90 n n C25 H36 9AJ sing 91 n n C49 H37 9AJ sing 92 n n C49 H38 9AJ sing 93 n n C49 H39 9AJ sing 94 n n C50 H40 9AJ sing 95 n n C19 H41 9AJ sing 96 n n C18 H42 9AJ sing 97 n n C22 H43 9AJ sing 98 n n C22 H44 9AJ sing 99 n n O23 H45 9AJ sing 100 n n # _atom_sites.entry_id 8GMB _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.007954 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.004592 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.009185 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.009083 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id B _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id 2 _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id 9AJ _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id A _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num 1 _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num 701 _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num 701 _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id 9AJ _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id 9AJ _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C4 9AJ . . . B 2 10.344 -55.359 40.419 1 122.41 ? C4 9AJ 701 A 1 HETATM 2 C C14 9AJ . . . B 2 11.339 -56.659 36.54 1 136.46 ? C14 9AJ 701 A 1 HETATM 3 C C5 9AJ . . . B 2 10.352 -54.011 40.228 1 124.61 ? C5 9AJ 701 A 1 HETATM 4 C C6 9AJ . . . B 2 10.298 -52.64 40.959 1 126.28 ? C6 9AJ 701 A 1 HETATM 5 C C11 9AJ . . . B 2 10.444 -53.767 38.848 1 134.39 ? C11 9AJ 701 A 1 HETATM 6 C C7 9AJ . . . B 2 10.178 -51.57 39.925 1 149.28 ? C7 9AJ 701 A 1 HETATM 7 C C8 9AJ . . . B 2 11.204 -50.466 40.177 1 172.27 ? C8 9AJ 701 A 1 HETATM 8 C C9 9AJ . . . B 2 8.765 -50.996 39.936 1 156.51 ? C9 9AJ 701 A 1 HETATM 9 C C10 9AJ . . . B 2 10.452 -52.235 38.62 1 154.35 ? C10 9AJ 701 A 1 HETATM 10 C C13 9AJ . . . B 2 10.589 -55.385 36.812 1 148.62 ? C13 9AJ 701 A 1 HETATM 11 C C3 9AJ . . . B 2 10.438 -55.972 39.161 1 115.49 ? C3 9AJ 701 A 1 HETATM 12 O O47 9AJ . . . B 2 5.278 -63.839 33.954 1 78.37 ? O47 9AJ 701 A 1 HETATM 13 C C46 9AJ . . . B 2 6.218 -63.259 34.381 1 71.87 ? C46 9AJ 701 A 1 HETATM 14 C C26 9AJ . . . B 2 7.525 -63.242 33.588 1 87.22 ? C26 9AJ 701 A 1 HETATM 15 N N27 9AJ . . . B 2 7.562 -63.944 32.311 1 94.05 ? N27 9AJ 701 A 1 HETATM 16 C C28 9AJ . . . B 2 8.783 -64.488 31.721 1 90 ? C28 9AJ 701 A 1 HETATM 17 N N33 9AJ . . . B 2 9.968 -63.844 31.828 1 115.16 ? N33 9AJ 701 A 1 HETATM 18 C C32 9AJ . . . B 2 11.083 -64.363 31.265 1 131.73 ? C32 9AJ 701 A 1 HETATM 19 C C31 9AJ . . . B 2 11.018 -65.557 30.563 1 131.22 ? C31 9AJ 701 A 1 HETATM 20 N N34 9AJ . . . B 2 12.231 -66.099 29.957 1 146.82 ? N34 9AJ 701 A 1 HETATM 21 C C39 9AJ . . . B 2 12.085 -66.211 28.514 1 146.63 ? C39 9AJ 701 A 1 HETATM 22 C C41 9AJ . . . B 2 11.785 -64.823 27.922 1 153.57 ? C41 9AJ 701 A 1 HETATM 23 C C38 9AJ . . . B 2 13.361 -66.759 27.864 1 156.72 ? C38 9AJ 701 A 1 HETATM 24 N N37 9AJ . . . B 2 13.791 -68.015 28.457 1 168.35 ? N37 9AJ 701 A 1 HETATM 25 C C42 9AJ . . . B 2 15.106 -68.385 27.908 1 178.45 ? C42 9AJ 701 A 1 HETATM 26 C C45 9AJ . . . B 2 15.071 -68.742 26.486 1 187.25 ? C45 9AJ 701 A 1 HETATM 27 O O44 9AJ . . . B 2 15.474 -70.092 26.806 1 169.31 ? O44 9AJ 701 A 1 HETATM 28 C C43 9AJ . . . B 2 15.508 -69.735 28.228 1 187.85 ? C43 9AJ 701 A 1 HETATM 29 C C36 9AJ . . . B 2 13.877 -67.933 29.911 1 167.13 ? C36 9AJ 701 A 1 HETATM 30 C C35 9AJ . . . B 2 12.603 -67.369 30.552 1 160.54 ? C35 9AJ 701 A 1 HETATM 31 C C30 9AJ . . . B 2 9.831 -66.201 30.446 1 115.14 ? C30 9AJ 701 A 1 HETATM 32 C C29 9AJ . . . B 2 8.715 -65.678 31.014 1 93.17 ? C29 9AJ 701 A 1 HETATM 33 C C25 9AJ . . . B 2 8.704 -62.505 34.127 1 85.05 ? C25 9AJ 701 A 1 HETATM 34 N N48 9AJ . . . B 2 6.129 -62.55 35.692 1 76.39 ? N48 9AJ 701 A 1 HETATM 35 C C49 9AJ . . . B 2 4.892 -62.568 36.445 1 99.51 ? C49 9AJ 701 A 1 HETATM 36 C C50 9AJ . . . B 2 7.315 -61.825 36.223 1 99.27 ? C50 9AJ 701 A 1 HETATM 37 C C24 9AJ . . . B 2 8.617 -61.795 35.431 1 87.54 ? C24 9AJ 701 A 1 HETATM 38 C C20 9AJ . . . B 2 9.843 -61.056 35.966 1 114.59 ? C20 9AJ 701 A 1 HETATM 39 C C19 9AJ . . . B 2 11.02 -61.726 35.99 1 131.07 ? C19 9AJ 701 A 1 HETATM 40 C C18 9AJ . . . B 2 12.169 -61.118 36.464 1 139.25 ? C18 9AJ 701 A 1 HETATM 41 N N17 9AJ . . . B 2 12.123 -59.844 36.907 1 131.87 ? N17 9AJ 701 A 1 HETATM 42 C C21 9AJ . . . B 2 9.797 -59.767 36.413 1 124.55 ? C21 9AJ 701 A 1 HETATM 43 C C22 9AJ . . . B 2 8.499 -58.949 36.414 1 118.38 ? C22 9AJ 701 A 1 HETATM 44 O O23 9AJ . . . B 2 7.858 -59.101 37.65 1 129.04 ? O23 9AJ 701 A 1 HETATM 45 C C16 9AJ . . . B 2 10.955 -59.167 36.887 1 123.09 ? C16 9AJ 701 A 1 HETATM 46 N N15 9AJ . . . B 2 10.917 -57.8 37.365 1 117.81 ? N15 9AJ 701 A 1 HETATM 47 C C2 9AJ . . . B 2 10.468 -57.446 38.689 1 112.38 ? C2 9AJ 701 A 1 HETATM 48 O O1 9AJ . . . B 2 10.107 -58.3 39.427 1 109.2 ? O1 9AJ 701 A 1 HETATM 49 N N12 9AJ . . . B 2 10.488 -54.982 38.216 1 131.32 ? N12 9AJ 701 A 1 HETATM 50 H H1 9AJ . . . B 2 10.287 -55.797 41.237 1 147.62 ? H1 9AJ 701 A 1 HETATM 51 H H2 9AJ . . . B 2 12.282 -56.498 36.702 1 164.48 ? H2 9AJ 701 A 1 HETATM 52 H H3 9AJ . . . B 2 11.212 -56.894 35.607 1 164.48 ? H3 9AJ 701 A 1 HETATM 53 H H4 9AJ . . . B 2 11.112 -52.51 41.47 1 152.27 ? H4 9AJ 701 A 1 HETATM 54 H H5 9AJ . . . B 2 9.528 -52.613 41.548 1 152.27 ? H5 9AJ 701 A 1 HETATM 55 H H6 9AJ . . . B 2 11.135 -49.796 39.479 1 207.46 ? H6 9AJ 701 A 1 HETATM 56 H H7 9AJ . . . B 2 11.031 -50.055 41.038 1 207.46 ? H7 9AJ 701 A 1 HETATM 57 H H8 9AJ . . . B 2 12.096 -50.846 40.173 1 207.46 ? H8 9AJ 701 A 1 HETATM 58 H H9 9AJ . . . B 2 8.678 -50.336 39.23 1 188.55 ? H9 9AJ 701 A 1 HETATM 59 H H10 9AJ . . . B 2 8.124 -51.709 39.791 1 188.55 ? H10 9AJ 701 A 1 HETATM 60 H H11 9AJ . . . B 2 8.593 -50.576 40.793 1 188.55 ? H11 9AJ 701 A 1 HETATM 61 H H12 9AJ . . . B 2 11.322 -51.959 38.289 1 185.95 ? H12 9AJ 701 A 1 HETATM 62 H H13 9AJ . . . B 2 9.763 -51.996 37.98 1 185.95 ? H13 9AJ 701 A 1 HETATM 63 H H14 9AJ . . . B 2 11.026 -54.669 36.324 1 179.08 ? H14 9AJ 701 A 1 HETATM 64 H H15 9AJ . . . B 2 9.69 -55.484 36.462 1 179.08 ? H15 9AJ 701 A 1 HETATM 65 H H16 9AJ . . . B 2 6.824 -64.044 31.881 1 113.59 ? H16 9AJ 701 A 1 HETATM 66 H H17 9AJ . . . B 2 11.896 -63.918 31.349 1 158.81 ? H17 9AJ 701 A 1 HETATM 67 H H18 9AJ . . . B 2 11.34 -66.8 28.316 1 176.69 ? H18 9AJ 701 A 1 HETATM 68 H H19 9AJ . . . B 2 10.826 -64.678 27.907 1 185.01 ? H19 9AJ 701 A 1 HETATM 69 H H20 9AJ . . . B 2 12.206 -64.141 28.469 1 185.01 ? H20 9AJ 701 A 1 HETATM 70 H H21 9AJ . . . B 2 12.134 -64.774 27.018 1 185.01 ? H21 9AJ 701 A 1 HETATM 71 H H22 9AJ . . . B 2 14.07 -66.106 27.967 1 188.79 ? H22 9AJ 701 A 1 HETATM 72 H H23 9AJ . . . B 2 13.193 -66.902 26.919 1 188.79 ? H23 9AJ 701 A 1 HETATM 73 H H25 9AJ . . . B 2 15.798 -67.735 28.109 1 214.87 ? H25 9AJ 701 A 1 HETATM 74 H H26 9AJ . . . B 2 14.176 -68.698 26.114 1 225.43 ? H26 9AJ 701 A 1 HETATM 75 H H27 9AJ . . . B 2 15.738 -68.267 25.966 1 225.43 ? H27 9AJ 701 A 1 HETATM 76 H H28 9AJ . . . B 2 14.84 -70.209 28.747 1 226.15 ? H28 9AJ 701 A 1 HETATM 77 H H29 9AJ . . . B 2 16.402 -69.778 28.602 1 226.15 ? H29 9AJ 701 A 1 HETATM 78 H H30 9AJ . . . B 2 14.623 -67.36 30.147 1 201.29 ? H30 9AJ 701 A 1 HETATM 79 H H31 9AJ . . . B 2 14.033 -68.823 30.264 1 201.29 ? H31 9AJ 701 A 1 HETATM 80 H H32 9AJ . . . B 2 11.879 -68.002 30.427 1 193.37 ? H32 9AJ 701 A 1 HETATM 81 H H33 9AJ . . . B 2 12.756 -67.241 31.501 1 193.37 ? H33 9AJ 701 A 1 HETATM 82 H H34 9AJ . . . B 2 9.781 -67.002 29.976 1 138.9 ? H34 9AJ 701 A 1 HETATM 83 H H35 9AJ . . . B 2 7.902 -66.12 30.929 1 112.53 ? H35 9AJ 701 A 1 HETATM 84 H H36 9AJ . . . B 2 9.499 -62.489 33.645 1 102.79 ? H36 9AJ 701 A 1 HETATM 85 H H37 9AJ . . . B 2 4.474 -61.693 36.402 1 120.14 ? H37 9AJ 701 A 1 HETATM 86 H H38 9AJ . . . B 2 5.08 -62.791 37.37 1 120.14 ? H38 9AJ 701 A 1 HETATM 87 H H39 9AJ . . . B 2 4.293 -63.231 36.068 1 120.14 ? H39 9AJ 701 A 1 HETATM 88 H H40 9AJ . . . B 2 7.262 -61.389 37.042 1 119.86 ? H40 9AJ 701 A 1 HETATM 89 H H41 9AJ . . . B 2 11.057 -62.603 35.684 1 158.01 ? H41 9AJ 701 A 1 HETATM 90 H H42 9AJ . . . B 2 12.972 -61.587 36.478 1 167.83 ? H42 9AJ 701 A 1 HETATM 91 H H43 9AJ . . . B 2 8.706 -58.012 36.269 1 142.78 ? H43 9AJ 701 A 1 HETATM 92 H H44 9AJ . . . B 2 7.916 -59.264 35.705 1 142.78 ? H44 9AJ 701 A 1 HETATM 93 H H45 9AJ . . . B 2 8.442 -59.149 38.267 1 155.57 ? H45 9AJ 701 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 0 _model_server_stats.parse_time_ms 90 _model_server_stats.create_model_time_ms 15 _model_server_stats.query_time_ms 1100 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 93 #