data_8H3D
#
_model_server_result.job_id            7fsMPoV1fgpPmhPRARJ0Mw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-18 12:32:52' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          8h3d 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":1305}' 
#
_entry.id    8H3D 
#
_exptl.entry_id    8H3D 
_exptl.method      'ELECTRON MICROSCOPY' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              221.208 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 
_entity.pdbx_number_of_molecules    13 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            8H3D 
_cell.length_a            1 
_cell.length_b            1 
_cell.length_c            1 
_cell.Z_PDB               ? 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 8H3D 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    trimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      3 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    ? 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 D N N 
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
? 2 K N N 
? 2 L N N 
? 2 M N N 
? 2 N N N 
? 2 O N N 
? 2 P N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 291 A CYS 291 1_555 A SG CYS 301 A CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 336 A CYS 336 1_555 A SG CYS 361 A CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf3 A SG CYS 379 A CYS 379 1_555 A SG CYS 432 A CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf4 A SG CYS 391 A CYS 391 1_555 A SG CYS 525 A CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf5 A SG CYS 480 A CYS 480 1_555 A SG CYS 488 A CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf6 A SG CYS 538 A CYS 538 1_555 A SG CYS 590 A CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf7 A SG CYS 617 A CYS 617 1_555 A SG CYS 649 A CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf8 A SG CYS 662 A CYS 662 1_555 A SG CYS 671 A CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf9 A SG CYS 738 A CYS 738 1_555 A SG CYS 760 A CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf10 A SG CYS 743 A CYS 743 1_555 A SG CYS 749 A CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf11 A SG CYS 1032 A CYS 1032 1_555 A SG CYS 1043 A CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf12 A SG CYS 1082 A CYS 1082 1_555 A SG CYS 1126 A CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf13 B SG CYS 131 B CYS 131 1_555 B SG CYS 166 B CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf14 B SG CYS 291 B CYS 291 1_555 B SG CYS 301 B CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf15 B SG CYS 336 B CYS 336 1_555 B SG CYS 361 B CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf16 B SG CYS 379 B CYS 379 1_555 B SG CYS 432 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf17 B SG CYS 391 B CYS 391 1_555 B SG CYS 525 B CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf18 B SG CYS 480 B CYS 480 1_555 B SG CYS 488 B CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf19 B SG CYS 538 B CYS 538 1_555 B SG CYS 590 B CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf20 B SG CYS 617 B CYS 617 1_555 B SG CYS 649 B CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf21 B SG CYS 662 B CYS 662 1_555 B SG CYS 671 B CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf22 B SG CYS 738 B CYS 738 1_555 B SG CYS 760 B CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf23 B SG CYS 743 B CYS 743 1_555 B SG CYS 749 B CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf24 B SG CYS 1032 B CYS 1032 1_555 B SG CYS 1043 B CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf25 B SG CYS 1082 B CYS 1082 1_555 B SG CYS 1126 B CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf26 C SG CYS 131 C CYS 131 1_555 C SG CYS 166 C CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf27 C SG CYS 291 C CYS 291 1_555 C SG CYS 301 C CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf28 C SG CYS 336 C CYS 336 1_555 C SG CYS 361 C CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf29 C SG CYS 379 C CYS 379 1_555 C SG CYS 432 C CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf30 C SG CYS 391 C CYS 391 1_555 C SG CYS 525 C CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf31 C SG CYS 480 C CYS 480 1_555 C SG CYS 488 C CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? 
disulf ? disulf32 C SG CYS 538 C CYS 538 1_555 C SG CYS 590 C CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? 
disulf ? disulf33 C SG CYS 617 C CYS 617 1_555 C SG CYS 649 C CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
disulf ? disulf34 C SG CYS 662 C CYS 662 1_555 C SG CYS 671 C CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf35 C SG CYS 738 C CYS 738 1_555 C SG CYS 760 C CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf36 C SG CYS 743 C CYS 743 1_555 C SG CYS 749 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? 
disulf ? disulf37 C SG CYS 1032 C CYS 1032 1_555 C SG CYS 1043 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf38 C SG CYS 1082 C CYS 1082 1_555 C SG CYS 1126 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
covale ? covale1 A ND2 ASN 61 A ASN 61 1_555 D C1 NAG . A NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? 
covale ? covale2 A ND2 ASN 603 A ASN 603 1_555 E C1 NAG . A NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.45 ? 
covale ? covale3 A ND2 ASN 657 A ASN 657 1_555 F C1 NAG . A NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? 
covale ? covale4 B ND2 ASN 61 B ASN 61 1_555 G C1 NAG . B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? 
covale ? covale5 B ND2 ASN 331 B ASN 331 1_555 H C1 NAG . B NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? 
covale ? covale6 B ND2 ASN 343 B ASN 343 1_555 I C1 NAG . B NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.45 ? 
covale ? covale7 B ND2 ASN 603 B ASN 603 1_555 J C1 NAG . B NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? 
covale ? covale8 B ND2 ASN 657 B ASN 657 1_555 K C1 NAG . B NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? 
covale ? covale9 C ND2 ASN 61 C ASN 61 1_555 L C1 NAG . C NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? 
covale ? covale10 C ND2 ASN 331 C ASN 331 1_555 M C1 NAG . C NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? 
covale ? covale11 C ND2 ASN 343 C ASN 343 1_555 N C1 NAG . C NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? 
covale ? covale12 C ND2 ASN 603 C ASN 603 1_555 O C1 NAG . C NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.44 ? 
covale ? covale13 C ND2 ASN 657 C ASN 657 1_555 P C1 NAG . C NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? 
#
_chem_comp.formula           'C8 H15 N O6' 
_chem_comp.formula_weight    221.208 
_chem_comp.id                NAG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 
_chem_comp.type              'd-saccharide, beta linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 
NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 
NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
#
_atom_sites.entry_id                     8H3D 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    1 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    1 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 2 NAG A 1 1301 1145 NAG NAG . 
E 2 NAG A 1 1302 1148 NAG NAG . 
F 2 NAG A 1 1303 1149 NAG NAG . 
G 2 NAG B 1 1301 1145 NAG NAG . 
H 2 NAG B 1 1302 1146 NAG NAG . 
I 2 NAG B 1 1303 1147 NAG NAG . 
J 2 NAG B 1 1304 1148 NAG NAG . 
K 2 NAG B 1 1305 1149 NAG NAG . 
L 2 NAG C 1 1301 1145 NAG NAG . 
M 2 NAG C 1 1302 1146 NAG NAG . 
N 2 NAG C 1 1303 1147 NAG NAG . 
O 2 NAG C 1 1304 1148 NAG NAG . 
P 2 NAG C 1 1305 1149 NAG NAG . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C1 NAG . . . P 2 252.997 214.78 228.649 1 170.9 ? C1 NAG 1305 C 1 
HETATM 2 C C2 NAG . . . P 2 254.279 213.954 228.71 1 170.9 ? C2 NAG 1305 C 1 
HETATM 3 C C3 NAG . . . P 2 255.016 214.224 230.018 1 170.9 ? C3 NAG 1305 C 1 
HETATM 4 C C4 NAG . . . P 2 255.241 215.719 230.205 1 170.9 ? C4 NAG 1305 C 1 
HETATM 5 C C5 NAG . . . P 2 253.923 216.477 230.066 1 170.9 ? C5 NAG 1305 C 1 
HETATM 6 C C6 NAG . . . P 2 254.095 217.977 230.113 1 170.9 ? C6 NAG 1305 C 1 
HETATM 7 C C7 NAG . . . P 2 254.554 211.764 227.626 1 170.9 ? C7 NAG 1305 C 1 
HETATM 8 C C8 NAG . . . P 2 255.516 212.446 226.7 1 170.9 ? C8 NAG 1305 C 1 
HETATM 9 N N2 NAG . . . P 2 253.994 212.535 228.566 1 170.9 ? N2 NAG 1305 C 1 
HETATM 10 O O3 NAG . . . P 2 256.264 213.54 230.01 1 170.9 ? O3 NAG 1305 C 1 
HETATM 11 O O4 NAG . . . P 2 255.791 215.97 231.493 1 170.9 ? O4 NAG 1305 C 1 
HETATM 12 O O5 NAG . . . P 2 253.311 216.169 228.805 1 170.9 ? O5 NAG 1305 C 1 
HETATM 13 O O6 NAG . . . P 2 253.713 218.581 228.885 1 170.9 ? O6 NAG 1305 C 1 
HETATM 14 O O7 NAG . . . P 2 254.294 210.569 227.528 1 170.9 ? O7 NAG 1305 C 1 
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