data_8H58 # _model_server_result.job_id 6f1u_jQLVMvYwHNw-tRT0w _model_server_result.datetime_utc '2025-02-28 07:22:03' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 8h58 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"Z","auth_seq_id":301}' # _entry.id 8H58 # _exptl.entry_id 8H58 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 15 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 8H58 _cell.length_a 215.193 _cell.length_b 215.193 _cell.length_c 263.409 _cell.Z_PDB 144 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 8H58 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 146 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'H 3' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 1 PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 2 PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 3 PISA tetrameric 4 author_and_software_defined_assembly 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,Q,R,S,T,FA,GA,HA,IA 1 1 G,H,V,W,LA,MA 2 1 E,F,U,JA,KA 2 2 I,J,K,L,X,Y,Z,AA,NA,OA,PA,QA 3 1 M,N,BA,CA,RA,SA 4 1 O,P,DA,EA,TA,UA 4 3 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_545 -y,x-y-1,z -0.5 -0.866025 0 0.866025 -0.5 0 0 0 1 107.5965 -186.362605 0 3 'crystal symmetry operation' 2_555 -y,x-y,z -0.5 -0.866025 0 0.866025 -0.5 0 0 0 1 0 0 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 Q N N ? 2 R N N ? 2 S N N ? 2 T N N ? 2 U N N ? 2 V N N ? 2 W N N ? 2 X N N ? 2 Y N N ? 2 Z N N ? 2 AA N N ? 2 BA N N ? 2 CA N N ? 2 DA N N ? 2 EA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OG1 THR 18 A THR 109 1_555 R NA NA . A NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? metalc ? metalc2 A OG1 THR 40 A THR 131 1_555 R NA NA . A NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 139 A ASP 230 1_555 Q NA NA . A NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.368 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 139 A ASP 230 1_555 Q NA NA . A NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? metalc ? metalc5 Q NA NA . A NA 301 1_555 B OG1 THR 18 B THR 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.639 ? metalc ? metalc6 R NA NA . A NA 302 1_555 B OD2 ASP 139 B ASP 230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc7 C OG1 THR 18 C THR 109 1_555 S NA NA . C NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.618 ? metalc ? metalc8 C OG1 THR 40 C THR 131 1_555 S NA NA . C NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.769 ? metalc ? metalc9 C OD2 ASP 139 C ASP 230 1_555 T NA NA . D NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? metalc ? metalc10 S NA NA . C NA 301 1_555 D OD1 ASP 139 D ASP 230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.891 ? metalc ? metalc11 S NA NA . C NA 301 1_555 D OD2 ASP 139 D ASP 230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.083 ? metalc ? metalc12 D OG1 THR 18 D THR 109 1_555 T NA NA . D NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.891 ? metalc ? metalc13 D OG1 THR 40 D THR 131 1_555 T NA NA . D NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.946 ? metalc ? metalc14 F OG1 THR 18 F THR 109 1_555 U NA NA . F NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.734 ? metalc ? metalc15 F OG1 THR 40 F THR 131 1_555 U NA NA . F NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.89 ? metalc ? metalc16 G OG1 THR 12 G THR 103 1_555 V NA NA . G NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.914 ? metalc ? metalc17 G O VAL 16 G VAL 107 1_555 V NA NA . G NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.961 ? metalc ? metalc18 G OG1 THR 18 G THR 109 1_555 V NA NA . G NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? metalc ? metalc19 G OG1 THR 40 G THR 131 1_555 V NA NA . G NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.851 ? metalc ? metalc20 G OD2 ASP 139 G ASP 230 1_555 W NA NA . H NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.846 ? metalc ? metalc21 H OG1 THR 18 H THR 109 1_555 W NA NA . H NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? metalc ? metalc22 H OG1 THR 40 H THR 131 1_555 W NA NA . H NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.709 ? metalc ? metalc23 I OG1 THR 12 I THR 103 1_555 X NA NA . I NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.183 ? metalc ? metalc24 I O VAL 16 I VAL 107 1_555 X NA NA . I NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.688 ? metalc ? metalc25 I OG1 THR 18 I THR 109 1_555 X NA NA . I NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.887 ? metalc ? metalc26 J OG1 THR 12 J THR 103 1_555 Y NA NA . J NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.867 ? metalc ? metalc27 J OG1 THR 18 J THR 109 1_555 Y NA NA . J NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc28 J OG1 THR 40 J THR 131 1_555 Y NA NA . J NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? metalc ? metalc29 K OG1 THR 18 K THR 109 1_555 AA NA NA . L NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.782 ? metalc ? metalc30 K OG1 THR 40 K THR 131 1_555 AA NA NA . L NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.793 ? metalc ? metalc31 L OG1 THR 18 L THR 109 1_555 Z NA NA . L NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.911 ? metalc ? metalc32 L OG1 THR 40 L THR 131 1_555 Z NA NA . L NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? metalc ? metalc33 L OD2 ASP 139 L ASP 230 1_555 AA NA NA . L NA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? metalc ? metalc34 M OG1 THR 12 M THR 103 1_555 BA NA NA . M NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.025 ? metalc ? metalc35 M O VAL 16 M VAL 107 1_555 BA NA NA . M NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.708 ? metalc ? metalc36 M OG1 THR 18 M THR 109 1_555 BA NA NA . M NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.748 ? metalc ? metalc37 M OG1 THR 40 M THR 131 1_555 BA NA NA . M NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.155 ? metalc ? metalc38 M OD2 ASP 139 M ASP 230 1_555 CA NA NA . N NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.878 ? metalc ? metalc39 N OG1 THR 18 N THR 109 1_555 CA NA NA . N NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.083 ? metalc ? metalc40 N OG1 THR 40 N THR 131 1_555 CA NA NA . N NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.798 ? metalc ? metalc41 O OG1 THR 18 O THR 109 1_555 DA NA NA . O NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.145 ? metalc ? metalc42 O OG1 THR 40 O THR 131 1_555 DA NA NA . O NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.575 ? metalc ? metalc43 O OD2 ASP 139 O ASP 230 1_555 EA NA NA . P NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? metalc ? metalc44 DA NA NA . O NA 301 1_555 P OD2 ASP 139 P ASP 230 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.129 ? metalc ? metalc45 P OG1 THR 18 P THR 109 1_555 EA NA NA . P NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.874 ? metalc ? metalc46 P OG1 THR 40 P THR 131 1_555 EA NA NA . P NA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.078 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 8H58 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.004647 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.002683 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.005366 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.003796 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code Q 2 NA A 1 301 201 NA NA . R 2 NA A 1 302 202 NA NA . S 2 NA C 1 301 204 NA NA . T 2 NA D 1 301 203 NA NA . U 2 NA F 1 301 205 NA NA . V 2 NA G 1 301 207 NA NA . W 2 NA H 1 301 206 NA NA . X 2 NA I 1 301 209 NA NA . Y 2 NA J 1 301 208 NA NA . Z 2 NA L 1 301 210 NA NA . AA 2 NA L 1 302 211 NA NA . BA 2 NA M 1 301 213 NA NA . CA 2 NA N 1 301 212 NA NA . DA 2 NA O 1 301 215 NA NA . EA 2 NA P 1 301 214 NA NA . FA 3 HOH A 1 401 149 HOH HOH . FA 3 HOH A 2 402 173 HOH HOH . FA 3 HOH A 3 403 115 HOH HOH . FA 3 HOH A 4 404 155 HOH HOH . FA 3 HOH A 5 405 145 HOH HOH . FA 3 HOH A 6 406 143 HOH HOH . FA 3 HOH A 7 407 132 HOH HOH . FA 3 HOH A 8 408 157 HOH HOH . FA 3 HOH A 9 409 177 HOH HOH . FA 3 HOH A 10 410 190 HOH HOH . GA 3 HOH B 1 301 121 HOH HOH . GA 3 HOH B 2 302 114 HOH HOH . GA 3 HOH B 3 303 139 HOH HOH . GA 3 HOH B 4 304 103 HOH HOH . GA 3 HOH B 5 305 141 HOH HOH . GA 3 HOH B 6 306 176 HOH HOH . HA 3 HOH C 1 401 168 HOH HOH . HA 3 HOH C 2 402 131 HOH HOH . HA 3 HOH C 3 403 124 HOH HOH . HA 3 HOH C 4 404 113 HOH HOH . IA 3 HOH D 1 401 127 HOH HOH . IA 3 HOH D 2 402 134 HOH HOH . IA 3 HOH D 3 403 166 HOH HOH . IA 3 HOH D 4 404 187 HOH HOH . IA 3 HOH D 5 405 109 HOH HOH . IA 3 HOH D 6 406 191 HOH HOH . JA 3 HOH E 1 301 133 HOH HOH . JA 3 HOH E 2 302 194 HOH HOH . JA 3 HOH E 3 303 140 HOH HOH . JA 3 HOH E 4 304 172 HOH HOH . JA 3 HOH E 5 305 181 HOH HOH . KA 3 HOH F 1 401 151 HOH HOH . KA 3 HOH F 2 402 138 HOH HOH . KA 3 HOH F 3 403 192 HOH HOH . KA 3 HOH F 4 404 104 HOH HOH . LA 3 HOH G 1 401 171 HOH HOH . LA 3 HOH G 2 402 184 HOH HOH . LA 3 HOH G 3 403 128 HOH HOH . LA 3 HOH G 4 404 125 HOH HOH . LA 3 HOH G 5 405 148 HOH HOH . LA 3 HOH G 6 406 179 HOH HOH . LA 3 HOH G 7 407 185 HOH HOH . LA 3 HOH G 8 408 186 HOH HOH . MA 3 HOH H 1 401 122 HOH HOH . MA 3 HOH H 2 402 162 HOH HOH . MA 3 HOH H 3 403 183 HOH HOH . MA 3 HOH H 4 404 156 HOH HOH . MA 3 HOH H 5 405 182 HOH HOH . MA 3 HOH H 6 406 135 HOH HOH . NA 3 HOH I 1 401 159 HOH HOH . NA 3 HOH I 2 402 163 HOH HOH . NA 3 HOH I 3 403 174 HOH HOH . NA 3 HOH I 4 404 126 HOH HOH . NA 3 HOH I 5 405 119 HOH HOH . NA 3 HOH I 6 406 130 HOH HOH . NA 3 HOH I 7 407 101 HOH HOH . OA 3 HOH J 1 401 152 HOH HOH . OA 3 HOH J 2 402 106 HOH HOH . OA 3 HOH J 3 403 137 HOH HOH . PA 3 HOH K 1 301 117 HOH HOH . PA 3 HOH K 2 302 123 HOH HOH . PA 3 HOH K 3 303 116 HOH HOH . PA 3 HOH K 4 304 153 HOH HOH . PA 3 HOH K 5 305 102 HOH HOH . QA 3 HOH L 1 401 147 HOH HOH . QA 3 HOH L 2 402 154 HOH HOH . QA 3 HOH L 3 403 146 HOH HOH . QA 3 HOH L 4 404 170 HOH HOH . QA 3 HOH L 5 405 108 HOH HOH . QA 3 HOH L 6 406 175 HOH HOH . QA 3 HOH L 7 407 129 HOH HOH . QA 3 HOH L 8 408 144 HOH HOH . RA 3 HOH M 1 401 142 HOH HOH . RA 3 HOH M 2 402 164 HOH HOH . RA 3 HOH M 3 403 120 HOH HOH . RA 3 HOH M 4 404 161 HOH HOH . RA 3 HOH M 5 405 111 HOH HOH . SA 3 HOH N 1 401 165 HOH HOH . SA 3 HOH N 2 402 107 HOH HOH . SA 3 HOH N 3 403 105 HOH HOH . SA 3 HOH N 4 404 169 HOH HOH . TA 3 HOH O 1 401 136 HOH HOH . TA 3 HOH O 2 402 189 HOH HOH . TA 3 HOH O 3 403 110 HOH HOH . TA 3 HOH O 4 404 178 HOH HOH . TA 3 HOH O 5 405 118 HOH HOH . TA 3 HOH O 6 406 150 HOH HOH . TA 3 HOH O 7 407 158 HOH HOH . TA 3 HOH O 8 408 188 HOH HOH . UA 3 HOH P 1 401 112 HOH HOH . UA 3 HOH P 2 402 193 HOH HOH . UA 3 HOH P 3 403 180 HOH HOH . UA 3 HOH P 4 404 160 HOH HOH . UA 3 HOH P 5 405 167 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id Z _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 45.818 _atom_site.Cartn_y -28.777 _atom_site.Cartn_z -80.994 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 46.31 _atom_site.pdbx_formal_charge 0 _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 301 _atom_site.auth_asym_id L _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 19 _model_server_stats.parse_time_ms 15 _model_server_stats.create_model_time_ms 21 _model_server_stats.query_time_ms 314 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #