data_8GVX
#
_model_server_result.job_id            X2c7YYHhcJCyoOpt3rnpGg 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-07-01 18:56:41' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8gvx 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":401}' 
#
_entry.id    8GVX 
#
_exptl.entry_id    8GVX 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          8 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8GVX 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8GVX 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    octameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      8 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 8 N N N 
? 8 O N N 
? 8 P N N 
? 8 Q N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 553 B CYS 553 1_555 A SG CYS 558 B CYS 558 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf2 F SG CYS 553 A CYS 553 1_555 F SG CYS 558 A CYS 558 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf3 G SG CYS 553 C CYS 553 1_555 G SG CYS 558 C CYS 558 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf4 H SG CYS 553 D CYS 553 1_555 H SG CYS 558 D CYS 558 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
metalc ? metalc1 A ND1 HIS 172 B HIS 172 1_555 K ZN ZN . B ZN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 176 B CYS 176 1_555 K ZN ZN . B ZN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 178 B CYS 178 1_555 K ZN ZN . B ZN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 181 B CYS 181 1_555 K ZN ZN . B ZN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc5 A OE2 GLU 418 B GLU 418 1_555 L CA CA . B CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.72 ? 
metalc ? metalc6 A OE1 GLU 421 B GLU 421 1_555 L CA CA . B CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.059 ? 
metalc ? metalc7 A OD1 ASN 436 B ASN 436 1_555 L CA CA . B CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.539 ? 
metalc ? metalc8 A OD2 ASP 439 B ASP 439 1_555 L CA CA . B CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.674 ? 
metalc ? metalc9 F ND1 HIS 172 A HIS 172 1_555 T ZN ZN . A ZN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? 
metalc ? metalc10 F SG CYS 176 A CYS 176 1_555 T ZN ZN . A ZN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc11 F SG CYS 178 A CYS 178 1_555 T ZN ZN . A ZN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc12 F SG CYS 181 A CYS 181 1_555 T ZN ZN . A ZN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc13 F OE2 GLU 418 A GLU 418 1_555 U CA CA . A CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.72 ? 
metalc ? metalc14 F OE1 GLU 421 A GLU 421 1_555 U CA CA . A CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.059 ? 
metalc ? metalc15 F OD1 ASN 436 A ASN 436 1_555 U CA CA . A CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.539 ? 
metalc ? metalc16 F OD2 ASP 439 A ASP 439 1_555 U CA CA . A CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.674 ? 
metalc ? metalc17 G ND1 HIS 172 C HIS 172 1_555 Y ZN ZN . C ZN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? 
metalc ? metalc18 G SG CYS 176 C CYS 176 1_555 Y ZN ZN . C ZN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc19 G SG CYS 178 C CYS 178 1_555 Y ZN ZN . C ZN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc20 G SG CYS 181 C CYS 181 1_555 Y ZN ZN . C ZN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc21 G OE2 GLU 418 C GLU 418 1_555 Z CA CA . C CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.72 ? 
metalc ? metalc22 G OE1 GLU 421 C GLU 421 1_555 Z CA CA . C CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.059 ? 
metalc ? metalc23 G OD1 ASN 436 C ASN 436 1_555 Z CA CA . C CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.539 ? 
metalc ? metalc24 G OD2 ASP 439 C ASP 439 1_555 Z CA CA . C CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.674 ? 
metalc ? metalc25 H ND1 HIS 172 D HIS 172 1_555 DA ZN ZN . D ZN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.062 ? 
metalc ? metalc26 H SG CYS 176 D CYS 176 1_555 DA ZN ZN . D ZN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? 
metalc ? metalc27 H SG CYS 178 D CYS 178 1_555 DA ZN ZN . D ZN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc28 H SG CYS 181 D CYS 181 1_555 DA ZN ZN . D ZN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc29 H OE2 GLU 418 D GLU 418 1_555 EA CA CA . D CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.72 ? 
metalc ? metalc30 H OE1 GLU 421 D GLU 421 1_555 EA CA CA . D CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.059 ? 
metalc ? metalc31 H OD1 ASN 436 D ASN 436 1_555 EA CA CA . D CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.539 ? 
metalc ? metalc32 H OD2 ASP 439 D ASP 439 1_555 EA CA CA . D CA 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.675 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 129 n n 
PG O2G GTP sing 130 n n 
PG O3G GTP sing 131 n n 
PG O3B GTP sing 132 n n 
O2G HOG2 GTP sing 133 n n 
O3G HOG3 GTP sing 134 n n 
O3B PB GTP sing 135 n n 
PB O1B GTP doub 136 n n 
PB O2B GTP sing 137 n n 
PB O3A GTP sing 138 n n 
O2B HOB2 GTP sing 139 n n 
O3A PA GTP sing 140 n n 
PA O1A GTP doub 141 n n 
PA O2A GTP sing 142 n n 
PA O5' GTP sing 143 n n 
O2A HOA2 GTP sing 144 n n 
O5' C5' GTP sing 145 n n 
C5' C4' GTP sing 146 n n 
C5' H5' GTP sing 147 n n 
C5' "H5''" GTP sing 148 n n 
C4' O4' GTP sing 149 n n 
C4' C3' GTP sing 150 n n 
C4' H4' GTP sing 151 n n 
O4' C1' GTP sing 152 n n 
C3' O3' GTP sing 153 n n 
C3' C2' GTP sing 154 n n 
C3' H3' GTP sing 155 n n 
O3' HO3' GTP sing 156 n n 
C2' O2' GTP sing 157 n n 
C2' C1' GTP sing 158 n n 
C2' H2' GTP sing 159 n n 
O2' HO2' GTP sing 160 n n 
C1' N9 GTP sing 161 n n 
C1' H1' GTP sing 162 n n 
N9 C8 GTP sing 163 n y 
N9 C4 GTP sing 164 n y 
C8 N7 GTP doub 165 n y 
C8 H8 GTP sing 166 n n 
N7 C5 GTP sing 167 n y 
C5 C6 GTP sing 168 n n 
C5 C4 GTP doub 169 n y 
C6 O6 GTP doub 170 n n 
C6 N1 GTP sing 171 n n 
N1 C2 GTP sing 172 n n 
N1 HN1 GTP sing 173 n n 
C2 N2 GTP sing 174 n n 
C2 N3 GTP doub 175 n n 
N2 HN21 GTP sing 176 n n 
N2 HN22 GTP sing 177 n n 
N3 C4 GTP sing 178 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     8GVX 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 3 PTY B 1 801 801 PTY PTY . 
J 4 Y01 B 1 802 803 Y01 Y01 . 
K 5 ZN B 1 803 804 ZN ZN . 
L 6 CA B 1 804 805 CA CA . 
M 7 YZY B 1 805 806 YZY YZY . 
N 8 GTP F 1 401 401 GTP GTP . 
O 8 GTP E 1 401 401 GTP GTP . 
P 8 GTP G 1 401 401 GTP GTP . 
Q 8 GTP H 1 401 401 GTP GTP . 
R 3 PTY A 1 801 801 PTY PTY . 
S 4 Y01 A 1 802 803 Y01 Y01 . 
T 5 ZN A 1 803 804 ZN ZN . 
U 6 CA A 1 804 805 CA CA . 
V 7 YZY A 1 805 806 YZY YZY . 
W 3 PTY C 1 801 801 PTY PTY . 
X 4 Y01 C 1 802 803 Y01 Y01 . 
Y 5 ZN C 1 803 804 ZN ZN . 
Z 6 CA C 1 804 805 CA CA . 
AA 7 YZY C 1 805 806 YZY YZY . 
BA 3 PTY D 1 801 801 PTY PTY . 
CA 4 Y01 D 1 802 803 Y01 Y01 . 
DA 5 ZN D 1 803 804 ZN ZN . 
EA 6 CA D 1 804 805 CA CA . 
FA 7 YZY D 1 805 806 YZY YZY . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . P 8 145.38 211.344 108.993 1 10.91 ? PG GTP 401 G 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . P 8 145.127 211.257 110.472 1 11.29 ? O1G GTP 401 G 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . P 8 146.093 210.145 108.445 1 11.49 ? O2G GTP 401 G 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . P 8 146.007 212.649 108.584 1 12.89 ? O3G GTP 401 G 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . P 8 143.94 211.326 108.32 1 9.08 ? O3B GTP 401 G 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . P 8 142.568 211.685 109.042 1 9.23 ? PB GTP 401 G 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . P 8 142.725 213.02 109.681 1 9.5 ? O1B GTP 401 G 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . P 8 142.12 210.514 109.854 1 9.67 ? O2B GTP 401 G 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . P 8 141.619 211.823 107.77 1 9.59 ? O3A GTP 401 G 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . P 8 141.461 213.097 106.827 1 10.05 ? PA GTP 401 G 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . P 8 141.107 214.261 107.689 1 11.09 ? O1A GTP 401 G 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . P 8 142.656 213.186 105.944 1 10.96 ? O2A GTP 401 G 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . P 8 140.193 212.653 105.963 1 10.35 ? O5' GTP 401 G 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . P 8 140.373 211.507 105.102 1 10.58 ? C5' GTP 401 G 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . P 8 140.185 211.929 103.668 1 10.57 ? C4' GTP 401 G 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . P 8 138.902 211.449 103.204 1 10.07 ? O4' GTP 401 G 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . P 8 140.124 213.436 103.401 1 11.5 ? C3' GTP 401 G 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . P 8 140.427 213.721 102.043 1 13 ? O3' GTP 401 G 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . P 8 138.665 213.75 103.723 1 11.14 ? C2' GTP 401 G 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . P 8 138.198 214.871 103.005 1 13.4 ? O2' GTP 401 G 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . P 8 137.951 212.485 103.252 1 10.32 ? C1' GTP 401 G 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . P 8 136.876 212.058 104.138 1 9.79 ? N9 GTP 401 G 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . P 8 136.99 211.612 105.428 1 10.04 ? C8 GTP 401 G 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . P 8 135.844 211.285 105.968 1 9.9 ? N7 GTP 401 G 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . P 8 134.916 211.529 104.966 1 9.58 ? C5 GTP 401 G 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . P 8 133.512 211.362 104.968 1 9.71 ? C6 GTP 401 G 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . P 8 132.791 210.951 105.889 1 10 ? O6 GTP 401 G 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . P 8 132.957 211.727 103.743 1 9.66 ? N1 GTP 401 G 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . P 8 133.659 212.192 102.66 1 10.25 ? C2 GTP 401 G 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . P 8 132.946 212.495 101.568 1 11.78 ? N2 GTP 401 G 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . P 8 134.98 212.354 102.651 1 10.08 ? N3 GTP 401 G 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . P 8 135.537 212.004 103.835 1 9.67 ? C4 GTP 401 G 1 
HETATM 33 H H5' GTP . . . P 8 141.282 211.137 105.221 1 12.69 ? H5' GTP 401 G 1 
HETATM 34 H "H5''" GTP . . . P 8 139.716 210.806 105.332 1 12.69 ? "H5''" GTP 401 G 1 
HETATM 35 H H4' GTP . . . P 8 140.895 211.526 103.126 1 12.69 ? H4' GTP 401 G 1 
HETATM 36 H H3' GTP . . . P 8 140.735 213.933 104.005 1 13.8 ? H3' GTP 401 G 1 
HETATM 37 H H2' GTP . . . P 8 138.538 213.885 104.698 1 13.37 ? H2' GTP 401 G 1 
HETATM 38 H HO2' GTP . . . P 8 137.355 214.918 103.087 1 16.08 ? HO2' GTP 401 G 1 
HETATM 39 H H1' GTP . . . P 8 137.588 212.643 102.354 1 12.39 ? H1' GTP 401 G 1 
HETATM 40 H H8 GTP . . . P 8 137.813 211.549 105.881 1 12.05 ? H8 GTP 401 G 1 
HETATM 41 H HN1 GTP . . . P 8 132.073 211.66 103.66 1 11.59 ? HN1 GTP 401 G 1 
HETATM 42 H HN21 GTP . . . P 8 132.872 211.909 100.919 1 14.14 ? HN21 GTP 401 G 1 
HETATM 43 H HN22 GTP . . . P 8 132.551 213.276 101.508 1 14.14 ? HN22 GTP 401 G 1 
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